Here is a list of all documented namespace members with links to the namespaces they belong to:

- c -

• calc2DCoordinates() : CDPL.Chem
• calcAlignedColorTverskyScore() : CDPL.Shape
• calcAlignedShapeTverskyScore() : CDPL.Shape
• calcAlignedTotalOverlapTverskyScore() : CDPL.Shape
• calcAlignedTverskyComboScore() : CDPL.Shape
• calcAtomCIPConfigurations() : CDPL.Chem
• calcAtomHydrophobicities() : CDPL.MolProp
• calcAtomStereoDescriptors() : CDPL.Chem
• calcAtomStereoDescriptorsFromMDLParities() : CDPL.Chem
• calcBasicProperties() : CDPL.Chem
• calcBond2DStereoFlags() : CDPL.Chem
• calcBondAngle() : CDPL.ForceField
• calcBondAngleCos() : CDPL.ForceField
• calcBondAngleCosDerivatives() : CDPL.ForceField
• calcBondCIPConfigurations() : CDPL.Chem
• calcBondLengthsAndAngle() : CDPL.ForceField
• calcBondLengthsAndAngleCos() : CDPL.ForceField
• calcBondStereoDescriptors() : CDPL.Chem
• calcBoundingBox() : CDPL.Chem
• calcCanonicalNumbering() : CDPL.Chem
• calcCenterAlignmentTransforms() : CDPL.Shape
• calcCenterOfMass() : CDPL.Chem
• calcCentroid() : CDPL.Chem , CDPL.Math
• calcCIPPriorities() : CDPL.Chem
• calcColorTanimotoScore() : CDPL.Shape
• calcColorTverskyScore() : CDPL.Shape
• calcConfiguration() : CDPL.Chem
• calcCosineSimilarity() : CDPL.Descr
• calcCyclomaticNumber() : CDPL.MolProp
• calcDiceSimilarity() : CDPL.Descr
• calcDihedralAngleCos() : CDPL.ForceField
• calcDihedralAngleCosDerivatives() : CDPL.ForceField
• calcDipoleMoment() : CDPL.MolProp
• calcDistance() : CDPL.ForceField
• calcDistanceDerivatives() : CDPL.ForceField
• calcEffectivePolarizability() : CDPL.MolProp
• calcElasticPotentialEnergy() : CDPL.ForceField
• calcElasticPotentialGradient() : CDPL.ForceField
• calcEuclideanDistance() : CDPL.Descr
• calcEuclideanSimilarity() : CDPL.Descr
• calcExplicitMass() : CDPL.MolProp
• calcExplicitMassComposition() : CDPL.MolProp
• calcExplicitValence() : CDPL.MolProp
• calcFormalCharge() : CDPL.Chem
• calcFormalCharges() : CDPL.Chem
• calcFreeValenceElectronCount() : CDPL.MolProp
• calcGeometricalDiameter() : CDPL.Descr
• calcGeometricalDistanceMatrix() : CDPL.Chem
• calcGeometricalRadius() : CDPL.Descr
• calcHammingDistance() : CDPL.Descr
• calcHashCode() : CDPL.Chem
• calcHydrogen3DCoordinates() : CDPL.Chem
• calcImplicitHydrogenCount() : CDPL.Chem
• calcImplicitHydrogenCounts() : CDPL.Chem
• calcInductiveEffect() : CDPL.MolProp
• calcKierShape1() : CDPL.Descr
• calcKierShape2() : CDPL.Descr
• calcKierShape3() : CDPL.Descr
• calcLogS() : CDPL.MolProp
• calcLonePairElectronegativity() : CDPL.MolProp
• calcManhattanSimilarity() : CDPL.Descr
• calcMass() : CDPL.MolProp
• calcMassComposition() : CDPL.MolProp
• calcMDLParities() : CDPL.Chem
• calcMDLParity() : CDPL.Chem
• calcMeanPolarizability() : CDPL.MolProp
• calcMHMOProperties() : CDPL.MolProp
• calcMMFF94AngleBendingEnergy() : CDPL.ForceField
• calcMMFF94AngleBendingGradient() : CDPL.ForceField
• calcMMFF94AtomCharges() : CDPL.ForceField
• calcMMFF94BondStretchingEnergy() : CDPL.ForceField
• calcMMFF94BondStretchingGradient() : CDPL.ForceField
• calcMMFF94ElectrostaticEnergy() : CDPL.ForceField
• calcMMFF94ElectrostaticGradient() : CDPL.ForceField
• calcMMFF94OutOfPlaneBendingEnergy() : CDPL.ForceField
• calcMMFF94OutOfPlaneBendingGradient() : CDPL.ForceField
• calcMMFF94StretchBendEnergy() : CDPL.ForceField
• calcMMFF94StretchBendGradient() : CDPL.ForceField
• calcMMFF94TorsionEnergy() : CDPL.ForceField
