Chemical Data Processing Library C++ API - Version 1.1.1
Class Index
a | b | c | d | e | f | g | h | i | j | k | l | m | n | o | p | q | r | s | t | u | v | x | z
  a  
HBondAcceptorAtomTyper (CDPL::MolProp)    QuaternionInverse (CDPL::Math)   
HBondAcceptorFeatureGenerator (CDPL::Pharm)    QuaternionNorm (CDPL::Math)   
AlignedColorTverskyScore (CDPL::Shape)    HBondDonorAtomTyper (CDPL::MolProp)    QuaternionNorm2 (CDPL::Math)   
AlignedShapeTverskyScore (CDPL::Shape)    HBondDonorFeatureGenerator (CDPL::Pharm)    QuaternionProduct (CDPL::Math)   
AlignedTotalOverlapTverskyScore (CDPL::Shape)    HBondingInteractionConstraint (CDPL::Pharm)    QuaternionReference (CDPL::Math)   
AlignedTverskyComboScore (CDPL::Shape)    HBondingInteractionScore (CDPL::Pharm)    QuaternionScalarRealUnaryFunctor (CDPL::Math)   
AlignmentResult (CDPL::Shape)    HierarchyView (CDPL::Biomol)    QuaternionScalarUnaryFunctor (CDPL::Math)   
AmideImidicAcidTautomerization (CDPL::Chem)    HierarchyViewChain (CDPL::Biomol)    QuaternionTemporaryTraits (CDPL::Math)   
ANDMatchExpressionList (CDPL::Chem)    HierarchyViewFragment (CDPL::Biomol)    QuaternionTemporaryTraits< const QuaternionReference< Q > > (CDPL::Math)   
ANDMatchExpressionList< ObjType, void > (CDPL::Chem)    HierarchyViewModel (CDPL::Biomol)    QuaternionTemporaryTraits< const VectorQuaternionAdapter< V > > (CDPL::Math)   
TorsionRule::AngleEntry (CDPL::ConfGen)    HierarchyViewNode (CDPL::Biomol)    QuaternionTemporaryTraits< QuaternionReference< Q > > (CDPL::Math)   
Any (CDPL::Base)    HomogenousCoordsAdapter (CDPL::Math)    QuaternionTemporaryTraits< VectorQuaternionAdapter< V > > (CDPL::Math)   
AromaticFeatureGenerator (CDPL::Pharm)    Hydrogen3DCoordinatesCalculator (CDPL::Chem)    QuaternionToleranceEquality (CDPL::Math)   
AromaticRingSet (CDPL::Chem)    HydrophobicAtomFeatureGenerator (CDPL::Pharm)    QuaternionUnary1 (CDPL::Math)   
AromaticSSSRSubset (CDPL::Chem)    HydrophobicFeatureGenerator (CDPL::Pharm)    QuaternionUnary1Traits (CDPL::Math)   
AromaticSubstructure (CDPL::Chem)    HydrophobicInteractionConstraint (CDPL::Pharm)    QuaternionUnary2 (CDPL::Math)   
Array (CDPL::Util)    HydrophobicInteractionScore (CDPL::Pharm)    QuaternionUnary2Traits (CDPL::Math)   
Atom (CDPL::Chem)   
  i  
QuaternionUnaryFunctor (CDPL::Math)   
Atom2DCoordinatesCalculator (CDPL::Chem)    QuaternionUnreal (CDPL::Math)   
Atom3DCoordinatesFunctor (CDPL::Chem)    IdentityMatrix (CDPL::Math)    QuaternionVectorAdapter (CDPL::Math)   
AtomArray3DCoordinatesFunctor (CDPL::Chem)    ImageWriter (CDPL::Vis)    QuaternionVectorBinary (CDPL::Math)   
AtomAutoCorrelation3DVectorCalculator (CDPL::Descr)    ImineEnamineTautomerization (CDPL::Chem)    QuaternionVectorBinaryFunctor (CDPL::Math)   
AtomBondMapping (CDPL::Chem)    INCHIMolecularGraphWriter (CDPL::Chem)    QuaternionVectorBinaryTraits (CDPL::Math)   
AtomConfigurationMatchExpression (CDPL::Chem)    INCHIMoleculeReader (CDPL::Chem)    QuaternionVectorRotation (CDPL::Math)   
AtomConformer3DCoordinatesFunctor (CDPL::Chem)    IndexedElementIterator (CDPL::Util)   
  r  
AtomContainer (CDPL::Chem)    IndexError (CDPL::Base)   
AtomDensityGridCalculator (CDPL::GRAIL)    IndirectArray (CDPL::Util)    Range (CDPL::Math)   
AtomDictionary (CDPL::Chem)    InitListMatrix (CDPL::Math)    RangeError (CDPL::Base)   
AtomEnvironmentMatchExpression (CDPL::Chem)    InitListVector (CDPL::Math)    RDFCodeCalculator (CDPL::Descr)   
AtomHydrophobicityCalculator (CDPL::MolProp)    InteractionAnalyzer (CDPL::Pharm)    RDFReactionReader (CDPL::Chem)   
AtomMapping (CDPL::Chem)    InteractionConstraintConnector (CDPL::Pharm)    RDFReactionWriter (CDPL::Chem)   
AtomRDFCodeCalculator (CDPL::Descr)    InteractionPharmacophoreGenerator (CDPL::Pharm)    Reaction (CDPL::Chem)   
AtomSSSRRingSizeMatchExpression (CDPL::Chem)    IOError (CDPL::Base)    ReactionAtomMappingMatchExpression (CDPL::Chem)   
AtomTypeMatchExpression (CDPL::Chem)    IonicInteractionConstraint (CDPL::Pharm)    ReactionComponentGroupingMatchExpression (CDPL::Chem)   
AttributedGrid (CDPL::Grid)    IonicInteractionScore (CDPL::Pharm)    ReactionSubstructureSearch (CDPL::Chem)   
