Here is a list of all documented class members with links to the class documentation for each member:

- g -

• Ga : CDPL.Chem.AtomType
• Gd : CDPL.Chem.AtomType
• Ge : CDPL.Chem.AtomType
• genColorCenterStarts() : CDPL.Shape.FastGaussianShapeAlignment , CDPL.Shape.PrincipalAxesAlignmentStartGenerator
• generate() : CDPL.Chem.FragmentGenerator , CDPL.Chem.ResonanceStructureGenerator , CDPL.Chem.StereoisomerGenerator , CDPL.Chem.TautomerGenerator , CDPL.Chem.TautomerizationRule , CDPL.ConfGen.ConformerGenerator , CDPL.ConfGen.DGStructureGenerator , CDPL.ConfGen.FragmentConformerGenerator , CDPL.ConfGen.StructureGenerator , CDPL.Descr.BurdenMatrixGenerator , CDPL.Descr.CircularFingerprintGenerator , CDPL.Descr.PathFingerprintGenerator , CDPL.Pharm.FeatureGenerator , CDPL.Pharm.InteractionPharmacophoreGenerator , CDPL.Pharm.PatternBasedFeatureGenerator , CDPL.Pharm.PharmacophoreGenerator , CDPL.Shape.GaussianShapeAlignmentStartGenerator , CDPL.Shape.GaussianShapeGenerator , CDPL.Util.DG2DCoordinatesGenerator , CDPL.Util.DG3DCoordinatesGenerator
• generateConformers() : CDPL.ConfGen.TorsionDriver
• generateCoordinatesFromScratch() : CDPL.ConfGen.ConformerGeneratorSettings , CDPL.ConfGen.FragmentAssemblerSettings , CDPL.ConfGen.StructureGeneratorSettings
• generateMoleculeShape() : CDPL.Shape.GaussianShapeGenerator
• generatePharmacophoreShape() : CDPL.Shape.GaussianShapeGenerator
• genForAlignedShapeCenters() : CDPL.Shape.FastGaussianShapeAlignment , CDPL.Shape.PrincipalAxesAlignmentStartGenerator
• genForLargerShapeCenters() : CDPL.Shape.FastGaussianShapeAlignment , CDPL.Shape.PrincipalAxesAlignmentStartGenerator
• genForReferenceShapeCenters() : CDPL.Shape.FastGaussianShapeAlignment , CDPL.Shape.PrincipalAxesAlignmentStartGenerator
• genNonColorCenterStarts() : CDPL.Shape.FastGaussianShapeAlignment , CDPL.Shape.PrincipalAxesAlignmentStartGenerator
• genRandomStarts() : CDPL.Shape.FastGaussianShapeAlignment , CDPL.Shape.PrincipalAxesAlignmentStartGenerator
• genShapeCenterStarts() : CDPL.Shape.FastGaussianShapeAlignment , CDPL.Shape.PrincipalAxesAlignmentStartGenerator
• GEOM_REF_ATOM1_FLAG : CDPL.Pharm.PatternBasedFeatureGenerator.PatternAtomLabelFlag
• GEOM_REF_ATOM2_FLAG : CDPL.Pharm.PatternBasedFeatureGenerator.PatternAtomLabelFlag
• GEOMETRICALLY_UNIQUE : CDPL.Chem.TautomerGenerator.Mode
• get() : CDPL.Biomol.ResidueDictionary , CDPL.Chem.AtomDictionary , CDPL.ConfGen.FragmentLibrary , CDPL.ConfGen.TorsionLibrary , CDPL.ForceField.MMFF94AngleBendingParameterTable , CDPL.ForceField.MMFF94AromaticAtomTypeDefinitionTable , CDPL.ForceField.MMFF94AtomTypePropertyTable , CDPL.ForceField.MMFF94BondChargeIncrementTable , CDPL.ForceField.MMFF94BondStretchingParameterTable , CDPL.ForceField.MMFF94BondStretchingRuleParameterTable , CDPL.ForceField.MMFF94DefaultStretchBendParameterTable , CDPL.ForceField.MMFF94FormalAtomChargeDefinitionTable , CDPL.ForceField.MMFF94HeavyToHydrogenAtomTypeMap , CDPL.ForceField.MMFF94OutOfPlaneBendingParameterTable , CDPL.ForceField.MMFF94PartialBondChargeIncrementTable , CDPL.ForceField.MMFF94PrimaryToParameterAtomTypeMap , CDPL.ForceField.MMFF94StretchBendParameterTable , CDPL.ForceField.MMFF94SymbolicAtomTypePatternTable , CDPL.ForceField.MMFF94SymbolicToNumericAtomTypeMap , CDPL.ForceField.MMFF94TorsionParameterTable , CDPL.ForceField.MMFF94VanDerWaalsParameterTable , CDPL.ForceField.UFFAtomTypePropertyTable
• getAbortCallback() : CDPL.ConfGen.ConformerGenerator , CDPL.ConfGen.FragmentAssembler , CDPL.ConfGen.FragmentConformerGenerator , CDPL.ConfGen.FragmentLibraryGenerator , CDPL.ConfGen.RMSDConformerSelector , CDPL.ConfGen.StructureGenerator , CDPL.ConfGen.TorsionDriver
• getAgents() : CDPL.Chem.Reaction
• getAlignedColorSelfOverlap() : CDPL.Shape.AlignmentResult
• getAlignedSelfOverlap() : CDPL.Shape.AlignmentResult
• getAlignedShapeIndex() : CDPL.Shape.AlignmentResult
• getAlignmentMode() : CDPL.Shape.ScreeningSettings
• getAllredRochowElectronegativity() : CDPL.Chem.AtomDictionary.Entry , CDPL.Chem.AtomDictionary
• getAlpha() : CDPL.Vis.Color
• getAngle() : CDPL.ConfGen.TorsionRule.AngleEntry , CDPL.ConfGen.TorsionRule
• getAngleBendingEnergy() : CDPL.ForceField.MMFF94EnergyCalculator , CDPL.ForceField.MMFF94GradientCalculator
• getAngleBendingInteractions() : CDPL.ForceField.MMFF94InteractionData
• getAngleTypeIndex() : CDPL.ForceField.MMFF94AngleBendingInteraction , CDPL.ForceField.MMFF94AngleBendingParameterTable.Entry
• getArea() : CDPL.Vis.Rectangle2D
• getAromAtomType() : CDPL.ForceField.MMFF94AromaticAtomTypeDefinitionTable.Entry
• getAscent() : CDPL.Vis.CairoBackend.CairoFontMetrics , CDPL.Vis.FontMetrics , CDPL.Vis.QtBackend.QtFontMetrics
• getAssignmentMode() : CDPL.ForceField.MMFF94FormalAtomChargeDefinitionTable.Entry
• getAtom() : CDPL.Chem.Atom , CDPL.Chem.AtomContainer , CDPL.Chem.Bond , CDPL.Chem.MolecularGraph , CDPL.Chem.Molecule
• getAtom1Charge() : CDPL.ForceField.MMFF94ElectrostaticInteraction
• getAtom1ID() : CDPL.Chem.PatternBasedTautomerizationRule.BondOrderChange
• getAtom1Index() : CDPL.ForceField.ElasticPotential , CDPL.ForceField.MMFF94AngleBendingInteraction , CDPL.ForceField.MMFF94BondStretchingInteraction , CDPL.ForceField.MMFF94ElectrostaticInteraction , CDPL.ForceField.MMFF94OutOfPlaneBendingInteraction , CDPL.ForceField.MMFF94StretchBendInteraction , CDPL.ForceField.MMFF94TorsionInteraction , CDPL.ForceField.MMFF94VanDerWaalsInteraction
• getAtom1Label() : CDPL.Chem.FragmentGenerator.FragmentLink
• getAtom1Type() : CDPL.ForceField.MMFF94BondChargeIncrementTable.Entry , CDPL.ForceField.MMFF94BondStretchingParameterTable.Entry
• getAtom2Charge() : CDPL.ForceField.MMFF94ElectrostaticInteraction
• getAtom2DCoordinatesFunction() : CDPL.Chem.BondStereoFlagCalculator
• getAtom2ID() : CDPL.Chem.PatternBasedTautomerizationRule.BondOrderChange
• getAtom2Index() : CDPL.ForceField.ElasticPotential , CDPL.ForceField.MMFF94AngleBendingInteraction , CDPL.ForceField.MMFF94BondStretchingInteraction , CDPL.ForceField.MMFF94ElectrostaticInteraction , CDPL.ForceField.MMFF94OutOfPlaneBendingInteraction , CDPL.ForceField.MMFF94StretchBendInteraction , CDPL.ForceField.MMFF94TorsionInteraction , CDPL.ForceField.MMFF94VanDerWaalsInteraction
• getAtom2Label() : CDPL.Chem.FragmentGenerator.FragmentLink
• getAtom2Type() : CDPL.ForceField.MMFF94BondChargeIncrementTable.Entry , CDPL.ForceField.MMFF94BondStretchingParameterTable.Entry
• getAtom3DCoordinatesCheckFunction() : CDPL.Chem.Hydrogen3DCoordinatesCalculator
• getAtom3DCoordinatesFunction() : CDPL.Chem.Hydrogen3DCoordinatesCalculator , CDPL.Chem.SurfaceAtomExtractor , CDPL.GRAIL.AtomDensityGridCalculator , CDPL.GRAIL.BuriednessGridCalculator , CDPL.GRAIL.BuriednessScore , CDPL.Pharm.FeatureGenerator , CDPL.Pharm.PharmacophoreGenerator
• getAtom3Index() : CDPL.ForceField.MMFF94AngleBendingInteraction , CDPL.ForceField.MMFF94OutOfPlaneBendingInteraction , CDPL.ForceField.MMFF94StretchBendInteraction , CDPL.ForceField.MMFF94TorsionInteraction
• getAtom4Index() : CDPL.ForceField.MMFF94OutOfPlaneBendingInteraction , CDPL.ForceField.MMFF94TorsionInteraction
• getAtomCharges() : CDPL.Chem.ResonanceStructureGenerator.StructureData
• getAtomContributions() : CDPL.MolProp.XLogPCalculator
• getAtomDescriptors() : CDPL.Chem.StereoisomerGenerator
• getAtomHardness() : CDPL.Shape.GaussianShapeGenerator
• getAtomicNumber() : CDPL.ForceField.MMFF94AromaticAtomTypeDefinitionTable.Entry , CDPL.ForceField.MMFF94AtomTypePropertyTable.Entry , CDPL.ForceField.UFFAtomTypePropertyTable.Entry
• getAtomicNumber1() : CDPL.ForceField.MMFF94BondStretchingRuleParameterTable.Entry
• getAtomicNumber2() : CDPL.ForceField.MMFF94BondStretchingRuleParameterTable.Entry
• getAtomicPolarizability() : CDPL.ForceField.MMFF94VanDerWaalsParameterTable.Entry
• getAtomicWeight() : CDPL.Chem.AtomDictionary
• getAtomIndex() : CDPL.Chem.Atom , CDPL.Chem.AtomContainer , CDPL.Chem.Bond , CDPL.Chem.MolecularGraph , CDPL.Chem.Molecule
• getAtomLabel() : CDPL.Chem.PatternAtomTyper , CDPL.Chem.PatternAtomTyper.Pattern
• getAtomMapping() : CDPL.Chem.AtomBondMapping , CDPL.ConfGen.CanonicalFragment
• getAtomPredicate() : CDPL.Chem.StereoisomerGenerator
• getAtomPropertyFlags() : CDPL.Chem.AutomorphismGroupSearch , CDPL.Chem.CanonicalNumberingCalculator , CDPL.Chem.SymmetryClassCalculator
• getAtomRadius() : CDPL.Shape.GaussianShapeGenerator
• getAtoms() : CDPL.Chem.Atom , CDPL.Chem.Bond , CDPL.Chem.Fragment , CDPL.Chem.MolecularGraph , CDPL.Chem.Molecule , CDPL.ConfGen.TorsionRuleMatch
• getAtomStereoCenterData() : CDPL.ConfGen.DGConstraintGenerator
• getAtomType() : CDPL.ForceField.MMFF94AtomTypePropertyTable.Entry , CDPL.ForceField.MMFF94FormalAtomChargeDefinitionTable.Entry , CDPL.ForceField.MMFF94PartialBondChargeIncrementTable.Entry , CDPL.ForceField.MMFF94PrimaryToParameterAtomTypeMap.Entry , CDPL.ForceField.MMFF94VanDerWaalsParameterTable.Entry , CDPL.ForceField.UFFAtomTypePropertyTable.Entry
• getAtomTypeList() : CDPL.ForceField.MMFF94FormalAtomChargeDefinitionTable.Entry
• getAtomTypeSymbol() : CDPL.ForceField.UFFAtomTypePropertyTable.Entry
• getAverageWeight() : CDPL.Chem.AtomDictionary.Entry
• getBegin() : CDPL.Chem.Bond , CDPL.Vis.Line2D
• getBeta() : CDPL.ForceField.MMFF94VanDerWaalsParameterTable
• getBlue() : CDPL.Vis.Color
• getBond() : CDPL.Chem.Atom , CDPL.Chem.BondContainer , CDPL.Chem.FragmentGenerator.FragmentLink , CDPL.Chem.MolecularGraph , CDPL.Chem.Molecule , CDPL.ConfGen.TorsionRuleMatch
• getBondAngle() : CDPL.ForceField.UFFAtomTypePropertyTable.Entry
• getBondAtom1Type() : CDPL.ConfGen.TorsionCategory
• getBondAtom2Type() : CDPL.ConfGen.TorsionCategory
• getBondDescriptors() : CDPL.Chem.StereoisomerGenerator
• getBondIndex() : CDPL.Chem.Atom , CDPL.Chem.BondContainer , CDPL.Chem.MolecularGraph , CDPL.Chem.Molecule
• getBondMapping() : CDPL.Chem.AtomBondMapping
• getBondOrder() : CDPL.MolProp.MHMOPiChargeCalculator
• getBondOrders() : CDPL.Chem.ResonanceStructureGenerator.StructureData
• getBondPredicate() : CDPL.Chem.StereoisomerGenerator
• getBondPropertyFlags() : CDPL.Chem.AutomorphismGroupSearch , CDPL.Chem.CanonicalNumberingCalculator , CDPL.Chem.SymmetryClassCalculator
• getBondRadius() : CDPL.ForceField.UFFAtomTypePropertyTable.Entry
• getBonds() : CDPL.Chem.Atom , CDPL.Chem.Fragment , CDPL.Chem.MolecularGraph , CDPL.Chem.Molecule
• getBondStereoCenterData() : CDPL.ConfGen.DGConstraintGenerator
• getBondStretchingEnergy() : CDPL.ForceField.MMFF94EnergyCalculator , CDPL.ForceField.MMFF94GradientCalculator
• getBondStretchingInteractions() : CDPL.ForceField.MMFF94InteractionData
• getBondToAtom() : CDPL.Chem.Atom
• getBondTypeIndex() : CDPL.ForceField.MMFF94BondChargeIncrementTable.Entry , CDPL.ForceField.MMFF94BondStretchingInteraction , CDPL.ForceField.MMFF94BondStretchingParameterTable.Entry
• getBounds() : CDPL.Vis.CairoBackend.CairoFontMetrics , CDPL.Vis.FontMetrics , CDPL.Vis.GraphicsPrimitive2D , CDPL.Vis.Path2D , CDPL.Vis.PointArray2D , CDPL.Vis.QtBackend.QtFontMetrics
• getBoxSize() : CDPL.ConfGen.DGStructureGeneratorSettings
• getBrush() : CDPL.Vis.EllipsePrimitive2D , CDPL.Vis.PathPrimitive2D , CDPL.Vis.PolygonPrimitive2D
• getC1() : CDPL.Math.ConstDQuaternionExpression , CDPL.Math.ConstDVectorQuaternionAdapter , CDPL.Math.ConstFQuaternionExpression , CDPL.Math.ConstFVectorQuaternionAdapter , CDPL.Math.ConstLQuaternionExpression , CDPL.Math.ConstLVectorQuaternionAdapter , CDPL.Math.ConstULQuaternionExpression , CDPL.Math.ConstULVectorQuaternionAdapter , CDPL.Math.DQuaternion , CDPL.Math.DRealQuaternion , CDPL.Math.DVectorQuaternionAdapter , CDPL.Math.FQuaternion , CDPL.Math.FRealQuaternion , CDPL.Math.FVectorQuaternionAdapter , CDPL.Math.LQuaternion , CDPL.Math.LRealQuaternion , CDPL.Math.LVectorQuaternionAdapter , CDPL.Math.ULQuaternion , CDPL.Math.ULRealQuaternion , CDPL.Math.ULVectorQuaternionAdapter
• getC2() : CDPL.Math.ConstDQuaternionExpression , CDPL.Math.ConstDVectorQuaternionAdapter , CDPL.Math.ConstFQuaternionExpression , CDPL.Math.ConstFVectorQuaternionAdapter , CDPL.Math.ConstLQuaternionExpression , CDPL.Math.ConstLVectorQuaternionAdapter , CDPL.Math.ConstULQuaternionExpression , CDPL.Math.ConstULVectorQuaternionAdapter , CDPL.Math.DQuaternion , CDPL.Math.DRealQuaternion , CDPL.Math.DVectorQuaternionAdapter , CDPL.Math.FQuaternion , CDPL.Math.FRealQuaternion , CDPL.Math.FVectorQuaternionAdapter , CDPL.Math.LQuaternion , CDPL.Math.LRealQuaternion , CDPL.Math.LVectorQuaternionAdapter , CDPL.Math.ULQuaternion , CDPL.Math.ULRealQuaternion , CDPL.Math.ULVectorQuaternionAdapter
• getC3() : CDPL.Math.ConstDQuaternionExpression , CDPL.Math.ConstDVectorQuaternionAdapter , CDPL.Math.ConstFQuaternionExpression , CDPL.Math.ConstFVectorQuaternionAdapter , CDPL.Math.ConstLQuaternionExpression , CDPL.Math.ConstLVectorQuaternionAdapter , CDPL.Math.ConstULQuaternionExpression , CDPL.Math.ConstULVectorQuaternionAdapter , CDPL.Math.DQuaternion , CDPL.Math.DRealQuaternion , CDPL.Math.DVectorQuaternionAdapter , CDPL.Math.FQuaternion , CDPL.Math.FRealQuaternion , CDPL.Math.FVectorQuaternionAdapter , CDPL.Math.LQuaternion , CDPL.Math.LRealQuaternion , CDPL.Math.LVectorQuaternionAdapter , CDPL.Math.ULQuaternion , CDPL.Math.ULRealQuaternion , CDPL.Math.ULVectorQuaternionAdapter
• getC4() : CDPL.Math.ConstDQuaternionExpression , CDPL.Math.ConstDVectorQuaternionAdapter , CDPL.Math.ConstFQuaternionExpression , CDPL.Math.ConstFVectorQuaternionAdapter , CDPL.Math.ConstLQuaternionExpression , CDPL.Math.ConstLVectorQuaternionAdapter , CDPL.Math.ConstULQuaternionExpression , CDPL.Math.ConstULVectorQuaternionAdapter , CDPL.Math.DQuaternion , CDPL.Math.DRealQuaternion , CDPL.Math.DVectorQuaternionAdapter , CDPL.Math.FQuaternion , CDPL.Math.FRealQuaternion , CDPL.Math.FVectorQuaternionAdapter , CDPL.Math.LQuaternion , CDPL.Math.LRealQuaternion , CDPL.Math.LVectorQuaternionAdapter , CDPL.Math.ULQuaternion , CDPL.Math.ULRealQuaternion , CDPL.Math.ULVectorQuaternionAdapter
• getCallbackFunction() : CDPL.Chem.TautomerGenerator
• getCapacity() : CDPL.Chem.AtomMatchExpressionList , CDPL.Chem.BondMatchExpressionList , CDPL.Chem.ElectronSystemList , CDPL.Chem.FragmentList , CDPL.Chem.MatchConstraintList , CDPL.Chem.MolecularGraphMatchExpressionList , CDPL.Chem.ReactionMatchExpressionList , CDPL.Chem.StringDataBlock , CDPL.ForceField.ElasticPotentialList , CDPL.ForceField.MMFF94AngleBendingInteractionList , CDPL.ForceField.MMFF94BondStretchingInteractionList , CDPL.ForceField.MMFF94ElectrostaticInteractionList , CDPL.ForceField.MMFF94OutOfPlaneBendingInteractionList , CDPL.ForceField.MMFF94StretchBendInteractionList , CDPL.ForceField.MMFF94TorsionInteractionList , CDPL.ForceField.MMFF94VanDerWaalsInteractionList , CDPL.Grid.DRegularGridSet , CDPL.Grid.FRegularGridSet , CDPL.Math.Vector2DArray , CDPL.Math.Vector2FArray , CDPL.Math.Vector2LArray , CDPL.Math.Vector2ULArray , CDPL.Math.Vector3DArray , CDPL.Math.Vector3FArray , CDPL.Math.Vector3LArray , CDPL.Math.Vector3ULArray , CDPL.Shape.GaussianShapeSet , CDPL.Util.BitSetArray , CDPL.Util.DArray , CDPL.Util.LArray , CDPL.Util.SArray , CDPL.Util.STArray , CDPL.Util.STPairArray , CDPL.Util.UIArray