• calcMMFF94TorsionGradient() : CDPL.ForceField
• calcMMFF94VanDerWaalsEnergy() : CDPL.ForceField
• calcMMFF94VanDerWaalsGradient() : CDPL.ForceField
• calcMolecularComplexity() : CDPL.Descr
• calcMorganNumbering() : CDPL.Chem
• calcOutOfPlaneAngle() : CDPL.ForceField
• calcOutOfPlaneAngleCosDerivatives() : CDPL.ForceField
• calcPEOEProperties() : CDPL.MolProp
• calcPiElectronegativity() : CDPL.MolProp
• calcPolarizability() : CDPL.MolProp
• calcPrincipalAxes() : CDPL.Shape
• calcQuadrupoleTensorEigenDecomposition() : CDPL.Shape
• calcRandicIndex() : CDPL.Descr
• calcReferenceColorTverskyScore() : CDPL.Shape
• calcReferenceShapeTverskyScore() : CDPL.Shape
• calcReferenceTotalOverlapTverskyScore() : CDPL.Shape
• calcReferenceTverskyComboScore() : CDPL.Shape
• calcRingComplexity() : CDPL.Descr
• calcRMSD() : CDPL.Math
• calcShapeTanimotoScore() : CDPL.Shape
• calcShapeTverskyScore() : CDPL.Shape
• calcSquaredDistance() : CDPL.ForceField
• calcStereoDescriptor() : CDPL.Chem
• calcStereoDescriptorFromMDLParity() : CDPL.Chem
• calcStericNumber() : CDPL.MolProp
• calcTanimotoComboScore() : CDPL.Shape
• calcTanimotoSimilarity() : CDPL.Descr
• calcTopologicalDiameter() : CDPL.Descr
• calcTopologicalDistanceMatrix() : CDPL.Chem
• calcTopologicalRadius() : CDPL.Descr
• calcTotalOverlapTanimotoScore() : CDPL.Shape
• calcTotalOverlapTverskyScore() : CDPL.Shape
• calcTotalPartialCharge() : CDPL.MolProp
• calcTotalWalkCount() : CDPL.Descr
• calcTPSA() : CDPL.MolProp
• calcTverskyComboScore() : CDPL.Shape
• calcTverskySimilarity() : CDPL.Descr
• calcValence() : CDPL.MolProp
• calcValenceElectronCount() : CDPL.MolProp
• calcWienerIndex() : CDPL.Descr
• calcXLogP() : CDPL.MolProp
• calcZagrebIndex1() : CDPL.Descr
• calcZagrebIndex2() : CDPL.Descr
• canonicalize() : CDPL.Chem
• centerAndAlignPrincipalAxes() : CDPL.Shape
• checkForExclusionVolumeClashes() : CDPL.Pharm
• checkIfSameFile() : CDPL.Util
• clear2DCoordinates() : CDPL.Chem
• clear2DStereoFlag() : CDPL.Chem
• clear3DCoordinates() : CDPL.Chem
• clear3DCoordinatesArray() : CDPL.Chem
• clearAgentAlignment() : CDPL.Vis
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• clearAlignmentParameter() : CDPL.Vis
• clearAltLocationID() : CDPL.Biomol
• clearAromaticityFlag() : CDPL.Chem
• clearAromaticSubstructure() : CDPL.Chem
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• clearBondLengthParameter() : CDPL.Vis
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• clearBondLineSpacingParameter() : CDPL.Vis
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• clearBondLineWidthParameter() : CDPL.Vis
• clearBondMemberSwapStereoFixParameter() : CDPL.Chem
• clearCanonicalNumber() : CDPL.Chem
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• clearCheckLineLengthParameter() : CDPL.Biomol , CDPL.Chem
• clearCIPConfiguration() : CDPL.Chem
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• clearColor() : CDPL.Vis
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• clearComment() : CDPL.Chem
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• clearConfIndexNameSuffixPatternParameter() : CDPL.Chem
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• clearDoubleBondTrimLengthParameter() : CDPL.Vis
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• clearHeteroAtomFlag() : CDPL.Biomol
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• clearHydrophobicity() : CDPL.MolProp , CDPL.Pharm
• clearImplicitHydrogenCount() : CDPL.Chem
