- i -

• identityMappingIncluded() : CDPL.Chem.AutomorphismGroupSearch
• implicitHydrogensIncluded() : CDPL.Chem.SymmetryClassCalculator
• includeBridgeheadAtoms() : CDPL.Chem.StereoisomerGenerator
• includeChirality() : CDPL.Descr.CircularFingerprintGenerator
• includeHydrogens() : CDPL.Descr.CircularFingerprintGenerator , CDPL.Shape.GaussianShapeGenerator
• includeIdentityMapping() : CDPL.Chem.AutomorphismGroupSearch
• includeImplicitHydrogens() : CDPL.Chem.SymmetryClassCalculator
• includeInputCoordinates() : CDPL.ConfGen.ConformerGeneratorSettings
• includeInvertibleNitrogens() : CDPL.Chem.StereoisomerGenerator
• includeRingBonds() : CDPL.Chem.StereoisomerGenerator
• includeSpecifiedCenters() : CDPL.Chem.StereoisomerGenerator
• includeSplitBonds() : CDPL.Chem.FragmentGenerator
• includeSymmetricCenters() : CDPL.Chem.StereoisomerGenerator
• init() : CDPL.Chem.MultiConfMoleculeInputProcessor , CDPL.Util.BronKerboschAlgorithm
• initLigandData() : CDPL.GRAIL.GRAILDescriptorCalculator , CDPL.GRAIL.GRAILXDescriptorCalculator
• initTargetData() : CDPL.GRAIL.GRAILDescriptorCalculator , CDPL.GRAIL.GRAILXDescriptorCalculator
• insertElement() : CDPL.Chem.AtomMatchExpressionList , CDPL.Chem.BondMatchExpressionList , CDPL.Chem.ElectronSystemList , CDPL.Chem.FragmentList , CDPL.Chem.MatchConstraintList , CDPL.Chem.MolecularGraphMatchExpressionList , CDPL.Chem.ReactionMatchExpressionList , CDPL.Chem.StringDataBlock , CDPL.ForceField.ElasticPotentialList , CDPL.ForceField.MMFF94AngleBendingInteractionList , CDPL.ForceField.MMFF94BondStretchingInteractionList , CDPL.ForceField.MMFF94ElectrostaticInteractionList , CDPL.ForceField.MMFF94OutOfPlaneBendingInteractionList , CDPL.ForceField.MMFF94StretchBendInteractionList , CDPL.ForceField.MMFF94TorsionInteractionList , CDPL.ForceField.MMFF94VanDerWaalsInteractionList , CDPL.Grid.DRegularGridSet , CDPL.Grid.FRegularGridSet , CDPL.Math.Vector2DArray , CDPL.Math.Vector2FArray , CDPL.Math.Vector2LArray , CDPL.Math.Vector2ULArray , CDPL.Math.Vector3DArray , CDPL.Math.Vector3FArray , CDPL.Math.Vector3LArray , CDPL.Math.Vector3ULArray , CDPL.Shape.GaussianShapeSet , CDPL.Util.BitSetArray , CDPL.Util.DArray , CDPL.Util.LArray , CDPL.Util.SArray , CDPL.Util.STArray , CDPL.Util.STPairArray , CDPL.Util.UIArray
• insertElements() : CDPL.Chem.AtomMatchExpressionList , CDPL.Chem.BondMatchExpressionList , CDPL.Chem.ElectronSystemList , CDPL.Chem.FragmentList , CDPL.Chem.MatchConstraintList , CDPL.Chem.MolecularGraphMatchExpressionList , CDPL.Chem.ReactionMatchExpressionList , CDPL.Chem.StringDataBlock , CDPL.ForceField.ElasticPotentialList , CDPL.ForceField.MMFF94AngleBendingInteractionList , CDPL.ForceField.MMFF94BondStretchingInteractionList , CDPL.ForceField.MMFF94ElectrostaticInteractionList , CDPL.ForceField.MMFF94OutOfPlaneBendingInteractionList , CDPL.ForceField.MMFF94StretchBendInteractionList , CDPL.ForceField.MMFF94TorsionInteractionList , CDPL.ForceField.MMFF94VanDerWaalsInteractionList , CDPL.Grid.DRegularGridSet , CDPL.Grid.FRegularGridSet , CDPL.Math.Vector2DArray , CDPL.Math.Vector2FArray , CDPL.Math.Vector2LArray , CDPL.Math.Vector2ULArray , CDPL.Math.Vector3DArray , CDPL.Math.Vector3FArray , CDPL.Math.Vector3LArray , CDPL.Math.Vector3ULArray , CDPL.Shape.GaussianShapeSet , CDPL.Util.BitSetArray , CDPL.Util.DArray , CDPL.Util.LArray , CDPL.Util.SArray , CDPL.Util.STArray , CDPL.Util.STPairArray , CDPL.Util.UIArray
• insertEntry() : CDPL.Chem.AtomMapping , CDPL.Chem.BondMapping , CDPL.Chem.Entity3DMapping , CDPL.MolProp.ElementHistogram , CDPL.MolProp.MassComposition , CDPL.Pharm.FeatureMapping , CDPL.Pharm.FeatureTypeHistogram , CDPL.Vis.ColorTable
• intersectsRectangle() : CDPL.Vis.Rectangle2D
• invertibleNitrogensIncluded() : CDPL.Chem.StereoisomerGenerator