• getCapStyle() : CDPL.Vis.Pen
• getCategories() : CDPL.ConfGen.TorsionCategory
• getCategory() : CDPL.ConfGen.TorsionCategory
• getCCWPerpDirection() : CDPL.Vis.Line2D
• getCenter() : CDPL.Vis.Line2D , CDPL.Vis.Rectangle2D
• getCenterAtom1Index() : CDPL.ForceField.MMFF94TorsionInteraction
• getCenterAtom1Type() : CDPL.ForceField.MMFF94TorsionParameterTable.Entry
• getCenterAtom2Index() : CDPL.ForceField.MMFF94TorsionInteraction
• getCenterAtom2Type() : CDPL.ForceField.MMFF94TorsionParameterTable.Entry
• getCenterAtomIndex() : CDPL.ForceField.MMFF94AngleBendingInteraction , CDPL.ForceField.MMFF94OutOfPlaneBendingInteraction , CDPL.ForceField.MMFF94StretchBendInteraction
• getCenterAtomPTERow() : CDPL.ForceField.MMFF94DefaultStretchBendParameterTable.Entry
• getCenterAtomType() : CDPL.ForceField.MMFF94AngleBendingParameterTable.Entry , CDPL.ForceField.MMFF94OutOfPlaneBendingParameterTable.Entry , CDPL.ForceField.MMFF94StretchBendParameterTable.Entry
• getCenterIndex() : CDPL.ConfGen.DGConstraintGenerator.StereoCenterData
• getChain() : CDPL.Biomol.HierarchyViewModel
• getChainByID() : CDPL.Biomol.HierarchyViewModel
• getChainHydrophobicityThreshold() : CDPL.Pharm.HydrophobicFeatureGenerator
• getChainSettings() : CDPL.ConfGen.FragmentConformerGeneratorSettings
• getCharge() : CDPL.MolProp.MHMOPiChargeCalculator , CDPL.MolProp.PEOESigmaChargeCalculator
• getChargeCountWindow() : CDPL.Chem.ResonanceStructureGenerator
• getChargeIncrement() : CDPL.ForceField.MMFF94BondChargeIncrementTable.Entry
• getChiSquare() : CDPL.Math.DMLRModel , CDPL.Math.FMLRModel
• getCode() : CDPL.Biomol.ResidueDictionary.Entry
• getCoefficients() : CDPL.Math.DMLRModel , CDPL.Math.FMLRModel
• getColor() : CDPL.Shape.GaussianShape.Element , CDPL.Vis.Brush , CDPL.Vis.Pen
• getColorFeatureType() : CDPL.Shape.ScreeningSettings
• getColorFilterFunction() : CDPL.Shape.GaussianShapeAlignment , CDPL.Shape.GaussianShapeFunctionAlignment , CDPL.Shape.GaussianShapeOverlapFunction
• getColorMatchFunction() : CDPL.Shape.GaussianShapeAlignment , CDPL.Shape.GaussianShapeFunctionAlignment , CDPL.Shape.GaussianShapeOverlapFunction
• getColorOverlap() : CDPL.Shape.AlignmentResult , CDPL.Shape.GaussianShapeFunctionAlignment.Result
• getComponent() : CDPL.Chem.Reaction
• getComponentIndex() : CDPL.Chem.Reaction
• getComponentRole() : CDPL.Chem.Reaction
• getConfiguration() : CDPL.Chem.StereoDescriptor
• getConformationIndex() : CDPL.Pharm.ScreeningDBAccessor
• getConformer() : CDPL.ConfGen.ConformerGenerator , CDPL.ConfGen.FragmentAssembler , CDPL.ConfGen.FragmentConformerGenerator , CDPL.ConfGen.FragmentLibraryEntry , CDPL.ConfGen.TorsionDriver
• getConstraintFunction() : CDPL.Pharm.InteractionAnalyzer
• getConstraintGenerator() : CDPL.ConfGen.DGStructureGenerator
• getContainingCell() : CDPL.Math.DRegularSpatialGrid , CDPL.Math.FRegularSpatialGrid
• getConvergenceCheckCycleSize() : CDPL.ConfGen.ConformerGeneratorSettings , CDPL.ConfGen.StructureGeneratorSettings
• getCoordinates() : CDPL.ConfGen.StructureGenerator , CDPL.Grid.DRegularGrid , CDPL.Grid.DSpatialGrid , CDPL.Grid.FRegularGrid , CDPL.Grid.FSpatialGrid , CDPL.Math.DRegularSpatialGrid , CDPL.Math.FRegularSpatialGrid
• getCoordinatesTransform() : CDPL.Math.DRegularSpatialGrid , CDPL.Math.FRegularSpatialGrid
• getCoreEnvironment() : CDPL.Pharm.InteractionPharmacophoreGenerator
• getCoreEnvironmentRadius() : CDPL.Pharm.InteractionPharmacophoreGenerator
• getCorePharmacophore() : CDPL.Pharm.InteractionPharmacophoreGenerator
• getCorePharmacophoreGenerator() : CDPL.Pharm.InteractionPharmacophoreGenerator
• getCorrelationCoefficient() : CDPL.Math.DMLRModel , CDPL.Math.FMLRModel
• getCount() : CDPL.Util.BitSet
• getCovalentRadius() : CDPL.Chem.AtomDictionary.Entry , CDPL.Chem.AtomDictionary
• getCWPerpDirection() : CDPL.Vis.Line2D
• getCycleStepCountFactor() : CDPL.Util.DG2DCoordinatesGenerator , CDPL.Util.DG3DCoordinatesGenerator
• getDampingFactor() : CDPL.MolProp.PEOESigmaChargeCalculator
• getData() : CDPL.Biomol.PDBData , CDPL.Chem.StringDataBlockEntry , CDPL.Math.ConstDHomogenousCoordsAdapter , CDPL.Math.ConstDMatrixColumn , CDPL.Math.ConstDMatrixRange , CDPL.Math.ConstDMatrixRow , CDPL.Math.ConstDMatrixSlice , CDPL.Math.ConstDMatrixTranspose , CDPL.Math.ConstDQuaternionVectorAdapter , CDPL.Math.ConstDVectorQuaternionAdapter , CDPL.Math.ConstDVectorRange , CDPL.Math.ConstDVectorSlice , CDPL.Math.ConstFHomogenousCoordsAdapter , CDPL.Math.ConstFMatrixColumn , CDPL.Math.ConstFMatrixRange , CDPL.Math.ConstFMatrixRow , CDPL.Math.ConstFMatrixSlice , CDPL.Math.ConstFMatrixTranspose , CDPL.Math.ConstFQuaternionVectorAdapter , CDPL.Math.ConstFVectorQuaternionAdapter , CDPL.Math.ConstFVectorRange , CDPL.Math.ConstFVectorSlice , CDPL.Math.ConstLHomogenousCoordsAdapter , CDPL.Math.ConstLMatrixColumn , CDPL.Math.ConstLMatrixRange , CDPL.Math.ConstLMatrixRow , CDPL.Math.ConstLMatrixSlice , CDPL.Math.ConstLMatrixTranspose , CDPL.Math.ConstLowerTriangularDMatrixAdapter , CDPL.Math.ConstLowerTriangularFMatrixAdapter , CDPL.Math.ConstLowerTriangularLMatrixAdapter , CDPL.Math.ConstLowerTriangularULMatrixAdapter , CDPL.Math.ConstLQuaternionVectorAdapter , CDPL.Math.ConstLVectorQuaternionAdapter , CDPL.Math.ConstLVectorRange , CDPL.Math.ConstLVectorSlice , CDPL.Math.ConstULHomogenousCoordsAdapter , CDPL.Math.ConstULMatrixColumn , CDPL.Math.ConstULMatrixRange , CDPL.Math.ConstULMatrixRow , CDPL.Math.ConstULMatrixSlice , CDPL.Math.ConstULMatrixTranspose , CDPL.Math.ConstULQuaternionVectorAdapter , CDPL.Math.ConstULVectorQuaternionAdapter , CDPL.Math.ConstULVectorRange , CDPL.Math.ConstULVectorSlice , CDPL.Math.ConstUnitLowerTriangularDMatrixAdapter , CDPL.Math.ConstUnitLowerTriangularFMatrixAdapter , CDPL.Math.ConstUnitLowerTriangularLMatrixAdapter , CDPL.Math.ConstUnitLowerTriangularULMatrixAdapter , CDPL.Math.ConstUnitUpperTriangularDMatrixAdapter , CDPL.Math.ConstUnitUpperTriangularFMatrixAdapter , CDPL.Math.ConstUnitUpperTriangularLMatrixAdapter , CDPL.Math.ConstUnitUpperTriangularULMatrixAdapter , CDPL.Math.ConstUpperTriangularDMatrixAdapter , CDPL.Math.ConstUpperTriangularFMatrixAdapter , CDPL.Math.ConstUpperTriangularLMatrixAdapter , CDPL.Math.ConstUpperTriangularULMatrixAdapter , CDPL.Math.DHomogenousCoordsAdapter , CDPL.Math.DMatrixColumn , CDPL.Math.DMatrixRange , CDPL.Math.DMatrixRow , CDPL.Math.DMatrixSlice , CDPL.Math.DMatrixTranspose , CDPL.Math.DQuaternionVectorAdapter , CDPL.Math.DRegularSpatialGrid , CDPL.Math.DVectorQuaternionAdapter , CDPL.Math.DVectorRange , CDPL.Math.DVectorSlice , CDPL.Math.FHomogenousCoordsAdapter , CDPL.Math.FMatrixColumn , CDPL.Math.FMatrixRange , CDPL.Math.FMatrixRow , CDPL.Math.FMatrixSlice , CDPL.Math.FMatrixTranspose , CDPL.Math.FQuaternionVectorAdapter , CDPL.Math.FRegularSpatialGrid , CDPL.Math.FVectorQuaternionAdapter , CDPL.Math.FVectorRange , CDPL.Math.FVectorSlice , CDPL.Math.LHomogenousCoordsAdapter , CDPL.Math.LMatrixColumn , CDPL.Math.LMatrixRange , CDPL.Math.LMatrixRow , CDPL.Math.LMatrixSlice , CDPL.Math.LMatrixTranspose , CDPL.Math.LQuaternionVectorAdapter , CDPL.Math.LVectorQuaternionAdapter , CDPL.Math.LVectorRange , CDPL.Math.LVectorSlice , CDPL.Math.ULHomogenousCoordsAdapter , CDPL.Math.ULMatrixColumn , CDPL.Math.ULMatrixRange , CDPL.Math.ULMatrixRow , CDPL.Math.ULMatrixSlice , CDPL.Math.ULMatrixTranspose , CDPL.Math.ULQuaternionVectorAdapter , CDPL.Math.ULVectorQuaternionAdapter , CDPL.Math.ULVectorRange , CDPL.Math.ULVectorSlice
• getDatabaseName() : CDPL.Pharm.ScreeningDBAccessor , CDPL.Pharm.ScreeningDBCreator
• getDataFormat() : CDPL.Chem.MolecularGraphInputHandler , CDPL.Chem.MolecularGraphOutputHandler , CDPL.Chem.MolecularGraphWriter , CDPL.Chem.MoleculeInputHandler , CDPL.Chem.MoleculeOutputHandler , CDPL.Chem.MoleculeReader , CDPL.Chem.ReactionInputHandler , CDPL.Chem.ReactionOutputHandler , CDPL.Chem.ReactionReader , CDPL.Chem.ReactionWriter , CDPL.Grid.DRegularGridInputHandler , CDPL.Grid.DRegularGridOutputHandler , CDPL.Grid.DRegularGridReader , CDPL.Grid.DRegularGridSetInputHandler , CDPL.Grid.DRegularGridSetOutputHandler , CDPL.Grid.DRegularGridSetReader , CDPL.Grid.DRegularGridSetWriter , CDPL.Grid.DRegularGridWriter , CDPL.Pharm.FeatureContainerOutputHandler , CDPL.Pharm.FeatureContainerWriter , CDPL.Pharm.PharmacophoreInputHandler , CDPL.Pharm.PharmacophoreReader
• getDataMode() : CDPL.Math.DRegularSpatialGrid , CDPL.Math.FRegularSpatialGrid
• getDataWriter() : CDPL.Pharm.FileScreeningHitCollector
• getDBAccessor() : CDPL.Pharm.ScreeningProcessor
• getDefaultOverlapFunction() : CDPL.Shape.GaussianShapeAlignment , CDPL.Shape.GaussianShapeFunctionAlignment
• getDefaultPharmacophoreGenerator() : CDPL.Shape.GaussianShapeGenerator
• getDefaultStartGenerator() : CDPL.Shape.GaussianShapeAlignment , CDPL.Shape.GaussianShapeFunctionAlignment
• getDensityCombinationFunction() : CDPL.GRAIL.AtomDensityGridCalculator
• getDensityFunction() : CDPL.GRAIL.AtomDensityGridCalculator
• getDescent() : CDPL.Vis.CairoBackend.CairoFontMetrics , CDPL.Vis.FontMetrics , CDPL.Vis.QtBackend.QtFontMetrics
• getDescription() : CDPL.Base.DataFormat
• getDescriptor() : CDPL.ConfGen.DGConstraintGenerator.StereoCenterData
• getDGModeForceFieldType() : CDPL.ConfGen.StructureGeneratorSettings
• getDielectricConstant() : CDPL.ConfGen.ConformerGeneratorSettings , CDPL.ConfGen.FragmentConformerGeneratorSettings , CDPL.ConfGen.StructureGeneratorSettings , CDPL.ConfGen.TorsionDriverSettings , CDPL.ForceField.MMFF94ElectrostaticInteraction
• getDirection() : CDPL.Vis.Line2D
• getDistance() : CDPL.Vis.Line2D
• getDistanceConstraint() : CDPL.Util.DG2DCoordinatesGenerator , CDPL.Util.DG3DCoordinatesGenerator
• getDistanceConstraints() : CDPL.Util.DG2DCoordinatesGenerator , CDPL.Util.DG3DCoordinatesGenerator
• getDistanceCutoff() : CDPL.GRAIL.AtomDensityGridCalculator , CDPL.GRAIL.FeatureInteractionScoreGridCalculator , CDPL.Shape.GaussianShapeAlignment , CDPL.Shape.GaussianShapeFunction
• getDistanceError() : CDPL.Util.DG2DCoordinatesGenerator , CDPL.Util.DG3DCoordinatesGenerator
• getDistanceExponent() : CDPL.ConfGen.ConformerGeneratorSettings , CDPL.ConfGen.FragmentConformerGeneratorSettings , CDPL.ConfGen.StructureGeneratorSettings , CDPL.ConfGen.TorsionDriverSettings , CDPL.ForceField.MMFF94ElectrostaticInteraction
• getEffectiveCharge() : CDPL.ForceField.UFFAtomTypePropertyTable.Entry
• getEffectiveElectronNumber() : CDPL.ForceField.MMFF94VanDerWaalsParameterTable.Entry
• getEIJ() : CDPL.ForceField.MMFF94VanDerWaalsInteraction
• getElectronContrib() : CDPL.Chem.ElectronSystem
• getElectronDensity() : CDPL.MolProp.MHMOPiChargeCalculator
• getElectronegativity() : CDPL.MolProp.PEOESigmaChargeCalculator
• getElectrostaticEnergy() : CDPL.ForceField.MMFF94EnergyCalculator , CDPL.ForceField.MMFF94GradientCalculator
• getElectrostaticInteractions() : CDPL.ForceField.MMFF94InteractionData
• getElement() : CDPL.Chem.AtomMatchExpressionList , CDPL.Chem.BondMatchExpressionList , CDPL.Chem.ElectronSystemList , CDPL.Chem.FragmentList , CDPL.Chem.MatchConstraintList , CDPL.Chem.MolecularGraphMatchExpressionList , CDPL.Chem.ReactionMatchExpressionList , CDPL.Chem.StereoisomerGenerator.StereoDescriptorArray , CDPL.Chem.StringDataBlock , CDPL.ForceField.ElasticPotentialList , CDPL.ForceField.MMFF94AngleBendingInteractionList , CDPL.ForceField.MMFF94BondStretchingInteractionList , CDPL.ForceField.MMFF94ElectrostaticInteractionList , CDPL.ForceField.MMFF94OutOfPlaneBendingInteractionList , CDPL.ForceField.MMFF94StretchBendInteractionList , CDPL.ForceField.MMFF94TorsionInteractionList , CDPL.ForceField.MMFF94VanDerWaalsInteractionList , CDPL.Grid.DRegularGrid , CDPL.Grid.DRegularGridSet , CDPL.Grid.DSpatialGrid , CDPL.Grid.FRegularGrid , CDPL.Grid.FRegularGridSet , CDPL.Grid.FSpatialGrid , CDPL.Math.ConstDGridExpression , CDPL.Math.ConstDHomogenousCoordsAdapter , CDPL.Math.ConstDMatrixColumn , CDPL.Math.ConstDMatrixExpression , CDPL.Math.ConstDMatrixRange , CDPL.Math.ConstDMatrixRow , CDPL.Math.ConstDMatrixSlice , CDPL.Math.ConstDMatrixTranspose , CDPL.Math.ConstDQuaternionVectorAdapter , CDPL.Math.ConstDVectorExpression , CDPL.Math.ConstDVectorRange , CDPL.Math.ConstDVectorSlice , CDPL.Math.ConstFGridExpression , CDPL.Math.ConstFHomogenousCoordsAdapter , CDPL.Math.ConstFMatrixColumn , CDPL.Math.ConstFMatrixExpression , CDPL.Math.ConstFMatrixRange , CDPL.Math.ConstFMatrixRow , CDPL.Math.ConstFMatrixSlice , CDPL.Math.ConstFMatrixTranspose , CDPL.Math.ConstFQuaternionVectorAdapter , CDPL.Math.ConstFVectorExpression , CDPL.Math.ConstFVectorRange , CDPL.Math.ConstFVectorSlice , CDPL.Math.ConstLHomogenousCoordsAdapter , CDPL.Math.ConstLMatrixColumn , CDPL.Math.ConstLMatrixExpression , CDPL.Math.ConstLMatrixRange , CDPL.Math.ConstLMatrixRow , CDPL.Math.ConstLMatrixSlice , CDPL.Math.ConstLMatrixTranspose , CDPL.Math.ConstLowerTriangularDMatrixAdapter , CDPL.Math.ConstLowerTriangularFMatrixAdapter , CDPL.Math.ConstLowerTriangularLMatrixAdapter , CDPL.Math.ConstLowerTriangularULMatrixAdapter , CDPL.Math.ConstLQuaternionVectorAdapter , CDPL.Math.ConstLVectorExpression , CDPL.Math.ConstLVectorRange , CDPL.Math.ConstLVectorSlice , CDPL.Math.ConstULHomogenousCoordsAdapter , CDPL.Math.ConstULMatrixColumn , CDPL.Math.ConstULMatrixExpression , CDPL.Math.ConstULMatrixRange , CDPL.Math.ConstULMatrixRow , CDPL.Math.ConstULMatrixSlice , CDPL.Math.ConstULMatrixTranspose , CDPL.Math.ConstULQuaternionVectorAdapter , CDPL.Math.ConstULVectorExpression , CDPL.Math.ConstULVectorRange , CDPL.Math.ConstULVectorSlice , CDPL.Math.ConstUnitLowerTriangularDMatrixAdapter , CDPL.Math.ConstUnitLowerTriangularFMatrixAdapter , CDPL.Math.ConstUnitLowerTriangularLMatrixAdapter , CDPL.Math.ConstUnitLowerTriangularULMatrixAdapter , CDPL.Math.ConstUnitUpperTriangularDMatrixAdapter , CDPL.Math.ConstUnitUpperTriangularFMatrixAdapter , CDPL.Math.ConstUnitUpperTriangularLMatrixAdapter , CDPL.Math.ConstUnitUpperTriangularULMatrixAdapter , CDPL.Math.ConstUpperTriangularDMatrixAdapter , CDPL.Math.ConstUpperTriangularFMatrixAdapter , CDPL.Math.ConstUpperTriangularLMatrixAdapter , CDPL.Math.ConstUpperTriangularULMatrixAdapter , CDPL.Math.DGrid , CDPL.Math.DHomogenousCoordsAdapter , CDPL.Math.DIdentityMatrix , CDPL.Math.DMatrix , CDPL.Math.DMatrixColumn , CDPL.Math.DMatrixRange , CDPL.Math.DMatrixRow , CDPL.Math.DMatrixSlice , CDPL.Math.DMatrixTranspose , CDPL.Math.DQuaternionVectorAdapter , CDPL.Math.DRegularSpatialGrid , CDPL.Math.DRotationMatrix , CDPL.Math.DScalarGrid , CDPL.Math.DScalarMatrix , CDPL.Math.DScalarVector , CDPL.Math.DScalingMatrix , CDPL.Math.DTranslationMatrix , CDPL.Math.DUnitVector , CDPL.Math.DVector , CDPL.Math.DVectorRange , CDPL.Math.DVectorSlice , CDPL.Math.DZeroGrid , CDPL.Math.DZeroMatrix , CDPL.Math.DZeroVector , CDPL.Math.FGrid , CDPL.Math.FHomogenousCoordsAdapter , CDPL.Math.FIdentityMatrix , CDPL.Math.FMatrix , CDPL.Math.FMatrixColumn , CDPL.Math.FMatrixRange , CDPL.Math.FMatrixRow , CDPL.Math.FMatrixSlice , CDPL.Math.FMatrixTranspose , CDPL.Math.FQuaternionVectorAdapter , CDPL.Math.FRegularSpatialGrid , CDPL.Math.FRotationMatrix , CDPL.Math.FScalarGrid , CDPL.Math.FScalarMatrix , CDPL.Math.FScalarVector , CDPL.Math.FScalingMatrix , CDPL.Math.FTranslationMatrix , CDPL.Math.FUnitVector , CDPL.Math.FVector , CDPL.Math.FVectorRange , CDPL.Math.FVectorSlice , CDPL.Math.FZeroGrid , CDPL.Math.FZeroMatrix , CDPL.Math.FZeroVector , CDPL.Math.LHomogenousCoordsAdapter , CDPL.Math.LIdentityMatrix , CDPL.Math.LMatrix , CDPL.Math.LMatrixColumn , CDPL.Math.LMatrixRange , CDPL.Math.LMatrixRow , CDPL.Math.LMatrixSlice , CDPL.Math.LMatrixTranspose , CDPL.Math.LQuaternionVectorAdapter , CDPL.Math.LRotationMatrix , CDPL.Math.LScalarMatrix , CDPL.Math.LScalarVector , CDPL.Math.LScalingMatrix , CDPL.Math.LTranslationMatrix , CDPL.Math.LUnitVector , CDPL.Math.LVector , CDPL.Math.LVectorRange , CDPL.Math.LVectorSlice , CDPL.Math.LZeroMatrix , CDPL.Math.LZeroVector , CDPL.Math.Matrix2D , CDPL.Math.Matrix2F , CDPL.Math.Matrix2L , CDPL.Math.Matrix2UL , CDPL.Math.Matrix3D , CDPL.Math.Matrix3F , CDPL.Math.Matrix3L , CDPL.Math.Matrix3UL , CDPL.Math.Matrix4D , CDPL.Math.Matrix4F , CDPL.Math.Matrix4L , CDPL.Math.Matrix4UL , CDPL.Math.SparseDMatrix , CDPL.Math.SparseDVector , CDPL.Math.SparseFMatrix , CDPL.Math.SparseFVector , CDPL.Math.SparseLMatrix , CDPL.Math.SparseLVector , CDPL.Math.SparseULMatrix , CDPL.Math.SparseULVector , CDPL.Math.ULHomogenousCoordsAdapter , CDPL.Math.ULIdentityMatrix , CDPL.Math.ULMatrix , CDPL.Math.ULMatrixColumn , CDPL.Math.ULMatrixRange , CDPL.Math.ULMatrixRow , CDPL.Math.ULMatrixSlice , CDPL.Math.ULMatrixTranspose , CDPL.Math.ULQuaternionVectorAdapter , CDPL.Math.ULRotationMatrix , CDPL.Math.ULScalarMatrix , CDPL.Math.ULScalarVector , CDPL.Math.ULScalingMatrix , CDPL.Math.ULTranslationMatrix , CDPL.Math.ULUnitVector , CDPL.Math.ULVector , CDPL.Math.ULVectorRange , CDPL.Math.ULVectorSlice , CDPL.Math.ULZeroMatrix , CDPL.Math.ULZeroVector , CDPL.Math.Vector2D , CDPL.Math.Vector2DArray , CDPL.Math.Vector2F , CDPL.Math.Vector2FArray , CDPL.Math.Vector2L , CDPL.Math.Vector2LArray , CDPL.Math.Vector2UL , CDPL.Math.Vector2ULArray , CDPL.Math.Vector3D , CDPL.Math.Vector3DArray , CDPL.Math.Vector3F , CDPL.Math.Vector3FArray , CDPL.Math.Vector3L , CDPL.Math.Vector3LArray , CDPL.Math.Vector3UL , CDPL.Math.Vector3ULArray , CDPL.Math.Vector4D , CDPL.Math.Vector4F , CDPL.Math.Vector4L , CDPL.Math.Vector4UL , CDPL.Math.Vector7D , CDPL.Shape.GaussianShape , CDPL.Shape.GaussianShapeSet , CDPL.Shape.Vector7D , CDPL.Util.BitSetArray , CDPL.Util.DArray , CDPL.Util.LArray , CDPL.Util.SArray , CDPL.Util.STArray , CDPL.Util.STPairArray , CDPL.Util.UIArray
• getElementPosition() : CDPL.Shape.GaussianShapeFunction
• getElementPositions() : CDPL.Shape.GaussianShapeFunction
• getEnabledInteractionTypes() : CDPL.ForceField.MMFF94EnergyCalculator , CDPL.ForceField.MMFF94GradientCalculator
• getEnabledReactionRoles() : CDPL.Chem.ReactionSubstructureSearch
• getEnd() : CDPL.Chem.Bond , CDPL.Vis.Line2D
• getEnergy() : CDPL.ConfGen.ConformerData , CDPL.MolProp.MHMOPiChargeCalculator
• getEnergyWindow() : CDPL.ConfGen.ConformerGeneratorSettings , CDPL.ConfGen.FragmentConformerGeneratorSettings.FragmentSettings , CDPL.ConfGen.TorsionDriverSettings
• getEntities() : CDPL.Chem.SpatialAtomAlignment , CDPL.Chem.SpatialEntity3DAlignment , CDPL.Chem.TopologicalAtomAlignment , CDPL.Chem.TopologicalEntity3DAlignment , CDPL.Pharm.SpatialFeatureAlignment , CDPL.Pharm.TopologicalFeatureAlignment
• getEntity() : CDPL.Chem.Atom , CDPL.Chem.AtomContainer , CDPL.Chem.Bond , CDPL.Chem.Entity3DContainer , CDPL.Chem.MolecularGraph , CDPL.Chem.Molecule , CDPL.Chem.SpatialAtomAlignment , CDPL.Chem.SpatialEntity3DAlignment , CDPL.Chem.TopologicalAtomAlignment , CDPL.Chem.TopologicalEntity3DAlignment , CDPL.Pharm.FeatureContainer , CDPL.Pharm.Pharmacophore , CDPL.Pharm.SpatialFeatureAlignment , CDPL.Pharm.TopologicalFeatureAlignment
• getEntity3DCoordinatesFunction() : CDPL.Chem.SpatialAtomAlignment , CDPL.Chem.SpatialEntity3DAlignment , CDPL.Pharm.SpatialFeatureAlignment
• getEntityMatchFunction() : CDPL.Chem.SpatialAtomAlignment , CDPL.Chem.SpatialEntity3DAlignment , CDPL.Chem.TopologicalAtomAlignment , CDPL.Chem.TopologicalEntity3DAlignment , CDPL.Pharm.SpatialFeatureAlignment , CDPL.Pharm.TopologicalFeatureAlignment
• getEntityPairMatchFunction() : CDPL.Chem.SpatialAtomAlignment , CDPL.Chem.SpatialEntity3DAlignment , CDPL.Chem.TopologicalAtomAlignment , CDPL.Chem.TopologicalEntity3DAlignment , CDPL.Pharm.SpatialFeatureAlignment , CDPL.Pharm.TopologicalFeatureAlignment
• getEntityWeightFunction() : CDPL.Chem.SpatialAtomAlignment , CDPL.Chem.SpatialEntity3DAlignment , CDPL.Pharm.SpatialFeatureAlignment
• getEntries() : CDPL.Biomol.ResidueDictionary , CDPL.Chem.AtomDictionary , CDPL.Chem.AtomMapping , CDPL.Chem.BondMapping , CDPL.Chem.Entity3DMapping , CDPL.ConfGen.FragmentLibrary , CDPL.ForceField.MMFF94AngleBendingParameterTable , CDPL.ForceField.MMFF94AromaticAtomTypeDefinitionTable , CDPL.ForceField.MMFF94AtomTypePropertyTable , CDPL.ForceField.MMFF94BondChargeIncrementTable , CDPL.ForceField.MMFF94BondStretchingParameterTable , CDPL.ForceField.MMFF94BondStretchingRuleParameterTable , CDPL.ForceField.MMFF94DefaultStretchBendParameterTable , CDPL.ForceField.MMFF94FormalAtomChargeDefinitionTable , CDPL.ForceField.MMFF94HeavyToHydrogenAtomTypeMap , CDPL.ForceField.MMFF94OutOfPlaneBendingParameterTable , CDPL.ForceField.MMFF94PartialBondChargeIncrementTable , CDPL.ForceField.MMFF94PrimaryToParameterAtomTypeMap , CDPL.ForceField.MMFF94StretchBendParameterTable , CDPL.ForceField.MMFF94SymbolicAtomTypePatternTable , CDPL.ForceField.MMFF94SymbolicToNumericAtomTypeMap , CDPL.ForceField.MMFF94TorsionParameterTable , CDPL.ForceField.MMFF94VanDerWaalsParameterTable , CDPL.ForceField.UFFAtomTypePropertyTable , CDPL.MolProp.ElementHistogram , CDPL.MolProp.MassComposition , CDPL.Pharm.FeatureMapping , CDPL.Pharm.FeatureTypeHistogram , CDPL.Vis.ColorTable
• getEntry() : CDPL.Biomol.ResidueDictionary , CDPL.Chem.AtomDictionary , CDPL.ConfGen.FragmentLibrary , CDPL.ForceField.MMFF94AngleBendingParameterTable , CDPL.ForceField.MMFF94AromaticAtomTypeDefinitionTable , CDPL.ForceField.MMFF94AtomTypePropertyTable , CDPL.ForceField.MMFF94BondChargeIncrementTable , CDPL.ForceField.MMFF94BondStretchingParameterTable , CDPL.ForceField.MMFF94BondStretchingRuleParameterTable , CDPL.ForceField.MMFF94DefaultStretchBendParameterTable , CDPL.ForceField.MMFF94FormalAtomChargeDefinitionTable , CDPL.ForceField.MMFF94HeavyToHydrogenAtomTypeMap , CDPL.ForceField.MMFF94OutOfPlaneBendingParameterTable , CDPL.ForceField.MMFF94PartialBondChargeIncrementTable , CDPL.ForceField.MMFF94PrimaryToParameterAtomTypeMap , CDPL.ForceField.MMFF94StretchBendParameterTable , CDPL.ForceField.MMFF94SymbolicAtomTypePatternTable , CDPL.ForceField.MMFF94SymbolicToNumericAtomTypeMap , CDPL.ForceField.MMFF94TorsionParameterTable , CDPL.ForceField.MMFF94VanDerWaalsParameterTable , CDPL.ForceField.UFFAtomTypePropertyTable
• getEnvironmentAtomDensityGridName() : CDPL.GRAIL.GRAILDataSetGenerator
• getEnvironmentPharmacophore() : CDPL.Pharm.InteractionPharmacophoreGenerator
• getEnvironmentPharmacophoreGenerator() : CDPL.Pharm.InteractionPharmacophoreGenerator
• getExcludedHydrogenMask() : CDPL.ConfGen.DGConstraintGenerator , CDPL.ConfGen.DGStructureGenerator
• getExcludePattern() : CDPL.Chem.FragmentGenerator
• getExponent() : CDPL.ForceField.MMFF94VanDerWaalsParameterTable
• getFactorA() : CDPL.ForceField.MMFF94VanDerWaalsParameterTable.Entry
• getFactorB() : CDPL.ForceField.MMFF94VanDerWaalsParameterTable
• getFactorDAEPS() : CDPL.ForceField.MMFF94VanDerWaalsParameterTable
• getFactorDARAD() : CDPL.ForceField.MMFF94VanDerWaalsParameterTable
• getFactorG() : CDPL.ForceField.MMFF94VanDerWaalsParameterTable.Entry
• getFamily() : CDPL.Vis.Font
• getFeature() : CDPL.Pharm.FeatureContainer , CDPL.Pharm.Pharmacophore
• getFeatureCounts() : CDPL.Pharm.ScreeningDBAccessor
• getFeatureGenerator() : CDPL.Pharm.PharmacophoreGenerator
• getFeatureGeometry() : CDPL.Pharm.AromaticFeatureGenerator , CDPL.Pharm.HydrophobicAtomFeatureGenerator , CDPL.Pharm.HydrophobicFeatureGenerator
• getFeatureGeometryMatchWeight() : CDPL.Pharm.PharmacophoreFitScore
• getFeatureHardness() : CDPL.Shape.GaussianShapeGenerator
• getFeatureIdentifier() : CDPL.Descr.CircularFingerprintGenerator
• getFeatureIndex() : CDPL.Pharm.FeatureContainer , CDPL.Pharm.Pharmacophore
• getFeatureMatchCountWeight() : CDPL.Pharm.PharmacophoreFitScore
• getFeaturePositionMatchWeight() : CDPL.Pharm.PharmacophoreFitScore
• getFeatureRadius() : CDPL.Shape.GaussianShapeGenerator
• getFeatureSelectionPredicate() : CDPL.GRAIL.FeatureInteractionScoreGridCalculator
• getFeatureSubstructure() : CDPL.Descr.CircularFingerprintGenerator
• getFeatureSubstructures() : CDPL.Descr.CircularFingerprintGenerator
• getFeatureTolerance() : CDPL.Pharm.AromaticFeatureGenerator , CDPL.Pharm.HydrophobicAtomFeatureGenerator , CDPL.Pharm.HydrophobicFeatureGenerator
• getFeatureType() : CDPL.Pharm.AromaticFeatureGenerator , CDPL.Pharm.HydrophobicAtomFeatureGenerator , CDPL.Pharm.HydrophobicFeatureGenerator
• getFeatureVector() : CDPL.MolProp.LogSCalculator , CDPL.MolProp.XLogPCalculator
• getFileExtension() : CDPL.Base.DataFormat
• getFileExtensions() : CDPL.Base.DataFormat
• getFillRule() : CDPL.Vis.Path2D
• getFirst() : CDPL.Util.STPair
• getFirstElement() : CDPL.Chem.AtomMatchExpressionList , CDPL.Chem.BondMatchExpressionList , CDPL.Chem.ElectronSystemList , CDPL.Chem.FragmentList , CDPL.Chem.MatchConstraintList , CDPL.Chem.MolecularGraphMatchExpressionList , CDPL.Chem.ReactionMatchExpressionList , CDPL.Chem.StringDataBlock , CDPL.ForceField.ElasticPotentialList , CDPL.ForceField.MMFF94AngleBendingInteractionList , CDPL.ForceField.MMFF94BondStretchingInteractionList , CDPL.ForceField.MMFF94ElectrostaticInteractionList , CDPL.ForceField.MMFF94OutOfPlaneBendingInteractionList , CDPL.ForceField.MMFF94StretchBendInteractionList , CDPL.ForceField.MMFF94TorsionInteractionList , CDPL.ForceField.MMFF94VanDerWaalsInteractionList , CDPL.Grid.DRegularGridSet , CDPL.Grid.FRegularGridSet , CDPL.Math.Vector2DArray , CDPL.Math.Vector2FArray , CDPL.Math.Vector2LArray , CDPL.Math.Vector2ULArray , CDPL.Math.Vector3DArray , CDPL.Math.Vector3FArray , CDPL.Math.Vector3LArray , CDPL.Math.Vector3ULArray , CDPL.Shape.GaussianShapeSet , CDPL.Util.BitSetArray , CDPL.Util.DArray , CDPL.Util.LArray , CDPL.Util.SArray , CDPL.Util.STArray , CDPL.Util.STPairArray , CDPL.Util.UIArray
• getFixedAtomMask() : CDPL.ForceField.MMFF94GradientCalculator
• getFont() : CDPL.Vis.TextLabelPrimitive2D
• getFontMetrics() : CDPL.Vis.ReactionView2D , CDPL.Vis.StructureView2D
• getForceConstant() : CDPL.ForceField.ElasticPotential , CDPL.ForceField.MMFF94AngleBendingInteraction , CDPL.ForceField.MMFF94AngleBendingParameterTable.Entry , CDPL.ForceField.MMFF94BondStretchingInteraction , CDPL.ForceField.MMFF94BondStretchingParameterTable.Entry , CDPL.ForceField.MMFF94BondStretchingRuleParameterTable.Entry , CDPL.ForceField.MMFF94OutOfPlaneBendingInteraction , CDPL.ForceField.MMFF94OutOfPlaneBendingParameterTable.Entry
• getForceFieldType() : CDPL.ConfGen.FragmentConformerGeneratorSettings , CDPL.ConfGen.TorsionDriverSettings
• getForceFieldTypeStochastic() : CDPL.ConfGen.ConformerGeneratorSettings
• getForceFieldTypeSystematic() : CDPL.ConfGen.ConformerGeneratorSettings
• getFormalCharge() : CDPL.ForceField.MMFF94FormalAtomChargeDefinitionTable.Entry
• getFormalChargeAdjustmentFactor() : CDPL.ForceField.MMFF94PartialBondChargeIncrementTable.Entry
• getFormalCharges() : CDPL.ForceField.MMFF94ChargeCalculator
• getFoundMappingCallback() : CDPL.Chem.AutomorphismGroupSearch
• getFragment() : CDPL.Biomol.HierarchyViewChain
• getFragment1Index() : CDPL.Chem.FragmentGenerator.FragmentLink
• getFragment2Index() : CDPL.Chem.FragmentGenerator.FragmentLink
• getFragmentationRule() : CDPL.Chem.FragmentGenerator
• getFragmentBuildSettings() : CDPL.ConfGen.ConformerGeneratorSettings , CDPL.ConfGen.FragmentAssemblerSettings , CDPL.ConfGen.StructureGeneratorSettings
• getFragmentFilterFunction() : CDPL.Chem.FragmentGenerator
• getFragmentLibrary() : CDPL.ConfGen.FragmentLibraryGenerator
• getFragmentLink() : CDPL.Chem.FragmentGenerator
• getFragmentModeForceFieldType() : CDPL.ConfGen.StructureGeneratorSettings
• getFrameworks() : CDPL.Chem.BemisMurckoAnalyzer
• getFunctionDelta() : CDPL.Math.DVectorBFGSMinimizer , CDPL.Math.FVectorBFGSMinimizer , CDPL.Math.Vector2DArrayBFGSMinimizer , CDPL.Math.Vector2FArrayBFGSMinimizer , CDPL.Math.Vector3DArrayBFGSMinimizer , CDPL.Math.Vector3FArrayBFGSMinimizer
• getFunctionValue() : CDPL.Math.DVectorBFGSMinimizer , CDPL.Math.FVectorBFGSMinimizer , CDPL.Math.Vector2DArrayBFGSMinimizer , CDPL.Math.Vector2FArrayBFGSMinimizer , CDPL.Math.Vector3DArrayBFGSMinimizer , CDPL.Math.Vector3FArrayBFGSMinimizer
• getGenerationMode() : CDPL.ConfGen.StructureGeneratorSettings
• getGeometryMatchFunction() : CDPL.Pharm.SpatialFeatureMapping
• getGeometryMatchScore() : CDPL.Pharm.SpatialFeatureMapping
• getGoodnessOfFit() : CDPL.Math.DMLRModel , CDPL.Math.FMLRModel
• getGradientNorm() : CDPL.Math.DVectorBFGSMinimizer , CDPL.Math.FVectorBFGSMinimizer , CDPL.Math.Vector2DArrayBFGSMinimizer , CDPL.Math.Vector2FArrayBFGSMinimizer , CDPL.Math.Vector3DArrayBFGSMinimizer , CDPL.Math.Vector3FArrayBFGSMinimizer
• getGreen() : CDPL.Vis.Color
• getGridName() : CDPL.GRAIL.GRAILDataSetGenerator
• getGridOversize() : CDPL.Chem.SurfaceAtomExtractor
• getGridStepSize() : CDPL.Chem.SurfaceAtomExtractor , CDPL.GRAIL.GRAILDataSetGenerator
• getGridTransform() : CDPL.GRAIL.GRAILDataSetGenerator
• getGridXSize() : CDPL.GRAIL.GRAILDataSetGenerator
• getGridYSize() : CDPL.GRAIL.GRAILDataSetGenerator
• getGridZSize() : CDPL.GRAIL.GRAILDataSetGenerator
• getGroupHydrophobicityThreshold() : CDPL.Pharm.HydrophobicFeatureGenerator
• getHardness() : CDPL.Shape.GaussianShape.Element
