- c -

calc2DCoordinates() : CDPL.Chem
calcAlignedColorTverskyScore() : CDPL.Shape
calcAlignedShapeTverskyScore() : CDPL.Shape
calcAlignedTotalOverlapTverskyScore() : CDPL.Shape
calcAlignedTverskyComboScore() : CDPL.Shape
calcAtomCIPConfigurations() : CDPL.Chem
calcAtomHydrophobicities() : CDPL.MolProp
calcAtomStereoDescriptors() : CDPL.Chem
calcAtomStereoDescriptorsFromMDLParities() : CDPL.Chem
calcBasicProperties() : CDPL.Chem
calcBond2DStereoFlags() : CDPL.Chem
calcBondAngle() : CDPL.ForceField
calcBondAngleCos() : CDPL.ForceField
calcBondAngleCosDerivatives() : CDPL.ForceField
calcBondCIPConfigurations() : CDPL.Chem
calcBondLengthsAndAngle() : CDPL.ForceField
calcBondLengthsAndAngleCos() : CDPL.ForceField
calcBondStereoDescriptors() : CDPL.Chem
calcBoundingBox() : CDPL.Chem
calcCanonicalNumbering() : CDPL.Chem
calcCenterAlignmentTransforms() : CDPL.Shape
calcCenterOfMass() : CDPL.Chem
calcCentroid() : CDPL.Chem , CDPL.Math
calcCIPPriorities() : CDPL.Chem
calcColorTanimotoScore() : CDPL.Shape
calcColorTverskyScore() : CDPL.Shape
calcConfiguration() : CDPL.Chem
calcCosineSimilarity() : CDPL.Descr
calcCyclomaticNumber() : CDPL.MolProp
calcDiceSimilarity() : CDPL.Descr
calcDihedralAngleCos() : CDPL.ForceField
calcDihedralAngleCosDerivatives() : CDPL.ForceField
calcDipoleMoment() : CDPL.MolProp
calcDistance() : CDPL.ForceField
calcDistanceDerivatives() : CDPL.ForceField
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calcElasticPotentialEnergy() : CDPL.ForceField
calcElasticPotentialGradient() : CDPL.ForceField
calcEuclideanDistance() : CDPL.Descr
calcEuclideanSimilarity() : CDPL.Descr
calcExplicitMass() : CDPL.MolProp
calcExplicitMassComposition() : CDPL.MolProp
calcExplicitValence() : CDPL.MolProp
calcFormalCharge() : CDPL.Chem
calcFormalCharges() : CDPL.Chem
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calcGeometricalDiameter() : CDPL.Descr
calcGeometricalDistanceMatrix() : CDPL.Chem
calcGeometricalRadius() : CDPL.Descr
calcHammingDistance() : CDPL.Descr
calcHashCode() : CDPL.Chem
calcHydrogen3DCoordinates() : CDPL.Chem
calcImplicitHydrogenCount() : CDPL.Chem
calcImplicitHydrogenCounts() : CDPL.Chem
calcInductiveEffect() : CDPL.MolProp
calcKierShape1() : CDPL.Descr
calcKierShape2() : CDPL.Descr
calcKierShape3() : CDPL.Descr
calcLogS() : CDPL.MolProp
calcLonePairElectronegativity() : CDPL.MolProp
calcManhattanSimilarity() : CDPL.Descr
calcMass() : CDPL.MolProp
calcMassComposition() : CDPL.MolProp
calcMDLParities() : CDPL.Chem
calcMDLParity() : CDPL.Chem
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calcMMFF94AngleBendingGradient() : CDPL.ForceField
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calcMMFF94OutOfPlaneBendingGradient() : CDPL.ForceField
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calcMMFF94TorsionGradient() : CDPL.ForceField
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calcMMFF94VanDerWaalsGradient() : CDPL.ForceField
calcMolecularComplexity() : CDPL.Descr
calcMorganNumbering() : CDPL.Chem
calcOutOfPlaneAngle() : CDPL.ForceField
calcOutOfPlaneAngleCosDerivatives() : CDPL.ForceField
calcPEOEProperties() : CDPL.MolProp
calcPiElectronegativity() : CDPL.MolProp
calcPolarizability() : CDPL.MolProp
calcPrincipalAxes() : CDPL.Shape
calcQuadrupoleTensorEigenDecomposition() : CDPL.Shape
calcRandicIndex() : CDPL.Descr
calcReferenceColorTverskyScore() : CDPL.Shape
