Here is a list of all class members with links to the classes they belong to:

- g -

• GaussianShapeAlignment() : CDPL::Shape::GaussianShapeAlignment
• GaussianShapeFunction() : CDPL::Shape::GaussianShapeFunction
• GaussianShapeFunctionAlignment() : CDPL::Shape::GaussianShapeFunctionAlignment , CDPL::Shape::GaussianShapeFunctionAlignment::Result
• GaussianShapeGenerator() : CDPL::Shape::GaussianShapeGenerator
• GaussianShapeOverlapFunction() : CDPL::Shape::GaussianShapeOverlapFunction
• genColorCenterStarts() : CDPL::Shape::FastGaussianShapeAlignment , CDPL::Shape::PrincipalAxesAlignmentStartGenerator
• GeneralizedBellAtomDensity() : CDPL::GRAIL::GeneralizedBellAtomDensity
• generate() : CDPL::Chem::FragmentGenerator , CDPL::Chem::PatternBasedTautomerizationRule , CDPL::Chem::ResonanceStructureGenerator , CDPL::Chem::StereoisomerGenerator , CDPL::Chem::TautomerGenerator , CDPL::Chem::TautomerizationRule , CDPL::ConfGen::ConformerGenerator , CDPL::ConfGen::DGStructureGenerator , CDPL::ConfGen::FragmentConformerGenerator , CDPL::ConfGen::StructureGenerator , CDPL::Descr::BurdenMatrixGenerator , CDPL::Descr::CircularFingerprintGenerator , CDPL::Descr::PathFingerprintGenerator , CDPL::Pharm::FeatureGenerator , CDPL::Pharm::InteractionPharmacophoreGenerator , CDPL::Pharm::PatternBasedFeatureGenerator , CDPL::Pharm::PharmacophoreGenerator , CDPL::Shape::GaussianShapeAlignmentStartGenerator , CDPL::Shape::GaussianShapeGenerator , CDPL::Shape::PrincipalAxesAlignmentStartGenerator , CDPL::Util::DGCoordinatesGeneratorBase< Dim, T, Derived >
• generateConformers() : CDPL::ConfGen::TorsionDriver
• generateCoordinatesFromScratch() : CDPL::ConfGen::ConformerGeneratorSettings , CDPL::ConfGen::FragmentAssemblerSettings , CDPL::ConfGen::StructureGeneratorSettings
• generateMoleculeShape() : CDPL::Shape::GaussianShapeGenerator
• generatePharmacophoreShape() : CDPL::Shape::GaussianShapeGenerator
• GenericHydrogen13ShiftTautomerization() : CDPL::Chem::GenericHydrogen13ShiftTautomerization
• GenericHydrogen15ShiftTautomerization() : CDPL::Chem::GenericHydrogen15ShiftTautomerization
• genForAlignedShapeCenters() : CDPL::Shape::FastGaussianShapeAlignment , CDPL::Shape::PrincipalAxesAlignmentStartGenerator
• genForLargerShapeCenters() : CDPL::Shape::FastGaussianShapeAlignment , CDPL::Shape::PrincipalAxesAlignmentStartGenerator
• genForReferenceShapeCenters() : CDPL::Shape::FastGaussianShapeAlignment , CDPL::Shape::PrincipalAxesAlignmentStartGenerator
• genNonColorCenterStarts() : CDPL::Shape::FastGaussianShapeAlignment , CDPL::Shape::PrincipalAxesAlignmentStartGenerator
• genRandomStarts() : CDPL::Shape::FastGaussianShapeAlignment , CDPL::Shape::PrincipalAxesAlignmentStartGenerator
• genShapeCenterStarts() : CDPL::Shape::FastGaussianShapeAlignment , CDPL::Shape::PrincipalAxesAlignmentStartGenerator
• GEOM_REF_ATOM1_FLAG : CDPL::Pharm::PatternBasedFeatureGenerator
• GEOM_REF_ATOM2_FLAG : CDPL::Pharm::PatternBasedFeatureGenerator
• GEOMETRICALLY_UNIQUE : CDPL::Chem::TautomerGenerator
• GeometryMatchFunction : CDPL::Pharm::SpatialFeatureMapping
• get() : CDPL::Biomol::ResidueDictionary , CDPL::Chem::AtomDictionary , CDPL::ConfGen::FragmentLibrary , CDPL::ConfGen::TorsionLibrary , CDPL::ForceField::MMFF94AngleBendingParameterTable , CDPL::ForceField::MMFF94AromaticAtomTypeDefinitionTable , CDPL::ForceField::MMFF94AtomTypePropertyTable , CDPL::ForceField::MMFF94BondChargeIncrementTable , CDPL::ForceField::MMFF94BondStretchingParameterTable , CDPL::ForceField::MMFF94BondStretchingRuleParameterTable , CDPL::ForceField::MMFF94DefaultStretchBendParameterTable , CDPL::ForceField::MMFF94FormalAtomChargeDefinitionTable , CDPL::ForceField::MMFF94HeavyToHydrogenAtomTypeMap , CDPL::ForceField::MMFF94OutOfPlaneBendingParameterTable , CDPL::ForceField::MMFF94PartialBondChargeIncrementTable , CDPL::ForceField::MMFF94PrimaryToParameterAtomTypeMap , CDPL::ForceField::MMFF94StretchBendParameterTable , CDPL::ForceField::MMFF94SymbolicAtomTypePatternTable , CDPL::ForceField::MMFF94SymbolicToNumericAtomTypeMap , CDPL::ForceField::MMFF94TorsionParameterTable , CDPL::ForceField::MMFF94VanDerWaalsParameterTable , CDPL::ForceField::UFFAtomTypePropertyTable , CDPL::Math::Lower , CDPL::Math::UnitLower , CDPL::Math::UnitUpper , CDPL::Math::Upper , CDPL::Util::MapDefaultValue< ValueType, Allow > , CDPL::Util::MapDefaultValue< ValueType, false > , CDPL::Util::MultiMapDefaultValue< ValueType, Allow > , CDPL::Util::MultiMapDefaultValue< ValueType, false > , CDPL::Util::ObjectPool< T > , CDPL::Util::ObjectStack< T > , CDPL::Vis::CairoPointer< T >
• getAbortCallback() : CDPL::ConfGen::ConformerGenerator , CDPL::ConfGen::FragmentAssembler , CDPL::ConfGen::FragmentConformerGenerator , CDPL::ConfGen::FragmentLibraryGenerator , CDPL::ConfGen::RMSDConformerSelector , CDPL::ConfGen::StructureGenerator , CDPL::ConfGen::TorsionDriver
• getAccessFunc() : CDPL::Util::IndexedElementIterator< ValueType, AccessFunc, IndexType >
• getAlignedColorSelfOverlap() : CDPL::Shape::AlignmentResult
• getAlignedSelfOverlap() : CDPL::Shape::AlignmentResult
• getAlignedShapeIndex() : CDPL::Shape::AlignmentResult
• getAlignmentMode() : CDPL::Shape::ScreeningSettings
• getAllredRochowElectronegativity() : CDPL::Chem::AtomDictionary::Entry , CDPL::Chem::AtomDictionary
• getAlpha() : CDPL::Vis::Color
• getAngle() : CDPL::ConfGen::TorsionRule::AngleEntry , CDPL::ConfGen::TorsionRule
• getAngleBendingEnergy() : CDPL::ForceField::MMFF94EnergyCalculator< ValueType > , CDPL::ForceField::MMFF94GradientCalculator< ValueType >
• getAngleBendingInteractions() : CDPL::ForceField::MMFF94InteractionData
• getAnglesBegin() : CDPL::ConfGen::TorsionRule
• getAnglesEnd() : CDPL::ConfGen::TorsionRule
• getAngleTypeIndex() : CDPL::ForceField::MMFF94AngleBendingInteraction , CDPL::ForceField::MMFF94AngleBendingParameterTable::Entry
• getArea() : CDPL::Vis::Rectangle2D
• getAromAtomType() : CDPL::ForceField::MMFF94AromaticAtomTypeDefinitionTable::Entry
• getAscent() : CDPL::Vis::CairoFontMetrics , CDPL::Vis::FontMetrics , CDPL::Vis::QtFontMetrics
• getAssignmentMode() : CDPL::ForceField::MMFF94FormalAtomChargeDefinitionTable::Entry
• getAtom() : CDPL::Chem::Atom , CDPL::Chem::AtomContainer , CDPL::Chem::BasicAtom , CDPL::Chem::BasicBond , CDPL::Chem::BasicMolecule , CDPL::Chem::Bond , CDPL::Chem::ElectronSystem , CDPL::Chem::Fragment , CDPL::Chem::Molecule , CDPL::ConfGen::CanonicalFragment
• getAtom1Charge() : CDPL::ForceField::MMFF94ElectrostaticInteraction
• getAtom1Index() : CDPL::ForceField::ElasticPotential , CDPL::ForceField::MMFF94AngleBendingInteraction , CDPL::ForceField::MMFF94BondStretchingInteraction , CDPL::ForceField::MMFF94ElectrostaticInteraction , CDPL::ForceField::MMFF94OutOfPlaneBendingInteraction , CDPL::ForceField::MMFF94StretchBendInteraction , CDPL::ForceField::MMFF94TorsionInteraction , CDPL::ForceField::MMFF94VanDerWaalsInteraction
• getAtom1Label() : CDPL::Chem::FragmentGenerator::FragmentLink
• getAtom1Type() : CDPL::ForceField::MMFF94BondChargeIncrementTable::Entry , CDPL::ForceField::MMFF94BondStretchingParameterTable::Entry
• getAtom2Charge() : CDPL::ForceField::MMFF94ElectrostaticInteraction
• getAtom2DCoordinatesFunction() : CDPL::Chem::BondStereoFlagCalculator
• getAtom2Index() : CDPL::ForceField::ElasticPotential , CDPL::ForceField::MMFF94AngleBendingInteraction , CDPL::ForceField::MMFF94BondStretchingInteraction , CDPL::ForceField::MMFF94ElectrostaticInteraction , CDPL::ForceField::MMFF94OutOfPlaneBendingInteraction , CDPL::ForceField::MMFF94StretchBendInteraction , CDPL::ForceField::MMFF94TorsionInteraction , CDPL::ForceField::MMFF94VanDerWaalsInteraction
• getAtom2Label() : CDPL::Chem::FragmentGenerator::FragmentLink
• getAtom2Type() : CDPL::ForceField::MMFF94BondChargeIncrementTable::Entry , CDPL::ForceField::MMFF94BondStretchingParameterTable::Entry
• getAtom3DCoordinatesCheckFunction() : CDPL::Chem::Hydrogen3DCoordinatesCalculator
• getAtom3DCoordinatesFunction() : CDPL::Chem::Hydrogen3DCoordinatesCalculator , CDPL::Chem::SurfaceAtomExtractor , CDPL::GRAIL::AtomDensityGridCalculator , CDPL::GRAIL::BuriednessGridCalculator , CDPL::GRAIL::BuriednessScore , CDPL::Pharm::FeatureGenerator , CDPL::Pharm::PharmacophoreGenerator
• getAtom3Index() : CDPL::ForceField::MMFF94AngleBendingInteraction , CDPL::ForceField::MMFF94OutOfPlaneBendingInteraction , CDPL::ForceField::MMFF94StretchBendInteraction , CDPL::ForceField::MMFF94TorsionInteraction
• getAtom4Index() : CDPL::ForceField::MMFF94OutOfPlaneBendingInteraction , CDPL::ForceField::MMFF94TorsionInteraction
• getAtomCharges() : CDPL::Chem::ResonanceStructureGenerator::StructureData
• getAtomContributions() : CDPL::MolProp::XLogPCalculator
• getAtomDescriptors() : CDPL::Chem::StereoisomerGenerator
• getAtomHardness() : CDPL::Shape::GaussianShapeGenerator
• getAtomicNumber() : CDPL::ForceField::MMFF94AromaticAtomTypeDefinitionTable::Entry , CDPL::ForceField::MMFF94AtomTypePropertyTable::Entry , CDPL::ForceField::UFFAtomTypePropertyTable::Entry
• getAtomicNumber1() : CDPL::ForceField::MMFF94BondStretchingRuleParameterTable::Entry
• getAtomicNumber2() : CDPL::ForceField::MMFF94BondStretchingRuleParameterTable::Entry
• getAtomicPolarizability() : CDPL::ForceField::MMFF94VanDerWaalsParameterTable::Entry
• getAtomicWeight() : CDPL::Chem::AtomDictionary
• getAtomIndex() : CDPL::Chem::Atom , CDPL::Chem::AtomContainer , CDPL::Chem::BasicAtom , CDPL::Chem::BasicBond , CDPL::Chem::BasicMolecule , CDPL::Chem::Bond , CDPL::Chem::ElectronSystem , CDPL::Chem::Fragment , CDPL::Chem::Molecule , CDPL::ConfGen::CanonicalFragment
• getAtomLabel() : CDPL::Chem::PatternAtomTyper , CDPL::Chem::PatternAtomTyper::Pattern
• getAtomMapping() : CDPL::Chem::AtomBondMapping , CDPL::ConfGen::CanonicalFragment
• getAtomPredicate() : CDPL::Chem::StereoisomerGenerator
• getAtomPropertyFlags() : CDPL::Chem::AutomorphismGroupSearch , CDPL::Chem::CanonicalNumberingCalculator , CDPL::Chem::SymmetryClassCalculator
• getAtomRadius() : CDPL::Shape::GaussianShapeGenerator
• getAtoms() : CDPL::Chem::AtomContainer , CDPL::ConfGen::TorsionRuleMatch
• getAtomsBegin() : CDPL::Chem::Atom , CDPL::Chem::AtomContainer , CDPL::Chem::BasicAtom , CDPL::Chem::BasicMolecule , CDPL::Chem::Bond , CDPL::Chem::ElectronSystem , CDPL::Chem::Fragment , CDPL::Chem::Molecule , CDPL::ConfGen::CanonicalFragment
• getAtomsEnd() : CDPL::Chem::Atom , CDPL::Chem::AtomContainer , CDPL::Chem::BasicAtom , CDPL::Chem::BasicMolecule , CDPL::Chem::Bond , CDPL::Chem::ElectronSystem , CDPL::Chem::Fragment , CDPL::Chem::Molecule , CDPL::ConfGen::CanonicalFragment
• getAtomStereoCenterData() : CDPL::ConfGen::DGConstraintGenerator