• clearINCHIInputOptionsParameter() : CDPL.Chem
• clearINCHIOutputOptionsParameter() : CDPL.Chem
• clearIsotope() : CDPL.Chem
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• clearMDLChiralFlag() : CDPL.Chem
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• clearMDLCTABVersion() : CDPL.Chem
• clearMDLCTABVersionParameter() : CDPL.Chem
• clearMDLDimensionality() : CDPL.Chem
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• clearMDLRXNFileVersionParameter() : CDPL.Chem
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• clearMDLTrimStringsParameter() : CDPL.Chem
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• clearMDLTruncateStringsParameter() : CDPL.Chem
• clearMDLUpdateTimestampParameter() : CDPL.Chem
• clearMDLUserInitials() : CDPL.Chem
• clearMHMOPiCharge() : CDPL.MolProp
• clearMHMOPiOrder() : CDPL.MolProp
• clearMMFF94AromaticRings() : CDPL.ForceField
• clearMMFF94Charge() : CDPL.ForceField
• clearMMFF94NumericType() : CDPL.ForceField
• clearMMFF94SymbolicType() : CDPL.ForceField
• clearMMFF94TypeIndex() : CDPL.ForceField
• clearModelNumber() : CDPL.Biomol
• clearMOL2CalcFormalChargesParameter() : CDPL.Chem
• clearMOL2Charge() : CDPL.Chem
• clearMOL2ChargeType() : CDPL.Chem
• clearMOL2ChargeTypeParameter() : CDPL.Chem
• clearMOL2EnableAromaticBondTypesParameter() : CDPL.Chem
• clearMOL2EnableExtendedAtomTypesParameter() : CDPL.Chem
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• clearMOL2MoleculeTypeParameter() : CDPL.Chem
• clearMOL2Name() : CDPL.Chem
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• clearMorganNumber() : CDPL.Chem
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• clearMultiConfImportParameter() : CDPL.Chem
• clearMultiConfInputProcessorParameter() : CDPL.Chem
• clearName() : CDPL.Chem , CDPL.Grid , CDPL.Pharm
• clearOccupancy() : CDPL.Biomol
• clearOptionalFlag() : CDPL.Pharm
• clearOrder() : CDPL.Chem
• clearOrdinaryHydrogenDepleteParameter() : CDPL.Chem
• clearOrientation() : CDPL.Pharm
• clearOutputConfEnergyAsCommentParameter() : CDPL.Chem
• clearPDBApplyDictAtomBondingToNonStdResiduesParameter() : CDPL.Biomol
• clearPDBApplyDictAtomBondingToStdResiduesParameter() : CDPL.Biomol
• clearPDBApplyDictAtomTypesParameter() : CDPL.Biomol
• clearPDBApplyDictBondOrdersToNonStdResiduesParameter() : CDPL.Biomol
• clearPDBApplyDictBondOrdersToStdResiduesParameter() : CDPL.Biomol
• clearPDBApplyDictFormalAtomChargesParameter() : CDPL.Biomol
• clearPDBCalcMissingFormalChargesParameter() : CDPL.Biomol
• clearPDBData() : CDPL.Biomol
• clearPDBDeduceBondOrdersFromCONECTRecordsParameter() : CDPL.Biomol
• clearPDBEvaluateMASTERRecordParameter() : CDPL.Biomol
• clearPDBFormatVersionParameter() : CDPL.Biomol
• clearPDBIgnoreConectRecordsParameter() : CDPL.Biomol
• clearPDBIgnoreFormalChargeFieldParameter() : CDPL.Biomol
• clearPDBPerceiveMissingBondOrdersParameter() : CDPL.Biomol
• clearPDBResidueDictionaryParameter() : CDPL.Biomol
• clearPDBTruncateLinesParameter() : CDPL.Biomol
• clearPDBWriteCONECTRecordsForAllBondsParameter() : CDPL.Biomol
• clearPDBWriteCONECTRecordsParameter() : CDPL.Biomol
• clearPDBWriteCONECTRecordsReflectingBondOrderParameter() : CDPL.Biomol
• clearPDBWriteFormalChargesParameter() : CDPL.Biomol
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• clearPiElectronSystems() : CDPL.Chem
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• clearRadicalElectronDotSize() : CDPL.Vis
• clearRadicalElectronDotSizeParameter() : CDPL.Vis
