Here is a list of all namespace members with links to the namespace documentation for each member:

- c -

• C : CDPL::Chem::AtomType
• C_1 : CDPL::Chem::SybylAtomType , CDPL::ForceField::UFFAtomType
• C_2 : CDPL::Chem::SybylAtomType , CDPL::ForceField::UFFAtomType
• C_3 : CDPL::Chem::SybylAtomType , CDPL::ForceField::UFFAtomType
• C_ar : CDPL::Chem::SybylAtomType
• C_cat : CDPL::Chem::SybylAtomType
• C_ETHINE : CDPL::MolProp::HBondDonorAtomType
• C_HCN : CDPL::MolProp::HBondDonorAtomType
• C_R : CDPL::ForceField::UFFAtomType
• Ca : CDPL::Chem::AtomType , CDPL::Chem::SybylAtomType
• Ca_6_2 : CDPL::ForceField::UFFAtomType
• calc2DCoordinates() : CDPL::Chem
• calcAlignedColorTverskyScore() : CDPL::Shape
• calcAlignedShapeTverskyScore() : CDPL::Shape
• calcAlignedTotalOverlapTverskyScore() : CDPL::Shape
• calcAlignedTverskyComboScore() : CDPL::Shape
• calcAtomCIPConfigurations() : CDPL::Chem
• calcAtomHydrophobicities() : CDPL::MolProp
• calcAtomStereoDescriptors() : CDPL::Chem
• calcAtomStereoDescriptorsFromMDLParities() : CDPL::Chem
• calcBasicProperties() : CDPL::Chem
• calcBond2DStereoFlags() : CDPL::Chem
• calcBondAngle() : CDPL::ForceField
• calcBondAngleCos() : CDPL::ForceField
• calcBondAngleCosDerivatives() : CDPL::ForceField
• calcBondCIPConfigurations() : CDPL::Chem
• calcBondLengthsAndAngle() : CDPL::ForceField
• calcBondLengthsAndAngleCos() : CDPL::ForceField
• calcBondStereoDescriptors() : CDPL::Chem
• calcBoundingBox() : CDPL::Chem
• calcCanonicalNumbering() : CDPL::Chem
• calcCenterAlignmentTransforms() : CDPL::Shape
• calcCenterOfMass() : CDPL::Chem
• calcCentroid() : CDPL::Chem , CDPL::Math
• calcCIPPriorities() : CDPL::Chem
• calcColorTanimotoScore() : CDPL::Shape
• calcColorTverskyScore() : CDPL::Shape
• calcConfiguration() : CDPL::Chem
• calcCosineSimilarity() : CDPL::Descr
• calcCyclomaticNumber() : CDPL::MolProp
• calcDiceSimilarity() : CDPL::Descr
• calcDihedralAngleCos() : CDPL::ForceField
• calcDihedralAngleCosDerivatives() : CDPL::ForceField
• calcDipoleMoment() : CDPL::MolProp
• calcDistance() : CDPL::ForceField
• calcDistanceDerivatives() : CDPL::ForceField
• calcEffectivePolarizability() : CDPL::MolProp
• calcElasticPotentialEnergy() : CDPL::ForceField
• calcElasticPotentialGradient() : CDPL::ForceField
• calcEuclideanDistance() : CDPL::Descr
• calcEuclideanSimilarity() : CDPL::Descr
• calcExplicitMass() : CDPL::MolProp
• calcExplicitMassComposition() : CDPL::MolProp
• calcExplicitValence() : CDPL::MolProp
• calcFormalCharge() : CDPL::Chem
• calcFormalCharges() : CDPL::Chem
• calcFreeValenceElectronCount() : CDPL::MolProp
• calcGeometricalDiameter() : CDPL::Descr
• calcGeometricalDistanceMatrix() : CDPL::Chem
• calcGeometricalRadius() : CDPL::Descr
• calcHammingDistance() : CDPL::Descr
• calcHashCode() : CDPL::Chem
• calcHydrogen3DCoordinates() : CDPL::Chem
• calcImplicitHydrogenCount() : CDPL::Chem
• calcImplicitHydrogenCounts() : CDPL::Chem
• calcInductiveEffect() : CDPL::MolProp
• calcKierShape1() : CDPL::Descr
• calcKierShape2() : CDPL::Descr
• calcKierShape3() : CDPL::Descr
• calcLogS() : CDPL::MolProp
• calcLonePairElectronegativity() : CDPL::MolProp
• calcManhattanSimilarity() : CDPL::Descr
• calcMass() : CDPL::MolProp
• calcMassComposition() : CDPL::MolProp
• calcMDLParities() : CDPL::Chem