• getAtomStereoCenterDataBegin() : CDPL::ConfGen::DGConstraintGenerator
• getAtomStereoCenterDataEnd() : CDPL::ConfGen::DGConstraintGenerator
• getAtomType() : CDPL::ForceField::MMFF94AtomTypePropertyTable::Entry , CDPL::ForceField::MMFF94FormalAtomChargeDefinitionTable::Entry , CDPL::ForceField::MMFF94PartialBondChargeIncrementTable::Entry , CDPL::ForceField::MMFF94PrimaryToParameterAtomTypeMap::Entry , CDPL::ForceField::MMFF94VanDerWaalsParameterTable::Entry , CDPL::ForceField::UFFAtomTypePropertyTable::Entry
• getAtomTypeList() : CDPL::ForceField::MMFF94FormalAtomChargeDefinitionTable::Entry
• getAtomTypeSymbol() : CDPL::ForceField::UFFAtomTypePropertyTable::Entry
• getAverageWeight() : CDPL::Chem::AtomDictionary::Entry
• getBase() : CDPL::Util::Array< ValueType >
• getBegin() : CDPL::Chem::BasicBond , CDPL::Chem::Bond , CDPL::Vis::Line2D
• getBeta() : CDPL::ForceField::MMFF94VanDerWaalsParameterTable
• getBlue() : CDPL::Vis::Color
• getBond() : CDPL::Chem::Atom , CDPL::Chem::BasicAtom , CDPL::Chem::BasicMolecule , CDPL::Chem::BondContainer , CDPL::Chem::Fragment , CDPL::Chem::FragmentGenerator::FragmentLink , CDPL::Chem::Molecule , CDPL::ConfGen::CanonicalFragment , CDPL::ConfGen::TorsionRuleMatch
• getBondAngle() : CDPL::ForceField::UFFAtomTypePropertyTable::Entry
• getBondAtom1Type() : CDPL::ConfGen::TorsionCategory
• getBondAtom2Type() : CDPL::ConfGen::TorsionCategory
• getBondDescriptors() : CDPL::Chem::StereoisomerGenerator
• getBondIndex() : CDPL::Chem::Atom , CDPL::Chem::BasicAtom , CDPL::Chem::BasicMolecule , CDPL::Chem::BondContainer , CDPL::Chem::Fragment , CDPL::Chem::Molecule , CDPL::ConfGen::CanonicalFragment
• getBondMapping() : CDPL::Chem::AtomBondMapping
• getBondOrder() : CDPL::MolProp::MHMOPiChargeCalculator
• getBondOrders() : CDPL::Chem::ResonanceStructureGenerator::StructureData
• getBondPredicate() : CDPL::Chem::StereoisomerGenerator
• getBondPropertyFlags() : CDPL::Chem::AutomorphismGroupSearch , CDPL::Chem::CanonicalNumberingCalculator , CDPL::Chem::SymmetryClassCalculator
• getBondRadius() : CDPL::ForceField::UFFAtomTypePropertyTable::Entry
• getBonds() : CDPL::Chem::BondContainer
• getBondsBegin() : CDPL::Chem::Atom , CDPL::Chem::BasicAtom , CDPL::Chem::BasicMolecule , CDPL::Chem::BondContainer , CDPL::Chem::Fragment , CDPL::Chem::Molecule , CDPL::ConfGen::CanonicalFragment
• getBondsEnd() : CDPL::Chem::Atom , CDPL::Chem::BasicAtom , CDPL::Chem::BasicMolecule , CDPL::Chem::BondContainer , CDPL::Chem::Fragment , CDPL::Chem::Molecule , CDPL::ConfGen::CanonicalFragment
• getBondStereoCenterData() : CDPL::ConfGen::DGConstraintGenerator
• getBondStereoCenterDataBegin() : CDPL::ConfGen::DGConstraintGenerator
• getBondStereoCenterDataEnd() : CDPL::ConfGen::DGConstraintGenerator
• getBondStretchingEnergy() : CDPL::ForceField::MMFF94EnergyCalculator< ValueType > , CDPL::ForceField::MMFF94GradientCalculator< ValueType >
• getBondStretchingInteractions() : CDPL::ForceField::MMFF94InteractionData
• getBondToAtom() : CDPL::Chem::Atom , CDPL::Chem::BasicAtom
• getBondTypeIndex() : CDPL::ForceField::MMFF94BondChargeIncrementTable::Entry , CDPL::ForceField::MMFF94BondStretchingInteraction , CDPL::ForceField::MMFF94BondStretchingParameterTable::Entry
• getBounds() : CDPL::Vis::CairoFontMetrics , CDPL::Vis::ClipPathPrimitive2D , CDPL::Vis::EllipsePrimitive2D , CDPL::Vis::FontMetrics , CDPL::Vis::GraphicsPrimitive2D , CDPL::Vis::LinePrimitive2D , CDPL::Vis::LineSegmentListPrimitive2D , CDPL::Vis::Path2D , CDPL::Vis::PathPrimitive2D , CDPL::Vis::PointArray2D , CDPL::Vis::PointListPrimitive2D , CDPL::Vis::PolygonPrimitive2D , CDPL::Vis::PolylinePrimitive2D , CDPL::Vis::QtFontMetrics , CDPL::Vis::TextLabelPrimitive2D
• getBoxSize() : CDPL::ConfGen::DGStructureGeneratorSettings
• getBrush() : CDPL::Vis::EllipsePrimitive2D , CDPL::Vis::PathPrimitive2D , CDPL::Vis::PolygonPrimitive2D
• getC1() : CDPL::Math::Quaternion< T > , CDPL::Math::QuaternionBinary1< E1, E2, F > , CDPL::Math::QuaternionBinary2< E1, E2, F > , CDPL::Math::QuaternionReference< Q > , CDPL::Math::QuaternionUnary1< E, F > , CDPL::Math::QuaternionUnary2< E, F > , CDPL::Math::RealQuaternion< T > , CDPL::Math::Scalar13QuaternionTernary< E1, E2, E3, F > , CDPL::Math::Scalar1QuaternionBinary1< E1, E2, F > , CDPL::Math::Scalar1QuaternionBinary2< E1, E2, F > , CDPL::Math::Scalar2QuaternionBinary1< E1, E2, F > , CDPL::Math::Scalar2QuaternionBinary2< E1, E2, F > , CDPL::Math::Scalar3QuaternionTernary< E1, E2, E3, F > , CDPL::Math::VectorQuaternionAdapter< V >
• getC2() : CDPL::Math::Quaternion< T > , CDPL::Math::QuaternionBinary1< E1, E2, F > , CDPL::Math::QuaternionBinary2< E1, E2, F > , CDPL::Math::QuaternionReference< Q > , CDPL::Math::QuaternionUnary1< E, F > , CDPL::Math::QuaternionUnary2< E, F > , CDPL::Math::RealQuaternion< T > , CDPL::Math::Scalar13QuaternionTernary< E1, E2, E3, F > , CDPL::Math::Scalar1QuaternionBinary1< E1, E2, F > , CDPL::Math::Scalar1QuaternionBinary2< E1, E2, F > , CDPL::Math::Scalar2QuaternionBinary1< E1, E2, F > , CDPL::Math::Scalar2QuaternionBinary2< E1, E2, F > , CDPL::Math::Scalar3QuaternionTernary< E1, E2, E3, F > , CDPL::Math::VectorQuaternionAdapter< V >
• getC3() : CDPL::Math::Quaternion< T > , CDPL::Math::QuaternionBinary1< E1, E2, F > , CDPL::Math::QuaternionBinary2< E1, E2, F > , CDPL::Math::QuaternionReference< Q > , CDPL::Math::QuaternionUnary1< E, F > , CDPL::Math::QuaternionUnary2< E, F > , CDPL::Math::RealQuaternion< T > , CDPL::Math::Scalar13QuaternionTernary< E1, E2, E3, F > , CDPL::Math::Scalar1QuaternionBinary1< E1, E2, F > , CDPL::Math::Scalar1QuaternionBinary2< E1, E2, F > , CDPL::Math::Scalar2QuaternionBinary1< E1, E2, F > , CDPL::Math::Scalar2QuaternionBinary2< E1, E2, F > , CDPL::Math::Scalar3QuaternionTernary< E1, E2, E3, F > , CDPL::Math::VectorQuaternionAdapter< V >
• getC4() : CDPL::Math::Quaternion< T > , CDPL::Math::QuaternionBinary1< E1, E2, F > , CDPL::Math::QuaternionBinary2< E1, E2, F > , CDPL::Math::QuaternionReference< Q > , CDPL::Math::QuaternionUnary1< E, F > , CDPL::Math::QuaternionUnary2< E, F > , CDPL::Math::RealQuaternion< T > , CDPL::Math::Scalar13QuaternionTernary< E1, E2, E3, F > , CDPL::Math::Scalar1QuaternionBinary1< E1, E2, F > , CDPL::Math::Scalar1QuaternionBinary2< E1, E2, F > , CDPL::Math::Scalar2QuaternionBinary1< E1, E2, F > , CDPL::Math::Scalar2QuaternionBinary2< E1, E2, F > , CDPL::Math::Scalar3QuaternionTernary< E1, E2, E3, F > , CDPL::Math::VectorQuaternionAdapter< V >
• getCallbackFunction() : CDPL::Chem::TautomerGenerator
• getCapacity() : CDPL::Util::Array< ValueType >
• getCapStyle() : CDPL::Vis::Pen
• getCategoriesBegin() : CDPL::ConfGen::TorsionCategory
• getCategoriesEnd() : CDPL::ConfGen::TorsionCategory
• getCategory() : CDPL::ConfGen::TorsionCategory
• getCCWPerpDirection() : CDPL::Vis::Line2D
• getCenter() : CDPL::Vis::Line2D , CDPL::Vis::Rectangle2D
• getCenterAtom1Index() : CDPL::ForceField::MMFF94TorsionInteraction
• getCenterAtom1Type() : CDPL::ForceField::MMFF94TorsionParameterTable::Entry
• getCenterAtom2Index() : CDPL::ForceField::MMFF94TorsionInteraction
• getCenterAtom2Type() : CDPL::ForceField::MMFF94TorsionParameterTable::Entry
• getCenterAtomIndex() : CDPL::ForceField::MMFF94AngleBendingInteraction , CDPL::ForceField::MMFF94OutOfPlaneBendingInteraction , CDPL::ForceField::MMFF94StretchBendInteraction
• getCenterAtomPTERow() : CDPL::ForceField::MMFF94DefaultStretchBendParameterTable::Entry
• getCenterAtomType() : CDPL::ForceField::MMFF94AngleBendingParameterTable::Entry , CDPL::ForceField::MMFF94OutOfPlaneBendingParameterTable::Entry , CDPL::ForceField::MMFF94StretchBendParameterTable::Entry
• getChain() : CDPL::Biomol::HierarchyViewModel
• getChainByID() : CDPL::Biomol::HierarchyViewModel
• getChainHydrophobicityThreshold() : CDPL::Pharm::HydrophobicFeatureGenerator
• getChainsBegin() : CDPL::Biomol::HierarchyViewModel
• getChainsEnd() : CDPL::Biomol::HierarchyViewModel
• getChainSettings() : CDPL::ConfGen::FragmentConformerGeneratorSettings
• getCharge() : CDPL::MolProp::MHMOPiChargeCalculator , CDPL::MolProp::PEOESigmaChargeCalculator
• getChargeCountWindow() : CDPL::Chem::ResonanceStructureGenerator
• getChargeIncrement() : CDPL::ForceField::MMFF94BondChargeIncrementTable::Entry
• getChiSquare() : CDPL::Math::MLRModel< T >
• getClassName() : CDPL::Util::Array< ValueType > , CDPL::Util::Map< Key, Value, AllowDefValues, KeyCompFunc > , CDPL::Util::MultiMap< Key, Value, AllowDefValues, KeyCompFunc >
• getCode() : CDPL::Biomol::ResidueDictionary::Entry
• getCoefficients() : CDPL::Math::MLRModel< T >
• getColor() : CDPL::Shape::GaussianShape::Element , CDPL::Vis::Brush , CDPL::Vis::Pen
• getColorFeatureType() : CDPL::Shape::ScreeningSettings
• getColorFilterFunction() : CDPL::Shape::ExactGaussianShapeOverlapFunction , CDPL::Shape::FastGaussianShapeOverlapFunction , CDPL::Shape::GaussianShapeAlignment , CDPL::Shape::GaussianShapeFunctionAlignment , CDPL::Shape::GaussianShapeOverlapFunction
• getColorMatchFunction() : CDPL::Shape::ExactGaussianShapeOverlapFunction , CDPL::Shape::FastGaussianShapeOverlapFunction , CDPL::Shape::GaussianShapeAlignment , CDPL::Shape::GaussianShapeFunctionAlignment , CDPL::Shape::GaussianShapeOverlapFunction
• getColorOverlap() : CDPL::Shape::AlignmentResult , CDPL::Shape::GaussianShapeFunctionAlignment::Result
• getComponent() : CDPL::Chem::BasicReaction , CDPL::Chem::Reaction
• getComponentIndex() : CDPL::Chem::BasicReaction , CDPL::Chem::Reaction
• getComponentRole() : CDPL::Chem::BasicReaction , CDPL::Chem::Reaction
• getComponentsBegin() : CDPL::Chem::BasicReaction , CDPL::Chem::Reaction
• getComponentsEnd() : CDPL::Chem::BasicReaction , CDPL::Chem::Reaction
• getConfiguration() : CDPL::Chem::StereoDescriptor
• getConformationIndex() : CDPL::Pharm::PSDScreeningDBAccessor , CDPL::Pharm::ScreeningDBAccessor
• getConformer() : CDPL::ConfGen::ConformerGenerator , CDPL::ConfGen::FragmentAssembler , CDPL::ConfGen::FragmentConformerGenerator , CDPL::ConfGen::FragmentLibraryEntry , CDPL::ConfGen::TorsionDriver
• getConformersBegin() : CDPL::ConfGen::ConformerGenerator , CDPL::ConfGen::FragmentAssembler , CDPL::ConfGen::FragmentConformerGenerator , CDPL::ConfGen::FragmentLibraryEntry , CDPL::ConfGen::TorsionDriver
• getConformersEnd() : CDPL::ConfGen::ConformerGenerator , CDPL::ConfGen::FragmentAssembler , CDPL::ConfGen::FragmentConformerGenerator , CDPL::ConfGen::FragmentLibraryEntry , CDPL::ConfGen::TorsionDriver
• getConstraintFunction() : CDPL::Pharm::InteractionAnalyzer
• getConstraintGenerator() : CDPL::ConfGen::DGStructureGenerator
• getContainingCell() : CDPL::Math::RegularSpatialGrid< T, C, GD, XF >
• getConvergenceCheckCycleSize() : CDPL::ConfGen::ConformerGeneratorSettings , CDPL::ConfGen::StructureGeneratorSettings