• getHashCode() : CDPL.ConfGen.CanonicalFragment , CDPL.ConfGen.FragmentLibraryEntry
• getHDonorAcceptorType() : CDPL.ForceField.MMFF94VanDerWaalsParameterTable.Entry
• getHeader() : CDPL.Chem.StringDataBlockEntry
• getHeight() : CDPL.Vis.CairoBackend.CairoFontMetrics , CDPL.Vis.EllipsePrimitive2D , CDPL.Vis.FontMetrics , CDPL.Vis.QtBackend.QtFontMetrics , CDPL.Vis.Rectangle2D
• getHeteroAtomDistance() : CDPL.ForceField.MMFF94AromaticAtomTypeDefinitionTable.Entry
• getHitAlignmentTransform() : CDPL.Pharm.ScreeningProcessor.SearchHit
• getHitCallback() : CDPL.Pharm.ScreeningProcessor , CDPL.Shape.ScreeningProcessor
• getHitConformationIndex() : CDPL.Pharm.ScreeningProcessor.SearchHit
• getHitMolecule() : CDPL.Pharm.ScreeningProcessor.SearchHit
• getHitMoleculeIndex() : CDPL.Pharm.ScreeningProcessor.SearchHit
• getHitPharmacophore() : CDPL.Pharm.ScreeningProcessor.SearchHit
• getHitPharmacophoreIndex() : CDPL.Pharm.ScreeningProcessor.SearchHit
• getHitProvider() : CDPL.Pharm.ScreeningProcessor.SearchHit
• getHitReportMode() : CDPL.Pharm.ScreeningProcessor
• getHydrogenAtomType() : CDPL.ForceField.MMFF94HeavyToHydrogenAtomTypeMap.Entry
• getHydrogenCountFunction() : CDPL.Chem.CanonicalNumberingCalculator
• getHydrophobicityThreshold() : CDPL.Pharm.HydrophobicAtomFeatureGenerator
• getID() : CDPL.Base.LookupKey , CDPL.Chem.FragmentGenerator.FragmentationRule , CDPL.Chem.MatchConstraint , CDPL.Chem.SubstructureHistogramCalculator.Pattern , CDPL.Chem.TautomerizationRule
• getIJKForceConstant() : CDPL.ForceField.MMFF94DefaultStretchBendParameterTable.Entry , CDPL.ForceField.MMFF94StretchBendInteraction , CDPL.ForceField.MMFF94StretchBendParameterTable.Entry
• getIndex() : CDPL.Chem.Atom , CDPL.Chem.Bond , CDPL.Math.ConstDMatrixColumn , CDPL.Math.ConstDMatrixRow , CDPL.Math.ConstFMatrixColumn , CDPL.Math.ConstFMatrixRow , CDPL.Math.ConstLMatrixColumn , CDPL.Math.ConstLMatrixRow , CDPL.Math.ConstULMatrixColumn , CDPL.Math.ConstULMatrixRow , CDPL.Math.DMatrixColumn , CDPL.Math.DMatrixRow , CDPL.Math.DUnitVector , CDPL.Math.FMatrixColumn , CDPL.Math.FMatrixRow , CDPL.Math.FUnitVector , CDPL.Math.LMatrixColumn , CDPL.Math.LMatrixRow , CDPL.Math.LUnitVector , CDPL.Math.Range , CDPL.Math.Slice , CDPL.Math.ULMatrixColumn , CDPL.Math.ULMatrixRow , CDPL.Math.ULUnitVector , CDPL.Pharm.Feature
• getInputHandler() : CDPL.Chem.MolecularGraphIOManager , CDPL.Chem.MoleculeIOManager , CDPL.Chem.ReactionIOManager , CDPL.Grid.DRegularGridIOManager , CDPL.Grid.DRegularGridSetIOManager , CDPL.Pharm.FeatureContainerIOManager , CDPL.Pharm.PharmacophoreIOManager
• getInputHandlerByFileExtension() : CDPL.Chem.MolecularGraphIOManager , CDPL.Chem.MoleculeIOManager , CDPL.Chem.ReactionIOManager , CDPL.Grid.DRegularGridIOManager , CDPL.Grid.DRegularGridSetIOManager , CDPL.Pharm.FeatureContainerIOManager , CDPL.Pharm.PharmacophoreIOManager
• getInputHandlerByFormat() : CDPL.Chem.MolecularGraphIOManager , CDPL.Chem.MoleculeIOManager , CDPL.Chem.ReactionIOManager , CDPL.Grid.DRegularGridIOManager , CDPL.Grid.DRegularGridSetIOManager , CDPL.Pharm.FeatureContainerIOManager , CDPL.Pharm.PharmacophoreIOManager
• getInputHandlerByMimeType() : CDPL.Chem.MolecularGraphIOManager , CDPL.Chem.MoleculeIOManager , CDPL.Chem.ReactionIOManager , CDPL.Grid.DRegularGridIOManager , CDPL.Grid.DRegularGridSetIOManager , CDPL.Pharm.FeatureContainerIOManager , CDPL.Pharm.PharmacophoreIOManager
• getInputHandlerByName() : CDPL.Chem.MolecularGraphIOManager , CDPL.Chem.MoleculeIOManager , CDPL.Chem.ReactionIOManager , CDPL.Grid.DRegularGridIOManager , CDPL.Grid.DRegularGridSetIOManager , CDPL.Pharm.FeatureContainerIOManager , CDPL.Pharm.PharmacophoreIOManager
• getInputHandlers() : CDPL.Chem.MolecularGraphIOManager , CDPL.Chem.MoleculeIOManager , CDPL.Chem.ReactionIOManager , CDPL.Grid.DRegularGridIOManager , CDPL.Grid.DRegularGridSetIOManager , CDPL.Pharm.FeatureContainerIOManager , CDPL.Pharm.PharmacophoreIOManager
• getInteractionAnalyzer() : CDPL.Pharm.InteractionPharmacophoreGenerator
• getInteractionMapping() : CDPL.Pharm.InteractionPharmacophoreGenerator
• getIntersectionPoint() : CDPL.Vis.Line2D
• getIsotope() : CDPL.Chem.AtomDictionary.Entry
• getIsotopeMasses() : CDPL.Chem.AtomDictionary.Entry
• getIUPACGroup() : CDPL.Chem.AtomDictionary.Entry , CDPL.Chem.AtomDictionary
• getJoinStyle() : CDPL.Vis.Pen
• getKeys() : CDPL.Chem.AtomMapping , CDPL.Chem.BondMapping , CDPL.Chem.Entity3DMapping , CDPL.MolProp.ElementHistogram , CDPL.MolProp.MassComposition , CDPL.Pharm.FeatureMapping , CDPL.Pharm.FeatureTypeHistogram , CDPL.Vis.ColorTable
• getKJIForceConstant() : CDPL.ForceField.MMFF94DefaultStretchBendParameterTable.Entry , CDPL.ForceField.MMFF94StretchBendInteraction , CDPL.ForceField.MMFF94StretchBendParameterTable.Entry
• getLabel() : CDPL.Chem.CIPConfigurationLabeler
• getLastElement() : CDPL.Chem.AtomMatchExpressionList , CDPL.Chem.BondMatchExpressionList , CDPL.Chem.ElectronSystemList , CDPL.Chem.FragmentList , CDPL.Chem.MatchConstraintList , CDPL.Chem.MolecularGraphMatchExpressionList , CDPL.Chem.ReactionMatchExpressionList , CDPL.Chem.StringDataBlock , CDPL.ForceField.ElasticPotentialList , CDPL.ForceField.MMFF94AngleBendingInteractionList , CDPL.ForceField.MMFF94BondStretchingInteractionList , CDPL.ForceField.MMFF94ElectrostaticInteractionList , CDPL.ForceField.MMFF94OutOfPlaneBendingInteractionList , CDPL.ForceField.MMFF94StretchBendInteractionList , CDPL.ForceField.MMFF94TorsionInteractionList , CDPL.ForceField.MMFF94VanDerWaalsInteractionList , CDPL.Grid.DRegularGridSet , CDPL.Grid.FRegularGridSet , CDPL.Math.Vector2DArray , CDPL.Math.Vector2FArray , CDPL.Math.Vector2LArray , CDPL.Math.Vector2ULArray , CDPL.Math.Vector3DArray , CDPL.Math.Vector3FArray , CDPL.Math.Vector3LArray , CDPL.Math.Vector3ULArray , CDPL.Shape.GaussianShapeSet , CDPL.Util.BitSetArray , CDPL.Util.DArray , CDPL.Util.LArray , CDPL.Util.SArray , CDPL.Util.STArray , CDPL.Util.STPairArray , CDPL.Util.UIArray
• getLeading() : CDPL.Vis.CairoBackend.CairoFontMetrics , CDPL.Vis.FontMetrics , CDPL.Vis.QtBackend.QtFontMetrics
• getLearningRateDecrement() : CDPL.Util.DG2DCoordinatesGenerator , CDPL.Util.DG3DCoordinatesGenerator
• getLength() : CDPL.Vis.Line2D
• getLibraryEntryHashCode() : CDPL.ConfGen.FragmentLibraryGenerator
• getLineStyle() : CDPL.Vis.Pen
• getLinkers() : CDPL.Chem.BemisMurckoAnalyzer
• getLocalContainingCell() : CDPL.Math.DRegularSpatialGrid , CDPL.Math.FRegularSpatialGrid
• getLocalCoordinates() : CDPL.Math.DRegularSpatialGrid , CDPL.Math.FRegularSpatialGrid
• getLogMessageCallback() : CDPL.ConfGen.ConformerGenerator , CDPL.ConfGen.FragmentAssembler , CDPL.ConfGen.FragmentConformerGenerator , CDPL.ConfGen.FragmentLibraryGenerator , CDPL.ConfGen.StructureGenerator , CDPL.ConfGen.TorsionDriver
• getLogOutput() : CDPL.Chem.INCHIMolecularGraphWriter , CDPL.Chem.INCHIMoleculeReader
• getLowerBound() : CDPL.Util.DG2DCoordinatesGenerator.DistanceConstraint , CDPL.Util.DG3DCoordinatesGenerator.DistanceConstraint , CDPL.Util.DG3DCoordinatesGenerator.VolumeConstraint
• getMacrocycleRotorBondCountThreshold() : CDPL.ConfGen.ConformerGeneratorSettings , CDPL.ConfGen.FragmentConformerGeneratorSettings , CDPL.ConfGen.StructureGeneratorSettings
• getMacrocycleSettings() : CDPL.ConfGen.FragmentConformerGeneratorSettings
• getMapping() : CDPL.Chem.AutomorphismGroupSearch , CDPL.Chem.CommonConnectedSubstructureSearch , CDPL.Chem.MaxCommonAtomSubstructureSearch , CDPL.Chem.MaxCommonBondSubstructureSearch , CDPL.Chem.ReactionSubstructureSearch , CDPL.Chem.SubstructureSearch
• getMatch() : CDPL.ConfGen.TorsionRuleMatcher
• getMatchPattern() : CDPL.Chem.FragmentGenerator.ExcludePattern , CDPL.Chem.FragmentGenerator.FragmentationRule , CDPL.ConfGen.TorsionCategory , CDPL.ConfGen.TorsionRule
• getMatchPatternString() : CDPL.ConfGen.TorsionCategory , CDPL.ConfGen.TorsionRule
• getMax() : CDPL.Vis.Rectangle2D
• getMaxAcceptorAngle() : CDPL.Pharm.HBondingInteractionConstraint , CDPL.Pharm.HBondingInteractionScore , CDPL.Pharm.XBondingInteractionConstraint , CDPL.Pharm.XBondingInteractionScore
• getMaxAngle() : CDPL.Pharm.CationPiInteractionConstraint , CDPL.Pharm.CationPiInteractionScore , CDPL.Pharm.OrthogonalPiPiInteractionConstraint , CDPL.Pharm.OrthogonalPiPiInteractionScore , CDPL.Pharm.ParallelPiPiInteractionConstraint , CDPL.Pharm.ParallelPiPiInteractionScore
• getMaxAROrientationDeviation() : CDPL.Pharm.FeatureGeometryMatchFunctor
• getMaxAXDistance() : CDPL.Pharm.XBondingInteractionConstraint , CDPL.Pharm.XBondingInteractionScore
• getMaxDistance() : CDPL.Descr.AutoCorrelation2DVectorCalculator , CDPL.Descr.MoleculeAutoCorr2DDescriptorCalculator , CDPL.Pharm.CationPiInteractionConstraint , CDPL.Pharm.CationPiInteractionScore , CDPL.Pharm.FeatureDistanceConstraint , CDPL.Pharm.FeatureDistanceScore
• getMaxHBAInteractionDirAngle() : CDPL.Pharm.FeatureGeometryMatchFunctor
• getMaxHBAOrientationDeviation() : CDPL.Pharm.FeatureGeometryMatchFunctor
• getMaxHBDInteractionDirDeviation() : CDPL.Pharm.FeatureGeometryMatchFunctor
• getMaxHDistance() : CDPL.Pharm.OrthogonalPiPiInteractionConstraint , CDPL.Pharm.OrthogonalPiPiInteractionScore , CDPL.Pharm.ParallelPiPiInteractionConstraint , CDPL.Pharm.ParallelPiPiInteractionScore
• getMaxLength() : CDPL.Pharm.HBondingInteractionConstraint , CDPL.Pharm.HBondingInteractionScore
• getMaxNumGeneratedStructures() : CDPL.Chem.ResonanceStructureGenerator
• getMaxNumMappings() : CDPL.Chem.AutomorphismGroupSearch , CDPL.Chem.CommonConnectedSubstructureSearch , CDPL.Chem.MaxCommonAtomSubstructureSearch , CDPL.Chem.MaxCommonBondSubstructureSearch , CDPL.Chem.ReactionSubstructureSearch , CDPL.Chem.SubstructureSearch
• getMaxNumOmittedFeatures() : CDPL.Pharm.ScreeningProcessor
• getMaxNumOptimizationIterations() : CDPL.Shape.FastGaussianShapeAlignment , CDPL.Shape.GaussianShapeAlignment , CDPL.Shape.GaussianShapeFunctionAlignment , CDPL.Shape.ScreeningSettings
• getMaxNumOutputConformers() : CDPL.ConfGen.ConformerGeneratorSettings , CDPL.ConfGen.FragmentConformerGeneratorSettings.FragmentSettings
• getMaxNumRefinementIterations() : CDPL.ConfGen.ConformerGeneratorSettings , CDPL.ConfGen.FragmentConformerGeneratorSettings , CDPL.ConfGen.StructureGeneratorSettings
• getMaxNumSampledConformers() : CDPL.ConfGen.ConformerGeneratorSettings , CDPL.ConfGen.FragmentConformerGeneratorSettings.FragmentSettings , CDPL.ConfGen.StructureGeneratorSettings
• getMaxNumSymmetryMappings() : CDPL.ConfGen.RMSDConformerSelector
• getMaxOrder() : CDPL.Shape.GaussianShapeAlignment , CDPL.Shape.GaussianShapeFunction
• getMaxPathLength() : CDPL.Descr.PathFingerprintGenerator
• getMaxPoolSize() : CDPL.ConfGen.ConformerGeneratorSettings , CDPL.ConfGen.TorsionDriverSettings
• getMaxRandomTranslation() : CDPL.Shape.FastGaussianShapeAlignment , CDPL.Shape.PrincipalAxesAlignmentStartGenerator
• getMaxRotatableBondCount() : CDPL.ConfGen.ConformerGeneratorSettings
• getMaxSize() : CDPL.Util.BitSet
• getMaxVDistance() : CDPL.Pharm.OrthogonalPiPiInteractionConstraint , CDPL.Pharm.OrthogonalPiPiInteractionScore , CDPL.Pharm.ParallelPiPiInteractionConstraint , CDPL.Pharm.ParallelPiPiInteractionScore
• getMaxXBAInteractionDirDeviation() : CDPL.Pharm.FeatureGeometryMatchFunctor
• getMaxXBDInteractionDirDeviation() : CDPL.Pharm.FeatureGeometryMatchFunctor
• getMessage() : CDPL.Chem.INCHIMolecularGraphWriter , CDPL.Chem.INCHIMoleculeReader
• getMimeType() : CDPL.Base.DataFormat
• getMin() : CDPL.Vis.Rectangle2D
• getMinAHDAngle() : CDPL.Pharm.HBondingInteractionConstraint , CDPL.Pharm.HBondingInteractionScore
• getMinAXBAngle() : CDPL.Pharm.XBondingInteractionConstraint , CDPL.Pharm.XBondingInteractionScore
• getMinAXDistance() : CDPL.Pharm.XBondingInteractionConstraint , CDPL.Pharm.XBondingInteractionScore
• getMinDistance() : CDPL.Pharm.CationPiInteractionConstraint , CDPL.Pharm.CationPiInteractionScore , CDPL.Pharm.FeatureDistanceConstraint , CDPL.Pharm.FeatureDistanceScore
• getMinHDistance() : CDPL.Pharm.OrthogonalPiPiInteractionConstraint , CDPL.Pharm.OrthogonalPiPiInteractionScore
• getMinLength() : CDPL.Pharm.HBondingInteractionConstraint , CDPL.Pharm.HBondingInteractionScore
• getMinNumSampledConformers() : CDPL.ConfGen.FragmentConformerGeneratorSettings.FragmentSettings
• getMinPathLength() : CDPL.Descr.PathFingerprintGenerator
• getMinRingSize() : CDPL.Chem.StereoisomerGenerator
• getMinRMSD() : CDPL.ConfGen.ConformerGeneratorSettings , CDPL.ConfGen.FragmentConformerGeneratorSettings.FragmentSettings , CDPL.ConfGen.RMSDConformerSelector
• getMinSubstructureSize() : CDPL.Chem.CommonConnectedSubstructureSearch , CDPL.Chem.MaxCommonAtomSubstructureSearch , CDPL.Chem.MaxCommonBondSubstructureSearch
• getMinSurfaceAccessibility() : CDPL.Chem.SurfaceAtomExtractor
• getMinTopologicalMappingSize() : CDPL.Chem.SpatialAtomAlignment , CDPL.Chem.SpatialEntity3DAlignment , CDPL.Pharm.SpatialFeatureAlignment
• getMinVDistance() : CDPL.Pharm.ParallelPiPiInteractionConstraint , CDPL.Pharm.ParallelPiPiInteractionScore
• getMinVdWSurfaceDistance() : CDPL.GRAIL.BuriednessGridCalculator , CDPL.GRAIL.BuriednessScore
• getMode() : CDPL.Chem.TautomerGenerator , CDPL.Descr.MoleculeAutoCorr2DDescriptorCalculator , CDPL.Pharm.ScreeningDBCreator
• getModel() : CDPL.Biomol.HierarchyView
• getModelBounds() : CDPL.Vis.View2D
• getModelByNumber() : CDPL.Biomol.HierarchyView
• getMolecule() : CDPL.Chem.Atom , CDPL.Chem.Bond , CDPL.Pharm.ScreeningDBAccessor
• getMoleculeIndex() : CDPL.Pharm.ScreeningDBAccessor
• getMostAbundantIsotope() : CDPL.Chem.AtomDictionary.Entry , CDPL.Chem.AtomDictionary
• getMultiBondDesignator() : CDPL.ForceField.MMFF94AtomTypePropertyTable.Entry
• getName() : CDPL.Base.DataFormat , CDPL.Base.LookupKey , CDPL.Biomol.ResidueDictionary.Entry , CDPL.Biomol.ResidueDictionary , CDPL.Chem.AtomDictionary.Entry , CDPL.Chem.AtomDictionary , CDPL.ConfGen.TorsionCategory
• getNeighbor() : CDPL.Chem.Bond
• getNitrogenEnumerationMode() : CDPL.ConfGen.ConformerGeneratorSettings , CDPL.ConfGen.FragmentAssemblerSettings
• getNumAngles() : CDPL.ConfGen.TorsionRule
• getNumAtoms() : CDPL.Chem.Atom , CDPL.Chem.AtomContainer , CDPL.Chem.Bond , CDPL.Chem.MolecularGraph , CDPL.Chem.Molecule , CDPL.ConfGen.FragmentLibraryEntry
• getNumAtomStereoCenters() : CDPL.ConfGen.DGConstraintGenerator , CDPL.ConfGen.DGStructureGenerator
• getNumBits() : CDPL.Descr.PathFingerprintGenerator
• getNumBonds() : CDPL.Chem.Atom , CDPL.Chem.BondContainer , CDPL.Chem.MolecularGraph , CDPL.Chem.Molecule
• getNumBondStereoCenters() : CDPL.ConfGen.DGConstraintGenerator , CDPL.ConfGen.DGStructureGenerator
• getNumCategories() : CDPL.ConfGen.TorsionCategory
• getNumChains() : CDPL.Biomol.HierarchyViewModel