AutoCorrelation2DVectorCalculator (CDPL::Descr)    IsScalar (CDPL::Math)    ReactionView2D (CDPL::Vis)   
AutoCorrelation3DVectorCalculator (CDPL::Descr)    IsScalar< std::complex< T > > (CDPL::Math)    Reactor (CDPL::Chem)   
AutomorphismGroupSearch (CDPL::Chem)    ItemNotFound (CDPL::Base)    RealQuaternion (CDPL::Math)   
  b  
  j  
RECAPFragmentGenerator (CDPL::Chem)   
Rectangle2D (CDPL::Vis)   
BadCast (CDPL::Base)    JMEMolecularGraphWriter (CDPL::Chem)    ReferenceColorTverskyScore (CDPL::Shape)   
BasicAtom (CDPL::Chem)    JMEMoleculeReader (CDPL::Chem)    ReferenceShapeTverskyScore (CDPL::Shape)   
BasicBond (CDPL::Chem)    JMEReactionReader (CDPL::Chem)    ReferenceTotalOverlapTverskyScore (CDPL::Shape)   
BasicFeature (CDPL::Pharm)    JMEReactionWriter (CDPL::Chem)    ReferenceTverskyComboScore (CDPL::Shape)   
BasicMolecule (CDPL::Chem)   
  k  
RegularGrid (CDPL::Grid)   
BasicPharmacophore (CDPL::Pharm)    RegularGridSet (CDPL::Grid)   
BasicReaction (CDPL::Chem)    KabschAlgorithm (CDPL::Math)    RegularSpatialGrid (CDPL::Math)   
BCUTDescriptorCalculator (CDPL::Descr)    KekuleStructureCalculator (CDPL::Chem)    Renderer2D (CDPL::Vis)   
BemisMurckoAnalyzer (CDPL::Chem)    KeteneYnolTautomerization (CDPL::Chem)    ResidueDictionary (CDPL::Biomol)   
BFGSMinimizer (CDPL::Math)    KetoEnolTautomerization (CDPL::Chem)    ResidueList (CDPL::Biomol)   
BindingAffinityCalculator (CDPL::GRAIL)   
  l  
ResonanceStructureGenerator (CDPL::Chem)   
Bond (CDPL::Chem)    GaussianShapeFunctionAlignment::Result (CDPL::Shape)   
BondConfigurationMatchExpression (CDPL::Chem)    LactamLactimTautomerization (CDPL::Chem)    RMSDConformerSelector (CDPL::ConfGen)   
BondContainer (CDPL::Chem)    CanonicalNumberingCalculator::AtomNode::LessCmpFunc (CDPL::Chem)    RotationMatrix (CDPL::Math)   
BondDirectionMatchExpression (CDPL::Chem)    CanonicalNumberingCalculator::Edge::LessCmpFunc (CDPL::Chem)    RXNReactionReader (CDPL::Chem)   
BondMapping (CDPL::Chem)    CIPPriorityCalculator::AtomNode::LessCmpFunc (CDPL::Chem)    RXNReactionWriter (CDPL::Chem)   
BondOrderCalculator (CDPL::Chem)    SmallestSetOfSmallestRings::PathMessage::LessCmpFunc (CDPL::Chem)   
  s  
PatternBasedTautomerizationRule::BondOrderChange (CDPL::Chem)    Line2D (CDPL::Vis)   
BondReactionCenterStatusMatchExpression (CDPL::Chem)    LinePrimitive2D (CDPL::Vis)    Scalar13QuaternionTernary (CDPL::Math)   
BondStereoFlagCalculator (CDPL::Chem)    LineSegmentListPrimitive2D (CDPL::Vis)    Scalar13QuaternionTernaryFunctor (CDPL::Math)   
BondSubstituentDirectionMatchExpression (CDPL::Chem)    LogSCalculator (CDPL::MolProp)    Scalar13QuaternionTernaryTraits (CDPL::Math)   
BoundedMatrix (CDPL::Math)    LookupKey (CDPL::Base)    Scalar1GridBinary (CDPL::Math)   
BoundedVector (CDPL::Math)    Lower (CDPL::Math)    Scalar1GridBinaryTraits (CDPL::Math)   
BRICSFragmentGenerator (CDPL::Chem)   
  m  
Scalar1MatrixBinary (CDPL::Math)   
BronKerboschAlgorithm (CDPL::Util)    Scalar1MatrixBinaryTraits (CDPL::Math)   
Brush (CDPL::Vis)    Map (CDPL::Util)    Scalar1QuaternionAddition (CDPL::Math)   
BurdenMatrixGenerator (CDPL::Descr)    MapDefaultValue (CDPL::Util)    Scalar1QuaternionBinary1 (CDPL::Math)   
BuriednessGridCalculator (CDPL::GRAIL)    MapDefaultValue< ValueType, false > (CDPL::Util)    Scalar1QuaternionBinary1Traits (CDPL::Math)   
BuriednessScore (CDPL::GRAIL)    MassComposition (CDPL::MolProp)    Scalar1QuaternionBinary2 (CDPL::Math)   
  c  
MatchConstraint (CDPL::Chem)    Scalar1QuaternionBinary2Traits (CDPL::Math)   
MatchConstraintList (CDPL::Chem)    Scalar1QuaternionBinaryFunctor (CDPL::Math)   
CairoFontMetrics (CDPL::Vis)    MatchExpression (CDPL::Chem)    Scalar1QuaternionSubtraction (CDPL::Math)   
CairoPointer (CDPL::Vis)    MatchExpression< ObjType, void > (CDPL::Chem)    Scalar1VectorBinary (CDPL::Math)   
CairoPointerTraits (CDPL::Vis)    MatchExpressionList (CDPL::Chem)    Scalar1VectorBinaryTraits (CDPL::Math)   
CairoPointerTraits< cairo_pattern_t > (CDPL::Vis)    Matrix (CDPL::Math)    Scalar2GridBinary (CDPL::Math)   
CairoPointerTraits< cairo_surface_t > (CDPL::Vis)    Matrix1VectorBinary (CDPL::Math)    Scalar2GridBinaryTraits (CDPL::Math)   