• getCoordinates() : CDPL::ConfGen::StructureGenerator , CDPL::Grid::RegularGrid< T, CVT > , CDPL::Grid::SpatialGrid< T, CVT > , CDPL::Math::RegularSpatialGrid< T, C, GD, XF >
• getCoordinatesTransform() : CDPL::Math::RegularSpatialGrid< T, C, GD, XF >
• getCoreEnvironment() : CDPL::Pharm::InteractionPharmacophoreGenerator
• getCoreEnvironmentRadius() : CDPL::Pharm::InteractionPharmacophoreGenerator
• getCorePharmacophore() : CDPL::Pharm::InteractionPharmacophoreGenerator
• getCorePharmacophoreGenerator() : CDPL::Pharm::InteractionPharmacophoreGenerator
• getCorrelationCoefficient() : CDPL::Math::MLRModel< T >
• getCovalentRadius() : CDPL::Chem::AtomDictionary::Entry , CDPL::Chem::AtomDictionary
• getCWPerpDirection() : CDPL::Vis::Line2D
• getCycleStepCountFactor() : CDPL::Util::DGCoordinatesGeneratorBase< Dim, T, Derived >
• getDampingFactor() : CDPL::MolProp::PEOESigmaChargeCalculator
• getData() : CDPL::Base::Any , CDPL::Biomol::PDBData , CDPL::Chem::StringDataBlockEntry , CDPL::ConfGen::FragmentLibraryEntry , CDPL::Math::BoundedMatrix< T, M, N > , CDPL::Math::BoundedVector< T, N > , CDPL::Math::CMatrix< T, M, N > , CDPL::Math::CVector< T, N > , CDPL::Math::Grid< T, A > , CDPL::Math::GridReference< G > , CDPL::Math::HomogenousCoordsAdapter< V > , CDPL::Math::Matrix< T, A > , CDPL::Math::MatrixColumn< M > , CDPL::Math::MatrixRange< M > , CDPL::Math::MatrixReference< M > , CDPL::Math::MatrixRow< M > , CDPL::Math::MatrixSlice< M > , CDPL::Math::MatrixTranspose< M > , CDPL::Math::Quaternion< T > , CDPL::Math::QuaternionReference< Q > , CDPL::Math::QuaternionVectorAdapter< Q > , CDPL::Math::RegularSpatialGrid< T, C, GD, XF > , CDPL::Math::SparseMatrix< T, A > , CDPL::Math::SparseVector< T, A > , CDPL::Math::TriangularAdapter< M, Tri > , CDPL::Math::Vector< T, A > , CDPL::Math::VectorQuaternionAdapter< V > , CDPL::Math::VectorRange< V > , CDPL::Math::VectorReference< V > , CDPL::Math::VectorSlice< V > , CDPL::Util::Array< ValueType > , CDPL::Util::Map< Key, Value, AllowDefValues, KeyCompFunc > , CDPL::Util::MultiMap< Key, Value, AllowDefValues, KeyCompFunc >
• getDatabaseName() : CDPL::Pharm::PSDScreeningDBAccessor , CDPL::Pharm::PSDScreeningDBCreator , CDPL::Pharm::ScreeningDBAccessor , CDPL::Pharm::ScreeningDBCreator
• getDataFormat() : CDPL::Base::DataInputHandler< T > , CDPL::Base::DataOutputHandler< T > , CDPL::Pharm::PSDMolecularGraphOutputHandler , CDPL::Pharm::PSDMoleculeInputHandler , CDPL::Pharm::PSDPharmacophoreInputHandler , CDPL::Util::DefaultDataInputHandler< ReaderImpl, Format, DataType > , CDPL::Util::DefaultDataOutputHandler< WriterImpl, FORMAT, DataType > , CDPL::Util::MultiFormatDataReader< DataType > , CDPL::Util::MultiFormatDataWriter< DataType >
• getDataMode() : CDPL::Math::RegularSpatialGrid< T, C, GD, XF >
• getDataPointer() : CDPL::Base::Any
• getDataWriter() : CDPL::Pharm::FileScreeningHitCollector
• getDBAccessor() : CDPL::Pharm::ScreeningProcessor
• getDefaultOverlapFunction() : CDPL::Shape::GaussianShapeAlignment , CDPL::Shape::GaussianShapeFunctionAlignment
• getDefaultPharmacophoreGenerator() : CDPL::Shape::GaussianShapeGenerator
• getDefaultStartGenerator() : CDPL::Shape::GaussianShapeAlignment , CDPL::Shape::GaussianShapeFunctionAlignment
• getDensityCombinationFunction() : CDPL::GRAIL::AtomDensityGridCalculator
• getDensityFunction() : CDPL::GRAIL::AtomDensityGridCalculator
• getDescent() : CDPL::Vis::CairoFontMetrics , CDPL::Vis::FontMetrics , CDPL::Vis::QtFontMetrics
• getDescription() : CDPL::Base::DataFormat
• getDGModeForceFieldType() : CDPL::ConfGen::StructureGeneratorSettings
• getDielectricConstant() : CDPL::ConfGen::ConformerGeneratorSettings , CDPL::ConfGen::FragmentConformerGeneratorSettings , CDPL::ConfGen::StructureGeneratorSettings , CDPL::ConfGen::TorsionDriverSettings , CDPL::ForceField::MMFF94ElectrostaticInteraction
• getDirection() : CDPL::Vis::Line2D
• getDistance() : CDPL::Vis::Line2D
• getDistanceConstraint() : CDPL::Util::DGCoordinatesGeneratorBase< Dim, T, Derived >
• getDistanceConstraintsBegin() : CDPL::Util::DGCoordinatesGeneratorBase< Dim, T, Derived >
• getDistanceConstraintsEnd() : CDPL::Util::DGCoordinatesGeneratorBase< Dim, T, Derived >
• getDistanceCutoff() : CDPL::GRAIL::AtomDensityGridCalculator , CDPL::GRAIL::FeatureInteractionScoreGridCalculator , CDPL::Shape::GaussianShapeAlignment , CDPL::Shape::GaussianShapeFunction
• getDistanceError() : CDPL::Util::DGCoordinatesGeneratorBase< Dim, T, Derived >
• getDistanceExponent() : CDPL::ConfGen::ConformerGeneratorSettings , CDPL::ConfGen::FragmentConformerGeneratorSettings , CDPL::ConfGen::StructureGeneratorSettings , CDPL::ConfGen::TorsionDriverSettings , CDPL::ForceField::MMFF94ElectrostaticInteraction
• getEffectiveCharge() : CDPL::ForceField::UFFAtomTypePropertyTable::Entry
• getEffectiveElectronNumber() : CDPL::ForceField::MMFF94VanDerWaalsParameterTable::Entry
• getEIJ() : CDPL::ForceField::MMFF94VanDerWaalsInteraction
• getElectronContrib() : CDPL::Chem::ElectronSystem
• getElectronDensity() : CDPL::MolProp::MHMOPiChargeCalculator
• getElectronegativity() : CDPL::MolProp::PEOESigmaChargeCalculator
• getElectrostaticEnergy() : CDPL::ForceField::MMFF94EnergyCalculator< ValueType > , CDPL::ForceField::MMFF94GradientCalculator< ValueType >
• getElectrostaticInteractions() : CDPL::ForceField::MMFF94InteractionData
• getElement() : CDPL::Shape::GaussianShape , CDPL::Util::Array< ValueType > , CDPL::Util::IndirectArray< ValueType, PointerType, NullPointerCheck >
• getElementPosition() : CDPL::Shape::GaussianShapeFunction
• getElementPositions() : CDPL::Shape::GaussianShapeFunction
• getElementsBegin() : CDPL::Shape::GaussianShape , CDPL::Util::Array< ValueType > , CDPL::Util::IndirectArray< ValueType, PointerType, NullPointerCheck >
• getElementsEnd() : CDPL::Shape::GaussianShape , CDPL::Util::Array< ValueType > , CDPL::Util::IndirectArray< ValueType, PointerType, NullPointerCheck >
• getElementsReverseBegin() : CDPL::Util::Array< ValueType > , CDPL::Util::IndirectArray< ValueType, PointerType, NullPointerCheck >
• getElementsReverseEnd() : CDPL::Util::Array< ValueType > , CDPL::Util::IndirectArray< ValueType, PointerType, NullPointerCheck >
• getEnabledInteractionTypes() : CDPL::ForceField::MMFF94EnergyCalculator< ValueType > , CDPL::ForceField::MMFF94GradientCalculator< ValueType >
• getEnabledReactionRoles() : CDPL::Chem::ReactionSubstructureSearch
• getEnd() : CDPL::Chem::BasicBond , CDPL::Chem::Bond , CDPL::Vis::Line2D
• getEnergy() : CDPL::ConfGen::ConformerData , CDPL::MolProp::MHMOPiChargeCalculator
• getEnergyWindow() : CDPL::ConfGen::ConformerGeneratorSettings , CDPL::ConfGen::FragmentConformerGeneratorSettings::FragmentSettings , CDPL::ConfGen::TorsionDriverSettings
• getEntities() : CDPL::Chem::Entity3DContainer
• getEntitiesBegin() : CDPL::Chem::Entity3DContainer , CDPL::Chem::SpatialEntityAlignment< T > , CDPL::Chem::TopologicalEntityAlignment< T >
• getEntitiesEnd() : CDPL::Chem::Entity3DContainer , CDPL::Chem::SpatialEntityAlignment< T > , CDPL::Chem::TopologicalEntityAlignment< T >
• getEntity() : CDPL::Chem::AtomContainer , CDPL::Chem::Entity3DContainer , CDPL::Chem::SpatialEntityAlignment< T > , CDPL::Chem::TopologicalEntityAlignment< T > , CDPL::ConfGen::CanonicalFragment , CDPL::Pharm::FeatureContainer
• getEntity3DCoordinatesFunction() : CDPL::Chem::SpatialEntityAlignment< T >
• getEntityMatchFunction() : CDPL::Chem::SpatialEntityAlignment< T > , CDPL::Chem::TopologicalEntityAlignment< T >
• getEntityPairMatchFunction() : CDPL::Chem::SpatialEntityAlignment< T > , CDPL::Chem::TopologicalEntityAlignment< T >
• getEntityWeightFunction() : CDPL::Chem::SpatialEntityAlignment< T >
• getEntries() : CDPL::Util::MultiMap< Key, Value, AllowDefValues, KeyCompFunc >
• getEntriesBegin() : CDPL::Biomol::ResidueDictionary , CDPL::Chem::AtomDictionary , CDPL::ConfGen::FragmentLibrary , CDPL::ForceField::MMFF94AngleBendingParameterTable , CDPL::ForceField::MMFF94AromaticAtomTypeDefinitionTable , CDPL::ForceField::MMFF94AtomTypePropertyTable , CDPL::ForceField::MMFF94BondChargeIncrementTable , CDPL::ForceField::MMFF94BondStretchingParameterTable , CDPL::ForceField::MMFF94BondStretchingRuleParameterTable , CDPL::ForceField::MMFF94DefaultStretchBendParameterTable , CDPL::ForceField::MMFF94FormalAtomChargeDefinitionTable , CDPL::ForceField::MMFF94HeavyToHydrogenAtomTypeMap , CDPL::ForceField::MMFF94OutOfPlaneBendingParameterTable , CDPL::ForceField::MMFF94PartialBondChargeIncrementTable , CDPL::ForceField::MMFF94PrimaryToParameterAtomTypeMap , CDPL::ForceField::MMFF94StretchBendParameterTable , CDPL::ForceField::MMFF94SymbolicAtomTypePatternTable , CDPL::ForceField::MMFF94SymbolicToNumericAtomTypeMap , CDPL::ForceField::MMFF94TorsionParameterTable , CDPL::ForceField::MMFF94VanDerWaalsParameterTable , CDPL::ForceField::UFFAtomTypePropertyTable , CDPL::Util::Map< Key, Value, AllowDefValues, KeyCompFunc > , CDPL::Util::MultiMap< Key, Value, AllowDefValues, KeyCompFunc >
• getEntriesEnd() : CDPL::Biomol::ResidueDictionary , CDPL::Chem::AtomDictionary , CDPL::ConfGen::FragmentLibrary , CDPL::ForceField::MMFF94AngleBendingParameterTable , CDPL::ForceField::MMFF94AromaticAtomTypeDefinitionTable , CDPL::ForceField::MMFF94AtomTypePropertyTable , CDPL::ForceField::MMFF94BondChargeIncrementTable , CDPL::ForceField::MMFF94BondStretchingParameterTable , CDPL::ForceField::MMFF94BondStretchingRuleParameterTable , CDPL::ForceField::MMFF94DefaultStretchBendParameterTable , CDPL::ForceField::MMFF94FormalAtomChargeDefinitionTable , CDPL::ForceField::MMFF94HeavyToHydrogenAtomTypeMap , CDPL::ForceField::MMFF94OutOfPlaneBendingParameterTable , CDPL::ForceField::MMFF94PartialBondChargeIncrementTable , CDPL::ForceField::MMFF94PrimaryToParameterAtomTypeMap , CDPL::ForceField::MMFF94StretchBendParameterTable , CDPL::ForceField::MMFF94SymbolicAtomTypePatternTable , CDPL::ForceField::MMFF94SymbolicToNumericAtomTypeMap , CDPL::ForceField::MMFF94TorsionParameterTable , CDPL::ForceField::MMFF94VanDerWaalsParameterTable , CDPL::ForceField::UFFAtomTypePropertyTable , CDPL::Util::Map< Key, Value, AllowDefValues, KeyCompFunc > , CDPL::Util::MultiMap< Key, Value, AllowDefValues, KeyCompFunc >
• getEntriesReverseBegin() : CDPL::Util::Map< Key, Value, AllowDefValues, KeyCompFunc > , CDPL::Util::MultiMap< Key, Value, AllowDefValues, KeyCompFunc >
• getEntriesReverseEnd() : CDPL::Util::Map< Key, Value, AllowDefValues, KeyCompFunc > , CDPL::Util::MultiMap< Key, Value, AllowDefValues, KeyCompFunc >