calcReferenceShapeTverskyScore() : CDPL.Shape
calcReferenceTotalOverlapTverskyScore() : CDPL.Shape
calcReferenceTverskyComboScore() : CDPL.Shape
calcRingComplexity() : CDPL.Descr
calcRMSD() : CDPL.Math
calcShapeTanimotoScore() : CDPL.Shape
calcShapeTverskyScore() : CDPL.Shape
calcSquaredDistance() : CDPL.ForceField
calcStereoDescriptor() : CDPL.Chem
calcStereoDescriptorFromMDLParity() : CDPL.Chem
calcStericNumber() : CDPL.MolProp
calcTanimotoComboScore() : CDPL.Shape
calcTanimotoSimilarity() : CDPL.Descr
calcTopologicalDiameter() : CDPL.Descr
calcTopologicalDistanceMatrix() : CDPL.Chem
calcTopologicalRadius() : CDPL.Descr
calcTotalOverlapTanimotoScore() : CDPL.Shape
calcTotalOverlapTverskyScore() : CDPL.Shape
calcTotalPartialCharge() : CDPL.MolProp
calcTotalWalkCount() : CDPL.Descr
calcTPSA() : CDPL.MolProp
calcTverskyComboScore() : CDPL.Shape
calcTverskySimilarity() : CDPL.Descr
calcValence() : CDPL.MolProp
calcValenceElectronCount() : CDPL.MolProp
calcWienerIndex() : CDPL.Descr
calcXLogP() : CDPL.MolProp
calcZagrebIndex1() : CDPL.Descr
calcZagrebIndex2() : CDPL.Descr
canonicalize() : CDPL.Chem
centerAndAlignPrincipalAxes() : CDPL.Shape
checkForExclusionVolumeClashes() : CDPL.Pharm
checkIfSameFile() : CDPL.Util
clear2DCoordinates() : CDPL.Chem
clear2DStereoFlag() : CDPL.Chem
clear3DCoordinates() : CDPL.Chem
clear3DCoordinatesArray() : CDPL.Chem
clearAgentAlignment() : CDPL.Vis
clearAgentLayout() : CDPL.Vis
clearAgentLayoutDirection() : CDPL.Vis
clearAlignmentParameter() : CDPL.Vis
clearAltLocationID() : CDPL.Biomol
clearAromaticityFlag() : CDPL.Chem
clearAromaticSubstructure() : CDPL.Chem
clearArrowColor() : CDPL.Vis
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clearArrowHeadWidth() : CDPL.Vis
clearArrowLength() : CDPL.Vis
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clearArrowStyle() : CDPL.Vis
clearAtomColor() : CDPL.Vis
clearAtomColorParameter() : CDPL.Vis
clearAtomColorTable() : CDPL.Vis
clearAtomColorTableParameter() : CDPL.Vis
clearAtomConfigurationLabelFont() : CDPL.Vis
clearAtomConfigurationLabelFontParameter() : CDPL.Vis
clearAtomConfigurationLabelSize() : CDPL.Vis
clearAtomConfigurationLabelSizeParameter() : CDPL.Vis
clearAtomLabelFont() : CDPL.Vis
clearAtomLabelFontParameter() : CDPL.Vis
clearAtomLabelMargin() : CDPL.Vis
clearAtomLabelMarginParameter() : CDPL.Vis
clearAtomLabelSize() : CDPL.Vis
clearAtomLabelSizeParameter() : CDPL.Vis
clearAtomMapping() : CDPL.Chem
clearAtomMappingID() : CDPL.Chem
clearBackgroundColorParameter() : CDPL.Vis
clearBFactor() : CDPL.Biomol
clearBondColor() : CDPL.Vis
clearBondColorParameter() : CDPL.Vis
clearBondConfigurationLabelFont() : CDPL.Vis
clearBondConfigurationLabelFontParameter() : CDPL.Vis
clearBondConfigurationLabelSize() : CDPL.Vis
clearBondConfigurationLabelSizeParameter() : CDPL.Vis
clearBondLabelFont() : CDPL.Vis
clearBondLabelFontParameter() : CDPL.Vis
clearBondLabelMargin() : CDPL.Vis
clearBondLabelMarginParameter() : CDPL.Vis
clearBondLabelSize() : CDPL.Vis
clearBondLabelSizeParameter() : CDPL.Vis
clearBondLengthParameter() : CDPL.Vis
clearBondLineSpacing() : CDPL.Vis
clearBondLineSpacingParameter() : CDPL.Vis
clearBondLineWidth() : CDPL.Vis
clearBondLineWidthParameter() : CDPL.Vis
clearBondMemberSwapStereoFixParameter() : CDPL.Chem
clearCanonicalNumber() : CDPL.Chem
clearCDFWriteSinglePrecisionFloatsParameter() : CDPL.Chem , CDPL.Grid , CDPL.Pharm