CairoPointerTraits< cairo_t > (CDPL::Vis)    Matrix1VectorBinaryTraits (CDPL::Math)    Scalar2MatrixBinary (CDPL::Math)   
CairoRenderer2D (CDPL::Vis)    Matrix2VectorBinary (CDPL::Math)    Scalar2MatrixBinaryTraits (CDPL::Math)   
CalculationFailed (CDPL::Base)    Matrix2VectorBinaryTraits (CDPL::Math)    Scalar2QuaternionAddition (CDPL::Math)   
CanonicalFragment (CDPL::ConfGen)    MatrixBinary1 (CDPL::Math)    Scalar2QuaternionBinary1 (CDPL::Math)   
CanonicalNumberingCalculator (CDPL::Chem)    MatrixBinary1Traits (CDPL::Math)    Scalar2QuaternionBinary1Traits (CDPL::Math)   
CationPiInteractionConstraint (CDPL::Pharm)    MatrixBinary2 (CDPL::Math)    Scalar2QuaternionBinary2 (CDPL::Math)   
CationPiInteractionScore (CDPL::Pharm)    MatrixBinary2Traits (CDPL::Math)    Scalar2QuaternionBinary2Traits (CDPL::Math)   
CDFDRegularGridReader (CDPL::Grid)    MatrixBinaryFunctor (CDPL::Math)    Scalar2QuaternionBinaryFunctor (CDPL::Math)   
CDFDRegularGridSetReader (CDPL::Grid)    MatrixBooleanBinaryFunctor (CDPL::Math)    Scalar2QuaternionSubtraction (CDPL::Math)   
CDFDRegularGridSetWriter (CDPL::Grid)    MatrixColumn (CDPL::Math)    Scalar2VectorBinary (CDPL::Math)   
CDFDRegularGridWriter (CDPL::Grid)    MatrixContainer (CDPL::Math)    Scalar2VectorBinaryTraits (CDPL::Math)   
CDFFeatureContainerWriter (CDPL::Pharm)    MatrixElementSum (CDPL::Math)    Scalar3GridBooleanTernaryFunctor (CDPL::Math)   
CDFMolecularGraphWriter (CDPL::Chem)    MatrixEquality (CDPL::Math)    Scalar3MatrixBooleanTernaryFunctor (CDPL::Math)   
CDFMoleculeReader (CDPL::Chem)    MatrixExpression (CDPL::Math)    Scalar3QuaternionBooleanTernaryFunctor (CDPL::Math)   
CDFPharmacophoreReader (CDPL::Pharm)    MatrixNorm1 (CDPL::Math)    Scalar3QuaternionTernary (CDPL::Math)   
CDFReactionReader (CDPL::Chem)    MatrixNormFrobenius (CDPL::Math)    Scalar3QuaternionTernaryFunctor (CDPL::Math)   
CDFReactionWriter (CDPL::Chem)    MatrixNormInfinity (CDPL::Math)    Scalar3QuaternionTernaryTraits (CDPL::Math)   
CFLMoleculeReader (CDPL::ConfGen)    MatrixProduct (CDPL::Math)    Scalar3VectorBooleanTernaryFunctor (CDPL::Math)   
ChEMBLStandardizer (CDPL::Chem)    MatrixRange (CDPL::Math)    ScalarAbsImpl (CDPL::Math)   
CIPConfigurationLabeler (CDPL::Chem)    MatrixReference (CDPL::Math)    ScalarAbsImpl< false > (CDPL::Math)   
CIPPriorityCalculator (CDPL::Chem)    MatrixRow (CDPL::Math)    ScalarAddition (CDPL::Math)   
CircularFingerprintGenerator (CDPL::Descr)    MatrixScalarRealUnaryFunctor (CDPL::Math)    ScalarAdditionAssignment (CDPL::Math)   
ClipPathPrimitive2D (CDPL::Vis)    MatrixScalarUnaryFunctor (CDPL::Math)    ScalarAssignment (CDPL::Math)   
CMatrix (CDPL::Math)    MatrixSlice (CDPL::Math)    ScalarBinaryAssignmentFunctor (CDPL::Math)   
Color (CDPL::Vis)    MatrixTemporaryTraits (CDPL::Math)    ScalarBinaryFunctor (CDPL::Math)   
ColorTable (CDPL::Vis)    MatrixTemporaryTraits< const MatrixColumn< M > > (CDPL::Math)    ScalarConjugation (CDPL::Math)   
ColorTanimotoScore (CDPL::Shape)    MatrixTemporaryTraits< const MatrixRange< M > > (CDPL::Math)    ScalarDivision (CDPL::Math)   
ColorTverskyScore (CDPL::Shape)    MatrixTemporaryTraits< const MatrixReference< M > > (CDPL::Math)    ScalarDivisionAssignment (CDPL::Math)   
CommonConnectedSubstructureSearch (CDPL::Chem)    MatrixTemporaryTraits< const MatrixRow< M > > (CDPL::Math)    ScalarGrid (CDPL::Math)   
CommonType (CDPL::Math)    MatrixTemporaryTraits< const MatrixSlice< M > > (CDPL::Math)    ScalarImaginary (CDPL::Math)   
CompleteRingSet (CDPL::Chem)    MatrixTemporaryTraits< const MatrixTranspose< M > > (CDPL::Math)    ScalarMatrix (CDPL::Math)   
ComplexTraits (CDPL::Math)    MatrixTemporaryTraits< const TriangularAdapter< M, Tri > > (CDPL::Math)    ScalarMultiplication (CDPL::Math)   
ComponentSet (CDPL::Chem)    MatrixTemporaryTraits< MatrixColumn< M > > (CDPL::Math)    ScalarMultiplicationAssignment (CDPL::Math)   
CompoundDataReader (CDPL::Util)    MatrixTemporaryTraits< MatrixRange< M > > (CDPL::Math)    ScalarNegation (CDPL::Math)   