• getEntry() : CDPL::Biomol::ResidueDictionary , CDPL::Chem::AtomDictionary , CDPL::ConfGen::FragmentLibrary , CDPL::ForceField::MMFF94AngleBendingParameterTable , CDPL::ForceField::MMFF94AromaticAtomTypeDefinitionTable , CDPL::ForceField::MMFF94AtomTypePropertyTable , CDPL::ForceField::MMFF94BondChargeIncrementTable , CDPL::ForceField::MMFF94BondStretchingParameterTable , CDPL::ForceField::MMFF94BondStretchingRuleParameterTable , CDPL::ForceField::MMFF94DefaultStretchBendParameterTable , CDPL::ForceField::MMFF94FormalAtomChargeDefinitionTable , CDPL::ForceField::MMFF94HeavyToHydrogenAtomTypeMap , CDPL::ForceField::MMFF94OutOfPlaneBendingParameterTable , CDPL::ForceField::MMFF94PartialBondChargeIncrementTable , CDPL::ForceField::MMFF94PrimaryToParameterAtomTypeMap , CDPL::ForceField::MMFF94StretchBendParameterTable , CDPL::ForceField::MMFF94SymbolicAtomTypePatternTable , CDPL::ForceField::MMFF94SymbolicToNumericAtomTypeMap , CDPL::ForceField::MMFF94TorsionParameterTable , CDPL::ForceField::MMFF94VanDerWaalsParameterTable , CDPL::ForceField::UFFAtomTypePropertyTable , CDPL::Util::Map< Key, Value, AllowDefValues, KeyCompFunc > , CDPL::Util::MultiMap< Key, Value, AllowDefValues, KeyCompFunc >
• getEnvironmentAtomDensityGridName() : CDPL::GRAIL::GRAILDataSetGenerator
• getEnvironmentPharmacophore() : CDPL::Pharm::InteractionPharmacophoreGenerator
• getEnvironmentPharmacophoreGenerator() : CDPL::Pharm::InteractionPharmacophoreGenerator
• getExcludedHydrogenMask() : CDPL::ConfGen::DGConstraintGenerator , CDPL::ConfGen::DGStructureGenerator
• getExcludePattern() : CDPL::Chem::FragmentGenerator
• getExcludePatternsBegin() : CDPL::Chem::FragmentGenerator
• getExcludePatternsEnd() : CDPL::Chem::FragmentGenerator
• getExponent() : CDPL::ForceField::MMFF94VanDerWaalsParameterTable
• getFactorA() : CDPL::ForceField::MMFF94VanDerWaalsParameterTable::Entry
• getFactorB() : CDPL::ForceField::MMFF94VanDerWaalsParameterTable
• getFactorDAEPS() : CDPL::ForceField::MMFF94VanDerWaalsParameterTable
• getFactorDARAD() : CDPL::ForceField::MMFF94VanDerWaalsParameterTable
• getFactorG() : CDPL::ForceField::MMFF94VanDerWaalsParameterTable::Entry
• getFamily() : CDPL::Vis::Font
• getFeature() : CDPL::Pharm::BasicPharmacophore , CDPL::Pharm::FeatureContainer , CDPL::Pharm::FeatureSet , CDPL::Pharm::Pharmacophore
• getFeatureCounts() : CDPL::Pharm::PSDScreeningDBAccessor , CDPL::Pharm::ScreeningDBAccessor
• getFeatureGenerator() : CDPL::Pharm::PharmacophoreGenerator
• getFeatureGeometry() : CDPL::Pharm::AromaticFeatureGenerator , CDPL::Pharm::HydrophobicAtomFeatureGenerator , CDPL::Pharm::HydrophobicFeatureGenerator
• getFeatureGeometryMatchWeight() : CDPL::Pharm::PharmacophoreFitScore
• getFeatureHardness() : CDPL::Shape::GaussianShapeGenerator
• getFeatureIdentifier() : CDPL::Descr::CircularFingerprintGenerator
• getFeatureIndex() : CDPL::Pharm::BasicPharmacophore , CDPL::Pharm::FeatureContainer , CDPL::Pharm::FeatureSet , CDPL::Pharm::Pharmacophore
• getFeatureMatchCountWeight() : CDPL::Pharm::PharmacophoreFitScore
• getFeaturePositionMatchWeight() : CDPL::Pharm::PharmacophoreFitScore
• getFeatureRadius() : CDPL::Shape::GaussianShapeGenerator
• getFeaturesBegin() : CDPL::Pharm::BasicPharmacophore , CDPL::Pharm::FeatureContainer , CDPL::Pharm::FeatureSet , CDPL::Pharm::Pharmacophore
• getFeatureSelectionPredicate() : CDPL::GRAIL::FeatureInteractionScoreGridCalculator
• getFeaturesEnd() : CDPL::Pharm::BasicPharmacophore , CDPL::Pharm::FeatureContainer , CDPL::Pharm::FeatureSet , CDPL::Pharm::Pharmacophore
• getFeatureSubstructure() : CDPL::Descr::CircularFingerprintGenerator
• getFeatureSubstructures() : CDPL::Descr::CircularFingerprintGenerator
• getFeatureTolerance() : CDPL::Pharm::AromaticFeatureGenerator , CDPL::Pharm::HydrophobicAtomFeatureGenerator , CDPL::Pharm::HydrophobicFeatureGenerator
• getFeatureType() : CDPL::Pharm::AromaticFeatureGenerator , CDPL::Pharm::HydrophobicAtomFeatureGenerator , CDPL::Pharm::HydrophobicFeatureGenerator
• getFeatureVector() : CDPL::MolProp::LogSCalculator , CDPL::MolProp::XLogPCalculator
• getFileExtension() : CDPL::Base::DataFormat
• getFileExtensionsBegin() : CDPL::Base::DataFormat
• getFileExtensionsEnd() : CDPL::Base::DataFormat
• getFillRule() : CDPL::Vis::Path2D
• getFirstElement() : CDPL::Util::Array< ValueType > , CDPL::Util::IndirectArray< ValueType, PointerType, NullPointerCheck >
• getFixedAtomMask() : CDPL::ForceField::MMFF94GradientCalculator< ValueType >
• getFont() : CDPL::Vis::TextLabelPrimitive2D
• getFontMetrics() : CDPL::Vis::ReactionView2D , CDPL::Vis::StructureView2D
• getForceConstant() : CDPL::ForceField::ElasticPotential , CDPL::ForceField::MMFF94AngleBendingInteraction , CDPL::ForceField::MMFF94AngleBendingParameterTable::Entry , CDPL::ForceField::MMFF94BondStretchingInteraction , CDPL::ForceField::MMFF94BondStretchingParameterTable::Entry , CDPL::ForceField::MMFF94BondStretchingRuleParameterTable::Entry , CDPL::ForceField::MMFF94OutOfPlaneBendingInteraction , CDPL::ForceField::MMFF94OutOfPlaneBendingParameterTable::Entry
• getForceFieldType() : CDPL::ConfGen::FragmentConformerGeneratorSettings , CDPL::ConfGen::TorsionDriverSettings
• getForceFieldTypeStochastic() : CDPL::ConfGen::ConformerGeneratorSettings
• getForceFieldTypeSystematic() : CDPL::ConfGen::ConformerGeneratorSettings
• getFormalCharge() : CDPL::ForceField::MMFF94FormalAtomChargeDefinitionTable::Entry
• getFormalChargeAdjustmentFactor() : CDPL::ForceField::MMFF94PartialBondChargeIncrementTable::Entry
• getFormalCharges() : CDPL::ForceField::MMFF94ChargeCalculator
• getFoundMappingCallback() : CDPL::Chem::AutomorphismGroupSearch
• getFragment() : CDPL::Biomol::HierarchyViewChain , CDPL::ConfGen::TorsionDriver
• getFragment1Index() : CDPL::Chem::FragmentGenerator::FragmentLink
• getFragment2Index() : CDPL::Chem::FragmentGenerator::FragmentLink
• getFragmentationRule() : CDPL::Chem::FragmentGenerator
• getFragmentationRulesBegin() : CDPL::Chem::FragmentGenerator
• getFragmentationRulesEnd() : CDPL::Chem::FragmentGenerator
• getFragmentBuildSettings() : CDPL::ConfGen::ConformerGeneratorSettings , CDPL::ConfGen::FragmentAssemblerSettings , CDPL::ConfGen::StructureGeneratorSettings
• getFragmentFilterFunction() : CDPL::Chem::FragmentGenerator
• getFragmentLibrary() : CDPL::ConfGen::FragmentLibraryGenerator
• getFragmentLink() : CDPL::Chem::FragmentGenerator
• getFragmentLinksBegin() : CDPL::Chem::FragmentGenerator
• getFragmentLinksEnd() : CDPL::Chem::FragmentGenerator
• getFragmentModeForceFieldType() : CDPL::ConfGen::StructureGeneratorSettings
• getFragmentsBegin() : CDPL::Biomol::HierarchyViewChain
• getFragmentsEnd() : CDPL::Biomol::HierarchyViewChain
• getFrameworks() : CDPL::Chem::BemisMurckoAnalyzer
• getFunctionDelta() : CDPL::Math::BFGSMinimizer< VA, VT, FVT >
• getFunctionValue() : CDPL::Math::BFGSMinimizer< VA, VT, FVT >
• getGenerationMode() : CDPL::ConfGen::StructureGeneratorSettings
• getGeometryMatchFunction() : CDPL::Pharm::SpatialFeatureMapping
• getGeometryMatchScore() : CDPL::Pharm::SpatialFeatureMapping
• getGoodnessOfFit() : CDPL::Math::MLRModel< T >
• getGradientNorm() : CDPL::Math::BFGSMinimizer< VA, VT, FVT >
• getGreen() : CDPL::Vis::Color
• getGridName() : CDPL::GRAIL::GRAILDataSetGenerator
• getGridOversize() : CDPL::Chem::SurfaceAtomExtractor
• getGridStepSize() : CDPL::Chem::SurfaceAtomExtractor , CDPL::GRAIL::GRAILDataSetGenerator
• getGridTransform() : CDPL::GRAIL::GRAILDataSetGenerator
• getGridXSize() : CDPL::GRAIL::GRAILDataSetGenerator
• getGridYSize() : CDPL::GRAIL::GRAILDataSetGenerator
• getGridZSize() : CDPL::GRAIL::GRAILDataSetGenerator
• getGroupHydrophobicityThreshold() : CDPL::Pharm::HydrophobicFeatureGenerator
• getHardness() : CDPL::Shape::GaussianShape::Element
• getHashCode() : CDPL::ConfGen::CanonicalFragment , CDPL::ConfGen::FragmentLibraryEntry
• getHDonorAcceptorType() : CDPL::ForceField::MMFF94VanDerWaalsParameterTable::Entry
• getHeader() : CDPL::Chem::StringDataBlockEntry
• getHeight() : CDPL::Vis::CairoFontMetrics , CDPL::Vis::EllipsePrimitive2D , CDPL::Vis::FontMetrics , CDPL::Vis::QtFontMetrics , CDPL::Vis::Rectangle2D
• getHeteroAtomDistance() : CDPL::ForceField::MMFF94AromaticAtomTypeDefinitionTable::Entry
• getHitAlignmentTransform() : CDPL::Pharm::ScreeningProcessor::SearchHit
• getHitCallback() : CDPL::Pharm::ScreeningProcessor , CDPL::Shape::ScreeningProcessor
• getHitConformationIndex() : CDPL::Pharm::ScreeningProcessor::SearchHit
• getHitMolecule() : CDPL::Pharm::ScreeningProcessor::SearchHit
• getHitMoleculeIndex() : CDPL::Pharm::ScreeningProcessor::SearchHit
• getHitPharmacophore() : CDPL::Pharm::ScreeningProcessor::SearchHit
• getHitPharmacophoreIndex() : CDPL::Pharm::ScreeningProcessor::SearchHit
• getHitProvider() : CDPL::Pharm::ScreeningProcessor::SearchHit
• getHitReportMode() : CDPL::Pharm::ScreeningProcessor
• getHydrogenCountFunction() : CDPL::Chem::CanonicalNumberingCalculator
• getHydrophobicityThreshold() : CDPL::Pharm::HydrophobicAtomFeatureGenerator
• getID() : CDPL::Base::LookupKey , CDPL::Chem::FragmentGenerator::FragmentationRule , CDPL::Chem::MatchConstraint , CDPL::Chem::PatternBasedTautomerizationRule , CDPL::Chem::SubstructureHistogramCalculator::Pattern , CDPL::Chem::TautomerizationRule
• getIJKForceConstant() : CDPL::ForceField::MMFF94DefaultStretchBendParameterTable::Entry , CDPL::ForceField::MMFF94StretchBendInteraction , CDPL::ForceField::MMFF94StretchBendParameterTable::Entry
• getIndex() : CDPL::Chem::Atom , CDPL::Chem::BasicAtom , CDPL::Chem::BasicBond , CDPL::Chem::Bond , CDPL::Math::MatrixColumn< M > , CDPL::Math::MatrixRow< M > , CDPL::Math::UnitVector< T > , CDPL::Pharm::BasicFeature , CDPL::Pharm::Feature , CDPL::Util::IndexedElementIterator< ValueType, AccessFunc, IndexType >
• getInputHandler() : CDPL::Base::DataIOManager< T >
• getInputHandlerByFileExtension() : CDPL::Base::DataIOManager< T >
• getInputHandlerByFormat() : CDPL::Base::DataIOManager< T >
• getInputHandlerByMimeType() : CDPL::Base::DataIOManager< T >
• getInputHandlerByName() : CDPL::Base::DataIOManager< T >
• getInputHandlersBegin() : CDPL::Base::DataIOManager< T >
• getInputHandlersEnd() : CDPL::Base::DataIOManager< T >
• getInteractionAnalyzer() : CDPL::Pharm::InteractionPharmacophoreGenerator
• getInteractionMapping() : CDPL::Pharm::InteractionPharmacophoreGenerator
• getIntersectionPoint() : CDPL::Vis::Line2D
• getIsotope() : CDPL::Chem::AtomDictionary::Entry
• getIsotopeMasses() : CDPL::Chem::AtomDictionary::Entry
• getIUPACGroup() : CDPL::Chem::AtomDictionary::Entry , CDPL::Chem::AtomDictionary
• getJoinStyle() : CDPL::Vis::Pen
• getKeyCompareFunction() : CDPL::Util::Map< Key, Value, AllowDefValues, KeyCompFunc > , CDPL::Util::MultiMap< Key, Value, AllowDefValues, KeyCompFunc >