clearChainID() : CDPL.Biomol
clearCheckLineLengthParameter() : CDPL.Biomol , CDPL.Chem
clearCIPConfiguration() : CDPL.Chem
clearCIPPriority() : CDPL.Chem
clearColor() : CDPL.Vis
clearCombineInterferingResidueCoordinatesParameter() : CDPL.Biomol
clearComment() : CDPL.Chem
clearComponentGroupID() : CDPL.Chem
clearComponentGroups() : CDPL.Chem
clearComponentLayout() : CDPL.Vis
clearComponentLayoutDirection() : CDPL.Vis
clearComponentMargin() : CDPL.Vis
clearComponents() : CDPL.Chem
clearConfigurationLabelFont() : CDPL.Vis
clearConfigurationLabelSize() : CDPL.Vis
clearConfIndexNameSuffixPatternParameter() : CDPL.Chem
clearConformationIndex() : CDPL.Chem
clearConformations() : CDPL.Chem
clearConformerEnergies() : CDPL.Chem
clearCoordinatesDimensionParameter() : CDPL.Chem
clearCyclicSubstructure() : CDPL.Chem
clearDirection() : CDPL.Chem
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clearDoubleBondTrimLength() : CDPL.Vis
clearDoubleBondTrimLengthParameter() : CDPL.Vis
clearFeatureType() : CDPL.GRAIL
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clearGeometricalDistanceMatrix() : CDPL.Chem
clearGeometry() : CDPL.Pharm
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clearHeteroAtomFlag() : CDPL.Biomol
clearHybridizationState() : CDPL.Chem
clearHydrophobicity() : CDPL.MolProp , CDPL.Pharm
clearImplicitHydrogenCount() : CDPL.Chem
clearINCHIInputOptionsParameter() : CDPL.Chem
clearINCHIOutputOptionsParameter() : CDPL.Chem
clearIsotope() : CDPL.Chem
clearJMESeparateComponentsParameter() : CDPL.Chem
clearLabelFont() : CDPL.Vis
clearLabelMargin() : CDPL.Vis
clearLabelSize() : CDPL.Vis
clearLength() : CDPL.Pharm
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clearLineWidth() : CDPL.Vis
clearMatchConstraints() : CDPL.Chem
clearMatchExpression() : CDPL.Chem
clearMatchExpressionString() : CDPL.Chem
clearMDLChiralFlag() : CDPL.Chem
clearMDLConfEnergySDTagParameter() : CDPL.Chem
clearMDLCTABVersion() : CDPL.Chem
clearMDLCTABVersionParameter() : CDPL.Chem
clearMDLDimensionality() : CDPL.Chem
clearMDLEnergy() : CDPL.Chem
clearMDLExternalRegistryNumber() : CDPL.Chem
clearMDLIgnoreParityParameter() : CDPL.Chem
clearMDLInternalRegistryNumber() : CDPL.Chem
clearMDLMoleculeRecord() : CDPL.Chem
clearMDLOutputConfEnergyAsSDEntryParameter() : CDPL.Chem
clearMDLOutputConfEnergyToEnergyFieldParameter() : CDPL.Chem
clearMDLParity() : CDPL.Chem
clearMDLProgramName() : CDPL.Chem
clearMDLRegistryNumber() : CDPL.Chem
clearMDLRXNFileVersion() : CDPL.Chem
clearMDLRXNFileVersionParameter() : CDPL.Chem
clearMDLScalingFactor1() : CDPL.Chem
clearMDLScalingFactor2() : CDPL.Chem
clearMDLStereoCareFlag() : CDPL.Chem
clearMDLTrimLinesParameter() : CDPL.Chem
clearMDLTrimStringsParameter() : CDPL.Chem
clearMDLTruncateLinesParameter() : CDPL.Chem
clearMDLTruncateStringsParameter() : CDPL.Chem
clearMDLUpdateTimestampParameter() : CDPL.Chem
clearMDLUserInitials() : CDPL.Chem
clearMHMOPiCharge() : CDPL.MolProp
clearMHMOPiOrder() : CDPL.MolProp
clearMMFF94AromaticRings() : CDPL.ForceField
clearMMFF94Charge() : CDPL.ForceField
clearMMFF94NumericType() : CDPL.ForceField
clearMMFF94SymbolicType() : CDPL.ForceField
clearMMFF94TypeIndex() : CDPL.ForceField
clearModelNumber() : CDPL.Biomol
clearMOL2CalcFormalChargesParameter() : CDPL.Chem
clearMOL2Charge() : CDPL.Chem
clearMOL2ChargeType() : CDPL.Chem
clearMOL2ChargeTypeParameter() : CDPL.Chem