CompressedDataReader (CDPL::Util)    MatrixTemporaryTraits< MatrixReference< M > > (CDPL::Math)    ScalarQuaternionDivision (CDPL::Math)   
CompressedDataWriter (CDPL::Util)    MatrixTemporaryTraits< MatrixRow< M > > (CDPL::Math)    ScalarReal (CDPL::Math)   
CompressedIOStream (CDPL::Util)    MatrixTemporaryTraits< MatrixSlice< M > > (CDPL::Math)    ScalarRealUnaryFunctor (CDPL::Math)   
CompressionAlgoTraits (CDPL::Util)    MatrixTemporaryTraits< MatrixTranspose< M > > (CDPL::Math)    ScalarSubtraction (CDPL::Math)   
CompressionAlgoTraits< BZIP2 > (CDPL::Util)    MatrixTemporaryTraits< TriangularAdapter< M, Tri > > (CDPL::Math)    ScalarSubtractionAssignment (CDPL::Math)   
CompressionAlgoTraits< GZIP > (CDPL::Util)    MatrixToleranceEquality (CDPL::Math)    ScalarTraits (CDPL::Math)   
CompressionOStream (CDPL::Util)    MatrixTrace (CDPL::Math)    ScalarUnaryFunctor (CDPL::Math)   
CompressionStreamBase (CDPL::Util)    MatrixTranspose (CDPL::Math)    ScalarVector (CDPL::Math)   
ConformerData (CDPL::ConfGen)    MatrixUnary (CDPL::Math)    ScalingMatrix (CDPL::Math)   
ConformerGenerator (CDPL::ConfGen)    MatrixUnaryTraits (CDPL::Math)    FeatureInteractionScoreGridCalculator::ScoreSumFunctor (CDPL::GRAIL)   
ConformerGeneratorSettings (CDPL::ConfGen)    MatrixVectorBinaryFunctor (CDPL::Math)    ScreeningDBAccessor (CDPL::Pharm)   
ConnectedSubstructureSet (CDPL::Chem)    MatrixVectorProduct (CDPL::Math)    ScreeningDBCreator (CDPL::Pharm)   
ControlParameterContainer (CDPL::Base)    MaxCommonAtomSubstructureSearch (CDPL::Chem)    ScreeningProcessor (CDPL::Pharm)   
ControlParameterList (CDPL::Base)    MaxCommonBondSubstructureSearch (CDPL::Chem)    ScreeningProcessor (CDPL::Shape)   
CrossProductMatrixFromVector (CDPL::Math)    FeatureInteractionScoreGridCalculator::MaxScoreFunctor (CDPL::GRAIL)    ScreeningSettings (CDPL::Shape)   
CVector (CDPL::Math)    MHMOPiChargeCalculator (CDPL::MolProp)    SDFMolecularGraphWriter (CDPL::Chem)   
CyclicSubstructure (CDPL::Chem)    MinimizerVariableArrayTraits (CDPL::Math)    SDFMoleculeReader (CDPL::Chem)   
  d  
MinimizerVariableArrayTraits< std::vector< V > > (CDPL::Math)    ScreeningProcessor::SearchHit (CDPL::Pharm)   
MinimizerVariableArrayTraits< VectorArray< V > > (CDPL::Math)    ShapeTanimotoScore (CDPL::Shape)   
DataFormat (CDPL::Base)    MLRModel (CDPL::Math)    ShapeTverskyScore (CDPL::Shape)   
DataInputHandler (CDPL::Base)    MMFF94AngleBendingInteraction (CDPL::ForceField)    SizeError (CDPL::Base)   
DataIOBase (CDPL::Base)    MMFF94AngleBendingInteractionParameterizer (CDPL::ForceField)    SizeSpecification (CDPL::Vis)   
DataIOManager (CDPL::Base)    MMFF94AngleBendingParameterTable (CDPL::ForceField)    Slice (CDPL::Math)   
DataOutputHandler (CDPL::Base)    MMFF94AromaticAtomTypeDefinitionTable (CDPL::ForceField)    SmallestSetOfSmallestRings (CDPL::Chem)   
DataReader (CDPL::Base)    MMFF94AromaticSSSRSubset (CDPL::ForceField)    SMARTSMolecularGraphWriter (CDPL::Chem)   
DataWriter (CDPL::Base)    MMFF94AtomTypePropertyTable (CDPL::ForceField)    SMARTSMoleculeReader (CDPL::Chem)   
DecompressionIStream (CDPL::Util)    MMFF94AtomTyper (CDPL::ForceField)    SMARTSReactionReader (CDPL::Chem)   
PathFingerprintGenerator::DefAtomDescriptorFunctor (CDPL::Descr)    MMFF94BondChargeIncrementTable (CDPL::ForceField)    SMARTSReactionWriter (CDPL::Chem)   
HashCodeCalculator::DefAtomHashSeedFunctor (CDPL::Chem)    MMFF94BondStretchingInteraction (CDPL::ForceField)    SMILESMolecularGraphWriter (CDPL::Chem)   
CircularFingerprintGenerator::DefAtomIdentifierFunctor (CDPL::Descr)    MMFF94BondStretchingInteractionParameterizer (CDPL::ForceField)    SMILESMoleculeReader (CDPL::Chem)   
ObjectPool::DefaultConstructor (CDPL::Util)    MMFF94BondStretchingParameterTable (CDPL::ForceField)    SMILESReactionReader (CDPL::Chem)   
ObjectStack::DefaultConstructor (CDPL::Util)    MMFF94BondStretchingRuleParameterTable (CDPL::ForceField)    SMILESReactionWriter (CDPL::Chem)   
DefaultDataInputHandler (CDPL::Util)    MMFF94BondTyper (CDPL::ForceField)    SparseContainerElement (CDPL::Math)   
DefaultDataOutputHandler (CDPL::Util)    MMFF94ChargeCalculator (CDPL::ForceField)    SparseMatrix (CDPL::Math)   