• getNumComponents() : CDPL.Chem.Reaction
• getNumConformers() : CDPL.ConfGen.ConformerGenerator , CDPL.ConfGen.FragmentAssembler , CDPL.ConfGen.FragmentConformerGenerator , CDPL.ConfGen.FragmentLibraryEntry , CDPL.ConfGen.TorsionDriver
• getNumCycles() : CDPL.Util.DG2DCoordinatesGenerator , CDPL.Util.DG3DCoordinatesGenerator
• getNumDeleted() : CDPL.Pharm.ScreeningDBCreator
• getNumDistanceConstraints() : CDPL.Util.DG2DCoordinatesGenerator , CDPL.Util.DG3DCoordinatesGenerator
• getNumElectrons() : CDPL.Chem.ElectronSystem
• getNumElements() : CDPL.Grid.AttributedGrid , CDPL.Grid.DSpatialGrid , CDPL.Grid.FSpatialGrid , CDPL.Math.SparseDMatrix , CDPL.Math.SparseDVector , CDPL.Math.SparseFMatrix , CDPL.Math.SparseFVector , CDPL.Math.SparseLMatrix , CDPL.Math.SparseLVector , CDPL.Math.SparseULMatrix , CDPL.Math.SparseULVector , CDPL.Shape.GaussianShape
• getNumEntities() : CDPL.Chem.Atom , CDPL.Chem.AtomContainer , CDPL.Chem.Bond , CDPL.Chem.Entity3DContainer , CDPL.Chem.MolecularGraph , CDPL.Chem.Molecule , CDPL.Chem.SpatialAtomAlignment , CDPL.Chem.SpatialEntity3DAlignment , CDPL.Chem.TopologicalAtomAlignment , CDPL.Chem.TopologicalEntity3DAlignment , CDPL.Pharm.FeatureContainer , CDPL.Pharm.Pharmacophore , CDPL.Pharm.SpatialFeatureAlignment , CDPL.Pharm.TopologicalFeatureAlignment
• getNumEntries() : CDPL.Biomol.ResidueDictionary , CDPL.Chem.AtomDictionary , CDPL.Chem.AtomMapping , CDPL.Chem.BondMapping , CDPL.Chem.Entity3DMapping , CDPL.ConfGen.FragmentLibrary , CDPL.ForceField.MMFF94AngleBendingParameterTable , CDPL.ForceField.MMFF94AromaticAtomTypeDefinitionTable , CDPL.ForceField.MMFF94AtomTypePropertyTable , CDPL.ForceField.MMFF94BondChargeIncrementTable , CDPL.ForceField.MMFF94BondStretchingParameterTable , CDPL.ForceField.MMFF94BondStretchingRuleParameterTable , CDPL.ForceField.MMFF94DefaultStretchBendParameterTable , CDPL.ForceField.MMFF94FormalAtomChargeDefinitionTable , CDPL.ForceField.MMFF94HeavyToHydrogenAtomTypeMap , CDPL.ForceField.MMFF94OutOfPlaneBendingParameterTable , CDPL.ForceField.MMFF94PartialBondChargeIncrementTable , CDPL.ForceField.MMFF94PrimaryToParameterAtomTypeMap , CDPL.ForceField.MMFF94StretchBendParameterTable , CDPL.ForceField.MMFF94SymbolicAtomTypePatternTable , CDPL.ForceField.MMFF94SymbolicToNumericAtomTypeMap , CDPL.ForceField.MMFF94TorsionParameterTable , CDPL.ForceField.MMFF94VanDerWaalsParameterTable , CDPL.ForceField.UFFAtomTypePropertyTable , CDPL.Pharm.FeatureMapping
• getNumericType() : CDPL.ForceField.MMFF94SymbolicToNumericAtomTypeMap.Entry
• getNumExcludePatterns() : CDPL.Chem.FragmentGenerator
• getNumFeatures() : CDPL.Descr.CircularFingerprintGenerator , CDPL.Pharm.FeatureContainer , CDPL.Pharm.Pharmacophore
• getNumFileExtensions() : CDPL.Base.DataFormat
• getNumFragmentationRules() : CDPL.Chem.FragmentGenerator
• getNumFragmentLinks() : CDPL.Chem.FragmentGenerator
• getNumFragments() : CDPL.Biomol.HierarchyViewChain
• getNumGeneratedConformers() : CDPL.ConfGen.FragmentLibraryGenerator
• getNumInputHandlers() : CDPL.Chem.MolecularGraphIOManager , CDPL.Chem.MoleculeIOManager , CDPL.Chem.ReactionIOManager , CDPL.Grid.DRegularGridIOManager , CDPL.Grid.DRegularGridSetIOManager , CDPL.Pharm.FeatureContainerIOManager , CDPL.Pharm.PharmacophoreIOManager
• getNumInserted() : CDPL.Pharm.ScreeningDBCreator
• getNumIterations() : CDPL.Descr.CircularFingerprintGenerator , CDPL.Math.DVectorBFGSMinimizer , CDPL.Math.FVectorBFGSMinimizer , CDPL.Math.Vector2DArrayBFGSMinimizer , CDPL.Math.Vector2FArrayBFGSMinimizer , CDPL.Math.Vector3DArrayBFGSMinimizer , CDPL.Math.Vector3FArrayBFGSMinimizer , CDPL.MolProp.PEOESigmaChargeCalculator
• getNumMappings() : CDPL.Chem.AutomorphismGroupSearch , CDPL.Chem.CommonConnectedSubstructureSearch , CDPL.Chem.MaxCommonAtomSubstructureSearch , CDPL.Chem.MaxCommonBondSubstructureSearch , CDPL.Chem.ReactionSubstructureSearch , CDPL.Chem.SubstructureSearch
• getNumMatches() : CDPL.ConfGen.TorsionRuleMatcher
• getNumModels() : CDPL.Biomol.HierarchyView
• getNumMolecules() : CDPL.Pharm.ScreeningDBAccessor
• getNumNeighbors() : CDPL.ForceField.MMFF94AtomTypePropertyTable.Entry
• getNumOutputHandlers() : CDPL.Chem.MolecularGraphIOManager , CDPL.Chem.MoleculeIOManager , CDPL.Chem.ReactionIOManager , CDPL.Grid.DRegularGridIOManager , CDPL.Grid.DRegularGridSetIOManager , CDPL.Pharm.FeatureContainerIOManager , CDPL.Pharm.PharmacophoreIOManager
• getNumParameters() : CDPL.Base.ControlParameterContainer
• getNumPatterns() : CDPL.Chem.PatternAtomTyper , CDPL.Chem.SubstructureHistogramCalculator
• getNumPharmacophores() : CDPL.Pharm.ScreeningDBAccessor
• getNumProcessed() : CDPL.Pharm.ScreeningDBCreator
• getNumProperties() : CDPL.Base.PropertyContainer
• getNumRandomStarts() : CDPL.Shape.FastGaussianShapeAlignment , CDPL.Shape.PrincipalAxesAlignmentStartGenerator , CDPL.Shape.ScreeningSettings
• getNumReactionSites() : CDPL.Chem.Reactor
• getNumReaders() : CDPL.Chem.CompoundMoleculeReader , CDPL.Chem.CompoundReactionReader , CDPL.Grid.CompoundDRegularGridReader , CDPL.Grid.CompoundDRegularGridSetReader , CDPL.Pharm.CompoundPharmacophoreReader
• getNumRecords() : CDPL.Biomol.PDBData , CDPL.Chem.MoleculeReaderBase , CDPL.Chem.ReactionReaderBase , CDPL.Grid.DRegularGridReaderBase , CDPL.Grid.DRegularGridSetReaderBase , CDPL.Pharm.PharmacophoreReaderBase
• getNumReferenceAtoms() : CDPL.Chem.StereoDescriptor
• getNumReferenceShapes() : CDPL.Shape.FastGaussianShapeAlignment , CDPL.Shape.GaussianShapeAlignment
• getNumRejected() : CDPL.Pharm.ScreeningDBCreator
• getNumResults() : CDPL.Shape.FastGaussianShapeAlignment , CDPL.Shape.GaussianShapeAlignment , CDPL.Shape.GaussianShapeFunctionAlignment
• getNumRules() : CDPL.ConfGen.TorsionCategory
• getNumStartSubTransforms() : CDPL.Shape.GaussianShapeAlignmentStartGenerator
• getNumStartTransforms() : CDPL.Shape.GaussianShapeAlignmentStartGenerator
• getNumSteps() : CDPL.Descr.AtomAutoCorrelation3DVectorCalculator , CDPL.Descr.AtomRDFCodeCalculator , CDPL.Descr.FeatureAutoCorrelation3DVectorCalculator , CDPL.Descr.FeatureRDFCodeCalculator , CDPL.Descr.MoleculeAutoCorr3DDescriptorCalculator , CDPL.Descr.MoleculeRDFDescriptorCalculator , CDPL.Descr.PharmacophoreAutoCorr3DDescriptorCalculator , CDPL.Descr.PharmacophoreRDFDescriptorCalculator
• getNumStructures() : CDPL.Chem.ResonanceStructureGenerator
• getNumSymmetryMappings() : CDPL.ConfGen.RMSDConformerSelector
• getNumTautomerizationRules() : CDPL.Chem.TautomerGenerator
• getNumTestPoints() : CDPL.Chem.SurfaceAtomExtractor
• getNumTestRays() : CDPL.GRAIL.BuriednessGridCalculator , CDPL.GRAIL.BuriednessScore
• getNumValenceElectrons() : CDPL.Chem.AtomDictionary
• getNumVolumeConstraints() : CDPL.Util.DG3DCoordinatesGenerator
• getObjectID() : CDPL.Base.ControlParameterContainer , CDPL.Base.DataFormat , CDPL.Base.IStream , CDPL.Base.LookupKey , CDPL.Base.OStream , CDPL.Base.PropertyContainer , CDPL.Biomol.HierarchyView , CDPL.Biomol.PDBData , CDPL.Biomol.ResidueDictionary.Entry , CDPL.Biomol.ResidueDictionary , CDPL.Chem.Atom2DCoordinatesCalculator , CDPL.Chem.Atom3DCoordinatesFunctor , CDPL.Chem.AtomArray3DCoordinatesFunctor , CDPL.Chem.AtomBondMapping , CDPL.Chem.AtomConformer3DCoordinatesFunctor , CDPL.Chem.AtomDictionary.Entry , CDPL.Chem.AtomDictionary , CDPL.Chem.AtomMapping , CDPL.Chem.AtomMatchExpression , CDPL.Chem.AtomMatchExpressionList , CDPL.Chem.AutomorphismGroupSearch , CDPL.Chem.BondContainer , CDPL.Chem.BondMapping , CDPL.Chem.BondMatchExpression , CDPL.Chem.BondMatchExpressionList , CDPL.Chem.BondOrderCalculator , CDPL.Chem.BondStereoFlagCalculator , CDPL.Chem.CanonicalNumberingCalculator , CDPL.Chem.ChEMBLStandardizer , CDPL.Chem.CIPConfigurationLabeler , CDPL.Chem.CIPPriorityCalculator , CDPL.Chem.CommonConnectedSubstructureSearch , CDPL.Chem.ElectronSystem , CDPL.Chem.ElectronSystemList , CDPL.Chem.Entity3DContainer , CDPL.Chem.Entity3DMapping , CDPL.Chem.FragmentGenerator.ExcludePattern , CDPL.Chem.FragmentGenerator.FragmentationRule , CDPL.Chem.FragmentGenerator.FragmentLink , CDPL.Chem.FragmentGenerator , CDPL.Chem.FragmentList , CDPL.Chem.HashCodeCalculator , CDPL.Chem.Hydrogen3DCoordinatesCalculator , CDPL.Chem.KekuleStructureCalculator , CDPL.Chem.MatchConstraintList , CDPL.Chem.MaxCommonAtomSubstructureSearch , CDPL.Chem.MaxCommonBondSubstructureSearch , CDPL.Chem.MolecularGraphInputHandler , CDPL.Chem.MolecularGraphMatchExpression , CDPL.Chem.MolecularGraphMatchExpressionList , CDPL.Chem.MolecularGraphOutputHandler , CDPL.Chem.MoleculeInputHandler , CDPL.Chem.MoleculeOutputHandler , CDPL.Chem.MorganNumberingCalculator , CDPL.Chem.MultiConfMoleculeInputProcessor , CDPL.Chem.PatternAtomTyper , CDPL.Chem.PatternAtomTyper.Pattern , CDPL.Chem.PatternBasedTautomerizationRule.BondOrderChange , CDPL.Chem.PatternBasedTautomerizationRule , CDPL.Chem.ProtonationStateStandardizer , CDPL.Chem.ReactionInputHandler , CDPL.Chem.ReactionMatchExpression , CDPL.Chem.ReactionMatchExpressionList , CDPL.Chem.ReactionOutputHandler , CDPL.Chem.ReactionSubstructureSearch , CDPL.Chem.Reactor , CDPL.Chem.ResonanceStructureGenerator , CDPL.Chem.ResonanceStructureGenerator.StructureData , CDPL.Chem.SpatialAtomAlignment , CDPL.Chem.SpatialEntity3DAlignment , CDPL.Chem.StereoDescriptor , CDPL.Chem.StereoisomerGenerator , CDPL.Chem.StereoisomerGenerator.StereoDescriptorArray , CDPL.Chem.StringDataBlock , CDPL.Chem.StringDataBlockEntry , CDPL.Chem.SubstructureHistogramCalculator , CDPL.Chem.SubstructureHistogramCalculator.Pattern , CDPL.Chem.SubstructureSearch , CDPL.Chem.SurfaceAtomExtractor , CDPL.Chem.SymmetryClassCalculator , CDPL.Chem.TautomerGenerator , CDPL.Chem.TautomerizationRule , CDPL.Chem.TautomerScore , CDPL.Chem.TopologicalAtomAlignment , CDPL.Chem.TopologicalEntity3DAlignment , CDPL.ConfGen.CanonicalFragment , CDPL.ConfGen.ConformerGenerator , CDPL.ConfGen.ConformerGeneratorSettings , CDPL.ConfGen.DGConstraintGenerator , CDPL.ConfGen.DGConstraintGenerator.StereoCenterData , CDPL.ConfGen.DGConstraintGeneratorSettings , CDPL.ConfGen.DGStructureGenerator , CDPL.ConfGen.FragmentAssembler , CDPL.ConfGen.FragmentAssemblerSettings , CDPL.ConfGen.FragmentConformerGenerator , CDPL.ConfGen.FragmentConformerGeneratorSettings.FragmentSettings , CDPL.ConfGen.FragmentConformerGeneratorSettings , CDPL.ConfGen.FragmentLibrary , CDPL.ConfGen.FragmentLibraryEntry , CDPL.ConfGen.FragmentLibraryGenerator , CDPL.ConfGen.RMSDConformerSelector , CDPL.ConfGen.StructureGenerator , CDPL.ConfGen.StructureGeneratorSettings , CDPL.ConfGen.TorsionCategory.CategorySequence , CDPL.ConfGen.TorsionCategory , CDPL.ConfGen.TorsionCategory.RuleSequence , CDPL.ConfGen.TorsionDriver , CDPL.ConfGen.TorsionDriverSettings , CDPL.ConfGen.TorsionRule.AngleEntry , CDPL.ConfGen.TorsionRule , CDPL.ConfGen.TorsionRuleMatch , CDPL.ConfGen.TorsionRuleMatcher , CDPL.Descr.AtomAutoCorrelation3DVectorCalculator , CDPL.Descr.AtomRDFCodeCalculator , CDPL.Descr.AutoCorrelation2DVectorCalculator , CDPL.Descr.BCUTDescriptorCalculator , CDPL.Descr.BurdenMatrixGenerator , CDPL.Descr.CircularFingerprintGenerator , CDPL.Descr.FeatureAutoCorrelation3DVectorCalculator , CDPL.Descr.FeatureRDFCodeCalculator , CDPL.Descr.MolecularComplexityCalculator , CDPL.Descr.MoleculeAutoCorr2DDescriptorCalculator , CDPL.Descr.MoleculeAutoCorr3DDescriptorCalculator , CDPL.Descr.MoleculeRDFDescriptorCalculator , CDPL.Descr.PathFingerprintGenerator , CDPL.Descr.PharmacophoreAutoCorr3DDescriptorCalculator , CDPL.Descr.PharmacophoreRDFDescriptorCalculator , CDPL.ForceField.ElasticPotential , CDPL.ForceField.ElasticPotentialList , CDPL.ForceField.MMFF94AngleBendingInteraction , CDPL.ForceField.MMFF94AngleBendingInteractionList , CDPL.ForceField.MMFF94AngleBendingInteractionParameterizer , CDPL.ForceField.MMFF94AngleBendingParameterTable.Entry , CDPL.ForceField.MMFF94AngleBendingParameterTable , CDPL.ForceField.MMFF94AromaticAtomTypeDefinitionTable.Entry , CDPL.ForceField.MMFF94AromaticAtomTypeDefinitionTable , CDPL.ForceField.MMFF94AtomTypePropertyTable.Entry , CDPL.ForceField.MMFF94AtomTypePropertyTable , CDPL.ForceField.MMFF94AtomTyper , CDPL.ForceField.MMFF94BondChargeIncrementTable.Entry , CDPL.ForceField.MMFF94BondChargeIncrementTable , CDPL.ForceField.MMFF94BondStretchingInteraction , CDPL.ForceField.MMFF94BondStretchingInteractionList , CDPL.ForceField.MMFF94BondStretchingInteractionParameterizer , CDPL.ForceField.MMFF94BondStretchingParameterTable.Entry , CDPL.ForceField.MMFF94BondStretchingParameterTable , CDPL.ForceField.MMFF94BondStretchingRuleParameterTable.Entry , CDPL.ForceField.MMFF94BondStretchingRuleParameterTable , CDPL.ForceField.MMFF94BondTyper , CDPL.ForceField.MMFF94ChargeCalculator , CDPL.ForceField.MMFF94DefaultStretchBendParameterTable.Entry , CDPL.ForceField.MMFF94DefaultStretchBendParameterTable , CDPL.ForceField.MMFF94ElectrostaticInteraction , CDPL.ForceField.MMFF94ElectrostaticInteractionList , CDPL.ForceField.MMFF94ElectrostaticInteractionParameterizer , CDPL.ForceField.MMFF94EnergyCalculator , CDPL.ForceField.MMFF94FormalAtomChargeDefinitionTable.Entry , CDPL.ForceField.MMFF94FormalAtomChargeDefinitionTable , CDPL.ForceField.MMFF94GradientCalculator , CDPL.ForceField.MMFF94HeavyToHydrogenAtomTypeMap.Entry , CDPL.ForceField.MMFF94HeavyToHydrogenAtomTypeMap , CDPL.ForceField.MMFF94InteractionData , CDPL.ForceField.MMFF94InteractionParameterizer , CDPL.ForceField.MMFF94OutOfPlaneBendingInteraction , CDPL.ForceField.MMFF94OutOfPlaneBendingInteractionList , CDPL.ForceField.MMFF94OutOfPlaneBendingInteractionParameterizer , CDPL.ForceField.MMFF94OutOfPlaneBendingParameterTable.Entry , CDPL.ForceField.MMFF94OutOfPlaneBendingParameterTable , CDPL.ForceField.MMFF94PartialBondChargeIncrementTable.Entry , CDPL.ForceField.MMFF94PartialBondChargeIncrementTable , CDPL.ForceField.MMFF94PrimaryToParameterAtomTypeMap.Entry , CDPL.ForceField.MMFF94PrimaryToParameterAtomTypeMap , CDPL.ForceField.MMFF94StretchBendInteraction , CDPL.ForceField.MMFF94StretchBendInteractionList , CDPL.ForceField.MMFF94StretchBendInteractionParameterizer , CDPL.ForceField.MMFF94StretchBendParameterTable.Entry , CDPL.ForceField.MMFF94StretchBendParameterTable , CDPL.ForceField.MMFF94SymbolicAtomTypePatternTable.Entry , CDPL.ForceField.MMFF94SymbolicAtomTypePatternTable , CDPL.ForceField.MMFF94SymbolicToNumericAtomTypeMap.Entry , CDPL.ForceField.MMFF94SymbolicToNumericAtomTypeMap , CDPL.ForceField.MMFF94TorsionInteraction , CDPL.ForceField.MMFF94TorsionInteractionList , CDPL.ForceField.MMFF94TorsionInteractionParameterizer , CDPL.ForceField.MMFF94TorsionParameterTable.Entry , CDPL.ForceField.MMFF94TorsionParameterTable , CDPL.ForceField.MMFF94VanDerWaalsInteraction , CDPL.ForceField.MMFF94VanDerWaalsInteractionList , CDPL.ForceField.MMFF94VanDerWaalsInteractionParameterizer , CDPL.ForceField.MMFF94VanDerWaalsParameterTable.Entry , CDPL.ForceField.MMFF94VanDerWaalsParameterTable , CDPL.ForceField.UFFAtomTypePropertyTable.Entry , CDPL.ForceField.UFFAtomTypePropertyTable , CDPL.GRAIL.AtomDensityGridCalculator , CDPL.GRAIL.BindingAffinityCalculator , CDPL.GRAIL.BuriednessGridCalculator , CDPL.GRAIL.BuriednessScore , CDPL.GRAIL.FeatureInteractionScoreGridCalculator , CDPL.GRAIL.GeneralizedBellAtomDensity , CDPL.GRAIL.GRAILDataSetGenerator , CDPL.GRAIL.GRAILDescriptorCalculator , CDPL.GRAIL.GRAILXDescriptorCalculator , CDPL.Grid.DRegularGridInputHandler , CDPL.Grid.DRegularGridOutputHandler , CDPL.Grid.DRegularGridSet , CDPL.Grid.DRegularGridSetInputHandler , CDPL.Grid.DRegularGridSetOutputHandler , CDPL.Grid.FRegularGridSet , CDPL.Math.ConstDGridExpression , CDPL.Math.ConstDHomogenousCoordsAdapter , CDPL.Math.ConstDMatrixColumn , CDPL.Math.ConstDMatrixExpression , CDPL.Math.ConstDMatrixRange , CDPL.Math.ConstDMatrixRow , CDPL.Math.ConstDMatrixSlice , CDPL.Math.ConstDMatrixTranspose , CDPL.Math.ConstDQuaternionExpression , CDPL.Math.ConstDQuaternionVectorAdapter , CDPL.Math.ConstDVectorExpression , CDPL.Math.ConstDVectorQuaternionAdapter , CDPL.Math.ConstDVectorRange , CDPL.Math.ConstDVectorSlice , CDPL.Math.ConstFGridExpression , CDPL.Math.ConstFHomogenousCoordsAdapter , CDPL.Math.ConstFMatrixColumn , CDPL.Math.ConstFMatrixExpression , CDPL.Math.ConstFMatrixRange , CDPL.Math.ConstFMatrixRow , CDPL.Math.ConstFMatrixSlice , CDPL.Math.ConstFMatrixTranspose , CDPL.Math.ConstFQuaternionExpression , CDPL.Math.ConstFQuaternionVectorAdapter , CDPL.Math.ConstFVectorExpression , CDPL.Math.ConstFVectorQuaternionAdapter , CDPL.Math.ConstFVectorRange , CDPL.Math.ConstFVectorSlice , CDPL.Math.ConstLHomogenousCoordsAdapter , CDPL.Math.ConstLMatrixColumn , CDPL.Math.ConstLMatrixExpression , CDPL.Math.ConstLMatrixRange , CDPL.Math.ConstLMatrixRow , CDPL.Math.ConstLMatrixSlice , CDPL.Math.ConstLMatrixTranspose , CDPL.Math.ConstLowerTriangularDMatrixAdapter , CDPL.Math.ConstLowerTriangularFMatrixAdapter , CDPL.Math.ConstLowerTriangularLMatrixAdapter , CDPL.Math.ConstLowerTriangularULMatrixAdapter , CDPL.Math.ConstLQuaternionExpression , CDPL.Math.ConstLQuaternionVectorAdapter , CDPL.Math.ConstLVectorExpression , CDPL.Math.ConstLVectorQuaternionAdapter , CDPL.Math.ConstLVectorRange , CDPL.Math.ConstLVectorSlice , CDPL.Math.ConstULHomogenousCoordsAdapter , CDPL.Math.ConstULMatrixColumn , CDPL.Math.ConstULMatrixExpression , CDPL.Math.ConstULMatrixRange , CDPL.Math.ConstULMatrixRow , CDPL.Math.ConstULMatrixSlice , CDPL.Math.ConstULMatrixTranspose , CDPL.Math.ConstULQuaternionExpression , CDPL.Math.ConstULQuaternionVectorAdapter , CDPL.Math.ConstULVectorExpression , CDPL.Math.ConstULVectorQuaternionAdapter , CDPL.Math.ConstULVectorRange , CDPL.Math.ConstULVectorSlice , CDPL.Math.ConstUnitLowerTriangularDMatrixAdapter , CDPL.Math.ConstUnitLowerTriangularFMatrixAdapter , CDPL.Math.ConstUnitLowerTriangularLMatrixAdapter , CDPL.Math.ConstUnitLowerTriangularULMatrixAdapter , CDPL.Math.ConstUnitUpperTriangularDMatrixAdapter , CDPL.Math.ConstUnitUpperTriangularFMatrixAdapter , CDPL.Math.ConstUnitUpperTriangularLMatrixAdapter , CDPL.Math.ConstUnitUpperTriangularULMatrixAdapter , CDPL.Math.ConstUpperTriangularDMatrixAdapter , CDPL.Math.ConstUpperTriangularFMatrixAdapter , CDPL.Math.ConstUpperTriangularLMatrixAdapter , CDPL.Math.ConstUpperTriangularULMatrixAdapter , CDPL.Math.DGrid , CDPL.Math.DHomogenousCoordsAdapter , CDPL.Math.DIdentityMatrix , CDPL.Math.DKabschAlgorithm , CDPL.Math.DMatrix , CDPL.Math.DMatrixColumn , CDPL.Math.DMatrixRange , CDPL.Math.DMatrixRow , CDPL.Math.DMatrixSlice , CDPL.Math.DMatrixTranspose , CDPL.Math.DMLRModel , CDPL.Math.DQuaternion , CDPL.Math.DQuaternionVectorAdapter , CDPL.Math.DRealQuaternion , CDPL.Math.DRegularSpatialGrid , CDPL.Math.DRotationMatrix , CDPL.Math.DScalarGrid , CDPL.Math.DScalarMatrix , CDPL.Math.DScalarVector , CDPL.Math.DScalingMatrix , CDPL.Math.DTranslationMatrix , CDPL.Math.DUnitVector , CDPL.Math.DVector , CDPL.Math.DVectorBFGSMinimizer , CDPL.Math.DVectorQuaternionAdapter , CDPL.Math.DVectorRange , CDPL.Math.DVectorSlice , CDPL.Math.DZeroGrid , CDPL.Math.DZeroMatrix , CDPL.Math.DZeroVector , CDPL.Math.FGrid , CDPL.Math.FHomogenousCoordsAdapter , CDPL.Math.FIdentityMatrix , CDPL.Math.FKabschAlgorithm , CDPL.Math.FMatrix , CDPL.Math.FMatrixColumn , CDPL.Math.FMatrixRange , CDPL.Math.FMatrixRow , CDPL.Math.FMatrixSlice , CDPL.Math.FMatrixTranspose , CDPL.Math.FMLRModel , CDPL.Math.FQuaternion , CDPL.Math.FQuaternionVectorAdapter , CDPL.Math.FRealQuaternion , CDPL.Math.FRegularSpatialGrid , CDPL.Math.FRotationMatrix , CDPL.Math.FScalarGrid , CDPL.Math.FScalarMatrix , CDPL.Math.FScalarVector , CDPL.Math.FScalingMatrix , CDPL.Math.FTranslationMatrix , CDPL.Math.FUnitVector , CDPL.Math.FVector , CDPL.Math.FVectorBFGSMinimizer , CDPL.Math.FVectorQuaternionAdapter , CDPL.Math.FVectorRange , CDPL.Math.FVectorSlice , CDPL.Math.FZeroGrid , CDPL.Math.FZeroMatrix , CDPL.Math.FZeroVector , CDPL.Math.LHomogenousCoordsAdapter , CDPL.Math.LIdentityMatrix , CDPL.Math.LMatrix , CDPL.Math.LMatrixColumn , CDPL.Math.LMatrixRange , CDPL.Math.LMatrixRow , CDPL.Math.LMatrixSlice , CDPL.Math.LMatrixTranspose , CDPL.Math.LQuaternion , CDPL.Math.LQuaternionVectorAdapter , CDPL.Math.LRealQuaternion , CDPL.Math.LRotationMatrix , CDPL.Math.LScalarMatrix , CDPL.Math.LScalarVector , CDPL.Math.LScalingMatrix , CDPL.Math.LTranslationMatrix , CDPL.Math.LUnitVector , CDPL.Math.LVector , CDPL.Math.LVectorQuaternionAdapter , CDPL.Math.LVectorRange , CDPL.Math.LVectorSlice , CDPL.Math.LZeroMatrix , CDPL.Math.LZeroVector , CDPL.Math.Matrix2D , CDPL.Math.Matrix2F , CDPL.Math.Matrix2L , CDPL.Math.Matrix2UL , CDPL.Math.Matrix3D , CDPL.Math.Matrix3F , CDPL.Math.Matrix3L , CDPL.Math.Matrix3UL , CDPL.Math.Matrix4D , CDPL.Math.Matrix4F , CDPL.Math.Matrix4L , CDPL.Math.Matrix4UL , CDPL.Math.Range , CDPL.Math.Slice , CDPL.Math.SparseDMatrix , CDPL.Math.SparseDVector , CDPL.Math.SparseFMatrix , CDPL.Math.SparseFVector , CDPL.Math.SparseLMatrix , CDPL.Math.SparseLVector , CDPL.Math.SparseULMatrix , CDPL.Math.SparseULVector , CDPL.Math.ULHomogenousCoordsAdapter , CDPL.Math.ULIdentityMatrix , CDPL.Math.ULMatrix , CDPL.Math.ULMatrixColumn , CDPL.Math.ULMatrixRange , CDPL.Math.ULMatrixRow , CDPL.Math.ULMatrixSlice , CDPL.Math.ULMatrixTranspose , CDPL.Math.ULQuaternion , CDPL.Math.ULQuaternionVectorAdapter , CDPL.Math.ULRealQuaternion , CDPL.Math.ULRotationMatrix , CDPL.Math.ULScalarMatrix , CDPL.Math.ULScalarVector , CDPL.Math.ULScalingMatrix , CDPL.Math.ULTranslationMatrix , CDPL.Math.ULUnitVector , CDPL.Math.ULVector , CDPL.Math.ULVectorQuaternionAdapter , CDPL.Math.ULVectorRange , CDPL.Math.ULVectorSlice , CDPL.Math.ULZeroMatrix , CDPL.Math.ULZeroVector , CDPL.Math.Vector2D , CDPL.Math.Vector2DArray , CDPL.Math.Vector2DArrayAlignmentCalculator , CDPL.Math.Vector2DArrayBFGSMinimizer , CDPL.Math.Vector2F , CDPL.Math.Vector2FArray , CDPL.Math.Vector2FArrayAlignmentCalculator , CDPL.Math.Vector2FArrayBFGSMinimizer , CDPL.Math.Vector2L , CDPL.Math.Vector2LArray , CDPL.Math.Vector2UL , CDPL.Math.Vector2ULArray , CDPL.Math.Vector3D , CDPL.Math.Vector3DArray , CDPL.Math.Vector3DArrayAlignmentCalculator , CDPL.Math.Vector3DArrayBFGSMinimizer , CDPL.Math.Vector3F , CDPL.Math.Vector3FArray , CDPL.Math.Vector3FArrayAlignmentCalculator , CDPL.Math.Vector3FArrayBFGSMinimizer , CDPL.Math.Vector3L , CDPL.Math.Vector3LArray , CDPL.Math.Vector3UL , CDPL.Math.Vector3ULArray , CDPL.Math.Vector4D , CDPL.Math.Vector4F , CDPL.Math.Vector4L , CDPL.Math.Vector4UL , CDPL.Math.Vector7D , CDPL.MolProp.AtomHydrophobicityCalculator , CDPL.MolProp.ElementHistogram , CDPL.MolProp.HBondAcceptorAtomTyper , CDPL.MolProp.HBondDonorAtomTyper , CDPL.MolProp.LogSCalculator , CDPL.MolProp.MassComposition , CDPL.MolProp.MHMOPiChargeCalculator , CDPL.MolProp.PEOESigmaChargeCalculator , CDPL.MolProp.TPSACalculator , CDPL.MolProp.XLogPCalculator , CDPL.Pharm.CationPiInteractionConstraint , CDPL.Pharm.FeatureContainerOutputHandler , CDPL.Pharm.FeatureDistanceConstraint , CDPL.Pharm.FeatureGenerator , CDPL.Pharm.FeatureGeometryMatchFunctor , CDPL.Pharm.FeatureInteractionScore , CDPL.Pharm.FeatureMapping , CDPL.Pharm.FeaturePairDistanceMatchFunctor , CDPL.Pharm.FeaturePositionMatchFunctor , CDPL.Pharm.FeatureTypeHistogram , CDPL.Pharm.FeatureTypeMatchFunctor , CDPL.Pharm.FileScreeningHitCollector , CDPL.Pharm.HBondingInteractionConstraint , CDPL.Pharm.InteractionAnalyzer , CDPL.Pharm.InteractionConstraintConnector , CDPL.Pharm.InteractionPharmacophoreGenerator , CDPL.Pharm.OrthogonalPiPiInteractionConstraint , CDPL.Pharm.ParallelPiPiInteractionConstraint , CDPL.Pharm.PharmacophoreFitScore , CDPL.Pharm.PharmacophoreGenerator , CDPL.Pharm.PharmacophoreInputHandler , CDPL.Pharm.ScreeningDBAccessor , CDPL.Pharm.ScreeningDBCreator , CDPL.Pharm.ScreeningProcessor , CDPL.Pharm.ScreeningProcessor.SearchHit , CDPL.Pharm.SpatialFeatureAlignment , CDPL.Pharm.SpatialFeatureMapping , CDPL.Pharm.TopologicalFeatureAlignment , CDPL.Pharm.XBondingInteractionConstraint , CDPL.Shape.AlignedColorTverskyScore , CDPL.Shape.AlignedShapeTverskyScore , CDPL.Shape.AlignedTotalOverlapTverskyScore , CDPL.Shape.AlignedTverskyComboScore , CDPL.Shape.AlignmentResult , CDPL.Shape.ColorTanimotoScore , CDPL.Shape.ColorTverskyScore , CDPL.Shape.FastGaussianShapeAlignment , CDPL.Shape.GaussianShape.Element , CDPL.Shape.GaussianShapeAlignment , CDPL.Shape.GaussianShapeAlignmentStartGenerator , CDPL.Shape.GaussianShapeFunction , CDPL.Shape.GaussianShapeFunctionAlignment , CDPL.Shape.GaussianShapeFunctionAlignment.Result , CDPL.Shape.GaussianShapeGenerator , CDPL.Shape.GaussianShapeOverlapFunction , CDPL.Shape.GaussianShapeSet , CDPL.Shape.ReferenceColorTverskyScore , CDPL.Shape.ReferenceShapeTverskyScore , CDPL.Shape.ReferenceTotalOverlapTverskyScore , CDPL.Shape.ReferenceTverskyComboScore , CDPL.Shape.ScreeningProcessor , CDPL.Shape.ScreeningSettings , CDPL.Shape.ShapeTanimotoScore , CDPL.Shape.ShapeTverskyScore , CDPL.Shape.TanimotoComboScore , CDPL.Shape.TotalOverlapTanimotoScore , CDPL.Shape.TotalOverlapTverskyScore , CDPL.Shape.TverskyComboScore , CDPL.Shape.Vector7D , CDPL.Util.BitSet , CDPL.Util.BitSetArray , CDPL.Util.BronKerboschAlgorithm , CDPL.Util.DArray , CDPL.Util.DG2DCoordinatesGenerator.DistanceConstraint , CDPL.Util.DG2DCoordinatesGenerator , CDPL.Util.DG3DCoordinatesGenerator.DistanceConstraint , CDPL.Util.DG3DCoordinatesGenerator , CDPL.Util.DG3DCoordinatesGenerator.VolumeConstraint , CDPL.Util.LArray , CDPL.Util.SArray , CDPL.Util.STArray , CDPL.Util.STPairArray , CDPL.Util.UIArray , CDPL.Vis.Brush , CDPL.Vis.Color , CDPL.Vis.ColorTable , CDPL.Vis.Font , CDPL.Vis.FontMetrics , CDPL.Vis.GraphicsPrimitive2D , CDPL.Vis.Line2D , CDPL.Vis.Path2D , CDPL.Vis.Path2DConverter , CDPL.Vis.Pen , CDPL.Vis.Rectangle2D , CDPL.Vis.Renderer2D , CDPL.Vis.SizeSpecification
• getOctetRuleCheckAtomTypes() : CDPL.Chem.ResonanceStructureGenerator
• getOldAtomType() : CDPL.ForceField.MMFF94AromaticAtomTypeDefinitionTable.Entry
• getOpenModeFlags() : CDPL.Base.FileIOStream , CDPL.Base.StringIOStream , CDPL.Util.BZip2IOStream , CDPL.Util.BZip2IStream , CDPL.Util.BZip2OStream , CDPL.Util.GZipIOStream , CDPL.Util.GZipIStream , CDPL.Util.GZipOStream
• getOpenModeString() : CDPL.Base.FileIOStream , CDPL.Base.StringIOStream , CDPL.Util.BZip2IOStream , CDPL.Util.BZip2IStream , CDPL.Util.BZip2OStream , CDPL.Util.GZipIOStream , CDPL.Util.GZipIStream , CDPL.Util.GZipOStream
• getOptimizationStopGradient() : CDPL.Shape.FastGaussianShapeAlignment , CDPL.Shape.GaussianShapeAlignment , CDPL.Shape.GaussianShapeFunctionAlignment , CDPL.Shape.ScreeningSettings
• getOrderChange() : CDPL.Chem.PatternBasedTautomerizationRule.BondOrderChange
• getOutOfPlaneAtomIndex() : CDPL.ForceField.MMFF94OutOfPlaneBendingInteraction
• getOutOfPlaneAtomType() : CDPL.ForceField.MMFF94OutOfPlaneBendingParameterTable.Entry
• getOutOfPlaneBendingEnergy() : CDPL.ForceField.MMFF94EnergyCalculator , CDPL.ForceField.MMFF94GradientCalculator
• getOutOfPlaneBendingInteractions() : CDPL.ForceField.MMFF94InteractionData
• getOutputHandler() : CDPL.Chem.MolecularGraphIOManager , CDPL.Chem.MoleculeIOManager , CDPL.Chem.ReactionIOManager , CDPL.Grid.DRegularGridIOManager , CDPL.Grid.DRegularGridSetIOManager , CDPL.Pharm.FeatureContainerIOManager , CDPL.Pharm.PharmacophoreIOManager
• getOutputHandlerByFileExtension() : CDPL.Chem.MolecularGraphIOManager , CDPL.Chem.MoleculeIOManager , CDPL.Chem.ReactionIOManager , CDPL.Grid.DRegularGridIOManager , CDPL.Grid.DRegularGridSetIOManager , CDPL.Pharm.FeatureContainerIOManager , CDPL.Pharm.PharmacophoreIOManager
• getOutputHandlerByFormat() : CDPL.Chem.MolecularGraphIOManager , CDPL.Chem.MoleculeIOManager , CDPL.Chem.ReactionIOManager , CDPL.Grid.DRegularGridIOManager , CDPL.Grid.DRegularGridSetIOManager , CDPL.Pharm.FeatureContainerIOManager , CDPL.Pharm.PharmacophoreIOManager
• getOutputHandlerByMimeType() : CDPL.Chem.MolecularGraphIOManager , CDPL.Chem.MoleculeIOManager , CDPL.Chem.ReactionIOManager , CDPL.Grid.DRegularGridIOManager , CDPL.Grid.DRegularGridSetIOManager , CDPL.Pharm.FeatureContainerIOManager , CDPL.Pharm.PharmacophoreIOManager
• getOutputHandlerByName() : CDPL.Chem.MolecularGraphIOManager , CDPL.Chem.MoleculeIOManager , CDPL.Chem.ReactionIOManager , CDPL.Grid.DRegularGridIOManager , CDPL.Grid.DRegularGridSetIOManager , CDPL.Pharm.FeatureContainerIOManager , CDPL.Pharm.PharmacophoreIOManager
• getOutputHandlers() : CDPL.Chem.MolecularGraphIOManager , CDPL.Chem.MoleculeIOManager , CDPL.Chem.ReactionIOManager , CDPL.Grid.DRegularGridIOManager , CDPL.Grid.DRegularGridSetIOManager , CDPL.Pharm.FeatureContainerIOManager , CDPL.Pharm.PharmacophoreIOManager
• getOverlap() : CDPL.Shape.AlignmentResult , CDPL.Shape.GaussianShapeFunctionAlignment.Result
• getOverlapFunction() : CDPL.Shape.GaussianShapeAlignment , CDPL.Shape.GaussianShapeFunctionAlignment
• getParameter() : CDPL.Base.ControlParameterContainer
• getParameterAtomTypes() : CDPL.ForceField.MMFF94PrimaryToParameterAtomTypeMap.Entry
• getParameterKeys() : CDPL.Base.ControlParameterContainer
• getParameterOrDefault() : CDPL.Base.ControlParameterContainer
• getParameters() : CDPL.Base.ControlParameterContainer
• getParameterValues() : CDPL.Base.ControlParameterContainer
• getParent() : CDPL.Base.ControlParameterContainer , CDPL.Chem.ChEMBLStandardizer
• getParentAtomType() : CDPL.ForceField.MMFF94HeavyToHydrogenAtomTypeMap.Entry
• getPartialChargeIncrement() : CDPL.ForceField.MMFF94PartialBondChargeIncrementTable.Entry