clearMOL2EnableAromaticBondTypesParameter() : CDPL.Chem
clearMOL2EnableExtendedAtomTypesParameter() : CDPL.Chem
clearMOL2MoleculeType() : CDPL.Chem
clearMOL2MoleculeTypeParameter() : CDPL.Chem
clearMOL2Name() : CDPL.Chem
clearMOL2OutputSubstructuresParameter() : CDPL.Chem
clearMOL2SubstructureChain() : CDPL.Chem
clearMOL2SubstructureID() : CDPL.Chem
clearMOL2SubstructureName() : CDPL.Chem
clearMOL2SubstructureSubtype() : CDPL.Chem
clearMorganNumber() : CDPL.Chem
clearMultiConfExportParameter() : CDPL.Chem
clearMultiConfImportParameter() : CDPL.Chem
clearMultiConfInputProcessorParameter() : CDPL.Chem
clearName() : CDPL.Chem , CDPL.Grid , CDPL.Pharm
clearOccupancy() : CDPL.Biomol
clearOptionalFlag() : CDPL.Pharm
clearOrder() : CDPL.Chem
clearOrdinaryHydrogenDepleteParameter() : CDPL.Chem
clearOrientation() : CDPL.Pharm
clearOutputConfEnergyAsCommentParameter() : CDPL.Chem
clearPDBApplyDictAtomBondingToNonStdResiduesParameter() : CDPL.Biomol
clearPDBApplyDictAtomBondingToStdResiduesParameter() : CDPL.Biomol
clearPDBApplyDictAtomTypesParameter() : CDPL.Biomol
clearPDBApplyDictBondOrdersToNonStdResiduesParameter() : CDPL.Biomol
clearPDBApplyDictBondOrdersToStdResiduesParameter() : CDPL.Biomol
clearPDBApplyDictFormalAtomChargesParameter() : CDPL.Biomol
clearPDBCalcMissingFormalChargesParameter() : CDPL.Biomol
clearPDBData() : CDPL.Biomol
clearPDBDeduceBondOrdersFromCONECTRecordsParameter() : CDPL.Biomol
clearPDBEvaluateMASTERRecordParameter() : CDPL.Biomol
clearPDBFormatVersionParameter() : CDPL.Biomol
clearPDBIgnoreConectRecordsParameter() : CDPL.Biomol
clearPDBIgnoreFormalChargeFieldParameter() : CDPL.Biomol
clearPDBPerceiveMissingBondOrdersParameter() : CDPL.Biomol
clearPDBResidueDictionaryParameter() : CDPL.Biomol
clearPDBTruncateLinesParameter() : CDPL.Biomol
clearPDBWriteCONECTRecordsForAllBondsParameter() : CDPL.Biomol
clearPDBWriteCONECTRecordsParameter() : CDPL.Biomol
clearPDBWriteCONECTRecordsReflectingBondOrderParameter() : CDPL.Biomol
clearPDBWriteFormalChargesParameter() : CDPL.Biomol
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clearPiElectronSystems() : CDPL.Chem
clearPlusSignColor() : CDPL.Vis
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clearPlusSignSize() : CDPL.Vis
clearPSDAllowDuplicatesParameter() : CDPL.Pharm
clearPSDCreationModeParameter() : CDPL.Pharm
clearRadicalElectronDotSize() : CDPL.Vis
clearRadicalElectronDotSizeParameter() : CDPL.Vis
clearRadicalType() : CDPL.Chem
clearReactionAgentAlignmentParameter() : CDPL.Vis
clearReactionAgentLayoutDirectionParameter() : CDPL.Vis
clearReactionAgentLayoutParameter() : CDPL.Vis
clearReactionArrowColorParameter() : CDPL.Vis
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clearReactionArrowLengthParameter() : CDPL.Vis
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clearReactionArrowStyleParameter() : CDPL.Vis
clearReactionCenterLineLength() : CDPL.Vis
clearReactionCenterLineLengthParameter() : CDPL.Vis
clearReactionCenterLineSpacing() : CDPL.Vis
clearReactionCenterLineSpacingParameter() : CDPL.Vis
clearReactionCenterStatus() : CDPL.Chem
clearReactionComponentLayoutDirectionParameter() : CDPL.Vis
clearReactionComponentLayoutParameter() : CDPL.Vis
clearReactionComponentMarginParameter() : CDPL.Vis
clearReactionData() : CDPL.Chem
clearReactionPlusSignColorParameter() : CDPL.Vis