• invokeCopyPostprocessingFunctions() : CDPL.Chem.Molecule , CDPL.Chem.Reaction
• invokeIOCallbacks() : CDPL.Base.DataIOBase
• isAromaticAtomType() : CDPL.ForceField.MMFF94AtomTypePropertyTable.Entry
• isatty() : CDPL.Base.StringIOStream
• isBold() : CDPL.Vis.Font
• isChemicalElement() : CDPL.Chem.AtomDictionary
• isClosed() : CDPL.Base.FileIOStream , CDPL.Base.StringIOStream , CDPL.Util.BZip2IOStream , CDPL.Util.BZip2IStream , CDPL.Util.BZip2OStream , CDPL.Util.GZipIOStream , CDPL.Util.GZipIStream , CDPL.Util.GZipOStream
• isConformation() : CDPL.Chem.MultiConfMoleculeInputProcessor
• isDefined() : CDPL.Vis.Rectangle2D
• isEmpty() : CDPL.Biomol.PDBData , CDPL.Chem.AtomMapping , CDPL.Chem.AtomMatchExpressionList , CDPL.Chem.BondMapping , CDPL.Chem.BondMatchExpressionList , CDPL.Chem.ElectronSystemList , CDPL.Chem.Entity3DMapping , CDPL.Chem.FragmentList , CDPL.Chem.MatchConstraintList , CDPL.Chem.MolecularGraphMatchExpressionList , CDPL.Chem.ReactionMatchExpressionList , CDPL.Chem.StereoisomerGenerator.StereoDescriptorArray , CDPL.Chem.StringDataBlock , CDPL.ForceField.ElasticPotentialList , CDPL.ForceField.MMFF94AngleBendingInteractionList , CDPL.ForceField.MMFF94BondStretchingInteractionList , CDPL.ForceField.MMFF94ElectrostaticInteractionList , CDPL.ForceField.MMFF94OutOfPlaneBendingInteractionList , CDPL.ForceField.MMFF94StretchBendInteractionList , CDPL.ForceField.MMFF94TorsionInteractionList , CDPL.ForceField.MMFF94VanDerWaalsInteractionList , CDPL.Grid.AttributedGrid , CDPL.Grid.DRegularGrid , CDPL.Grid.DRegularGridSet , CDPL.Grid.DSpatialGrid , CDPL.Grid.FRegularGrid , 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CDPL.Util.LArray , CDPL.Util.SArray , CDPL.Util.STArray , CDPL.Util.STPairArray , CDPL.Util.UIArray , CDPL.Vis.ColorTable , CDPL.Vis.Path2D
• isFallbackType() : CDPL.ForceField.MMFF94SymbolicAtomTypePatternTable.Entry
• isFeatureEnabled() : CDPL.Pharm.PharmacophoreGenerator
• isGeneric() : CDPL.Chem.FragmentGenerator.ExcludePattern
• isHalogen() : CDPL.Chem.AtomDictionary
• isImidazoliumCation() : CDPL.ForceField.MMFF94AromaticAtomTypeDefinitionTable.Entry
• isInteractionEnabled() : CDPL.GRAIL.GRAILDataSetGenerator
• isItalic() : CDPL.Vis.Font
• isLinearAngle() : CDPL.ForceField.MMFF94AngleBendingInteraction
• isMainGroupElement() : CDPL.Chem.AtomDictionary
• isMetal() : CDPL.Chem.AtomDictionary.Entry , CDPL.Chem.AtomDictionary
• isMultiRecordFormat() : CDPL.Base.DataFormat
• isN5RingAnion() : CDPL.ForceField.MMFF94AromaticAtomTypeDefinitionTable.Entry
• isNobleGas() : CDPL.Chem.AtomDictionary
• isNonMetal() : CDPL.Chem.AtomDictionary.Entry , CDPL.Chem.AtomDictionary
• isObsolete() : CDPL.Biomol.ResidueDictionary.Entry , CDPL.Biomol.ResidueDictionary
• isotopesRegarded() : CDPL.Chem.TautomerGenerator
• isOverlined() : CDPL.Vis.Font
• isParameterSet() : CDPL.Base.ControlParameterContainer
• isProperSubsetOf() : CDPL.Util.BitSet
• isPropertySet() : CDPL.Base.PropertyContainer
• isRelative() : CDPL.Vis.SizeSpecification
• isSemiMetal() : CDPL.Chem.AtomDictionary
• isStdResidue() : CDPL.Biomol.ResidueDictionary
• isStrikedOut() : CDPL.Vis.Font
• isSubsetOf() : CDPL.Util.BitSet
• isTransitionMetal() : CDPL.Chem.AtomDictionary
• isUnderlined() : CDPL.Vis.Font
• isValid() : CDPL.Chem.StereoDescriptor
• items() : CDPL.Chem.AtomMapping , CDPL.Chem.BondMapping , CDPL.Chem.Entity3DMapping , CDPL.MolProp.ElementHistogram , CDPL.MolProp.MassComposition , CDPL.Pharm.FeatureMapping , CDPL.Pharm.FeatureTypeHistogram , CDPL.Vis.ColorTable
• iterate() : CDPL.Math.DVectorBFGSMinimizer , CDPL.Math.FVectorBFGSMinimizer , CDPL.Math.Vector2DArrayBFGSMinimizer , CDPL.Math.Vector2FArrayBFGSMinimizer , CDPL.Math.Vector3DArrayBFGSMinimizer , CDPL.Math.Vector3FArrayBFGSMinimizer