Here is a list of all documented class members with links to the class documentation for each member:

- i -

• I : CDPL.Chem.AtomType , CDPL.Chem.SybylAtomType
• identityMappingIncluded() : CDPL.Chem.AutomorphismGroupSearch
• IF_REQUIRED : CDPL.Vis.SizeAdjustment
• IGNORE_AROMATICITY : CDPL.Chem.BondMatchConstraint
• IMPLICIT_H_COUNT : CDPL.Chem.AtomMatchConstraint
• implicitHydrogensIncluded() : CDPL.Chem.SymmetryClassCalculator
• IN : CDPL.Base.IOStream.OpenMode
• In : CDPL.Chem.AtomType
• incBridgeheadAtoms : CDPL.Chem.StereoisomerGenerator
• INCHI : CDPL.Chem.DataFormat
• INCHI_INPUT_OPTIONS : CDPL.Chem.ControlParameter , CDPL.Chem.ControlParameterDefault
• INCHI_OUTPUT_OPTIONS : CDPL.Chem.ControlParameter , CDPL.Chem.ControlParameterDefault
• incInvNitrogens : CDPL.Chem.StereoisomerGenerator
• includeBridgeheadAtoms() : CDPL.Chem.StereoisomerGenerator
• includeChirality() : CDPL.Descr.CircularFingerprintGenerator
• includeHydrogens() : CDPL.Descr.CircularFingerprintGenerator , CDPL.Shape.GaussianShapeGenerator
• includeIdentityMapping() : CDPL.Chem.AutomorphismGroupSearch
• includeImplicitHydrogens() : CDPL.Chem.SymmetryClassCalculator
• includeInputCoordinates() : CDPL.ConfGen.ConformerGeneratorSettings
• includeInvertibleNitrogens() : CDPL.Chem.StereoisomerGenerator
• includeRingBonds() : CDPL.Chem.StereoisomerGenerator
• includeSpecifiedCenters() : CDPL.Chem.StereoisomerGenerator
• includeSplitBonds() : CDPL.Chem.FragmentGenerator
• includeSymmetricCenters() : CDPL.Chem.StereoisomerGenerator
• incRingBonds : CDPL.Chem.StereoisomerGenerator
• incSpecifiedCenters : CDPL.Chem.StereoisomerGenerator
• incSymmetricCenters : CDPL.Chem.StereoisomerGenerator
• init() : CDPL.Chem.MultiConfMoleculeInputProcessor , CDPL.Util.BronKerboschAlgorithm
• initLigandData() : CDPL.GRAIL.GRAILDescriptorCalculator , CDPL.GRAIL.GRAILXDescriptorCalculator
• initTargetData() : CDPL.GRAIL.GRAILDescriptorCalculator , CDPL.GRAIL.GRAILXDescriptorCalculator
• insertElement() : CDPL.Chem.AtomMatchExpressionList , CDPL.Chem.BondMatchExpressionList , CDPL.Chem.ElectronSystemList , CDPL.Chem.FragmentList , CDPL.Chem.MatchConstraintList , CDPL.Chem.MolecularGraphMatchExpressionList , CDPL.Chem.ReactionMatchExpressionList , CDPL.Chem.StringDataBlock , CDPL.ForceField.ElasticPotentialList , CDPL.ForceField.MMFF94AngleBendingInteractionList , CDPL.ForceField.MMFF94BondStretchingInteractionList , CDPL.ForceField.MMFF94ElectrostaticInteractionList , CDPL.ForceField.MMFF94OutOfPlaneBendingInteractionList , CDPL.ForceField.MMFF94StretchBendInteractionList , CDPL.ForceField.MMFF94TorsionInteractionList , CDPL.ForceField.MMFF94VanDerWaalsInteractionList , CDPL.Grid.DRegularGridSet , CDPL.Grid.FRegularGridSet , CDPL.Math.Vector2DArray , CDPL.Math.Vector2FArray , CDPL.Math.Vector2LArray , CDPL.Math.Vector2ULArray , CDPL.Math.Vector3DArray , CDPL.Math.Vector3FArray , CDPL.Math.Vector3LArray , CDPL.Math.Vector3ULArray , CDPL.Shape.GaussianShapeSet , CDPL.Util.BitSetArray , CDPL.Util.DArray , CDPL.Util.LArray , CDPL.Util.SArray , CDPL.Util.STArray , CDPL.Util.STPairArray , CDPL.Util.UIArray