ObjectPool::DefaultDestructor (CDPL::Util)    MMFF94DefaultStretchBendParameterTable (CDPL::ForceField)    SparseVector (CDPL::Math)   
DefaultInteractionAnalyzer (CDPL::Pharm)    MMFF94ElectrostaticInteraction (CDPL::ForceField)    SpatialEntityAlignment (CDPL::Chem)   
DefaultMultiConfMoleculeInputProcessor (CDPL::Chem)    MMFF94ElectrostaticInteractionParameterizer (CDPL::ForceField)    SpatialFeatureMapping (CDPL::Pharm)   
DefaultPharmacophoreGenerator (CDPL::Pharm)    MMFF94EnergyCalculator (CDPL::ForceField)    SpatialGrid (CDPL::Grid)   
DefaultTautomerGenerator (CDPL::Chem)    MMFF94FormalAtomChargeDefinitionTable (CDPL::ForceField)    StereoDescriptor (CDPL::Chem)   
PathFingerprintGenerator::DefBondDescriptorFunctor (CDPL::Descr)    MMFF94GradientCalculator (CDPL::ForceField)    StereoisomerGenerator (CDPL::Chem)   
HashCodeCalculator::DefBondHashSeedFunctor (CDPL::Chem)    MMFF94HeavyToHydrogenAtomTypeMap (CDPL::ForceField)    StreamDataReader (CDPL::Util)   
CircularFingerprintGenerator::DefBondIdentifierFunctor (CDPL::Descr)    MMFF94InteractionData (CDPL::ForceField)    StringDataBlock (CDPL::Chem)   
Dereferencer (CDPL::Util)    MMFF94InteractionParameterizer (CDPL::ForceField)    StringDataBlockEntry (CDPL::Chem)   
DGConstraintGenerator (CDPL::ConfGen)    MMFF94OutOfPlaneBendingInteraction (CDPL::ForceField)    ResonanceStructureGenerator::StructureData (CDPL::Chem)   
DGConstraintGeneratorSettings (CDPL::ConfGen)    MMFF94OutOfPlaneBendingInteractionParameterizer (CDPL::ForceField)    StructureGenerator (CDPL::ConfGen)   
DGCoordinatesGenerator (CDPL::Util)    MMFF94OutOfPlaneBendingParameterTable (CDPL::ForceField)    StructureGeneratorSettings (CDPL::ConfGen)   
DGCoordinatesGenerator< 3, T > (CDPL::Util)    MMFF94PartialBondChargeIncrementTable (CDPL::ForceField)    StructureView2D (CDPL::Vis)   
DGCoordinatesGeneratorBase (CDPL::Util)    MMFF94PrimaryToParameterAtomTypeMap (CDPL::ForceField)    SubstructureHistogramCalculator (CDPL::Chem)   
DGStructureGenerator (CDPL::ConfGen)    MMFF94StretchBendInteraction (CDPL::ForceField)    SubstructureSearch (CDPL::Chem)   
DGStructureGeneratorSettings (CDPL::ConfGen)    MMFF94StretchBendInteractionParameterizer (CDPL::ForceField)    SulfenicAcidTautomerization (CDPL::Chem)   
DiagonalMatrixFromVector (CDPL::Math)    MMFF94StretchBendParameterTable (CDPL::ForceField)    SurfaceAtomExtractor (CDPL::Chem)   
DirectAssignmentProxy (CDPL::Math)    MMFF94SymbolicAtomTypePatternTable (CDPL::ForceField)    SVGMolecularGraphWriter (CDPL::Vis)   
DGCoordinatesGeneratorBase::DistanceConstraint (CDPL::Util)    MMFF94SymbolicToNumericAtomTypeMap (CDPL::ForceField)    SVGReactionWriter (CDPL::Vis)   
  e  
MMFF94TorsionInteraction (CDPL::ForceField)    SymmetryClassCalculator::AtomNode::SVMNumberCmpFunc (CDPL::Chem)   
MMFF94TorsionInteractionParameterizer (CDPL::ForceField)    SymmetryClassCalculator::AtomNode::SymClassCmpFunc (CDPL::Chem)   
ElasticPotential (CDPL::ForceField)    MMFF94TorsionParameterTable (CDPL::ForceField)    SymmetryClassCalculator (CDPL::Chem)   
ElectronSystem (CDPL::Chem)    MMFF94VanDerWaalsInteraction (CDPL::ForceField)   
  t  
ElectronSystemList (CDPL::Chem)    MMFF94VanDerWaalsInteractionParameterizer (CDPL::ForceField)   
FastGaussianShapeAlignment::ShapeData::Element (CDPL::Shape)    MMFF94VanDerWaalsParameterTable (CDPL::ForceField)    TanimotoComboScore (CDPL::Shape)   
GaussianShape::Element (CDPL::Shape)    MMTFMolecularGraphWriter (CDPL::Biomol)    TautomerGenerator (CDPL::Chem)   
ElementHistogram (CDPL::MolProp)    MMTFMoleculeReader (CDPL::Biomol)    TautomerizationRule (CDPL::Chem)   
EllipsePrimitive2D (CDPL::Vis)    MOL2MolecularGraphWriter (CDPL::Chem)    TautomerScore (CDPL::Chem)   
Entity3D (CDPL::Chem)    MOL2MoleculeReader (CDPL::Chem)    TextLabelPrimitive2D (CDPL::Vis)   
Entity3DContainer (CDPL::Chem)    MolecularComplexityCalculator (CDPL::Descr)    TopologicalEntityAlignment (CDPL::Chem)   
Entity3DCoordinatesFunctor (CDPL::Chem)    MolecularGraph (CDPL::Chem)    TorsionCategory (CDPL::ConfGen)   
Entity3DMapping (CDPL::Chem)    MolecularGraphComponentGroupingMatchExpression (CDPL::Chem)    TorsionDriver (CDPL::ConfGen)   