• getKJIForceConstant() : CDPL::ForceField::MMFF94DefaultStretchBendParameterTable::Entry , CDPL::ForceField::MMFF94StretchBendInteraction , CDPL::ForceField::MMFF94StretchBendParameterTable::Entry
• getLabel() : CDPL::Chem::CIPConfigurationLabeler
• getLastElement() : CDPL::Util::Array< ValueType > , CDPL::Util::IndirectArray< ValueType, PointerType, NullPointerCheck >
• getLeading() : CDPL::Vis::CairoFontMetrics , CDPL::Vis::FontMetrics , CDPL::Vis::QtFontMetrics
• getLearningRateDecrement() : CDPL::Util::DGCoordinatesGeneratorBase< Dim, T, Derived >
• getLength() : CDPL::Vis::Line2D
• getLibraryEntryHashCode() : CDPL::ConfGen::FragmentLibraryGenerator
• getLineStyle() : CDPL::Vis::Pen
• getLinkers() : CDPL::Chem::BemisMurckoAnalyzer
• getLocalContainingCell() : CDPL::Math::RegularSpatialGrid< T, C, GD, XF >
• getLocalCoordinates() : CDPL::Math::RegularSpatialGrid< T, C, GD, XF >
• getLogMessageCallback() : CDPL::ConfGen::ConformerGenerator , CDPL::ConfGen::FragmentAssembler , CDPL::ConfGen::FragmentConformerGenerator , CDPL::ConfGen::FragmentLibraryGenerator , CDPL::ConfGen::StructureGenerator , CDPL::ConfGen::TorsionDriver
• getLogOutput() : CDPL::Chem::INCHIMolecularGraphWriter , CDPL::Chem::INCHIMoleculeReader
• getLowerBound() : CDPL::Util::DGCoordinatesGenerator< 3, T >::VolumeConstraint , CDPL::Util::DGCoordinatesGeneratorBase< Dim, T, Derived >::DistanceConstraint , CDPL::Util::Map< Key, Value, AllowDefValues, KeyCompFunc > , CDPL::Util::MultiMap< Key, Value, AllowDefValues, KeyCompFunc >
• getMacrocycleRotorBondCountThreshold() : CDPL::ConfGen::ConformerGeneratorSettings , CDPL::ConfGen::FragmentConformerGeneratorSettings , CDPL::ConfGen::StructureGeneratorSettings
• getMacrocycleSettings() : CDPL::ConfGen::FragmentConformerGeneratorSettings
• getMapping() : CDPL::Chem::AutomorphismGroupSearch , CDPL::Chem::CommonConnectedSubstructureSearch , CDPL::Chem::MaxCommonAtomSubstructureSearch , CDPL::Chem::MaxCommonBondSubstructureSearch , CDPL::Chem::ReactionSubstructureSearch , CDPL::Chem::SubstructureSearch
• getMappingsBegin() : CDPL::Chem::AutomorphismGroupSearch , CDPL::Chem::CommonConnectedSubstructureSearch , CDPL::Chem::MaxCommonAtomSubstructureSearch , CDPL::Chem::MaxCommonBondSubstructureSearch , CDPL::Chem::ReactionSubstructureSearch , CDPL::Chem::SubstructureSearch
• getMappingsEnd() : CDPL::Chem::AutomorphismGroupSearch , CDPL::Chem::CommonConnectedSubstructureSearch , CDPL::Chem::MaxCommonAtomSubstructureSearch , CDPL::Chem::MaxCommonBondSubstructureSearch , CDPL::Chem::ReactionSubstructureSearch , CDPL::Chem::SubstructureSearch
• getMatch() : CDPL::ConfGen::TorsionRuleMatcher
• getMatchesBegin() : CDPL::ConfGen::TorsionRuleMatcher
• getMatchesEnd() : CDPL::ConfGen::TorsionRuleMatcher
• getMatchPattern() : CDPL::Chem::FragmentGenerator::ExcludePattern , CDPL::Chem::FragmentGenerator::FragmentationRule , CDPL::ConfGen::TorsionCategory , CDPL::ConfGen::TorsionRule
• getMatchPatternString() : CDPL::ConfGen::TorsionCategory , CDPL::ConfGen::TorsionRule
• getMax() : CDPL::Vis::Rectangle2D
• getMaxAcceptorAngle() : CDPL::Pharm::HBondingInteractionConstraint , CDPL::Pharm::HBondingInteractionScore , CDPL::Pharm::XBondingInteractionConstraint , CDPL::Pharm::XBondingInteractionScore
• getMaxAngle() : CDPL::Pharm::CationPiInteractionConstraint , CDPL::Pharm::CationPiInteractionScore , CDPL::Pharm::OrthogonalPiPiInteractionConstraint , CDPL::Pharm::OrthogonalPiPiInteractionScore , CDPL::Pharm::ParallelPiPiInteractionConstraint , CDPL::Pharm::ParallelPiPiInteractionScore
• getMaxAROrientationDeviation() : CDPL::Pharm::FeatureGeometryMatchFunctor
• getMaxAXDistance() : CDPL::Pharm::XBondingInteractionConstraint , CDPL::Pharm::XBondingInteractionScore
• getMaxDistance() : CDPL::Descr::AutoCorrelation2DVectorCalculator , CDPL::Descr::MoleculeAutoCorr2DDescriptorCalculator , CDPL::Pharm::CationPiInteractionConstraint , CDPL::Pharm::CationPiInteractionScore , CDPL::Pharm::FeatureDistanceConstraint , CDPL::Pharm::FeatureDistanceScore
• getMaxHBAInteractionDirAngle() : CDPL::Pharm::FeatureGeometryMatchFunctor
• getMaxHBAOrientationDeviation() : CDPL::Pharm::FeatureGeometryMatchFunctor
• getMaxHBDInteractionDirDeviation() : CDPL::Pharm::FeatureGeometryMatchFunctor
• getMaxHDistance() : CDPL::Pharm::OrthogonalPiPiInteractionConstraint , CDPL::Pharm::OrthogonalPiPiInteractionScore , CDPL::Pharm::ParallelPiPiInteractionConstraint , CDPL::Pharm::ParallelPiPiInteractionScore
• getMaxLength() : CDPL::Pharm::HBondingInteractionConstraint , CDPL::Pharm::HBondingInteractionScore
• getMaxNumGeneratedStructures() : CDPL::Chem::ResonanceStructureGenerator
• getMaxNumMappings() : CDPL::Chem::AutomorphismGroupSearch , CDPL::Chem::CommonConnectedSubstructureSearch , CDPL::Chem::MaxCommonAtomSubstructureSearch , CDPL::Chem::MaxCommonBondSubstructureSearch , CDPL::Chem::ReactionSubstructureSearch , CDPL::Chem::SubstructureSearch
• getMaxNumOmittedFeatures() : CDPL::Pharm::ScreeningProcessor
• getMaxNumOptimizationIterations() : CDPL::Shape::FastGaussianShapeAlignment , CDPL::Shape::GaussianShapeAlignment , CDPL::Shape::GaussianShapeFunctionAlignment , CDPL::Shape::ScreeningSettings
• getMaxNumOutputConformers() : CDPL::ConfGen::ConformerGeneratorSettings , CDPL::ConfGen::FragmentConformerGeneratorSettings::FragmentSettings
• getMaxNumRefinementIterations() : CDPL::ConfGen::ConformerGeneratorSettings , CDPL::ConfGen::FragmentConformerGeneratorSettings , CDPL::ConfGen::StructureGeneratorSettings
• getMaxNumSampledConformers() : CDPL::ConfGen::ConformerGeneratorSettings , CDPL::ConfGen::FragmentConformerGeneratorSettings::FragmentSettings , CDPL::ConfGen::StructureGeneratorSettings
• getMaxNumSymmetryMappings() : CDPL::ConfGen::RMSDConformerSelector
• getMaxOrder() : CDPL::Shape::GaussianShapeAlignment , CDPL::Shape::GaussianShapeFunction
• getMaxPathLength() : CDPL::Descr::PathFingerprintGenerator
• getMaxPoolSize() : CDPL::ConfGen::ConformerGeneratorSettings , CDPL::ConfGen::TorsionDriverSettings
• getMaxRandomTranslation() : CDPL::Shape::FastGaussianShapeAlignment , CDPL::Shape::PrincipalAxesAlignmentStartGenerator
• getMaxRotatableBondCount() : CDPL::ConfGen::ConformerGeneratorSettings
• getMaxSize() : CDPL::Math::BoundedVector< T, N > , CDPL::Math::CVector< T, N > , CDPL::Math::Grid< T, A > , CDPL::Math::GridReference< G > , CDPL::Math::Matrix< T, A > , CDPL::Math::MatrixReference< M > , CDPL::Math::MatrixTranspose< M > , CDPL::Math::RegularSpatialGrid< T, C, GD, XF > , CDPL::Math::ScalarVector< T > , CDPL::Math::SparseMatrix< T, A > , CDPL::Math::SparseVector< T, A > , CDPL::Math::UnitVector< T > , CDPL::Math::Vector< T, A > , CDPL::Math::VectorReference< V > , CDPL::Math::ZeroVector< T > , CDPL::Util::ObjectPool< T > , CDPL::Util::ObjectStack< T >
• getMaxSize1() : CDPL::Math::BoundedMatrix< T, M, N > , CDPL::Math::CMatrix< T, M, N > , CDPL::Math::GridReference< G > , CDPL::Math::IdentityMatrix< T > , CDPL::Math::MatrixReference< M > , CDPL::Math::RegularSpatialGrid< T, C, GD, XF > , CDPL::Math::RotationMatrix< T > , CDPL::Math::ScalarGrid< T > , CDPL::Math::ScalarMatrix< T > , CDPL::Math::ScalingMatrix< T > , CDPL::Math::TranslationMatrix< T > , CDPL::Math::ZeroGrid< T > , CDPL::Math::ZeroMatrix< T >
• getMaxSize2() : CDPL::Math::BoundedMatrix< T, M, N > , CDPL::Math::CMatrix< T, M, N > , CDPL::Math::GridReference< G > , CDPL::Math::IdentityMatrix< T > , CDPL::Math::MatrixReference< M > , CDPL::Math::RegularSpatialGrid< T, C, GD, XF > , CDPL::Math::RotationMatrix< T > , CDPL::Math::ScalarGrid< T > , CDPL::Math::ScalarMatrix< T > , CDPL::Math::ScalingMatrix< T > , CDPL::Math::TranslationMatrix< T > , CDPL::Math::ZeroGrid< T > , CDPL::Math::ZeroMatrix< T >
• getMaxSize3() : CDPL::Math::GridReference< G > , CDPL::Math::RegularSpatialGrid< T, C, GD, XF > , CDPL::Math::ScalarGrid< T > , CDPL::Math::ZeroGrid< T >
• getMaxVDistance() : CDPL::Pharm::OrthogonalPiPiInteractionConstraint , CDPL::Pharm::OrthogonalPiPiInteractionScore , CDPL::Pharm::ParallelPiPiInteractionConstraint , CDPL::Pharm::ParallelPiPiInteractionScore
• getMaxXBAInteractionDirDeviation() : CDPL::Pharm::FeatureGeometryMatchFunctor
• getMaxXBDInteractionDirDeviation() : CDPL::Pharm::FeatureGeometryMatchFunctor
• getMessage() : CDPL::Chem::INCHIMolecularGraphWriter , CDPL::Chem::INCHIMoleculeReader
• getMimeType() : CDPL::Base::DataFormat
• getMin() : CDPL::Vis::Rectangle2D
• getMinAHDAngle() : CDPL::Pharm::HBondingInteractionConstraint , CDPL::Pharm::HBondingInteractionScore
• getMinAXBAngle() : CDPL::Pharm::XBondingInteractionConstraint , CDPL::Pharm::XBondingInteractionScore
• getMinAXDistance() : CDPL::Pharm::XBondingInteractionConstraint , CDPL::Pharm::XBondingInteractionScore
• getMinDistance() : CDPL::Pharm::CationPiInteractionConstraint , CDPL::Pharm::CationPiInteractionScore , CDPL::Pharm::FeatureDistanceConstraint , CDPL::Pharm::FeatureDistanceScore
• getMinHDistance() : CDPL::Pharm::OrthogonalPiPiInteractionConstraint , CDPL::Pharm::OrthogonalPiPiInteractionScore
• getMinLength() : CDPL::Pharm::HBondingInteractionConstraint , CDPL::Pharm::HBondingInteractionScore
• getMinNumSampledConformers() : CDPL::ConfGen::FragmentConformerGeneratorSettings::FragmentSettings
• getMinPathLength() : CDPL::Descr::PathFingerprintGenerator
• getMinRingSize() : CDPL::Chem::StereoisomerGenerator
• getMinRMSD() : CDPL::ConfGen::ConformerGeneratorSettings , CDPL::ConfGen::FragmentConformerGeneratorSettings::FragmentSettings , CDPL::ConfGen::RMSDConformerSelector
• getMinSubstructureSize() : CDPL::Chem::CommonConnectedSubstructureSearch , CDPL::Chem::MaxCommonAtomSubstructureSearch , CDPL::Chem::MaxCommonBondSubstructureSearch
• getMinSurfaceAccessibility() : CDPL::Chem::SurfaceAtomExtractor
• getMinTopologicalMappingSize() : CDPL::Chem::SpatialEntityAlignment< T >
• getMinVDistance() : CDPL::Pharm::ParallelPiPiInteractionConstraint , CDPL::Pharm::ParallelPiPiInteractionScore
• getMinVdWSurfaceDistance() : CDPL::GRAIL::BuriednessGridCalculator , CDPL::GRAIL::BuriednessScore
• getMode() : CDPL::Chem::TautomerGenerator , CDPL::Descr::MoleculeAutoCorr2DDescriptorCalculator , CDPL::Pharm::PSDScreeningDBCreator , CDPL::Pharm::ScreeningDBCreator
• getModel() : CDPL::Biomol::HierarchyView
• getModelBounds() : CDPL::Vis::ReactionView2D , CDPL::Vis::StructureView2D , CDPL::Vis::View2D
• getModelByNumber() : CDPL::Biomol::HierarchyView
• getModelsBegin() : CDPL::Biomol::HierarchyView
• getModelsEnd() : CDPL::Biomol::HierarchyView
• getMolecule() : CDPL::Chem::Atom , CDPL::Chem::BasicAtom , CDPL::Chem::BasicBond , CDPL::Chem::Bond , CDPL::Pharm::PSDScreeningDBAccessor , CDPL::Pharm::ScreeningDBAccessor
• getMoleculeIndex() : CDPL::Pharm::PSDScreeningDBAccessor , CDPL::Pharm::ScreeningDBAccessor