• insertElements() : CDPL.Chem.AtomMatchExpressionList , CDPL.Chem.BondMatchExpressionList , CDPL.Chem.ElectronSystemList , CDPL.Chem.FragmentList , CDPL.Chem.MatchConstraintList , CDPL.Chem.MolecularGraphMatchExpressionList , CDPL.Chem.ReactionMatchExpressionList , CDPL.Chem.StringDataBlock , CDPL.ForceField.ElasticPotentialList , CDPL.ForceField.MMFF94AngleBendingInteractionList , CDPL.ForceField.MMFF94BondStretchingInteractionList , CDPL.ForceField.MMFF94ElectrostaticInteractionList , CDPL.ForceField.MMFF94OutOfPlaneBendingInteractionList , CDPL.ForceField.MMFF94StretchBendInteractionList , CDPL.ForceField.MMFF94TorsionInteractionList , CDPL.ForceField.MMFF94VanDerWaalsInteractionList , CDPL.Grid.DRegularGridSet , CDPL.Grid.FRegularGridSet , CDPL.Math.Vector2DArray , CDPL.Math.Vector2FArray , CDPL.Math.Vector2LArray , CDPL.Math.Vector2ULArray , CDPL.Math.Vector3DArray , CDPL.Math.Vector3FArray , CDPL.Math.Vector3LArray , CDPL.Math.Vector3ULArray , CDPL.Shape.GaussianShapeSet , CDPL.Util.BitSetArray , CDPL.Util.DArray , CDPL.Util.LArray , CDPL.Util.SArray , CDPL.Util.STArray , CDPL.Util.STPairArray , CDPL.Util.UIArray
• insertEntry() : CDPL.Chem.AtomMapping , CDPL.Chem.BondMapping , CDPL.Chem.Entity3DMapping , CDPL.MolProp.ElementHistogram , CDPL.MolProp.MassComposition , CDPL.Pharm.FeatureMapping , CDPL.Pharm.FeatureTypeHistogram , CDPL.Vis.ColorTable
• intersectsRectangle() : CDPL.Vis.Rectangle2D
• invertibleNitrogensIncluded() : CDPL.Chem.StereoisomerGenerator
• invokeCopyPostprocessingFunctions() : CDPL.Chem.Molecule , CDPL.Chem.Reaction
• invokeIOCallbacks() : CDPL.Base.DataIOBase
• Ir : CDPL.Chem.AtomType
• IS_CENTER : CDPL.Chem.ReactionCenterStatus
• isAromaticAtomType() : CDPL.ForceField.MMFF94AtomTypePropertyTable.Entry
• isatty() : CDPL.Base.StringIOStream
• isBold() : CDPL.Vis.Font
• isChemicalElement() : CDPL.Chem.AtomDictionary
• isClosed() : CDPL.Base.FileIOStream , CDPL.Base.StringIOStream , CDPL.Util.BZip2IOStream , CDPL.Util.BZip2IStream , CDPL.Util.BZip2OStream , CDPL.Util.GZipIOStream , CDPL.Util.GZipIStream , CDPL.Util.GZipOStream
• isConformation() : CDPL.Chem.MultiConfMoleculeInputProcessor
• isDefined() : CDPL.Vis.Rectangle2D
• isEmpty() : CDPL.Biomol.PDBData , CDPL.Chem.AtomMapping , CDPL.Chem.AtomMatchExpressionList , CDPL.Chem.BondMapping , CDPL.Chem.BondMatchExpressionList , CDPL.Chem.ElectronSystemList , CDPL.Chem.Entity3DMapping , CDPL.Chem.FragmentList , CDPL.Chem.MatchConstraintList , CDPL.Chem.MolecularGraphMatchExpressionList , CDPL.Chem.ReactionMatchExpressionList , CDPL.Chem.StereoisomerGenerator.StereoDescriptorArray , CDPL.Chem.StringDataBlock , CDPL.ForceField.ElasticPotentialList , CDPL.ForceField.MMFF94AngleBendingInteractionList , CDPL.ForceField.MMFF94BondStretchingInteractionList , CDPL.ForceField.MMFF94ElectrostaticInteractionList , CDPL.ForceField.MMFF94OutOfPlaneBendingInteractionList , CDPL.ForceField.MMFF94StretchBendInteractionList , CDPL.ForceField.MMFF94TorsionInteractionList , CDPL.ForceField.MMFF94VanDerWaalsInteractionList , CDPL.Grid.AttributedGrid , CDPL.Grid.DRegularGrid , CDPL.Grid.DRegularGridSet , CDPL.Grid.DSpatialGrid , CDPL.Grid.FRegularGrid , CDPL.Grid.FRegularGridSet , CDPL.Grid.FSpatialGrid , CDPL.Math.ConstDGridExpression , CDPL.Math.ConstDHomogenousCoordsAdapter , CDPL.Math.ConstDMatrixColumn , CDPL.Math.ConstDMatrixExpression , CDPL.Math.ConstDMatrixRange , CDPL.Math.ConstDMatrixRow , CDPL.Math.ConstDMatrixSlice , CDPL.Math.ConstDMatrixTranspose , CDPL.Math.ConstDQuaternionVectorAdapter , CDPL.Math.ConstDVectorExpression , CDPL.Math.ConstDVectorRange , CDPL.Math.ConstDVectorSlice , CDPL.Math.ConstFGridExpression , CDPL.Math.ConstFHomogenousCoordsAdapter , CDPL.Math.ConstFMatrixColumn , CDPL.Math.ConstFMatrixExpression , CDPL.Math.ConstFMatrixRange , CDPL.Math.ConstFMatrixRow , CDPL.Math.ConstFMatrixSlice , CDPL.Math.ConstFMatrixTranspose , CDPL.Math.ConstFQuaternionVectorAdapter , CDPL.Math.ConstFVectorExpression , CDPL.Math.ConstFVectorRange , CDPL.Math.ConstFVectorSlice , CDPL.Math.ConstLHomogenousCoordsAdapter , CDPL.Math.ConstLMatrixColumn , CDPL.Math.ConstLMatrixExpression , CDPL.Math.ConstLMatrixRange , CDPL.Math.ConstLMatrixRow , CDPL.Math.ConstLMatrixSlice , CDPL.Math.ConstLMatrixTranspose , CDPL.Math.ConstLowerTriangularDMatrixAdapter , CDPL.Math.ConstLowerTriangularFMatrixAdapter , CDPL.Math.ConstLowerTriangularLMatrixAdapter , CDPL.Math.ConstLowerTriangularULMatrixAdapter , CDPL.Math.ConstLQuaternionVectorAdapter , CDPL.Math.ConstLVectorExpression , CDPL.Math.ConstLVectorRange , CDPL.Math.ConstLVectorSlice , CDPL.Math.ConstULHomogenousCoordsAdapter , CDPL.Math.ConstULMatrixColumn , CDPL.Math.ConstULMatrixExpression , CDPL.Math.ConstULMatrixRange , CDPL.Math.ConstULMatrixRow , CDPL.Math.ConstULMatrixSlice , CDPL.Math.ConstULMatrixTranspose , CDPL.Math.ConstULQuaternionVectorAdapter , CDPL.Math.ConstULVectorExpression , CDPL.Math.ConstULVectorRange , CDPL.Math.ConstULVectorSlice , CDPL.Math.ConstUnitLowerTriangularDMatrixAdapter , CDPL.Math.ConstUnitLowerTriangularFMatrixAdapter , CDPL.Math.ConstUnitLowerTriangularLMatrixAdapter , CDPL.Math.ConstUnitLowerTriangularULMatrixAdapter , CDPL.Math.ConstUnitUpperTriangularDMatrixAdapter , CDPL.Math.ConstUnitUpperTriangularFMatrixAdapter , CDPL.Math.ConstUnitUpperTriangularLMatrixAdapter , CDPL.Math.ConstUnitUpperTriangularULMatrixAdapter , CDPL.Math.ConstUpperTriangularDMatrixAdapter , CDPL.Math.ConstUpperTriangularFMatrixAdapter , CDPL.Math.ConstUpperTriangularLMatrixAdapter , CDPL.Math.ConstUpperTriangularULMatrixAdapter , CDPL.Math.DGrid , CDPL.Math.DHomogenousCoordsAdapter , CDPL.Math.DIdentityMatrix , CDPL.Math.DMatrix , CDPL.Math.DMatrixColumn , CDPL.Math.DMatrixRange , CDPL.Math.DMatrixRow , CDPL.Math.DMatrixSlice , CDPL.Math.DMatrixTranspose , CDPL.Math.DQuaternionVectorAdapter , CDPL.Math.DRegularSpatialGrid , CDPL.Math.DRotationMatrix , CDPL.Math.DScalarGrid , CDPL.Math.DScalarMatrix , CDPL.Math.DScalarVector , CDPL.Math.DScalingMatrix , CDPL.Math.DTranslationMatrix , CDPL.Math.DUnitVector , CDPL.Math.DVector , CDPL.Math.DVectorRange , CDPL.Math.DVectorSlice , CDPL.Math.DZeroGrid , CDPL.Math.DZeroMatrix , CDPL.Math.DZeroVector , CDPL.Math.FGrid , CDPL.Math.FHomogenousCoordsAdapter , CDPL.Math.FIdentityMatrix , CDPL.Math.FMatrix , CDPL.Math.FMatrixColumn , CDPL.Math.FMatrixRange , CDPL.Math.FMatrixRow , CDPL.Math.FMatrixSlice , CDPL.Math.FMatrixTranspose , CDPL.Math.FQuaternionVectorAdapter , CDPL.Math.FRegularSpatialGrid , CDPL.Math.FRotationMatrix , CDPL.Math.FScalarGrid , CDPL.Math.FScalarMatrix , CDPL.Math.FScalarVector , CDPL.Math.FScalingMatrix , CDPL.Math.FTranslationMatrix , CDPL.Math.FUnitVector , CDPL.Math.FVector , CDPL.Math.FVectorRange , CDPL.Math.FVectorSlice , CDPL.Math.FZeroGrid , CDPL.Math.FZeroMatrix , CDPL.Math.FZeroVector , CDPL.Math.LHomogenousCoordsAdapter , CDPL.Math.LIdentityMatrix , CDPL.Math.LMatrix , CDPL.Math.LMatrixColumn , CDPL.Math.LMatrixRange , CDPL.Math.LMatrixRow , CDPL.Math.LMatrixSlice , CDPL.Math.LMatrixTranspose , CDPL.Math.LQuaternionVectorAdapter , CDPL.Math.LRotationMatrix , CDPL.Math.LScalarMatrix , CDPL.Math.LScalarVector , CDPL.Math.LScalingMatrix , CDPL.Math.LTranslationMatrix , CDPL.Math.LUnitVector , CDPL.Math.LVector , CDPL.Math.LVectorRange , CDPL.Math.LVectorSlice , CDPL.Math.LZeroMatrix , CDPL.Math.LZeroVector , CDPL.Math.Matrix2D , CDPL.Math.Matrix2F , CDPL.Math.Matrix2L , CDPL.Math.Matrix2UL , CDPL.Math.Matrix3D , CDPL.Math.Matrix3F , CDPL.Math.Matrix3L , CDPL.Math.Matrix3UL , CDPL.Math.Matrix4D , CDPL.Math.Matrix4F , CDPL.Math.Matrix4L , CDPL.Math.Matrix4UL , CDPL.Math.Range , CDPL.Math.Slice , CDPL.Math.SparseDMatrix , CDPL.Math.SparseDVector , CDPL.Math.SparseFMatrix , CDPL.Math.SparseFVector , CDPL.Math.SparseLMatrix , CDPL.Math.SparseLVector , CDPL.Math.SparseULMatrix , CDPL.Math.SparseULVector , CDPL.Math.ULHomogenousCoordsAdapter , CDPL.Math.ULIdentityMatrix , CDPL.Math.ULMatrix , CDPL.Math.ULMatrixColumn , CDPL.Math.ULMatrixRange , CDPL.Math.ULMatrixRow , CDPL.Math.ULMatrixSlice , CDPL.Math.ULMatrixTranspose , CDPL.Math.ULQuaternionVectorAdapter , CDPL.Math.ULRotationMatrix , CDPL.Math.ULScalarMatrix , CDPL.Math.ULScalarVector , CDPL.Math.ULScalingMatrix , CDPL.Math.ULTranslationMatrix , CDPL.Math.ULUnitVector , CDPL.Math.ULVector , CDPL.Math.ULVectorRange , CDPL.Math.ULVectorSlice , CDPL.Math.ULZeroMatrix , CDPL.Math.ULZeroVector , CDPL.Math.Vector2D , CDPL.Math.Vector2DArray , CDPL.Math.Vector2F , CDPL.Math.Vector2FArray , CDPL.Math.Vector2L , CDPL.Math.Vector2LArray , CDPL.Math.Vector2UL , CDPL.Math.Vector2ULArray , CDPL.Math.Vector3D , CDPL.Math.Vector3DArray , CDPL.Math.Vector3F , CDPL.Math.Vector3FArray , CDPL.Math.Vector3L , CDPL.Math.Vector3LArray , CDPL.Math.Vector3UL , CDPL.Math.Vector3ULArray , CDPL.Math.Vector4D , CDPL.Math.Vector4F , CDPL.Math.Vector4L , CDPL.Math.Vector4UL , CDPL.Math.Vector7D , CDPL.MolProp.ElementHistogram , CDPL.MolProp.MassComposition , CDPL.Pharm.FeatureMapping , CDPL.Pharm.FeatureTypeHistogram , CDPL.Shape.GaussianShapeSet , CDPL.Shape.Vector7D , CDPL.Util.BitSet , CDPL.Util.BitSetArray , CDPL.Util.DArray , CDPL.Util.LArray , CDPL.Util.SArray , CDPL.Util.STArray , CDPL.Util.STPairArray , CDPL.Util.UIArray , CDPL.Vis.ColorTable , CDPL.Vis.Path2D
• isFallbackType() : CDPL.ForceField.MMFF94SymbolicAtomTypePatternTable.Entry
• isFeatureEnabled() : CDPL.Pharm.PharmacophoreGenerator
• isGeneric() : CDPL.Chem.FragmentGenerator.ExcludePattern
• isHalogen() : CDPL.Chem.AtomDictionary
• isImidazoliumCation() : CDPL.ForceField.MMFF94AromaticAtomTypeDefinitionTable.Entry
• isInteractionEnabled() : CDPL.GRAIL.GRAILDataSetGenerator
• isItalic() : CDPL.Vis.Font
• isLinearAngle() : CDPL.ForceField.MMFF94AngleBendingInteraction
• isMainGroupElement() : CDPL.Chem.AtomDictionary
• isMetal() : CDPL.Chem.AtomDictionary.Entry , CDPL.Chem.AtomDictionary
• isMultiRecordFormat() : CDPL.Base.DataFormat
• isN5RingAnion() : CDPL.ForceField.MMFF94AromaticAtomTypeDefinitionTable.Entry
• isNobleGas() : CDPL.Chem.AtomDictionary
• isNonMetal() : CDPL.Chem.AtomDictionary.Entry , CDPL.Chem.AtomDictionary
• isObsolete() : CDPL.Biomol.ResidueDictionary.Entry , CDPL.Biomol.ResidueDictionary
• ISOTOPE : CDPL.Chem.AtomMatchConstraint , CDPL.Chem.AtomPropertyFlag
• ISOTOPE_INFO_CLEARED : CDPL.Chem.ChEMBLStandardizer.ChangeFlags
• isotopesRegarded() : CDPL.Chem.TautomerGenerator
• isOverlined() : CDPL.Vis.Font
• isParameterSet() : CDPL.Base.ControlParameterContainer
• isProperSubsetOf() : CDPL.Util.BitSet
• isPropertySet() : CDPL.Base.PropertyContainer
• isRelative() : CDPL.Vis.SizeSpecification
• isSemiMetal() : CDPL.Chem.AtomDictionary
• isStdResidue() : CDPL.Biomol.ResidueDictionary
• isStrikedOut() : CDPL.Vis.Font
• isSubsetOf() : CDPL.Util.BitSet
• isTransitionMetal() : CDPL.Chem.AtomDictionary
• isUnderlined() : CDPL.Vis.Font
• isValid() : CDPL.Chem.StereoDescriptor
• items() : CDPL.Chem.AtomMapping , CDPL.Chem.BondMapping , CDPL.Chem.Entity3DMapping , CDPL.MolProp.ElementHistogram , CDPL.MolProp.MassComposition , CDPL.Pharm.FeatureMapping , CDPL.Pharm.FeatureTypeHistogram , CDPL.Vis.ColorTable
• ITER_LIMIT_REACHED : CDPL.Math.DVectorBFGSMinimizer.Status , CDPL.Math.FVectorBFGSMinimizer.Status , CDPL.Math.Vector2DArrayBFGSMinimizer.Status , CDPL.Math.Vector2FArrayBFGSMinimizer.Status , CDPL.Math.Vector3DArrayBFGSMinimizer.Status , CDPL.Math.Vector3FArrayBFGSMinimizer.Status
• iterate() : CDPL.Math.DVectorBFGSMinimizer , CDPL.Math.FVectorBFGSMinimizer , CDPL.Math.Vector2DArrayBFGSMinimizer , CDPL.Math.Vector2FArrayBFGSMinimizer , CDPL.Math.Vector3DArrayBFGSMinimizer , CDPL.Math.Vector3FArrayBFGSMinimizer