MMFF94AngleBendingParameterTable::Entry (CDPL::ForceField)    Molecule (CDPL::Chem)    TorsionDriverSettings (CDPL::ConfGen)   
MMFF94AromaticAtomTypeDefinitionTable::Entry (CDPL::ForceField)    MoleculeAutoCorr2DDescriptorCalculator (CDPL::Descr)    TorsionLibrary (CDPL::ConfGen)   
MMFF94AtomTypePropertyTable::Entry (CDPL::ForceField)    MoleculeAutoCorr3DDescriptorCalculator (CDPL::Descr)    TorsionRule (CDPL::ConfGen)   
MMFF94BondChargeIncrementTable::Entry (CDPL::ForceField)    MoleculeRDFDescriptorCalculator (CDPL::Descr)    TorsionRuleMatch (CDPL::ConfGen)   
MMFF94BondStretchingParameterTable::Entry (CDPL::ForceField)    MOLMolecularGraphWriter (CDPL::Chem)    TorsionRuleMatcher (CDPL::ConfGen)   
MMFF94BondStretchingRuleParameterTable::Entry (CDPL::ForceField)    MOLMoleculeReader (CDPL::Chem)    TotalOverlapTanimotoScore (CDPL::Shape)   
MMFF94DefaultStretchBendParameterTable::Entry (CDPL::ForceField)    MorganNumberingCalculator (CDPL::Chem)    TotalOverlapTverskyScore (CDPL::Shape)   
MMFF94FormalAtomChargeDefinitionTable::Entry (CDPL::ForceField)    MultiConfMoleculeInputProcessor (CDPL::Chem)    TPSACalculator (CDPL::MolProp)   
AtomDictionary::Entry (CDPL::Chem)    MultiFormatDataReader (CDPL::Util)    TranslationMatrix (CDPL::Math)   
MMFF94OutOfPlaneBendingParameterTable::Entry (CDPL::ForceField)    MultiFormatDataWriter (CDPL::Util)    TriangularAdapter (CDPL::Math)   
MMFF94PartialBondChargeIncrementTable::Entry (CDPL::ForceField)    MultiMap (CDPL::Util)    TverskyComboScore (CDPL::Shape)   
MMFF94PrimaryToParameterAtomTypeMap::Entry (CDPL::ForceField)    MultiMapDefaultValue (CDPL::Util)    TypeTraits (CDPL::Math)   
MMFF94StretchBendParameterTable::Entry (CDPL::ForceField)    MultiMapDefaultValue< ValueType, false > (CDPL::Util)    TypeTraits< SparseContainerElement< C > > (CDPL::Math)   
MMFF94SymbolicAtomTypePatternTable::Entry (CDPL::ForceField)   
  n  
TypeTraits< std::complex< T > > (CDPL::Math)   
MMFF94TorsionParameterTable::Entry (CDPL::ForceField)   
  u  
MMFF94VanDerWaalsParameterTable::Entry (CDPL::ForceField)    NegIonizableFeatureGenerator (CDPL::Pharm)   
UFFAtomTypePropertyTable::Entry (CDPL::ForceField)    NitroAciTautomerization (CDPL::Chem)    UFFAtomTypePropertyTable (CDPL::ForceField)   
ResidueDictionary::Entry (CDPL::Biomol)    NitrosoOximeTautomerization (CDPL::Chem)    UnitLower (CDPL::Math)   
Error (CDPL::ForceField)    Atom2DCoordinatesCalculator::LGNode::NodeLayoutInfo (CDPL::Chem)    UnitUpper (CDPL::Math)   
ExactGaussianShapeOverlapFunction (CDPL::Shape)    NOTMatchExpression (CDPL::Chem)    UnitVector (CDPL::Math)   
Exception (CDPL::Base)    NOTMatchExpression< ObjType, void > (CDPL::Chem)    Upper (CDPL::Math)   
FragmentGenerator::ExcludePattern (CDPL::Chem)    NullCheckDereferencer (CDPL::Util)   
  v  
Expression (CDPL::Math)    NullPointerException (CDPL::Base)   
  f  
  o  
ValueError (CDPL::Base)   
Vector (CDPL::Math)   
FastGaussianShapeAlignment (CDPL::Shape)    ObjectPool (CDPL::Util)    VectorAngleCosine (CDPL::Math)   
FastGaussianShapeOverlapFunction (CDPL::Shape)    ObjectStack (CDPL::Util)    VectorArray (CDPL::Math)   
Feature (CDPL::Pharm)    OperationFailed (CDPL::Base)    VectorArrayAlignmentCalculator (CDPL::Math)   
FeatureAutoCorrelation3DVectorCalculator (CDPL::Descr)    ORMatchExpressionList (CDPL::Chem)    VectorBinary1 (CDPL::Math)   
FeatureContainer (CDPL::Pharm)    ORMatchExpressionList< ObjType, void > (CDPL::Chem)    VectorBinary1Traits (CDPL::Math)   
FeatureDistanceConstraint (CDPL::Pharm)    OrthogonalPiPiInteractionConstraint (CDPL::Pharm)    VectorBinary2 (CDPL::Math)   
FeatureDistanceScore (CDPL::Pharm)    OrthogonalPiPiInteractionScore (CDPL::Pharm)    VectorBinary2Traits (CDPL::Math)   
FeatureGenerator (CDPL::Pharm)   
  p  
VectorBinaryFunctor (CDPL::Math)   
FeatureGeometryMatchFunctor (CDPL::Pharm)    VectorBooleanBinaryFunctor (CDPL::Math)   
FeatureInteractionScore (CDPL::Pharm)    ParallelPiPiInteractionConstraint (CDPL::Pharm)    VectorContainer (CDPL::Math)   
FeatureInteractionScoreCombiner (CDPL::Pharm)    ParallelPiPiInteractionScore (CDPL::Pharm)    VectorCrossProduct (CDPL::Math)   