• calcMDLParity() : CDPL::Chem
• calcMeanPolarizability() : CDPL::MolProp
• calcMHMOProperties() : CDPL::MolProp
• calcMMFF94AngleBendingEnergy() : CDPL::ForceField
• calcMMFF94AngleBendingGradient() : CDPL::ForceField
• calcMMFF94AtomCharges() : CDPL::ForceField
• calcMMFF94BondStretchingEnergy() : CDPL::ForceField
• calcMMFF94BondStretchingGradient() : CDPL::ForceField
• calcMMFF94ElectrostaticEnergy() : CDPL::ForceField
• calcMMFF94ElectrostaticGradient() : CDPL::ForceField
• calcMMFF94OutOfPlaneBendingEnergy() : CDPL::ForceField
• calcMMFF94OutOfPlaneBendingGradient() : CDPL::ForceField
• calcMMFF94StretchBendEnergy() : CDPL::ForceField
• calcMMFF94StretchBendGradient() : CDPL::ForceField
• calcMMFF94TorsionEnergy() : CDPL::ForceField
• calcMMFF94TorsionGradient() : CDPL::ForceField
• calcMMFF94VanDerWaalsEnergy() : CDPL::ForceField
• calcMMFF94VanDerWaalsGradient() : CDPL::ForceField
• calcMolecularComplexity() : CDPL::Descr
• calcMorganNumbering() : CDPL::Chem
• calcOutOfPlaneAngle() : CDPL::ForceField
• calcOutOfPlaneAngleCosDerivatives() : CDPL::ForceField
• calcPEOEProperties() : CDPL::MolProp
• calcPiElectronegativity() : CDPL::MolProp
• calcPolarizability() : CDPL::MolProp
• calcPrincipalAxes() : CDPL::Shape
• calcQuadrupoleTensorEigenDecomposition() : CDPL::Shape
• calcRandicIndex() : CDPL::Descr
• calcReferenceColorTverskyScore() : CDPL::Shape
• calcReferenceShapeTverskyScore() : CDPL::Shape
• calcReferenceTotalOverlapTverskyScore() : CDPL::Shape
• calcReferenceTverskyComboScore() : CDPL::Shape
• calcRingComplexity() : CDPL::Descr
• calcRMSD() : CDPL::Math
• calcShapeTanimotoScore() : CDPL::Shape
• calcShapeTverskyScore() : CDPL::Shape
• calcSquaredDistance() : CDPL::ForceField
• calcStereoDescriptor() : CDPL::Chem
• calcStereoDescriptorFromMDLParity() : CDPL::Chem
• calcStericNumber() : CDPL::MolProp
• calcTanimotoComboScore() : CDPL::Shape
• calcTanimotoSimilarity() : CDPL::Descr
• calcTopologicalDiameter() : CDPL::Descr
• calcTopologicalDistanceMatrix() : CDPL::Chem
• calcTopologicalRadius() : CDPL::Descr
• calcTotalOverlapTanimotoScore() : CDPL::Shape
• calcTotalOverlapTverskyScore() : CDPL::Shape
• calcTotalPartialCharge() : CDPL::MolProp
• calcTotalWalkCount() : CDPL::Descr
• calcTPSA() : CDPL::MolProp
• calcTverskyComboScore() : CDPL::Shape
• calcTverskySimilarity() : CDPL::Descr
• calcValence() : CDPL::MolProp
• calcValenceElectronCount() : CDPL::MolProp
• calcWienerIndex() : CDPL::Descr
• calcXLogP() : CDPL::MolProp
• calcZagrebIndex1() : CDPL::Descr
• calcZagrebIndex2() : CDPL::Descr
• CallbackFunction : CDPL::ConfGen
• CANONICAL_NUMBER : CDPL::Chem::AtomProperty
• canonicalize() : CDPL::Chem
• CATALYST : CDPL::Chem::ReactionRole
• Cd : CDPL::Chem::AtomType
• Cd_3_2 : CDPL::ForceField::UFFAtomType
• CDF : CDPL::Chem::DataFormat , CDPL::Grid::DataFormat , CDPL::Pharm::DataFormat
• CDF_BZ2 : CDPL::Chem::DataFormat , CDPL::Grid::DataFormat , CDPL::Pharm::DataFormat
• CDF_GZ : CDPL::Chem::DataFormat , CDPL::Grid::DataFormat , CDPL::Pharm::DataFormat
• CDF_WRITE_SINGLE_PRECISION_FLOATS : CDPL::Chem::ControlParameter , CDPL::Chem::ControlParameterDefault , CDPL::Grid::ControlParameter , CDPL::Grid::ControlParameterDefault , CDPL::Pharm::ControlParameter , CDPL::Pharm::ControlParameterDefault