• getPattern() : CDPL.Chem.PatternAtomTyper , CDPL.Chem.SubstructureHistogramCalculator , CDPL.ForceField.MMFF94SymbolicAtomTypePatternTable.Entry
• getPatternIndex() : CDPL.Chem.PatternAtomTyper
• getPen() : CDPL.Vis.EllipsePrimitive2D , CDPL.Vis.LinePrimitive2D , CDPL.Vis.LineSegmentListPrimitive2D , CDPL.Vis.PathPrimitive2D , CDPL.Vis.PointListPrimitive2D , CDPL.Vis.PolygonPrimitive2D , CDPL.Vis.PolylinePrimitive2D , CDPL.Vis.TextLabelPrimitive2D
• getPeriod() : CDPL.Chem.AtomDictionary.Entry , CDPL.Chem.AtomDictionary
• getPermutationParity() : CDPL.Chem.StereoDescriptor
• getPharmacophore() : CDPL.Pharm.Feature , CDPL.Pharm.ScreeningDBAccessor
• getPharmacophoreGenerator() : CDPL.GRAIL.GRAILDataSetGenerator , CDPL.Shape.GaussianShapeGenerator
• getPharmacophoreProcessingFunction() : CDPL.GRAIL.GRAILDataSetGenerator
• getPoint1Index() : CDPL.Util.DG2DCoordinatesGenerator.DistanceConstraint , CDPL.Util.DG3DCoordinatesGenerator.DistanceConstraint , CDPL.Util.DG3DCoordinatesGenerator.VolumeConstraint
• getPoint2Index() : CDPL.Util.DG2DCoordinatesGenerator.DistanceConstraint , CDPL.Util.DG3DCoordinatesGenerator.DistanceConstraint , CDPL.Util.DG3DCoordinatesGenerator.VolumeConstraint
• getPoint3Index() : CDPL.Util.DG3DCoordinatesGenerator.VolumeConstraint
• getPoint4Index() : CDPL.Util.DG3DCoordinatesGenerator.VolumeConstraint
• getPosition() : CDPL.Shape.GaussianShape.Element , CDPL.Vis.EllipsePrimitive2D , CDPL.Vis.TextLabelPrimitive2D
• getPositionMatchFunction() : CDPL.Pharm.SpatialFeatureMapping
• getPositionMatchScore() : CDPL.Pharm.SpatialFeatureMapping
• getPriority() : CDPL.Chem.PatternAtomTyper.Pattern , CDPL.Chem.SubstructureHistogramCalculator.Pattern
• getProbeRadius() : CDPL.Chem.SurfaceAtomExtractor , CDPL.GRAIL.BuriednessGridCalculator , CDPL.GRAIL.BuriednessScore , CDPL.GRAIL.GeneralizedBellAtomDensity
• getProducts() : CDPL.Chem.Reaction
• getProgressCallback() : CDPL.Pharm.ScreeningProcessor
• getProperties() : CDPL.Base.PropertyContainer
• getProperty() : CDPL.Base.PropertyContainer
• getPropertyKeys() : CDPL.Base.PropertyContainer
• getPropertyOrDefault() : CDPL.Base.PropertyContainer
• getPropertyValues() : CDPL.Base.PropertyContainer
• getQuery() : CDPL.Shape.ScreeningProcessor
• getQueryPharmacophore() : CDPL.Pharm.ScreeningProcessor.SearchHit
• getQuerySetSize() : CDPL.Shape.ScreeningProcessor
• getRadius() : CDPL.Shape.GaussianShape.Element
• getRadiusIncrement() : CDPL.Descr.AtomAutoCorrelation3DVectorCalculator , CDPL.Descr.AtomRDFCodeCalculator , CDPL.Descr.FeatureAutoCorrelation3DVectorCalculator , CDPL.Descr.FeatureRDFCodeCalculator , CDPL.Descr.MoleculeAutoCorr3DDescriptorCalculator , CDPL.Descr.MoleculeRDFDescriptorCalculator , CDPL.Descr.PharmacophoreAutoCorr3DDescriptorCalculator , CDPL.Descr.PharmacophoreRDFDescriptorCalculator
• getRadiusScalingFactor() : CDPL.GRAIL.GeneralizedBellAtomDensity , CDPL.Shape.FastGaussianShapeOverlapFunction
• getReactants() : CDPL.Chem.Reaction
• getReaction() : CDPL.Vis.ReactionView2D
• getReactionSite() : CDPL.Chem.Reactor
• getReader() : CDPL.Chem.CompoundMoleculeReader , CDPL.Chem.CompoundReactionReader , CDPL.Grid.CompoundDRegularGridReader , CDPL.Grid.CompoundDRegularGridSetReader , CDPL.Pharm.CompoundPharmacophoreReader
• getRecordData() : CDPL.Biomol.PDBData
• getRecordIndex() : CDPL.Chem.MoleculeReaderBase , CDPL.Chem.ReactionReaderBase , CDPL.Grid.DRegularGridReaderBase , CDPL.Grid.DRegularGridSetReaderBase , CDPL.Pharm.PharmacophoreReaderBase
• getRecords() : CDPL.Biomol.PDBData
• getRecordTypes() : CDPL.Biomol.PDBData
• getRed() : CDPL.Vis.Color
• getReference() : CDPL.Shape.GaussianShapeFunctionAlignment
• getReferenceAngle() : CDPL.ForceField.MMFF94AngleBendingInteraction , CDPL.ForceField.MMFF94AngleBendingParameterTable.Entry , CDPL.ForceField.MMFF94StretchBendInteraction
• getReferenceAtoms() : CDPL.Chem.StereoDescriptor
• getReferenceColorSelfOverlap() : CDPL.Shape.AlignmentResult
• getReferenceLength() : CDPL.ForceField.ElasticPotential , CDPL.ForceField.MMFF94BondStretchingInteraction , CDPL.ForceField.MMFF94BondStretchingParameterTable.Entry , CDPL.ForceField.MMFF94BondStretchingRuleParameterTable.Entry
• getReferenceLength1() : CDPL.ForceField.MMFF94StretchBendInteraction
• getReferenceLength2() : CDPL.ForceField.MMFF94StretchBendInteraction
• getReferenceSelfOverlap() : CDPL.Shape.AlignmentResult
• getReferenceShape() : CDPL.Shape.GaussianShapeAlignment
• getReferenceShapeIndex() : CDPL.Shape.AlignmentResult
• getReferenceShapeSetIndex() : CDPL.Shape.AlignmentResult
• getRefinementStopGradient() : CDPL.ConfGen.FragmentConformerGeneratorSettings
• getRefinementTolerance() : CDPL.ConfGen.ConformerGeneratorSettings , CDPL.ConfGen.StructureGeneratorSettings
• getRelation() : CDPL.Chem.MatchConstraint
• getReplacedByCode() : CDPL.Biomol.ResidueDictionary.Entry , CDPL.Biomol.ResidueDictionary
• getReplacedCode() : CDPL.Biomol.ResidueDictionary.Entry , CDPL.Biomol.ResidueDictionary
• getResidues() : CDPL.Biomol.HierarchyView , CDPL.Biomol.HierarchyViewNode
• getResult() : CDPL.Chem.HashCodeCalculator , CDPL.Descr.MolecularComplexityCalculator , CDPL.MolProp.LogSCalculator , CDPL.MolProp.TPSACalculator , CDPL.MolProp.XLogPCalculator , CDPL.Shape.FastGaussianShapeAlignment , CDPL.Shape.GaussianShapeAlignment , CDPL.Shape.GaussianShapeFunctionAlignment
• getResultCompareFunction() : CDPL.Shape.FastGaussianShapeAlignment , CDPL.Shape.GaussianShapeAlignment
• getResultSelectionMode() : CDPL.Shape.FastGaussianShapeAlignment , CDPL.Shape.GaussianShapeAlignment
• getReturnCode() : CDPL.Chem.INCHIMolecularGraphWriter , CDPL.Chem.INCHIMoleculeReader
• getRIJ() : CDPL.ForceField.MMFF94VanDerWaalsInteraction
• getRIJPow7() : CDPL.ForceField.MMFF94VanDerWaalsInteraction
• getRingHydrophobicityThreshold() : CDPL.Pharm.HydrophobicFeatureGenerator
• getRingSize() : CDPL.ForceField.MMFF94AromaticAtomTypeDefinitionTable.Entry
• getRingSystems() : CDPL.Chem.BemisMurckoAnalyzer
• getRule() : CDPL.ConfGen.TorsionCategory , CDPL.ConfGen.TorsionRuleMatch
• getRuleID() : CDPL.Chem.FragmentGenerator.ExcludePattern , CDPL.Chem.FragmentGenerator.FragmentLink
• getRules() : CDPL.ConfGen.TorsionCategory
• getSamplingMode() : CDPL.ConfGen.ConformerGeneratorSettings
• getScalingFactor() : CDPL.Descr.AtomRDFCodeCalculator , CDPL.Descr.FeatureRDFCodeCalculator , CDPL.Descr.MoleculeRDFDescriptorCalculator , CDPL.Descr.PharmacophoreRDFDescriptorCalculator , CDPL.ForceField.MMFF94ElectrostaticInteraction
• getScore() : CDPL.ConfGen.TorsionRule.AngleEntry , CDPL.Shape.AlignmentResult
• getScoreCombinationFunction() : CDPL.GRAIL.FeatureInteractionScoreGridCalculator , CDPL.GRAIL.GRAILDataSetGenerator
• getScoreCutoff() : CDPL.Shape.ScreeningSettings
• getScoringFunction() : CDPL.GRAIL.FeatureInteractionScoreGridCalculator , CDPL.GRAIL.GRAILDataSetGenerator , CDPL.Pharm.ScreeningProcessor , CDPL.Shape.FastGaussianShapeAlignment , CDPL.Shape.GaussianShapeAlignment , CDPL.Shape.ScreeningSettings
• getScreeningMode() : CDPL.Shape.ScreeningSettings
• getSecond() : CDPL.Util.STPair
• getSettings() : CDPL.ConfGen.ConformerGenerator , CDPL.ConfGen.DGConstraintGenerator , CDPL.ConfGen.DGStructureGenerator , CDPL.ConfGen.FragmentAssembler , CDPL.ConfGen.FragmentConformerGenerator , CDPL.ConfGen.FragmentLibraryGenerator , CDPL.ConfGen.StructureGenerator , CDPL.ConfGen.TorsionDriver , CDPL.Shape.ScreeningProcessor
• getShape() : CDPL.Shape.GaussianShapeFunction
• getShapeFunction() : CDPL.Shape.GaussianShapeOverlapFunction
• getShapes() : CDPL.Shape.GaussianShapeGenerator
• getSideChains() : CDPL.Chem.BemisMurckoAnalyzer
• getSize() : CDPL.Chem.AtomMapping , CDPL.Chem.AtomMatchExpressionList , CDPL.Chem.BondMapping , CDPL.Chem.BondMatchExpressionList , CDPL.Chem.ElectronSystemList , CDPL.Chem.Entity3DMapping , CDPL.Chem.FragmentList , CDPL.Chem.MatchConstraintList , CDPL.Chem.MolecularGraphMatchExpressionList , CDPL.Chem.ReactionMatchExpressionList , CDPL.Chem.StereoisomerGenerator.StereoDescriptorArray , CDPL.Chem.StringDataBlock , CDPL.ForceField.ElasticPotentialList , CDPL.ForceField.MMFF94AngleBendingInteractionList , CDPL.ForceField.MMFF94BondStretchingInteractionList , CDPL.ForceField.MMFF94ElectrostaticInteractionList , CDPL.ForceField.MMFF94OutOfPlaneBendingInteractionList , CDPL.ForceField.MMFF94StretchBendInteractionList , CDPL.ForceField.MMFF94TorsionInteractionList , CDPL.ForceField.MMFF94VanDerWaalsInteractionList , CDPL.Grid.DRegularGrid , CDPL.Grid.DRegularGridSet , CDPL.Grid.FRegularGrid , CDPL.Grid.FRegularGridSet , CDPL.Math.ConstDHomogenousCoordsAdapter , CDPL.Math.ConstDMatrixColumn , CDPL.Math.ConstDMatrixRow , CDPL.Math.ConstDQuaternionVectorAdapter , CDPL.Math.ConstDVectorExpression , CDPL.Math.ConstDVectorRange , CDPL.Math.ConstDVectorSlice , CDPL.Math.ConstFHomogenousCoordsAdapter , CDPL.Math.ConstFMatrixColumn , CDPL.Math.ConstFMatrixRow , CDPL.Math.ConstFQuaternionVectorAdapter , CDPL.Math.ConstFVectorExpression , CDPL.Math.ConstFVectorRange , CDPL.Math.ConstFVectorSlice , CDPL.Math.ConstLHomogenousCoordsAdapter , CDPL.Math.ConstLMatrixColumn , CDPL.Math.ConstLMatrixRow , CDPL.Math.ConstLQuaternionVectorAdapter , CDPL.Math.ConstLVectorExpression , CDPL.Math.ConstLVectorRange , CDPL.Math.ConstLVectorSlice , CDPL.Math.ConstULHomogenousCoordsAdapter , CDPL.Math.ConstULMatrixColumn , CDPL.Math.ConstULMatrixRow , CDPL.Math.ConstULQuaternionVectorAdapter , CDPL.Math.ConstULVectorExpression , CDPL.Math.ConstULVectorRange , CDPL.Math.ConstULVectorSlice , CDPL.Math.DGrid , CDPL.Math.DHomogenousCoordsAdapter , CDPL.Math.DMatrixColumn , CDPL.Math.DMatrixRow , CDPL.Math.DQuaternionVectorAdapter , CDPL.Math.DRegularSpatialGrid , CDPL.Math.DScalarGrid , CDPL.Math.DScalarVector , CDPL.Math.DUnitVector , CDPL.Math.DVector , CDPL.Math.DVectorRange , CDPL.Math.DVectorSlice , CDPL.Math.DZeroGrid , CDPL.Math.DZeroVector , CDPL.Math.FGrid , CDPL.Math.FHomogenousCoordsAdapter , CDPL.Math.FMatrixColumn , CDPL.Math.FMatrixRow , CDPL.Math.FQuaternionVectorAdapter , CDPL.Math.FRegularSpatialGrid , CDPL.Math.FScalarGrid , CDPL.Math.FScalarVector , CDPL.Math.FUnitVector , CDPL.Math.FVector , CDPL.Math.FVectorRange , CDPL.Math.FVectorSlice , CDPL.Math.FZeroGrid , CDPL.Math.FZeroVector , CDPL.Math.LHomogenousCoordsAdapter , CDPL.Math.LMatrixColumn , CDPL.Math.LMatrixRow , CDPL.Math.LQuaternionVectorAdapter , CDPL.Math.LScalarVector , CDPL.Math.LUnitVector , CDPL.Math.LVector , CDPL.Math.LVectorRange , CDPL.Math.LVectorSlice , CDPL.Math.LZeroVector , CDPL.Math.Range , CDPL.Math.Slice , CDPL.Math.SparseDVector , CDPL.Math.SparseFVector , CDPL.Math.SparseLVector , CDPL.Math.SparseULVector , CDPL.Math.ULHomogenousCoordsAdapter , CDPL.Math.ULMatrixColumn , CDPL.Math.ULMatrixRow , CDPL.Math.ULQuaternionVectorAdapter , CDPL.Math.ULScalarVector , CDPL.Math.ULUnitVector , CDPL.Math.ULVector , CDPL.Math.ULVectorRange , CDPL.Math.ULVectorSlice , CDPL.Math.ULZeroVector , CDPL.Math.Vector2D , CDPL.Math.Vector2DArray , CDPL.Math.Vector2F , CDPL.Math.Vector2FArray , CDPL.Math.Vector2L , CDPL.Math.Vector2LArray , CDPL.Math.Vector2UL , CDPL.Math.Vector2ULArray , CDPL.Math.Vector3D , CDPL.Math.Vector3DArray , CDPL.Math.Vector3F , CDPL.Math.Vector3FArray , CDPL.Math.Vector3L , CDPL.Math.Vector3LArray , CDPL.Math.Vector3UL , CDPL.Math.Vector3ULArray , CDPL.Math.Vector4D , CDPL.Math.Vector4F , CDPL.Math.Vector4L , CDPL.Math.Vector4UL , CDPL.Math.Vector7D , CDPL.MolProp.ElementHistogram , CDPL.MolProp.MassComposition , CDPL.Pharm.FeatureMapping , CDPL.Pharm.FeatureTypeHistogram , CDPL.Shape.GaussianShapeSet , CDPL.Shape.Vector7D , CDPL.Util.BitSet , CDPL.Util.BitSetArray , CDPL.Util.DArray , CDPL.Util.LArray , CDPL.Util.SArray , CDPL.Util.STArray , CDPL.Util.STPairArray , CDPL.Util.UIArray , CDPL.Vis.ColorTable , CDPL.Vis.Font
• getSize1() : CDPL.Grid.DRegularGrid , CDPL.Grid.FRegularGrid , CDPL.Math.ConstDGridExpression , CDPL.Math.ConstDMatrixExpression , CDPL.Math.ConstDMatrixRange , CDPL.Math.ConstDMatrixSlice , CDPL.Math.ConstDMatrixTranspose , CDPL.Math.ConstFGridExpression , CDPL.Math.ConstFMatrixExpression , CDPL.Math.ConstFMatrixRange , CDPL.Math.ConstFMatrixSlice , CDPL.Math.ConstFMatrixTranspose , CDPL.Math.ConstLMatrixExpression , CDPL.Math.ConstLMatrixRange , CDPL.Math.ConstLMatrixSlice , CDPL.Math.ConstLMatrixTranspose , CDPL.Math.ConstLowerTriangularDMatrixAdapter , CDPL.Math.ConstLowerTriangularFMatrixAdapter , CDPL.Math.ConstLowerTriangularLMatrixAdapter , CDPL.Math.ConstLowerTriangularULMatrixAdapter , CDPL.Math.ConstULMatrixExpression , CDPL.Math.ConstULMatrixRange , CDPL.Math.ConstULMatrixSlice , CDPL.Math.ConstULMatrixTranspose , CDPL.Math.ConstUnitLowerTriangularDMatrixAdapter , CDPL.Math.ConstUnitLowerTriangularFMatrixAdapter , CDPL.Math.ConstUnitLowerTriangularLMatrixAdapter , CDPL.Math.ConstUnitLowerTriangularULMatrixAdapter , CDPL.Math.ConstUnitUpperTriangularDMatrixAdapter , CDPL.Math.ConstUnitUpperTriangularFMatrixAdapter , CDPL.Math.ConstUnitUpperTriangularLMatrixAdapter , CDPL.Math.ConstUnitUpperTriangularULMatrixAdapter , CDPL.Math.ConstUpperTriangularDMatrixAdapter , CDPL.Math.ConstUpperTriangularFMatrixAdapter , CDPL.Math.ConstUpperTriangularLMatrixAdapter , CDPL.Math.ConstUpperTriangularULMatrixAdapter , CDPL.Math.DGrid , CDPL.Math.DIdentityMatrix , CDPL.Math.DMatrix , CDPL.Math.DMatrixRange , CDPL.Math.DMatrixSlice , CDPL.Math.DMatrixTranspose , CDPL.Math.DRegularSpatialGrid , CDPL.Math.DRotationMatrix , CDPL.Math.DScalarGrid , CDPL.Math.DScalarMatrix , CDPL.Math.DScalingMatrix , CDPL.Math.DTranslationMatrix , CDPL.Math.DZeroGrid , CDPL.Math.DZeroMatrix , CDPL.Math.FGrid , CDPL.Math.FIdentityMatrix , CDPL.Math.FMatrix , CDPL.Math.FMatrixRange , CDPL.Math.FMatrixSlice , CDPL.Math.FMatrixTranspose , CDPL.Math.FRegularSpatialGrid , CDPL.Math.FRotationMatrix , CDPL.Math.FScalarGrid , CDPL.Math.FScalarMatrix , CDPL.Math.FScalingMatrix , CDPL.Math.FTranslationMatrix , CDPL.Math.FZeroGrid , CDPL.Math.FZeroMatrix , CDPL.Math.LIdentityMatrix , CDPL.Math.LMatrix , CDPL.Math.LMatrixRange , CDPL.Math.LMatrixSlice , CDPL.Math.LMatrixTranspose , CDPL.Math.LRotationMatrix , CDPL.Math.LScalarMatrix , CDPL.Math.LScalingMatrix , CDPL.Math.LTranslationMatrix , CDPL.Math.LZeroMatrix , CDPL.Math.Matrix2D , CDPL.Math.Matrix2F , CDPL.Math.Matrix2L , CDPL.Math.Matrix2UL , CDPL.Math.Matrix3D , CDPL.Math.Matrix3F , CDPL.Math.Matrix3L , CDPL.Math.Matrix3UL , CDPL.Math.Matrix4D , CDPL.Math.Matrix4F , CDPL.Math.Matrix4L , CDPL.Math.Matrix4UL , CDPL.Math.SparseDMatrix , CDPL.Math.SparseFMatrix , CDPL.Math.SparseLMatrix , CDPL.Math.SparseULMatrix , CDPL.Math.ULIdentityMatrix , CDPL.Math.ULMatrix , CDPL.Math.ULMatrixRange , CDPL.Math.ULMatrixSlice , CDPL.Math.ULMatrixTranspose , CDPL.Math.ULRotationMatrix , CDPL.Math.ULScalarMatrix , CDPL.Math.ULScalingMatrix , CDPL.Math.ULTranslationMatrix , CDPL.Math.ULZeroMatrix