• getMostAbundantIsotope() : CDPL::Chem::AtomDictionary::Entry , CDPL::Chem::AtomDictionary
• getMultiBondDesignator() : CDPL::ForceField::MMFF94AtomTypePropertyTable::Entry
• getMutex() : CDPL::Biomol::HierarchyViewNode , CDPL::ConfGen::FragmentLibrary
• getName() : CDPL::Base::DataFormat , CDPL::Base::LookupKey , CDPL::Biomol::ResidueDictionary::Entry , CDPL::Biomol::ResidueDictionary , CDPL::Chem::AtomDictionary::Entry , CDPL::Chem::AtomDictionary , CDPL::ConfGen::TorsionCategory
• getNeighbor() : CDPL::Chem::BasicBond , CDPL::Chem::Bond
• getNitrogenEnumerationMode() : CDPL::ConfGen::ConformerGeneratorSettings , CDPL::ConfGen::FragmentAssemblerSettings
• getNumAngles() : CDPL::ConfGen::TorsionRule
• getNumAtoms() : CDPL::Chem::Atom , CDPL::Chem::AtomContainer , CDPL::Chem::BasicAtom , CDPL::Chem::BasicBond , CDPL::Chem::BasicMolecule , CDPL::Chem::Bond , CDPL::Chem::ElectronSystem , CDPL::Chem::Fragment , CDPL::Chem::Molecule , CDPL::ConfGen::CanonicalFragment , CDPL::ConfGen::FragmentLibraryEntry
• getNumAtomStereoCenters() : CDPL::ConfGen::DGConstraintGenerator , CDPL::ConfGen::DGStructureGenerator
• getNumBits() : CDPL::Descr::PathFingerprintGenerator
• getNumBonds() : CDPL::Chem::Atom , CDPL::Chem::BasicAtom , CDPL::Chem::BasicMolecule , CDPL::Chem::BondContainer , CDPL::Chem::Fragment , CDPL::Chem::Molecule , CDPL::ConfGen::CanonicalFragment
• getNumBondStereoCenters() : CDPL::ConfGen::DGConstraintGenerator , CDPL::ConfGen::DGStructureGenerator
• getNumCategories() : CDPL::ConfGen::TorsionCategory
• getNumChains() : CDPL::Biomol::HierarchyViewModel
• getNumComponents() : CDPL::Chem::BasicReaction , CDPL::Chem::Reaction
• getNumConformers() : CDPL::ConfGen::ConformerGenerator , CDPL::ConfGen::FragmentAssembler , CDPL::ConfGen::FragmentConformerGenerator , CDPL::ConfGen::FragmentLibraryEntry , CDPL::ConfGen::TorsionDriver
• getNumCycles() : CDPL::Util::DGCoordinatesGeneratorBase< Dim, T, Derived >
• getNumDeleted() : CDPL::Pharm::PSDScreeningDBCreator , CDPL::Pharm::ScreeningDBCreator
• getNumDistanceConstraints() : CDPL::Util::DGCoordinatesGeneratorBase< Dim, T, Derived >
• getNumElectrons() : CDPL::Chem::ElectronSystem
• getNumElements() : CDPL::Grid::AttributedGrid , CDPL::Grid::RegularGrid< T, CVT > , CDPL::Math::SparseMatrix< T, A > , CDPL::Math::SparseVector< T, A > , CDPL::Shape::GaussianShape
• getNumEntities() : CDPL::Chem::AtomContainer , CDPL::Chem::Entity3DContainer , CDPL::Chem::SpatialEntityAlignment< T > , CDPL::Chem::TopologicalEntityAlignment< T > , CDPL::ConfGen::CanonicalFragment , CDPL::Pharm::FeatureContainer
• getNumEntries() : CDPL::Biomol::ResidueDictionary , CDPL::Chem::AtomDictionary , CDPL::ConfGen::FragmentLibrary , CDPL::ForceField::MMFF94AngleBendingParameterTable , CDPL::ForceField::MMFF94AromaticAtomTypeDefinitionTable , CDPL::ForceField::MMFF94AtomTypePropertyTable , CDPL::ForceField::MMFF94BondChargeIncrementTable , CDPL::ForceField::MMFF94BondStretchingParameterTable , CDPL::ForceField::MMFF94BondStretchingRuleParameterTable , CDPL::ForceField::MMFF94DefaultStretchBendParameterTable , CDPL::ForceField::MMFF94FormalAtomChargeDefinitionTable , CDPL::ForceField::MMFF94HeavyToHydrogenAtomTypeMap , CDPL::ForceField::MMFF94OutOfPlaneBendingParameterTable , CDPL::ForceField::MMFF94PartialBondChargeIncrementTable , CDPL::ForceField::MMFF94PrimaryToParameterAtomTypeMap , CDPL::ForceField::MMFF94StretchBendParameterTable , CDPL::ForceField::MMFF94SymbolicAtomTypePatternTable , CDPL::ForceField::MMFF94SymbolicToNumericAtomTypeMap , CDPL::ForceField::MMFF94TorsionParameterTable , CDPL::ForceField::MMFF94VanDerWaalsParameterTable , CDPL::ForceField::UFFAtomTypePropertyTable , CDPL::Util::MultiMap< Key, Value, AllowDefValues, KeyCompFunc >
• getNumExcludePatterns() : CDPL::Chem::FragmentGenerator
• getNumFeatures() : CDPL::Descr::CircularFingerprintGenerator , CDPL::Pharm::BasicPharmacophore , CDPL::Pharm::FeatureContainer , CDPL::Pharm::FeatureSet , CDPL::Pharm::Pharmacophore
• getNumFileExtensions() : CDPL::Base::DataFormat
• getNumFragmentationRules() : CDPL::Chem::FragmentGenerator
• getNumFragmentLinks() : CDPL::Chem::FragmentGenerator
• getNumFragments() : CDPL::Biomol::HierarchyViewChain , CDPL::ConfGen::TorsionDriver
• getNumGeneratedConformers() : CDPL::ConfGen::FragmentLibraryGenerator
• getNumInputHandlers() : CDPL::Base::DataIOManager< T >
• getNumInserted() : CDPL::Pharm::PSDScreeningDBCreator , CDPL::Pharm::ScreeningDBCreator
• getNumIterations() : CDPL::Descr::CircularFingerprintGenerator , CDPL::Math::BFGSMinimizer< VA, VT, FVT > , CDPL::MolProp::PEOESigmaChargeCalculator
• getNumMappings() : CDPL::Chem::AutomorphismGroupSearch , CDPL::Chem::CommonConnectedSubstructureSearch , CDPL::Chem::MaxCommonAtomSubstructureSearch , CDPL::Chem::MaxCommonBondSubstructureSearch , CDPL::Chem::ReactionSubstructureSearch , CDPL::Chem::SubstructureSearch
• getNumMatches() : CDPL::ConfGen::TorsionRuleMatcher
• getNumModels() : CDPL::Biomol::HierarchyView
• getNumMolecules() : CDPL::Pharm::PSDScreeningDBAccessor , CDPL::Pharm::ScreeningDBAccessor
• getNumNeighbors() : CDPL::ForceField::MMFF94AtomTypePropertyTable::Entry
• getNumOutputHandlers() : CDPL::Base::DataIOManager< T >
• getNumParameters() : CDPL::Base::ControlParameterContainer
• getNumPatterns() : CDPL::Chem::PatternAtomTyper , CDPL::Chem::SubstructureHistogramCalculator
• getNumPharmacophores() : CDPL::Pharm::PSDScreeningDBAccessor , CDPL::Pharm::ScreeningDBAccessor
• getNumProcessed() : CDPL::Pharm::PSDScreeningDBCreator , CDPL::Pharm::ScreeningDBCreator
• getNumProperties() : CDPL::Base::PropertyContainer
• getNumRandomStarts() : CDPL::Shape::FastGaussianShapeAlignment , CDPL::Shape::PrincipalAxesAlignmentStartGenerator , CDPL::Shape::ScreeningSettings
• getNumReactionSites() : CDPL::Chem::Reactor
• getNumReaders() : CDPL::Util::CompoundDataReader< DataType >
• getNumRecords() : CDPL::Base::DataReader< T > , CDPL::Biomol::PDBData , CDPL::Pharm::PSDMoleculeReader , CDPL::Pharm::PSDPharmacophoreReader , CDPL::Util::CompoundDataReader< DataType > , CDPL::Util::CompressedDataReader< ReaderImpl, DecompStream, DataType > , CDPL::Util::FileDataReader< ReaderImpl, DataType > , CDPL::Util::MultiFormatDataReader< DataType > , CDPL::Util::StreamDataReader< DataType, ReaderImpl >
• getNumReferenceAtoms() : CDPL::Chem::StereoDescriptor
• getNumReferenceShapes() : CDPL::Shape::FastGaussianShapeAlignment , CDPL::Shape::GaussianShapeAlignment
• getNumRejected() : CDPL::Pharm::PSDScreeningDBCreator , CDPL::Pharm::ScreeningDBCreator
• getNumResults() : CDPL::Shape::FastGaussianShapeAlignment , CDPL::Shape::GaussianShapeAlignment , CDPL::Shape::GaussianShapeFunctionAlignment
• getNumRules() : CDPL::ConfGen::TorsionCategory
• getNumStartSubTransforms() : CDPL::Shape::GaussianShapeAlignmentStartGenerator , CDPL::Shape::PrincipalAxesAlignmentStartGenerator
• getNumStartTransforms() : CDPL::Shape::GaussianShapeAlignmentStartGenerator , CDPL::Shape::PrincipalAxesAlignmentStartGenerator
• getNumSteps() : CDPL::Descr::AutoCorrelation3DVectorCalculator< T > , CDPL::Descr::MoleculeAutoCorr3DDescriptorCalculator , CDPL::Descr::MoleculeRDFDescriptorCalculator , CDPL::Descr::PharmacophoreAutoCorr3DDescriptorCalculator , CDPL::Descr::PharmacophoreRDFDescriptorCalculator , CDPL::Descr::RDFCodeCalculator< T >
• getNumStructures() : CDPL::Chem::ResonanceStructureGenerator
• getNumSymmetryMappings() : CDPL::ConfGen::RMSDConformerSelector
• getNumTautomerizationRules() : CDPL::Chem::TautomerGenerator
• getNumTestPoints() : CDPL::Chem::SurfaceAtomExtractor
• getNumTestRays() : CDPL::GRAIL::BuriednessGridCalculator , CDPL::GRAIL::BuriednessScore
• getNumValenceElectrons() : CDPL::Chem::AtomDictionary
• getNumVolumeConstraints() : CDPL::Util::DGCoordinatesGenerator< 3, T >
• getOctetRuleCheckAtomTypes() : CDPL::Chem::ResonanceStructureGenerator
• getOldAtomType() : CDPL::ForceField::MMFF94AromaticAtomTypeDefinitionTable::Entry
• getOptimizationStopGradient() : CDPL::Shape::FastGaussianShapeAlignment , CDPL::Shape::GaussianShapeAlignment , CDPL::Shape::GaussianShapeFunctionAlignment , CDPL::Shape::ScreeningSettings
• getOutOfPlaneAtomIndex() : CDPL::ForceField::MMFF94OutOfPlaneBendingInteraction
• getOutOfPlaneAtomType() : CDPL::ForceField::MMFF94OutOfPlaneBendingParameterTable::Entry
• getOutOfPlaneBendingEnergy() : CDPL::ForceField::MMFF94EnergyCalculator< ValueType > , CDPL::ForceField::MMFF94GradientCalculator< ValueType >
• getOutOfPlaneBendingInteractions() : CDPL::ForceField::MMFF94InteractionData
• getOutputHandler() : CDPL::Base::DataIOManager< T >
• getOutputHandlerByFileExtension() : CDPL::Base::DataIOManager< T >
• getOutputHandlerByFormat() : CDPL::Base::DataIOManager< T >
• getOutputHandlerByMimeType() : CDPL::Base::DataIOManager< T >
• getOutputHandlerByName() : CDPL::Base::DataIOManager< T >
• getOutputHandlersBegin() : CDPL::Base::DataIOManager< T >
• getOutputHandlersEnd() : CDPL::Base::DataIOManager< T >
• getOverlap() : CDPL::Shape::AlignmentResult , CDPL::Shape::GaussianShapeFunctionAlignment::Result
• getOverlapFunction() : CDPL::Shape::GaussianShapeAlignment , CDPL::Shape::GaussianShapeFunctionAlignment
• getParameter() : CDPL::Base::ControlParameterContainer
• getParameterOrDefault() : CDPL::Base::ControlParameterContainer
• getParameters() : CDPL::Base::ControlParameterContainer , CDPL::ForceField::MMFF94BondStretchingInteractionParameterizer
• getParametersBegin() : CDPL::Base::ControlParameterContainer
• getParametersEnd() : CDPL::Base::ControlParameterContainer
• getParameterTypes() : CDPL::ForceField::MMFF94PrimaryToParameterAtomTypeMap::Entry
• getParent() : CDPL::Base::ControlParameterContainer , CDPL::Chem::ChEMBLStandardizer
• getPartialChargeIncrement() : CDPL::ForceField::MMFF94PartialBondChargeIncrementTable::Entry
• getPath() : CDPL::Util::FileRemover
• getPattern() : CDPL::Chem::PatternAtomTyper , CDPL::Chem::SubstructureHistogramCalculator , CDPL::ForceField::MMFF94SymbolicAtomTypePatternTable::Entry
• getPatternIndex() : CDPL::Chem::PatternAtomTyper
• getPatternsBegin() : CDPL::Chem::PatternAtomTyper , CDPL::Chem::SubstructureHistogramCalculator
• getPatternsEnd() : CDPL::Chem::PatternAtomTyper , CDPL::Chem::SubstructureHistogramCalculator
• getPen() : CDPL::Vis::EllipsePrimitive2D , CDPL::Vis::LinePrimitive2D , CDPL::Vis::LineSegmentListPrimitive2D , CDPL::Vis::PathPrimitive2D , CDPL::Vis::PointListPrimitive2D , CDPL::Vis::PolygonPrimitive2D , CDPL::Vis::PolylinePrimitive2D , CDPL::Vis::TextLabelPrimitive2D
• getPeriod() : CDPL::Chem::AtomDictionary::Entry , CDPL::Chem::AtomDictionary
• getPermutationParity() : CDPL::Chem::StereoDescriptor