FeatureInteractionScoreGridCalculator (CDPL::GRAIL)    ParameterizationFailed (CDPL::ForceField)    VectorElementAccessor (CDPL::Math)   
FeatureMapping (CDPL::Pharm)    Path2D (CDPL::Vis)    VectorElementAccessor< const E > (CDPL::Math)   
FeaturePairDistanceMatchFunctor (CDPL::Pharm)    Path2DConverter (CDPL::Vis)    VectorElementSum (CDPL::Math)   
FeaturePositionMatchFunctor (CDPL::Pharm)    PathFingerprintGenerator (CDPL::Descr)    VectorEquality (CDPL::Math)   
FeatureRDFCodeCalculator (CDPL::Descr)    PathPrimitive2D (CDPL::Vis)    VectorExpression (CDPL::Math)   
FeatureSet (CDPL::Pharm)    PatternAtomTyper::Pattern (CDPL::Chem)    VectorInnerProduct (CDPL::Math)   
FeatureTypeHistogram (CDPL::Pharm)    SubstructureHistogramCalculator::Pattern (CDPL::Chem)    VectorIteratorTraits (CDPL::Math)   
FeatureTypeMatchFunctor (CDPL::Pharm)    PatternAtomTyper (CDPL::Chem)    VectorIteratorTraits< const E > (CDPL::Math)   
FileDataReader (CDPL::Util)    PatternBasedFeatureGenerator (CDPL::Pharm)    VectorMatrixBinary (CDPL::Math)   
FileDataWriter (CDPL::Util)    PatternBasedTautomerizationRule (CDPL::Chem)    VectorMatrixBinaryTraits (CDPL::Math)   
FileRemover (CDPL::Util)    PDBData (CDPL::Biomol)    VectorMatrixProduct (CDPL::Math)   
FileScreeningHitCollector (CDPL::Pharm)    PDBMolecularGraphWriter (CDPL::Biomol)    VectorMatrixUnary (CDPL::Math)   
Font (CDPL::Vis)    PDBMoleculeReader (CDPL::Biomol)    VectorMatrixUnaryFunctor (CDPL::Math)   
FontMetrics (CDPL::Vis)    PDFMolecularGraphWriter (CDPL::Vis)    VectorMatrixUnaryTraits (CDPL::Math)   
Fragment (CDPL::Chem)    PDFReactionWriter (CDPL::Vis)    VectorNorm1 (CDPL::Math)   
FragmentAssembler (CDPL::ConfGen)    Pen (CDPL::Vis)    VectorNorm2 (CDPL::Math)   
FragmentAssemblerSettings (CDPL::ConfGen)    PEOESigmaChargeCalculator (CDPL::MolProp)    VectorNormInfinity (CDPL::Math)   
FragmentGenerator::FragmentationRule (CDPL::Chem)    Pharmacophore (CDPL::Pharm)    VectorNormInfinityIndex (CDPL::Math)   
FragmentConformerGenerator (CDPL::ConfGen)    PharmacophoreAlignment (CDPL::Pharm)    VectorQuaternionAdapter (CDPL::Math)   
FragmentConformerGeneratorSettings (CDPL::ConfGen)    PharmacophoreAutoCorr3DDescriptorCalculator (CDPL::Descr)    VectorRange (CDPL::Math)   
FragmentGenerator (CDPL::Chem)    PharmacophoreFitScore (CDPL::Pharm)    VectorReference (CDPL::Math)   
FragmentLibrary (CDPL::ConfGen)    PharmacophoreFitScreeningScore (CDPL::Pharm)    VectorScalarBinaryFunctor (CDPL::Math)   
FragmentLibraryEntry (CDPL::ConfGen)    PharmacophoreGenerator (CDPL::Pharm)    VectorScalarIndexUnaryFunctor (CDPL::Math)   
FragmentLibraryGenerator (CDPL::ConfGen)    PharmacophoreRDFDescriptorCalculator (CDPL::Descr)    VectorScalarRealUnaryFunctor (CDPL::Math)   
FragmentGenerator::FragmentLink (CDPL::Chem)    PhosphinicAcidTautomerization (CDPL::Chem)    VectorScalarUnaryFunctor (CDPL::Math)   
FragmentList (CDPL::Chem)    PiElectronSystemList (CDPL::Chem)    VectorSlice (CDPL::Math)   
FragmentConformerGeneratorSettings::FragmentSettings (CDPL::ConfGen)    PMLFeatureContainerWriter (CDPL::Pharm)    VectorTemporaryTraits (CDPL::Math)   
  g  
PMLPharmacophoreReader (CDPL::Pharm)    VectorTemporaryTraits< const HomogenousCoordsAdapter< V > > (CDPL::Math)   
PNGMolecularGraphWriter (CDPL::Vis)    VectorTemporaryTraits< const MatrixColumn< M > > (CDPL::Math)   
GaussianShape (CDPL::Shape)    PNGReactionWriter (CDPL::Vis)    VectorTemporaryTraits< const MatrixRange< M > > (CDPL::Math)   
GaussianShapeAlignment (CDPL::Shape)    PointArray2D (CDPL::Vis)    VectorTemporaryTraits< const MatrixReference< M > > (CDPL::Math)   
GaussianShapeAlignmentStartGenerator (CDPL::Shape)    PointListPrimitive2D (CDPL::Vis)    VectorTemporaryTraits< const MatrixRow< M > > (CDPL::Math)   
GaussianShapeFunction (CDPL::Shape)    PolygonPrimitive2D (CDPL::Vis)    VectorTemporaryTraits< const MatrixSlice< M > > (CDPL::Math)   
GaussianShapeFunctionAlignment (CDPL::Shape)    PolylinePrimitive2D (CDPL::Vis)    VectorTemporaryTraits< const MatrixTranspose< M > > (CDPL::Math)   