• CDFBZ2DRegularGridInputHandler : CDPL::Grid
• CDFBZ2DRegularGridOutputHandler : CDPL::Grid
• CDFBZ2DRegularGridReader : CDPL::Grid
• CDFBZ2DRegularGridSetInputHandler : CDPL::Grid
• CDFBZ2DRegularGridSetOutputHandler : CDPL::Grid
• CDFBZ2DRegularGridSetReader : CDPL::Grid
• CDFBZ2DRegularGridSetWriter : CDPL::Grid
• CDFBZ2DRegularGridWriter : CDPL::Grid
• CDFBZ2FeatureContainerOutputHandler : CDPL::Pharm
• CDFBZ2FeatureContainerWriter : CDPL::Pharm
• CDFBZ2MolecularGraphOutputHandler : CDPL::Chem
• CDFBZ2MolecularGraphWriter : CDPL::Chem
• CDFBZ2MoleculeInputHandler : CDPL::Chem
• CDFBZ2MoleculeReader : CDPL::Chem
• CDFBZ2PharmacophoreInputHandler : CDPL::Pharm
• CDFBZ2PharmacophoreReader : CDPL::Pharm
• CDFBZ2ReactionInputHandler : CDPL::Chem
• CDFBZ2ReactionOutputHandler : CDPL::Chem
• CDFBZ2ReactionReader : CDPL::Chem
• CDFBZ2ReactionWriter : CDPL::Chem
• CDFDRegularGridInputHandler : CDPL::Grid
• CDFDRegularGridOutputHandler : CDPL::Grid
• CDFDRegularGridSetInputHandler : CDPL::Grid
• CDFDRegularGridSetOutputHandler : CDPL::Grid
• CDFFeatureContainerOutputHandler : CDPL::Pharm
• CDFGZDRegularGridInputHandler : CDPL::Grid
• CDFGZDRegularGridOutputHandler : CDPL::Grid
• CDFGZDRegularGridReader : CDPL::Grid
• CDFGZDRegularGridSetInputHandler : CDPL::Grid
• CDFGZDRegularGridSetOutputHandler : CDPL::Grid
• CDFGZDRegularGridSetReader : CDPL::Grid
• CDFGZDRegularGridSetWriter : CDPL::Grid
• CDFGZDRegularGridWriter : CDPL::Grid
• CDFGZFeatureContainerOutputHandler : CDPL::Pharm
• CDFGZFeatureContainerWriter : CDPL::Pharm
• CDFGZMolecularGraphOutputHandler : CDPL::Chem
• CDFGZMolecularGraphWriter : CDPL::Chem
• CDFGZMoleculeInputHandler : CDPL::Chem
• CDFGZMoleculeReader : CDPL::Chem
• CDFGZPharmacophoreInputHandler : CDPL::Pharm
• CDFGZPharmacophoreReader : CDPL::Pharm
• CDFGZReactionInputHandler : CDPL::Chem
• CDFGZReactionOutputHandler : CDPL::Chem
• CDFGZReactionReader : CDPL::Chem
• CDFGZReactionWriter : CDPL::Chem
• CDFMolecularGraphOutputHandler : CDPL::Chem
• CDFMoleculeInputHandler : CDPL::Chem
• CDFPharmacophoreInputHandler : CDPL::Pharm
• CDFReactionInputHandler : CDPL::Chem
• CDFReactionOutputHandler : CDPL::Chem
• Ce : CDPL::Chem::AtomType
• Ce_6_3 : CDPL::ForceField::UFFAtomType
• CENTER : CDPL::Vis::Alignment
• centerAndAlignPrincipalAxes() : CDPL::Shape
• Cf : CDPL::Chem::AtomType
• Cf_6_3 : CDPL::ForceField::UFFAtomType
• CFL : CDPL::ConfGen::DataFormat
• CFLMoleculeInputHandler : CDPL::ConfGen
• CHAIN : CDPL::ConfGen::FragmentType
• CHAIN_ID : CDPL::Biomol::AtomProperty , CDPL::Biomol::AtomPropertyFlag , CDPL::Biomol::MolecularGraphProperty
• CHARGE : CDPL::Chem::AtomMatchConstraint
• CHECK_LINE_LENGTH : CDPL::Biomol::ControlParameter , CDPL::Biomol::ControlParameterDefault , CDPL::Chem::ControlParameter , CDPL::Chem::ControlParameterDefault
• checkForExclusionVolumeClashes() : CDPL::Pharm
• checkIfSameFile() : CDPL::Util
• CIP_CONFIGURATION : CDPL::Chem::AtomProperty , CDPL::Chem::AtomPropertyFlag , CDPL::Chem::BondProperty , CDPL::Chem::BondPropertyFlag
• CIP_PRIORITY : CDPL::Chem::AtomProperty
• CIS : CDPL::Chem::BondConfiguration
• Cl : CDPL::Chem::AtomType , CDPL::Chem::SybylAtomType , CDPL::ForceField::UFFAtomType
• CL_HCL : CDPL::MolProp::HBondDonorAtomType
• clear2DCoordinates() : CDPL::Chem
• clear2DStereoFlag() : CDPL::Chem