• getSize2() : CDPL.Grid.DRegularGrid , CDPL.Grid.FRegularGrid , CDPL.Math.ConstDGridExpression , CDPL.Math.ConstDMatrixExpression , CDPL.Math.ConstDMatrixRange , CDPL.Math.ConstDMatrixSlice , CDPL.Math.ConstDMatrixTranspose , CDPL.Math.ConstFGridExpression , CDPL.Math.ConstFMatrixExpression , CDPL.Math.ConstFMatrixRange , CDPL.Math.ConstFMatrixSlice , CDPL.Math.ConstFMatrixTranspose , CDPL.Math.ConstLMatrixExpression , CDPL.Math.ConstLMatrixRange , CDPL.Math.ConstLMatrixSlice , CDPL.Math.ConstLMatrixTranspose , CDPL.Math.ConstLowerTriangularDMatrixAdapter , CDPL.Math.ConstLowerTriangularFMatrixAdapter , CDPL.Math.ConstLowerTriangularLMatrixAdapter , CDPL.Math.ConstLowerTriangularULMatrixAdapter , CDPL.Math.ConstULMatrixExpression , CDPL.Math.ConstULMatrixRange , CDPL.Math.ConstULMatrixSlice , CDPL.Math.ConstULMatrixTranspose , CDPL.Math.ConstUnitLowerTriangularDMatrixAdapter , CDPL.Math.ConstUnitLowerTriangularFMatrixAdapter , CDPL.Math.ConstUnitLowerTriangularLMatrixAdapter , CDPL.Math.ConstUnitLowerTriangularULMatrixAdapter , CDPL.Math.ConstUnitUpperTriangularDMatrixAdapter , CDPL.Math.ConstUnitUpperTriangularFMatrixAdapter , CDPL.Math.ConstUnitUpperTriangularLMatrixAdapter , CDPL.Math.ConstUnitUpperTriangularULMatrixAdapter , CDPL.Math.ConstUpperTriangularDMatrixAdapter , CDPL.Math.ConstUpperTriangularFMatrixAdapter , CDPL.Math.ConstUpperTriangularLMatrixAdapter , CDPL.Math.ConstUpperTriangularULMatrixAdapter , CDPL.Math.DGrid , CDPL.Math.DIdentityMatrix , CDPL.Math.DMatrix , CDPL.Math.DMatrixRange , CDPL.Math.DMatrixSlice , CDPL.Math.DMatrixTranspose , CDPL.Math.DRegularSpatialGrid , CDPL.Math.DRotationMatrix , CDPL.Math.DScalarGrid , CDPL.Math.DScalarMatrix , CDPL.Math.DScalingMatrix , CDPL.Math.DTranslationMatrix , CDPL.Math.DZeroGrid , CDPL.Math.DZeroMatrix , CDPL.Math.FGrid , CDPL.Math.FIdentityMatrix , CDPL.Math.FMatrix , CDPL.Math.FMatrixRange , CDPL.Math.FMatrixSlice , CDPL.Math.FMatrixTranspose , CDPL.Math.FRegularSpatialGrid , CDPL.Math.FRotationMatrix , CDPL.Math.FScalarGrid , CDPL.Math.FScalarMatrix , CDPL.Math.FScalingMatrix , CDPL.Math.FTranslationMatrix , CDPL.Math.FZeroGrid , CDPL.Math.FZeroMatrix , CDPL.Math.LIdentityMatrix , CDPL.Math.LMatrix , CDPL.Math.LMatrixRange , CDPL.Math.LMatrixSlice , CDPL.Math.LMatrixTranspose , CDPL.Math.LRotationMatrix , CDPL.Math.LScalarMatrix , CDPL.Math.LScalingMatrix , CDPL.Math.LTranslationMatrix , CDPL.Math.LZeroMatrix , CDPL.Math.Matrix2D , CDPL.Math.Matrix2F , CDPL.Math.Matrix2L , CDPL.Math.Matrix2UL , CDPL.Math.Matrix3D , CDPL.Math.Matrix3F , CDPL.Math.Matrix3L , CDPL.Math.Matrix3UL , CDPL.Math.Matrix4D , CDPL.Math.Matrix4F , CDPL.Math.Matrix4L , CDPL.Math.Matrix4UL , CDPL.Math.SparseDMatrix , CDPL.Math.SparseFMatrix , CDPL.Math.SparseLMatrix , CDPL.Math.SparseULMatrix , CDPL.Math.ULIdentityMatrix , CDPL.Math.ULMatrix , CDPL.Math.ULMatrixRange , CDPL.Math.ULMatrixSlice , CDPL.Math.ULMatrixTranspose , CDPL.Math.ULRotationMatrix , CDPL.Math.ULScalarMatrix , CDPL.Math.ULScalingMatrix , CDPL.Math.ULTranslationMatrix , CDPL.Math.ULZeroMatrix
• getSize3() : CDPL.Grid.DRegularGrid , CDPL.Grid.FRegularGrid , CDPL.Math.ConstDGridExpression , CDPL.Math.ConstFGridExpression , CDPL.Math.DGrid , CDPL.Math.DRegularSpatialGrid , CDPL.Math.DScalarGrid , CDPL.Math.DZeroGrid , CDPL.Math.FGrid , CDPL.Math.FRegularSpatialGrid , CDPL.Math.FScalarGrid , CDPL.Math.FZeroGrid
• getSmallRingSystemSamplingFactor() : CDPL.ConfGen.FragmentConformerGeneratorSettings
• getSmallRingSystemSettings() : CDPL.ConfGen.FragmentConformerGeneratorSettings
• getSMILES() : CDPL.ConfGen.FragmentLibraryEntry
• getSmoothingFactor() : CDPL.Descr.AtomRDFCodeCalculator , CDPL.Descr.FeatureRDFCodeCalculator , CDPL.Descr.MoleculeRDFDescriptorCalculator , CDPL.Descr.PharmacophoreRDFDescriptorCalculator
• getSoftSpace() : CDPL.Base.FileIOStream , CDPL.Base.StringIOStream , CDPL.Util.BZip2IOStream , CDPL.Util.BZip2OStream , CDPL.Util.GZipIOStream , CDPL.Util.GZipOStream
• getStandardDeviation() : CDPL.Math.DMLRModel , CDPL.Math.FMLRModel
• getStart() : CDPL.Math.ConstDVectorRange , CDPL.Math.ConstDVectorSlice , CDPL.Math.ConstFVectorRange , CDPL.Math.ConstFVectorSlice , CDPL.Math.ConstLVectorRange , CDPL.Math.ConstLVectorSlice , CDPL.Math.ConstULVectorRange , CDPL.Math.ConstULVectorSlice , CDPL.Math.DVectorRange , CDPL.Math.DVectorSlice , CDPL.Math.FVectorRange , CDPL.Math.FVectorSlice , CDPL.Math.LVectorRange , CDPL.Math.LVectorSlice , CDPL.Math.Range , CDPL.Math.Slice , CDPL.Math.ULVectorRange , CDPL.Math.ULVectorSlice
• getStart1() : CDPL.Math.ConstDMatrixRange , CDPL.Math.ConstDMatrixSlice , CDPL.Math.ConstFMatrixRange , CDPL.Math.ConstFMatrixSlice , CDPL.Math.ConstLMatrixRange , CDPL.Math.ConstLMatrixSlice , CDPL.Math.ConstULMatrixRange , CDPL.Math.ConstULMatrixSlice , CDPL.Math.DMatrixRange , CDPL.Math.DMatrixSlice , CDPL.Math.FMatrixRange , CDPL.Math.FMatrixSlice , CDPL.Math.LMatrixRange , CDPL.Math.LMatrixSlice , CDPL.Math.ULMatrixRange , CDPL.Math.ULMatrixSlice
• getStart2() : CDPL.Math.ConstDMatrixRange , CDPL.Math.ConstDMatrixSlice , CDPL.Math.ConstFMatrixRange , CDPL.Math.ConstFMatrixSlice , CDPL.Math.ConstLMatrixRange , CDPL.Math.ConstLMatrixSlice , CDPL.Math.ConstULMatrixRange , CDPL.Math.ConstULMatrixSlice , CDPL.Math.DMatrixRange , CDPL.Math.DMatrixSlice , CDPL.Math.FMatrixRange , CDPL.Math.FMatrixSlice , CDPL.Math.LMatrixRange , CDPL.Math.LMatrixSlice , CDPL.Math.ULMatrixRange , CDPL.Math.ULMatrixSlice
• getStartGenerator() : CDPL.Shape.GaussianShapeAlignment , CDPL.Shape.GaussianShapeFunctionAlignment
• getStartLearningRate() : CDPL.Util.DG2DCoordinatesGenerator , CDPL.Util.DG3DCoordinatesGenerator
• getStartRadius() : CDPL.Descr.AtomAutoCorrelation3DVectorCalculator , CDPL.Descr.AtomRDFCodeCalculator , CDPL.Descr.FeatureAutoCorrelation3DVectorCalculator , CDPL.Descr.FeatureRDFCodeCalculator , CDPL.Descr.MoleculeAutoCorr3DDescriptorCalculator , CDPL.Descr.MoleculeRDFDescriptorCalculator , CDPL.Descr.PharmacophoreAutoCorr3DDescriptorCalculator , CDPL.Descr.PharmacophoreRDFDescriptorCalculator
• getStartTransform() : CDPL.Shape.GaussianShapeAlignmentStartGenerator
• getStatus() : CDPL.Math.DVectorBFGSMinimizer , CDPL.Math.FVectorBFGSMinimizer , CDPL.Math.Vector2DArrayBFGSMinimizer , CDPL.Math.Vector2FArrayBFGSMinimizer , CDPL.Math.Vector3DArrayBFGSMinimizer , CDPL.Math.Vector3FArrayBFGSMinimizer
• getStop() : CDPL.Math.Range
• getStretchBendEnergy() : CDPL.ForceField.MMFF94EnergyCalculator , CDPL.ForceField.MMFF94GradientCalculator
• getStretchBendInteractions() : CDPL.ForceField.MMFF94InteractionData
• getStretchBendTypeIndex() : CDPL.ForceField.MMFF94StretchBendInteraction , CDPL.ForceField.MMFF94StretchBendParameterTable.Entry
• getStride() : CDPL.Math.ConstDVectorSlice , CDPL.Math.ConstFVectorSlice , CDPL.Math.ConstLVectorSlice , CDPL.Math.ConstULVectorSlice , CDPL.Math.DVectorSlice , CDPL.Math.FVectorSlice , CDPL.Math.LVectorSlice , CDPL.Math.Slice , CDPL.Math.ULVectorSlice
• getStride1() : CDPL.Math.ConstDMatrixSlice , CDPL.Math.ConstFMatrixSlice , CDPL.Math.ConstLMatrixSlice , CDPL.Math.ConstULMatrixSlice , CDPL.Math.DMatrixSlice , CDPL.Math.FMatrixSlice , CDPL.Math.LMatrixSlice , CDPL.Math.ULMatrixSlice
• getStride2() : CDPL.Math.ConstDMatrixSlice , CDPL.Math.ConstFMatrixSlice , CDPL.Math.ConstLMatrixSlice , CDPL.Math.ConstULMatrixSlice , CDPL.Math.DMatrixSlice , CDPL.Math.FMatrixSlice , CDPL.Math.LMatrixSlice , CDPL.Math.ULMatrixSlice
• getStructure() : CDPL.Biomol.ResidueDictionary.Entry , CDPL.Biomol.ResidueDictionary , CDPL.Chem.PatternAtomTyper.Pattern , CDPL.Chem.SubstructureHistogramCalculator.Pattern , CDPL.Vis.StructureView2D
• getStructureData() : CDPL.Chem.ResonanceStructureGenerator
• getStyle() : CDPL.Vis.Brush
• getSubstructureSize() : CDPL.Chem.ConnectedSubstructureSet
• getSymbol() : CDPL.Chem.AtomDictionary.Entry , CDPL.Chem.AtomDictionary
• getSymbolicType() : CDPL.ForceField.MMFF94SymbolicAtomTypePatternTable.Entry , CDPL.ForceField.MMFF94SymbolicToNumericAtomTypeMap.Entry
• getSymmetryThreshold() : CDPL.Shape.FastGaussianShapeAlignment , CDPL.Shape.PrincipalAxesAlignmentStartGenerator
• getTautomerizationRule() : CDPL.Chem.TautomerGenerator
• getTerminalAtom1Index() : CDPL.ForceField.MMFF94AngleBendingInteraction , CDPL.ForceField.MMFF94OutOfPlaneBendingInteraction , CDPL.ForceField.MMFF94StretchBendInteraction , CDPL.ForceField.MMFF94TorsionInteraction
• getTerminalAtom1PTERow() : CDPL.ForceField.MMFF94DefaultStretchBendParameterTable.Entry
• getTerminalAtom1Type() : CDPL.ForceField.MMFF94AngleBendingParameterTable.Entry , CDPL.ForceField.MMFF94OutOfPlaneBendingParameterTable.Entry , CDPL.ForceField.MMFF94StretchBendParameterTable.Entry , CDPL.ForceField.MMFF94TorsionParameterTable.Entry
• getTerminalAtom2Index() : CDPL.ForceField.MMFF94AngleBendingInteraction , CDPL.ForceField.MMFF94OutOfPlaneBendingInteraction , CDPL.ForceField.MMFF94StretchBendInteraction , CDPL.ForceField.MMFF94TorsionInteraction
• getTerminalAtom2PTERow() : CDPL.ForceField.MMFF94DefaultStretchBendParameterTable.Entry
• getTerminalAtom2Type() : CDPL.ForceField.MMFF94AngleBendingParameterTable.Entry , CDPL.ForceField.MMFF94OutOfPlaneBendingParameterTable.Entry , CDPL.ForceField.MMFF94StretchBendParameterTable.Entry , CDPL.ForceField.MMFF94TorsionParameterTable.Entry
• getText() : CDPL.Vis.TextLabelPrimitive2D
• getTimeout() : CDPL.ConfGen.ConformerGeneratorSettings , CDPL.ConfGen.FragmentConformerGeneratorSettings.FragmentSettings , CDPL.ConfGen.StructureGeneratorSettings
• getTimeoutCallback() : CDPL.ConfGen.ConformerGenerator , CDPL.ConfGen.FragmentAssembler , CDPL.ConfGen.FragmentConformerGenerator , CDPL.ConfGen.FragmentLibraryGenerator , CDPL.ConfGen.StructureGenerator , CDPL.ConfGen.TorsionDriver
• getTolerance1() : CDPL.ConfGen.TorsionRule.AngleEntry
• getTolerance2() : CDPL.ConfGen.TorsionRule.AngleEntry
• getTopAlignmentConstraintFunction() : CDPL.Chem.SpatialAtomAlignment , CDPL.Chem.SpatialEntity3DAlignment , CDPL.Pharm.SpatialFeatureAlignment
• getTopologicalMapping() : CDPL.Chem.SpatialAtomAlignment , CDPL.Chem.SpatialEntity3DAlignment , CDPL.Pharm.SpatialFeatureAlignment
• getTorsionEnergy() : CDPL.ForceField.MMFF94EnergyCalculator , CDPL.ForceField.MMFF94GradientCalculator
• getTorsionInteractions() : CDPL.ForceField.MMFF94InteractionData
• getTorsionLibrary() : CDPL.ConfGen.TorsionRuleMatcher
• getTorsionParameter1() : CDPL.ForceField.MMFF94TorsionInteraction , CDPL.ForceField.MMFF94TorsionParameterTable.Entry
• getTorsionParameter2() : CDPL.ForceField.MMFF94TorsionInteraction , CDPL.ForceField.MMFF94TorsionParameterTable.Entry
• getTorsionParameter3() : CDPL.ForceField.MMFF94TorsionInteraction , CDPL.ForceField.MMFF94TorsionParameterTable.Entry
• getTorsionTypeIndex() : CDPL.ForceField.MMFF94TorsionInteraction , CDPL.ForceField.MMFF94TorsionParameterTable.Entry
• getTotalEnergy() : CDPL.ForceField.MMFF94EnergyCalculator , CDPL.ForceField.MMFF94GradientCalculator
• getTransform() : CDPL.Chem.SpatialAtomAlignment , CDPL.Chem.SpatialEntity3DAlignment , CDPL.Math.DKabschAlgorithm , CDPL.Math.FKabschAlgorithm , CDPL.Math.Vector2DArrayAlignmentCalculator , CDPL.Math.Vector2FArrayAlignmentCalculator , CDPL.Math.Vector3DArrayAlignmentCalculator , CDPL.Math.Vector3FArrayAlignmentCalculator , CDPL.Pharm.SpatialFeatureAlignment , CDPL.Shape.AlignmentResult , CDPL.Shape.GaussianShapeFunctionAlignment.Result
• getType() : CDPL.Biomol.ResidueDictionary.Entry , CDPL.Biomol.ResidueDictionary , CDPL.Chem.AtomDictionary.Entry , CDPL.Chem.AtomDictionary , CDPL.Chem.MatchConstraintList
• getTypeMatchFunction() : CDPL.Pharm.SpatialFeatureMapping
• getUpperBound() : CDPL.Util.DG2DCoordinatesGenerator.DistanceConstraint , CDPL.Util.DG3DCoordinatesGenerator.DistanceConstraint , CDPL.Util.DG3DCoordinatesGenerator.VolumeConstraint
• getValence() : CDPL.ForceField.MMFF94AtomTypePropertyTable.Entry
• getValenceStates() : CDPL.Chem.AtomDictionary.Entry , CDPL.Chem.AtomDictionary
• getvalue() : CDPL.Base.StringIOStream
• getValue() : CDPL.Chem.AtomMapping , CDPL.Chem.BondMapping , CDPL.Chem.Entity3DMapping , CDPL.Chem.MatchConstraint , CDPL.MolProp.ElementHistogram , CDPL.MolProp.MassComposition , CDPL.Pharm.FeatureMapping , CDPL.Pharm.FeatureTypeHistogram , CDPL.Vis.ColorTable , CDPL.Vis.SizeSpecification
• getValues() : CDPL.Chem.AtomMapping , CDPL.Chem.BondMapping , CDPL.Chem.Entity3DMapping , CDPL.MolProp.ElementHistogram , CDPL.MolProp.MassComposition , CDPL.Pharm.FeatureMapping , CDPL.Pharm.FeatureTypeHistogram , CDPL.Vis.ColorTable
• getVanDerWaalsEnergy() : CDPL.ForceField.MMFF94EnergyCalculator , CDPL.ForceField.MMFF94GradientCalculator
• getVanDerWaalsInteractions() : CDPL.ForceField.MMFF94InteractionData
• getVdWDistance() : CDPL.ForceField.UFFAtomTypePropertyTable.Entry
• getVdWEnergy() : CDPL.ForceField.UFFAtomTypePropertyTable.Entry
• getVdWRadius() : CDPL.Chem.AtomDictionary.Entry , CDPL.Chem.AtomDictionary
• getVdWScale() : CDPL.ForceField.UFFAtomTypePropertyTable.Entry
• getVolumeConstraint() : CDPL.Util.DG3DCoordinatesGenerator
• getVolumeConstraints() : CDPL.Util.DG3DCoordinatesGenerator
• getVolumeError() : CDPL.Util.DG3DCoordinatesGenerator
• getWidth() : CDPL.Vis.CairoBackend.CairoFontMetrics , CDPL.Vis.EllipsePrimitive2D , CDPL.Vis.FontMetrics , CDPL.Vis.Pen , CDPL.Vis.QtBackend.QtFontMetrics , CDPL.Vis.Rectangle2D
• getXExtent() : CDPL.Math.DRegularSpatialGrid , CDPL.Math.FRegularSpatialGrid
• getXMatrix() : CDPL.Math.DMLRModel , CDPL.Math.FMLRModel
• getXStepSize() : CDPL.Math.DRegularSpatialGrid , CDPL.Math.FRegularSpatialGrid
• getYExtent() : CDPL.Math.DRegularSpatialGrid , CDPL.Math.FRegularSpatialGrid
• getYStepSize() : CDPL.Math.DRegularSpatialGrid , CDPL.Math.FRegularSpatialGrid
• getYValues() : CDPL.Math.DMLRModel , CDPL.Math.FMLRModel
• getZExtent() : CDPL.Math.DRegularSpatialGrid , CDPL.Math.FRegularSpatialGrid
• getZStepSize() : CDPL.Math.DRegularSpatialGrid , CDPL.Math.FRegularSpatialGrid
• GNORM_REACHED : CDPL.Math.DVectorBFGSMinimizer.Status , CDPL.Math.FVectorBFGSMinimizer.Status , CDPL.Math.Vector2DArrayBFGSMinimizer.Status , CDPL.Math.Vector2FArrayBFGSMinimizer.Status , CDPL.Math.Vector3DArrayBFGSMinimizer.Status , CDPL.Math.Vector3FArrayBFGSMinimizer.Status
• GRAY : CDPL.Vis.Color
• GREATER : CDPL.Chem.MatchConstraint.Relation
• GREATER_OR_EQUAL : CDPL.Chem.MatchConstraint.Relation
• greedyOptimization() : CDPL.Shape.FastGaussianShapeAlignment , CDPL.Shape.GaussianShapeAlignment , CDPL.Shape.GaussianShapeFunctionAlignment , CDPL.Shape.ScreeningSettings
• GREEN : CDPL.Vis.Color