• getPharmacophore() : CDPL::Pharm::BasicFeature , CDPL::Pharm::Feature , CDPL::Pharm::PSDScreeningDBAccessor , CDPL::Pharm::ScreeningDBAccessor
• getPharmacophoreGenerator() : CDPL::GRAIL::GRAILDataSetGenerator , CDPL::Shape::GaussianShapeGenerator
• getPharmacophoreProcessingFunction() : CDPL::GRAIL::GRAILDataSetGenerator
• getPoint1Index() : CDPL::Util::DGCoordinatesGenerator< 3, T >::VolumeConstraint , CDPL::Util::DGCoordinatesGeneratorBase< Dim, T, Derived >::DistanceConstraint
• getPoint2Index() : CDPL::Util::DGCoordinatesGenerator< 3, T >::VolumeConstraint , CDPL::Util::DGCoordinatesGeneratorBase< Dim, T, Derived >::DistanceConstraint
• getPoint3Index() : CDPL::Util::DGCoordinatesGenerator< 3, T >::VolumeConstraint
• getPoint4Index() : CDPL::Util::DGCoordinatesGenerator< 3, T >::VolumeConstraint
• getPosition() : CDPL::Shape::GaussianShape::Element , CDPL::Vis::EllipsePrimitive2D , CDPL::Vis::TextLabelPrimitive2D
• getPositionMatchFunction() : CDPL::Pharm::SpatialFeatureMapping
• getPositionMatchScore() : CDPL::Pharm::SpatialFeatureMapping
• getPriority() : CDPL::Chem::PatternAtomTyper::Pattern , CDPL::Chem::SubstructureHistogramCalculator::Pattern
• getProbeRadius() : CDPL::Chem::SurfaceAtomExtractor , CDPL::GRAIL::BuriednessGridCalculator , CDPL::GRAIL::BuriednessScore , CDPL::GRAIL::GeneralizedBellAtomDensity
• getProgressCallback() : CDPL::Pharm::ScreeningProcessor
• getProperties() : CDPL::Base::PropertyContainer
• getPropertiesBegin() : CDPL::Base::PropertyContainer
• getPropertiesEnd() : CDPL::Base::PropertyContainer
• getProperty() : CDPL::Base::PropertyContainer
• getPropertyOrDefault() : CDPL::Base::PropertyContainer
• getQuery() : CDPL::Shape::ScreeningProcessor
• getQueryPharmacophore() : CDPL::Pharm::ScreeningProcessor::SearchHit
• getQuerySetBegin() : CDPL::Shape::ScreeningProcessor
• getQuerySetEnd() : CDPL::Shape::ScreeningProcessor
• getQuerySetSize() : CDPL::Shape::ScreeningProcessor
• getRadius() : CDPL::Shape::GaussianShape::Element
• getRadiusIncrement() : CDPL::Descr::AutoCorrelation3DVectorCalculator< T > , CDPL::Descr::MoleculeAutoCorr3DDescriptorCalculator , CDPL::Descr::MoleculeRDFDescriptorCalculator , CDPL::Descr::PharmacophoreAutoCorr3DDescriptorCalculator , CDPL::Descr::PharmacophoreRDFDescriptorCalculator , CDPL::Descr::RDFCodeCalculator< T >
• getRadiusScalingFactor() : CDPL::GRAIL::GeneralizedBellAtomDensity , CDPL::Shape::FastGaussianShapeOverlapFunction
• getReaction() : CDPL::Vis::ReactionView2D
• getReactionSite() : CDPL::Chem::Reactor
• getReactionSitesBegin() : CDPL::Chem::Reactor
• getReactionSitesEnd() : CDPL::Chem::Reactor
• getReader() : CDPL::Util::CompoundDataReader< DataType >
• getReaderIDForRecordIndex() : CDPL::Util::CompoundDataReader< DataType >
• getRecord() : CDPL::Biomol::PDBData
• getRecordIndex() : CDPL::Base::DataReader< T > , CDPL::Pharm::PSDMoleculeReader , CDPL::Pharm::PSDPharmacophoreReader , CDPL::Util::CompoundDataReader< DataType > , CDPL::Util::CompressedDataReader< ReaderImpl, DecompStream, DataType > , CDPL::Util::FileDataReader< ReaderImpl, DataType > , CDPL::Util::MultiFormatDataReader< DataType > , CDPL::Util::StreamDataReader< DataType, ReaderImpl >
• getRecordsBegin() : CDPL::Biomol::PDBData
• getRecordsEnd() : CDPL::Biomol::PDBData
• getRed() : CDPL::Vis::Color
• getReference() : CDPL::Shape::GaussianShapeFunctionAlignment
• getReferenceAngle() : CDPL::ForceField::MMFF94AngleBendingInteraction , CDPL::ForceField::MMFF94AngleBendingParameterTable::Entry , CDPL::ForceField::MMFF94StretchBendInteraction
• getReferenceAtoms() : CDPL::Chem::StereoDescriptor
• getReferenceColorSelfOverlap() : CDPL::Shape::AlignmentResult
• getReferenceLength() : CDPL::ForceField::ElasticPotential , CDPL::ForceField::MMFF94BondStretchingInteraction , CDPL::ForceField::MMFF94BondStretchingParameterTable::Entry , CDPL::ForceField::MMFF94BondStretchingRuleParameterTable::Entry
• getReferenceLength1() : CDPL::ForceField::MMFF94StretchBendInteraction
• getReferenceLength2() : CDPL::ForceField::MMFF94StretchBendInteraction
• getReferenceSelfOverlap() : CDPL::Shape::AlignmentResult
• getReferenceShape() : CDPL::Shape::GaussianShapeAlignment
• getReferenceShapeIndex() : CDPL::Shape::AlignmentResult
• getReferenceShapesBegin() : CDPL::Shape::GaussianShapeAlignment
• getReferenceShapesEnd() : CDPL::Shape::GaussianShapeAlignment
• getReferenceShapeSetIndex() : CDPL::Shape::AlignmentResult
• getRefinementStopGradient() : CDPL::ConfGen::FragmentConformerGeneratorSettings
• getRefinementTolerance() : CDPL::ConfGen::ConformerGeneratorSettings , CDPL::ConfGen::StructureGeneratorSettings
• getRelation() : CDPL::Chem::MatchConstraint
• getReplacedByCode() : CDPL::Biomol::ResidueDictionary::Entry , CDPL::Biomol::ResidueDictionary
• getReplacedCode() : CDPL::Biomol::ResidueDictionary::Entry , CDPL::Biomol::ResidueDictionary
• getResidues() : CDPL::Biomol::HierarchyView , CDPL::Biomol::HierarchyViewNode
• getResult() : CDPL::Chem::HashCodeCalculator , CDPL::Descr::MolecularComplexityCalculator , CDPL::MolProp::LogSCalculator , CDPL::MolProp::TPSACalculator , CDPL::MolProp::XLogPCalculator , CDPL::Shape::FastGaussianShapeAlignment , CDPL::Shape::GaussianShapeAlignment , CDPL::Shape::GaussianShapeFunctionAlignment
• getResultCompareFunction() : CDPL::Shape::FastGaussianShapeAlignment , CDPL::Shape::GaussianShapeAlignment
• getResultsBegin() : CDPL::Shape::FastGaussianShapeAlignment , CDPL::Shape::GaussianShapeAlignment , CDPL::Shape::GaussianShapeFunctionAlignment
• getResultSelectionMode() : CDPL::Shape::FastGaussianShapeAlignment , CDPL::Shape::GaussianShapeAlignment
• getResultsEnd() : CDPL::Shape::FastGaussianShapeAlignment , CDPL::Shape::GaussianShapeAlignment , CDPL::Shape::GaussianShapeFunctionAlignment
• getReturnCode() : CDPL::Chem::INCHIMolecularGraphWriter , CDPL::Chem::INCHIMoleculeReader
• getRIJ() : CDPL::ForceField::MMFF94VanDerWaalsInteraction
• getRIJPow7() : CDPL::ForceField::MMFF94VanDerWaalsInteraction
• getRingHydrophobicityThreshold() : CDPL::Pharm::HydrophobicFeatureGenerator
• getRingSize() : CDPL::ForceField::MMFF94AromaticAtomTypeDefinitionTable::Entry
• getRingSystems() : CDPL::Chem::BemisMurckoAnalyzer
• getRule() : CDPL::ConfGen::TorsionCategory , CDPL::ConfGen::TorsionRuleMatch
• getRuleID() : CDPL::Chem::FragmentGenerator::ExcludePattern , CDPL::Chem::FragmentGenerator::FragmentLink
• getRulesBegin() : CDPL::ConfGen::TorsionCategory
• getRulesEnd() : CDPL::ConfGen::TorsionCategory
• getSamplingMode() : CDPL::ConfGen::ConformerGeneratorSettings
• getScalingFactor() : CDPL::Descr::MoleculeRDFDescriptorCalculator , CDPL::Descr::PharmacophoreRDFDescriptorCalculator , CDPL::Descr::RDFCodeCalculator< T > , CDPL::ForceField::MMFF94ElectrostaticInteraction
• getScore() : CDPL::ConfGen::TorsionRule::AngleEntry , CDPL::Shape::AlignmentResult
• getScoreCombinationFunction() : CDPL::GRAIL::FeatureInteractionScoreGridCalculator , CDPL::GRAIL::GRAILDataSetGenerator
• getScoreCutoff() : CDPL::Shape::ScreeningSettings
• getScoringFunction() : CDPL::GRAIL::FeatureInteractionScoreGridCalculator , CDPL::GRAIL::GRAILDataSetGenerator , CDPL::Pharm::ScreeningProcessor , CDPL::Shape::FastGaussianShapeAlignment , CDPL::Shape::GaussianShapeAlignment , CDPL::Shape::ScreeningSettings
• getScreeningMode() : CDPL::Shape::ScreeningSettings
• getSettings() : CDPL::ConfGen::ConformerGenerator , CDPL::ConfGen::DGConstraintGenerator , CDPL::ConfGen::DGStructureGenerator , CDPL::ConfGen::FragmentAssembler , CDPL::ConfGen::FragmentConformerGenerator , CDPL::ConfGen::FragmentLibraryGenerator , CDPL::ConfGen::StructureGenerator , CDPL::ConfGen::TorsionDriver , CDPL::Shape::ScreeningProcessor
• getShape() : CDPL::Shape::GaussianShapeFunction
• getShapeFunction() : CDPL::Shape::ExactGaussianShapeOverlapFunction , CDPL::Shape::FastGaussianShapeOverlapFunction , CDPL::Shape::GaussianShapeOverlapFunction
• getShapes() : CDPL::Shape::GaussianShapeGenerator
• getSideChains() : CDPL::Chem::BemisMurckoAnalyzer
• getSize() : CDPL::Math::BoundedVector< T, N > , CDPL::Math::CVector< T, N > , CDPL::Math::Grid< T, A > , CDPL::Math::GridReference< G > , CDPL::Math::HomogenousCoordsAdapter< V > , CDPL::Math::InitListVector< T > , CDPL::Math::Matrix1VectorBinary< E1, E2, F > , CDPL::Math::Matrix2VectorBinary< E1, E2, F > , CDPL::Math::MatrixColumn< M > , CDPL::Math::MatrixRow< M > , CDPL::Math::QuaternionVectorAdapter< Q > , CDPL::Math::QuaternionVectorBinary< E1, E2, F > , CDPL::Math::Range< S > , CDPL::Math::RegularSpatialGrid< T, C, GD, XF > , CDPL::Math::Scalar1VectorBinary< E1, E2, F > , CDPL::Math::Scalar2VectorBinary< E1, E2, F > , CDPL::Math::ScalarGrid< T > , CDPL::Math::ScalarVector< T > , CDPL::Math::Slice< S, D > , CDPL::Math::SparseVector< T, A > , CDPL::Math::UnitVector< T > , CDPL::Math::Vector< T, A > , CDPL::Math::VectorBinary1< E1, E2, F > , CDPL::Math::VectorBinary2< E1, E2, F > , CDPL::Math::VectorRange< V > , CDPL::Math::VectorReference< V > , CDPL::Math::VectorSlice< V > , CDPL::Math::VectorUnary< E, F > , CDPL::Math::ZeroGrid< T > , CDPL::Math::ZeroVector< T > , CDPL::Util::Array< ValueType > , CDPL::Util::Map< Key, Value, AllowDefValues, KeyCompFunc > , CDPL::Util::MultiMap< Key, Value, AllowDefValues, KeyCompFunc > , CDPL::Util::ObjectPool< T > , CDPL::Vis::Font
• getSize1() : CDPL::Math::BoundedMatrix< T, M, N > , CDPL::Math::CMatrix< T, M, N > , CDPL::Math::Grid< T, A > , CDPL::Math::GridBinary1< E1, E2, F > , CDPL::Math::GridReference< G > , CDPL::Math::GridUnary< E, F > , CDPL::Math::IdentityMatrix< T > , CDPL::Math::InitListMatrix< T > , CDPL::Math::Matrix< T, A > , CDPL::Math::MatrixBinary1< E1, E2, F > , CDPL::Math::MatrixBinary2< E1, E2, F > , CDPL::Math::MatrixRange< M > , CDPL::Math::MatrixReference< M > , CDPL::Math::MatrixSlice< M > , CDPL::Math::MatrixTranspose< M > , CDPL::Math::MatrixUnary< E, F > , CDPL::Math::RegularSpatialGrid< T, C, GD, XF > , CDPL::Math::RotationMatrix< T > , CDPL::Math::Scalar1GridBinary< E1, E2, F > , CDPL::Math::Scalar1MatrixBinary< E1, E2, F > , CDPL::Math::Scalar2GridBinary< E1, E2, F > , CDPL::Math::Scalar2MatrixBinary< E1, E2, F > , CDPL::Math::ScalarGrid< T > , CDPL::Math::ScalarMatrix< T > , CDPL::Math::ScalingMatrix< T > , CDPL::Math::SparseMatrix< T, A > , CDPL::Math::TranslationMatrix< T > , CDPL::Math::TriangularAdapter< M, Tri > , CDPL::Math::VectorMatrixBinary< E1, E2, F > , CDPL::Math::VectorMatrixUnary< E, F > , CDPL::Math::ZeroGrid< T > , CDPL::Math::ZeroMatrix< T >