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clearReactionPlusSignSizeParameter() : CDPL.Vis
clearRecordSeparatorParameter() : CDPL.Chem
clearResidueAltAtomName() : CDPL.Biomol
clearResidueAtomName() : CDPL.Biomol
clearResidueCode() : CDPL.Biomol
clearResidueInsertionCode() : CDPL.Biomol
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clearRingFlag() : CDPL.Chem
clearRings() : CDPL.Chem
clearSecondaryAtomLabelFont() : CDPL.Vis
clearSecondaryAtomLabelFontParameter() : CDPL.Vis
clearSecondaryAtomLabelSize() : CDPL.Vis
clearSecondaryAtomLabelSizeParameter() : CDPL.Vis
clearSecondaryLabelFont() : CDPL.Vis
clearSecondaryLabelSize() : CDPL.Vis
clearSerialNumber() : CDPL.Biomol
clearShowAgents() : CDPL.Vis
clearShowAtomConfigurationLabelsParameter() : CDPL.Vis
clearShowAtomQueryInfosParameter() : CDPL.Vis
clearShowAtomReactionInfosParameter() : CDPL.Vis
clearShowBondConfigurationLabelsParameter() : CDPL.Vis
clearShowBondQueryInfosParameter() : CDPL.Vis
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clearShowReactants() : CDPL.Vis
clearShowReactionAgentsParameter() : CDPL.Vis
clearShowReactionPlusSignsParameter() : CDPL.Vis
clearShowReactionProductsParameter() : CDPL.Vis
clearShowReactionReactantsParameter() : CDPL.Vis
clearShowStereoBondsParameter() : CDPL.Vis
clearSizeAdjustmentParameter() : CDPL.Vis
clearSMILESMinStereoBondRingSizeParameter() : CDPL.Chem
clearSMILESMolWriteAtomMappingIDParameter() : CDPL.Chem
clearSMILESNoOrganicSubsetParameter() : CDPL.Chem
clearSMILESRecordFormatParameter() : CDPL.Chem
clearSMILESRxnWriteAtomMappingIDParameter() : CDPL.Chem
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clearSSSR() : CDPL.Chem
clearStereoBondHashSpacing() : CDPL.Vis
clearStereoBondHashSpacingParameter() : CDPL.Vis
clearStereoBondWedgeWidth() : CDPL.Vis
clearStereoBondWedgeWidthParameter() : CDPL.Vis
clearStereoCenterFlag() : CDPL.Chem
clearStereoDescriptor() : CDPL.Chem
clearStoichiometricNumber() : CDPL.Chem
clearStrictErrorCheckingParameter() : CDPL.Biomol , CDPL.Chem , CDPL.ConfGen , CDPL.Grid , CDPL.Pharm
clearStructureData() : CDPL.Chem
clearSubstructure() : CDPL.Pharm
clearSybylType() : CDPL.Chem
clearSymbol() : CDPL.Chem
clearSymmetryClass() : CDPL.Chem
clearTargetFeatureType() : CDPL.GRAIL
clearTimestamp() : CDPL.Chem
clearTolerance() : CDPL.Pharm
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clearTripleBondTrimLength() : CDPL.Vis
clearTripleBondTrimLengthParameter() : CDPL.Vis
clearType() : CDPL.Chem , CDPL.Pharm
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clearUnpairedElectronCount() : CDPL.Chem
clearUseCalculatedAtomCoordinatesParameter() : CDPL.Vis
clearViewportParameter() : CDPL.Vis
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clearXYZCommentIsNameParameter() : CDPL.Chem
clearXYZPerceiveBondOrdersParameter() : CDPL.Chem
clearXYZPerceiveConnectivityParameter() : CDPL.Chem
column() : CDPL.Math
combineInterferingResidueCoordinates() : CDPL.Biomol
conj() : CDPL.Math
connectAtoms() : CDPL.Chem
containsFragmentWithBond() : CDPL.Chem
containsFragmentWithMinSize() : CDPL.Chem
containsMolecularGraph() : CDPL.Chem
convertMOL2ToPDBResidueInfo() : CDPL.Biomol
copyAtomsIf() : CDPL.Chem
copyAtomsIfNot() : CDPL.Chem
createAtomTypeMask() : CDPL.Chem
createExclusionVolumes() : CDPL.Pharm
createFragmentLinkBondMask() : CDPL.ConfGen
createRotatableBondMask() : CDPL.ConfGen
cross() : CDPL.Math
crossProd() : CDPL.Math