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• clearStrictErrorCheckingParameter() : CDPL::Biomol , CDPL::Chem , CDPL::ConfGen , CDPL::Grid , CDPL::Pharm
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• clearUFFType() : CDPL::ForceField
• clearUnpairedElectronCount() : CDPL::Chem
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• clearXYZPerceiveBondOrdersParameter() : CDPL::Chem
• clearXYZPerceiveConnectivityParameter() : CDPL::Chem
• Cm : CDPL::Chem::AtomType
• Cm_6_3 : CDPL::ForceField::UFFAtomType
• Co : CDPL::Chem::AtomType
• Co_6_3 : CDPL::ForceField::UFFAtomType
• Co_oh : CDPL::Chem::SybylAtomType
• COLOR : CDPL::Vis::AtomProperty , CDPL::Vis::AtomPropertyDefault , CDPL::Vis::BondProperty , CDPL::Vis::BondPropertyDefault
• column() : CDPL::Math
• COMBINE_INTERFERING_RESIDUE_COORDINATES : CDPL::Biomol::ControlParameter , CDPL::Biomol::ControlParameterDefault
• combineInterferingResidueCoordinates() : CDPL::Biomol
• COMMENT : CDPL::Chem::MolecularGraphProperty , CDPL::Chem::MolecularGraphPropertyDefault , CDPL::Chem::ReactionProperty , CDPL::Chem::ReactionPropertyDefault
• COMPONENT_GROUP_ID : CDPL::Chem::AtomProperty , CDPL::Chem::AtomPropertyDefault
• COMPONENT_GROUPING : CDPL::Chem::MolecularGraphMatchConstraint , CDPL::Chem::ReactionMatchConstraint
• COMPONENT_GROUPS : CDPL::Chem::MolecularGraphProperty , CDPL::Chem::ReactionProperty
• COMPONENT_LAYOUT : CDPL::Vis::ReactionProperty , CDPL::Vis::ReactionPropertyDefault
• COMPONENT_LAYOUT_DIRECTION : CDPL::Vis::ReactionProperty , CDPL::Vis::ReactionPropertyDefault
• COMPONENT_MARGIN : CDPL::Vis::ReactionProperty , CDPL::Vis::ReactionPropertyDefault
• COMPONENTS : CDPL::Chem::MolecularGraphProperty
• CompressionAlgo : CDPL::Util
• CONF_GEN_FAILED : CDPL::ConfGen::ReturnCode
• CONF_INDEX_NAME_SUFFIX_PATTERN : CDPL::Chem::ControlParameter , CDPL::Chem::ControlParameterDefault
• CONFIGURATION : CDPL::Chem::AtomMatchConstraint , CDPL::Chem::AtomPropertyFlag , CDPL::Chem::BondMatchConstraint , CDPL::Chem::BondPropertyFlag
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• CONFIGURATION_LABEL_SIZE : CDPL::Vis::AtomProperty , CDPL::Vis::AtomPropertyDefault , CDPL::Vis::BondProperty , CDPL::Vis::BondPropertyDefault
• CONFORMATION_INDEX : CDPL::Chem::MolecularGraphProperty
• CONFORMER_ENERGIES : CDPL::Chem::MolecularGraphProperty
• ConformerDataArray : CDPL::ConfGen
• conj() : CDPL::Math
• connectAtoms() : CDPL::Chem
• CONSTRAINT_LIST : CDPL::Chem::AtomMatchConstraint , CDPL::Chem::BondMatchConstraint , CDPL::Chem::MolecularGraphMatchConstraint , CDPL::Chem::ReactionMatchConstraint
• containsFragmentWithBond() : CDPL::Chem
• containsFragmentWithMinSize() : CDPL::Chem
• containsMolecularGraph() : CDPL::Chem
• convertMOL2ToPDBResidueInfo() : CDPL::Biomol
• COORDINATES_2D : CDPL::Chem::AtomProperty
• COORDINATES_3D : CDPL::Chem::Entity3DProperty
• COORDINATES_3D_ARRAY : CDPL::Chem::AtomProperty
• COORDINATES_DIMENSION : CDPL::Chem::ControlParameter , CDPL::Chem::ControlParameterDefault
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• Cs : CDPL::Chem::AtomType , CDPL::ForceField::UFFAtomType
• Cu : CDPL::Chem::AtomType , CDPL::Chem::SybylAtomType
• Cu_3_1 : CDPL::ForceField::UFFAtomType
• CYCLIC_SUBSTRUCTURE : CDPL::Chem::MolecularGraphProperty