• getSize2() : CDPL::Math::BoundedMatrix< T, M, N > , CDPL::Math::CMatrix< T, M, N > , CDPL::Math::Grid< T, A > , CDPL::Math::GridBinary1< E1, E2, F > , CDPL::Math::GridReference< G > , CDPL::Math::GridUnary< E, F > , CDPL::Math::IdentityMatrix< T > , CDPL::Math::InitListMatrix< T > , CDPL::Math::Matrix< T, A > , CDPL::Math::MatrixBinary1< E1, E2, F > , CDPL::Math::MatrixBinary2< E1, E2, F > , CDPL::Math::MatrixRange< M > , CDPL::Math::MatrixReference< M > , CDPL::Math::MatrixSlice< M > , CDPL::Math::MatrixTranspose< M > , CDPL::Math::MatrixUnary< E, F > , CDPL::Math::RegularSpatialGrid< T, C, GD, XF > , CDPL::Math::RotationMatrix< T > , CDPL::Math::Scalar1GridBinary< E1, E2, F > , CDPL::Math::Scalar1MatrixBinary< E1, E2, F > , CDPL::Math::Scalar2GridBinary< E1, E2, F > , CDPL::Math::Scalar2MatrixBinary< E1, E2, F > , CDPL::Math::ScalarGrid< T > , CDPL::Math::ScalarMatrix< T > , CDPL::Math::ScalingMatrix< T > , CDPL::Math::SparseMatrix< T, A > , CDPL::Math::TranslationMatrix< T > , CDPL::Math::TriangularAdapter< M, Tri > , CDPL::Math::VectorMatrixBinary< E1, E2, F > , CDPL::Math::VectorMatrixUnary< E, F > , CDPL::Math::ZeroGrid< T > , CDPL::Math::ZeroMatrix< T >
• getSize3() : CDPL::Math::Grid< T, A > , CDPL::Math::GridBinary1< E1, E2, F > , CDPL::Math::GridReference< G > , CDPL::Math::GridUnary< E, F > , CDPL::Math::RegularSpatialGrid< T, C, GD, XF > , CDPL::Math::Scalar1GridBinary< E1, E2, F > , CDPL::Math::Scalar2GridBinary< E1, E2, F > , CDPL::Math::ScalarGrid< T > , CDPL::Math::ZeroGrid< T >
• getSmallRingSystemSamplingFactor() : CDPL::ConfGen::FragmentConformerGeneratorSettings
• getSmallRingSystemSettings() : CDPL::ConfGen::FragmentConformerGeneratorSettings
• getSMILES() : CDPL::ConfGen::FragmentLibraryEntry
• getSmoothingFactor() : CDPL::Descr::MoleculeRDFDescriptorCalculator , CDPL::Descr::PharmacophoreRDFDescriptorCalculator , CDPL::Descr::RDFCodeCalculator< T >
• getStandardDeviation() : CDPL::Math::MLRModel< T >
• getStart() : CDPL::Math::Range< S > , CDPL::Math::Slice< S, D > , CDPL::Math::VectorRange< V > , CDPL::Math::VectorSlice< V >
• getStart1() : CDPL::Math::MatrixRange< M > , CDPL::Math::MatrixSlice< M >
• getStart2() : CDPL::Math::MatrixRange< M > , CDPL::Math::MatrixSlice< M >
• getStartGenerator() : CDPL::Shape::GaussianShapeAlignment , CDPL::Shape::GaussianShapeFunctionAlignment
• getStartLearningRate() : CDPL::Util::DGCoordinatesGeneratorBase< Dim, T, Derived >
• getStartRadius() : CDPL::Descr::AutoCorrelation3DVectorCalculator< T > , CDPL::Descr::MoleculeAutoCorr3DDescriptorCalculator , CDPL::Descr::MoleculeRDFDescriptorCalculator , CDPL::Descr::PharmacophoreAutoCorr3DDescriptorCalculator , CDPL::Descr::PharmacophoreRDFDescriptorCalculator , CDPL::Descr::RDFCodeCalculator< T >
• getStartTransform() : CDPL::Shape::GaussianShapeAlignmentStartGenerator , CDPL::Shape::PrincipalAxesAlignmentStartGenerator
• getStatus() : CDPL::Math::BFGSMinimizer< VA, VT, FVT >
• getStop() : CDPL::Math::Range< S >
• getStretchBendEnergy() : CDPL::ForceField::MMFF94EnergyCalculator< ValueType > , CDPL::ForceField::MMFF94GradientCalculator< ValueType >
• getStretchBendInteractions() : CDPL::ForceField::MMFF94InteractionData
• getStretchBendTypeIndex() : CDPL::ForceField::MMFF94StretchBendInteraction , CDPL::ForceField::MMFF94StretchBendParameterTable::Entry
• getStride() : CDPL::Math::Slice< S, D > , CDPL::Math::VectorSlice< V >
• getStride1() : CDPL::Math::MatrixSlice< M >
• getStride2() : CDPL::Math::MatrixSlice< M >
• getStructure() : CDPL::Biomol::ResidueDictionary::Entry , CDPL::Biomol::ResidueDictionary , CDPL::Chem::PatternAtomTyper::Pattern , CDPL::Chem::SubstructureHistogramCalculator::Pattern , CDPL::Vis::StructureView2D
• getStructureData() : CDPL::Chem::ResonanceStructureGenerator
• getStructureDataBegin() : CDPL::Chem::ResonanceStructureGenerator
• getStructureDataEnd() : CDPL::Chem::ResonanceStructureGenerator
• getStyle() : CDPL::Vis::Brush
• getSubstructureSize() : CDPL::Chem::ConnectedSubstructureSet
• getSymbol() : CDPL::Chem::AtomDictionary::Entry , CDPL::Chem::AtomDictionary
• getSymbolicType() : CDPL::ForceField::MMFF94SymbolicAtomTypePatternTable::Entry
• getSymmetryThreshold() : CDPL::Shape::FastGaussianShapeAlignment , CDPL::Shape::PrincipalAxesAlignmentStartGenerator
• getTautomerizationRule() : CDPL::Chem::TautomerGenerator
• getTerminalAtom1Index() : CDPL::ForceField::MMFF94AngleBendingInteraction , CDPL::ForceField::MMFF94OutOfPlaneBendingInteraction , CDPL::ForceField::MMFF94StretchBendInteraction , CDPL::ForceField::MMFF94TorsionInteraction
• getTerminalAtom1PTERow() : CDPL::ForceField::MMFF94DefaultStretchBendParameterTable::Entry
• getTerminalAtom1Type() : CDPL::ForceField::MMFF94AngleBendingParameterTable::Entry , CDPL::ForceField::MMFF94OutOfPlaneBendingParameterTable::Entry , CDPL::ForceField::MMFF94StretchBendParameterTable::Entry , CDPL::ForceField::MMFF94TorsionParameterTable::Entry
• getTerminalAtom2Index() : CDPL::ForceField::MMFF94AngleBendingInteraction , CDPL::ForceField::MMFF94OutOfPlaneBendingInteraction , CDPL::ForceField::MMFF94StretchBendInteraction , CDPL::ForceField::MMFF94TorsionInteraction
• getTerminalAtom2PTERow() : CDPL::ForceField::MMFF94DefaultStretchBendParameterTable::Entry
• getTerminalAtom2Type() : CDPL::ForceField::MMFF94AngleBendingParameterTable::Entry , CDPL::ForceField::MMFF94OutOfPlaneBendingParameterTable::Entry , CDPL::ForceField::MMFF94StretchBendParameterTable::Entry , CDPL::ForceField::MMFF94TorsionParameterTable::Entry
• getText() : CDPL::Vis::TextLabelPrimitive2D
• getTimeout() : CDPL::ConfGen::ConformerGeneratorSettings , CDPL::ConfGen::FragmentConformerGeneratorSettings::FragmentSettings , CDPL::ConfGen::StructureGeneratorSettings
• getTimeoutCallback() : CDPL::ConfGen::ConformerGenerator , CDPL::ConfGen::FragmentAssembler , CDPL::ConfGen::FragmentConformerGenerator , CDPL::ConfGen::FragmentLibraryGenerator , CDPL::ConfGen::StructureGenerator , CDPL::ConfGen::TorsionDriver
• getTolerance1() : CDPL::ConfGen::TorsionRule::AngleEntry
• getTolerance2() : CDPL::ConfGen::TorsionRule::AngleEntry
• getTopAlignmentConstraintFunction() : CDPL::Chem::SpatialEntityAlignment< T >
• getTopologicalMapping() : CDPL::Chem::SpatialEntityAlignment< T >
• getTorsionEnergy() : CDPL::ForceField::MMFF94EnergyCalculator< ValueType > , CDPL::ForceField::MMFF94GradientCalculator< ValueType >
• getTorsionInteractions() : CDPL::ForceField::MMFF94InteractionData
• getTorsionLibrary() : CDPL::ConfGen::TorsionRuleMatcher
• getTorsionParameter1() : CDPL::ForceField::MMFF94TorsionInteraction , CDPL::ForceField::MMFF94TorsionParameterTable::Entry
• getTorsionParameter2() : CDPL::ForceField::MMFF94TorsionInteraction , CDPL::ForceField::MMFF94TorsionParameterTable::Entry
• getTorsionParameter3() : CDPL::ForceField::MMFF94TorsionInteraction , CDPL::ForceField::MMFF94TorsionParameterTable::Entry
• getTorsionTypeIndex() : CDPL::ForceField::MMFF94TorsionInteraction , CDPL::ForceField::MMFF94TorsionParameterTable::Entry
• getTotalEnergy() : CDPL::ForceField::MMFF94EnergyCalculator< ValueType > , CDPL::ForceField::MMFF94GradientCalculator< ValueType >
• getTransform() : CDPL::Chem::SpatialEntityAlignment< T > , CDPL::Math::KabschAlgorithm< T > , CDPL::Math::VectorArrayAlignmentCalculator< VA, V, T > , CDPL::Shape::AlignmentResult , CDPL::Shape::GaussianShapeFunctionAlignment::Result
• getType() : CDPL::Biomol::ResidueDictionary::Entry , CDPL::Biomol::ResidueDictionary , CDPL::Chem::AtomDictionary::Entry , CDPL::Chem::AtomDictionary , CDPL::Chem::MatchConstraintList
• getTypeID() : CDPL::Base::Any
• getTypeMatchFunction() : CDPL::Pharm::SpatialFeatureMapping
• getUpperBound() : CDPL::Util::DGCoordinatesGenerator< 3, T >::VolumeConstraint , CDPL::Util::DGCoordinatesGeneratorBase< Dim, T, Derived >::DistanceConstraint , CDPL::Util::Map< Key, Value, AllowDefValues, KeyCompFunc > , CDPL::Util::MultiMap< Key, Value, AllowDefValues, KeyCompFunc >
• getValence() : CDPL::ForceField::MMFF94AtomTypePropertyTable::Entry
• getValenceStates() : CDPL::Chem::AtomDictionary::Entry , CDPL::Chem::AtomDictionary
• getValue() : CDPL::Chem::MatchConstraint , CDPL::Util::Map< Key, Value, AllowDefValues, KeyCompFunc > , CDPL::Util::MultiMap< Key, Value, AllowDefValues, KeyCompFunc > , CDPL::Vis::SizeSpecification
• getVanDerWaalsEnergy() : CDPL::ForceField::MMFF94EnergyCalculator< ValueType > , CDPL::ForceField::MMFF94GradientCalculator< ValueType >
• getVanDerWaalsInteractions() : CDPL::ForceField::MMFF94InteractionData
• getVdWDistance() : CDPL::ForceField::UFFAtomTypePropertyTable::Entry
• getVdWEnergy() : CDPL::ForceField::UFFAtomTypePropertyTable::Entry
• getVdWRadius() : CDPL::Chem::AtomDictionary::Entry , CDPL::Chem::AtomDictionary
• getVdWScale() : CDPL::ForceField::UFFAtomTypePropertyTable::Entry
• getVolumeConstraint() : CDPL::Util::DGCoordinatesGenerator< 3, T >
• getVolumeConstraintsBegin() : CDPL::Util::DGCoordinatesGenerator< 3, T >
• getVolumeConstraintsEnd() : CDPL::Util::DGCoordinatesGenerator< 3, T >
• getVolumeError() : CDPL::Util::DGCoordinatesGenerator< 3, T >
• getWidth() : CDPL::Vis::CairoFontMetrics , CDPL::Vis::EllipsePrimitive2D , CDPL::Vis::FontMetrics , CDPL::Vis::Pen , CDPL::Vis::QtFontMetrics , CDPL::Vis::Rectangle2D
• getXExtent() : CDPL::Math::RegularSpatialGrid< T, C, GD, XF >
• getXMatrix() : CDPL::Math::MLRModel< T >
• getXStepSize() : CDPL::Math::RegularSpatialGrid< T, C, GD, XF >
• getYExtent() : CDPL::Math::RegularSpatialGrid< T, C, GD, XF >
• getYStepSize() : CDPL::Math::RegularSpatialGrid< T, C, GD, XF >
• getYValues() : CDPL::Math::MLRModel< T >
• getZExtent() : CDPL::Math::RegularSpatialGrid< T, C, GD, XF >
• getZStepSize() : CDPL::Math::RegularSpatialGrid< T, C, GD, XF >
• GNORM_REACHED : CDPL::Math::BFGSMinimizer< VA, VT, FVT >
• GradientFunction : CDPL::Math::BFGSMinimizer< VA, VT, FVT >
• GRAILDataSetGenerator() : CDPL::GRAIL::GRAILDataSetGenerator
• GRAILDescriptorCalculator() : CDPL::GRAIL::GRAILDescriptorCalculator
• GRAILXDescriptorCalculator() : CDPL::GRAIL::GRAILXDescriptorCalculator
• GRAY : CDPL::Vis::Color
• GREATER : CDPL::Chem::MatchConstraint
• GREATER_OR_EQUAL : CDPL::Chem::MatchConstraint
• greedyOptimization() : CDPL::Shape::FastGaussianShapeAlignment , CDPL::Shape::GaussianShapeAlignment , CDPL::Shape::GaussianShapeFunctionAlignment , CDPL::Shape::ScreeningSettings
• GREEN : CDPL::Vis::Color
• Grid() : CDPL::Math::Grid< T, A >
• GridBinary1() : CDPL::Math::GridBinary1< E1, E2, F >
• GridContainer() : CDPL::Math::GridContainer< C >
• GridDataType : CDPL::Grid::RegularGrid< T, CVT > , CDPL::Math::RegularSpatialGrid< T, C, GD, XF >
• GridExpression() : CDPL::Math::GridExpression< E >
• GridReference() : CDPL::Math::GridReference< G >
• GridTemporaryType : CDPL::Math::Grid< T, A > , CDPL::Math::ScalarGrid< T > , CDPL::Math::ZeroGrid< T >
• GridType : CDPL::Math::GridReference< G >
• GridUnary() : CDPL::Math::GridUnary< E, F >