• clearRadicalType() : CDPL.Chem
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• clearReactionCenterLineLength() : CDPL.Vis
• clearReactionCenterLineLengthParameter() : CDPL.Vis
• clearReactionCenterLineSpacing() : CDPL.Vis
• clearReactionCenterLineSpacingParameter() : CDPL.Vis
• clearReactionCenterStatus() : CDPL.Chem
• clearReactionComponentLayoutDirectionParameter() : CDPL.Vis
• clearReactionComponentLayoutParameter() : CDPL.Vis
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• clearRings() : CDPL.Chem
• clearSecondaryAtomLabelFont() : CDPL.Vis
• clearSecondaryAtomLabelFontParameter() : CDPL.Vis
• clearSecondaryAtomLabelSize() : CDPL.Vis
• clearSecondaryAtomLabelSizeParameter() : CDPL.Vis
• clearSecondaryLabelFont() : CDPL.Vis
• clearSecondaryLabelSize() : CDPL.Vis
• clearSerialNumber() : CDPL.Biomol
• clearShowAgents() : CDPL.Vis
• clearShowAtomConfigurationLabelsParameter() : CDPL.Vis
• clearShowAtomQueryInfosParameter() : CDPL.Vis
• clearShowAtomReactionInfosParameter() : CDPL.Vis
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• clearShowBondQueryInfosParameter() : CDPL.Vis
• clearShowBondReactionInfosParameter() : CDPL.Vis
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• clearShowReactionAgentsParameter() : CDPL.Vis
• clearShowReactionPlusSignsParameter() : CDPL.Vis
• clearShowReactionProductsParameter() : CDPL.Vis
• clearShowReactionReactantsParameter() : CDPL.Vis
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• clearSizeAdjustmentParameter() : CDPL.Vis
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• clearSSSR() : CDPL.Chem
• clearStereoBondHashSpacing() : CDPL.Vis
• clearStereoBondHashSpacingParameter() : CDPL.Vis
• clearStereoBondWedgeWidth() : CDPL.Vis
• clearStereoBondWedgeWidthParameter() : CDPL.Vis
• clearStereoCenterFlag() : CDPL.Chem
• clearStereoDescriptor() : CDPL.Chem
• clearStoichiometricNumber() : CDPL.Chem
• clearStrictErrorCheckingParameter() : CDPL.Biomol , CDPL.Chem , CDPL.ConfGen , CDPL.Grid , CDPL.Pharm
• clearStructureData() : CDPL.Chem
• clearSubstructure() : CDPL.Pharm
• clearSybylType() : CDPL.Chem
• clearSymbol() : CDPL.Chem
• clearSymmetryClass() : CDPL.Chem
• clearTargetFeatureType() : CDPL.GRAIL
• clearTimestamp() : CDPL.Chem
• clearTolerance() : CDPL.Pharm
• clearTopologicalDistanceMatrix() : CDPL.Chem
• clearTripleBondTrimLength() : CDPL.Vis
• clearTripleBondTrimLengthParameter() : CDPL.Vis
• clearType() : CDPL.Chem , CDPL.Pharm
• clearUFFType() : CDPL.ForceField
• clearUnpairedElectronCount() : CDPL.Chem
• clearUseCalculatedAtomCoordinatesParameter() : CDPL.Vis
• clearViewportParameter() : CDPL.Vis
• clearWeight() : CDPL.Pharm
• clearXYZCalcFormalChargesParameter() : CDPL.Chem
• clearXYZCommentIsNameParameter() : CDPL.Chem
• clearXYZPerceiveBondOrdersParameter() : CDPL.Chem
• clearXYZPerceiveConnectivityParameter() : CDPL.Chem
• column() : CDPL.Math
• combineInterferingResidueCoordinates() : CDPL.Biomol
• conj() : CDPL.Math
• connectAtoms() : CDPL.Chem
• containsFragmentWithBond() : CDPL.Chem
• containsFragmentWithMinSize() : CDPL.Chem
• containsMolecularGraph() : CDPL.Chem
• convertMOL2ToPDBResidueInfo() : CDPL.Biomol
• copyAtomsIf() : CDPL.Chem
• copyAtomsIfNot() : CDPL.Chem
• createAtomTypeMask() : CDPL.Chem
• createExclusionVolumes() : CDPL.Pharm
• createFragmentLinkBondMask() : CDPL.ConfGen
• createRotatableBondMask() : CDPL.ConfGen
• cross() : CDPL.Math
• crossProd() : CDPL.Math