GaussianShapeGenerator (CDPL::Shape)    PosIonizableFeatureGenerator (CDPL::Pharm)    VectorTemporaryTraits< const QuaternionVectorAdapter< Q > > (CDPL::Math)   
GaussianShapeOverlapFunction (CDPL::Shape)    PrincipalAxesAlignmentStartGenerator (CDPL::Shape)    VectorTemporaryTraits< const TriangularAdapter< M, Tri > > (CDPL::Math)   
GaussianShapeSet (CDPL::Shape)    CIPPriorityCalculator::AtomNode::PriorityGreaterCmpFunc (CDPL::Chem)    VectorTemporaryTraits< const VectorRange< V > > (CDPL::Math)   
GeneralizedBellAtomDensity (CDPL::GRAIL)    CIPPriorityCalculator::AtomNode::PriorityLessCmpFunc (CDPL::Chem)    VectorTemporaryTraits< const VectorReference< V > > (CDPL::Math)   
GenericHydrogen13ShiftTautomerization (CDPL::Chem)    PropertyContainer (CDPL::Base)    VectorTemporaryTraits< const VectorSlice< V > > (CDPL::Math)   
GenericHydrogen15ShiftTautomerization (CDPL::Chem)    PropertyMatchExpression (CDPL::Chem)    VectorTemporaryTraits< HomogenousCoordsAdapter< V > > (CDPL::Math)   
GradientVectorTraits (CDPL::ForceField)    PropertyMatchExpression< ValueType, MatchFunc, ObjType, void > (CDPL::Chem)    VectorTemporaryTraits< MatrixColumn< M > > (CDPL::Math)   
GradientVectorTraits< Math::VectorArray< V > > (CDPL::ForceField)    PropertyValue (CDPL::Util)    VectorTemporaryTraits< MatrixRange< M > > (CDPL::Math)   
GradientVectorTraits< std::vector< V > > (CDPL::ForceField)    PropertyValueProduct (CDPL::Util)    VectorTemporaryTraits< MatrixReference< M > > (CDPL::Math)   
GRAILDataSetGenerator (CDPL::GRAIL)    ProtonationStateStandardizer (CDPL::Chem)    VectorTemporaryTraits< MatrixRow< M > > (CDPL::Math)   
GRAILDescriptorCalculator (CDPL::GRAIL)    PSDMolecularGraphOutputHandler (CDPL::Pharm)    VectorTemporaryTraits< MatrixSlice< M > > (CDPL::Math)   
GRAILXDescriptorCalculator (CDPL::GRAIL)    PSDMolecularGraphWriter (CDPL::Pharm)    VectorTemporaryTraits< MatrixTranspose< M > > (CDPL::Math)   
GraphicsPrimitive2D (CDPL::Vis)    PSDMoleculeInputHandler (CDPL::Pharm)    VectorTemporaryTraits< QuaternionVectorAdapter< Q > > (CDPL::Math)   
CompleteRingSet::Node::GreaterCmpFunc (CDPL::Chem)    PSDMoleculeReader (CDPL::Pharm)    VectorTemporaryTraits< TriangularAdapter< M, Tri > > (CDPL::Math)   
Grid (CDPL::Math)    PSDPharmacophoreInputHandler (CDPL::Pharm)    VectorTemporaryTraits< VectorRange< V > > (CDPL::Math)   
GridBinary1 (CDPL::Math)    PSDPharmacophoreReader (CDPL::Pharm)    VectorTemporaryTraits< VectorReference< V > > (CDPL::Math)   
GridBinary1Traits (CDPL::Math)    PSDScreeningDBAccessor (CDPL::Pharm)    VectorTemporaryTraits< VectorSlice< V > > (CDPL::Math)   
GridBooleanBinaryFunctor (CDPL::Math)    PSDScreeningDBCreator (CDPL::Pharm)    VectorToleranceEquality (CDPL::Math)   
GridContainer (CDPL::Math)    PSMolecularGraphWriter (CDPL::Vis)    VectorUnary (CDPL::Math)   
GridCoordinatesMatrixTransformTraits (CDPL::Math)    PSReactionWriter (CDPL::Vis)    VectorUnaryTraits (CDPL::Math)   
GridCoordinatesTransformTraits (CDPL::Math)   
  q  
View2D (CDPL::Vis)   
GridCoordinatesTransformTraits< BoundedMatrix< T, 4, 4 > > (CDPL::Math)    DGCoordinatesGenerator< 3, T >::VolumeConstraint (CDPL::Util)   
GridCoordinatesTransformTraits< CMatrix< T, 4, 4 > > (CDPL::Math)    QtFontMetrics (CDPL::Vis)   
  x  
GridElementSum (CDPL::Math)    QtObjectFactory (CDPL::Vis)   
GridEquality (CDPL::Math)    QtRenderer2D (CDPL::Vis)    XBondAcceptorFeatureGenerator (CDPL::Pharm)   
GridExpression (CDPL::Math)    Quaternion (CDPL::Math)    XBondDonorFeatureGenerator (CDPL::Pharm)   
GridReference (CDPL::Math)    QuaternionBinary1 (CDPL::Math)    XBondingInteractionConstraint (CDPL::Pharm)   
GridScalarUnaryFunctor (CDPL::Math)    QuaternionBinary1Traits (CDPL::Math)    XBondingInteractionScore (CDPL::Pharm)   
GridTemporaryTraits (CDPL::Math)    QuaternionBinary2 (CDPL::Math)    XLogPCalculator (CDPL::MolProp)   
GridTemporaryTraits< const GridReference< G > > (CDPL::Math)    QuaternionBinary2Traits (CDPL::Math)    XYZMolecularGraphWriter (CDPL::Chem)   
GridTemporaryTraits< GridReference< G > > (CDPL::Math)    QuaternionBinaryFunctor (CDPL::Math)    XYZMoleculeReader (CDPL::Chem)   
GridToleranceEquality (CDPL::Math)    QuaternionBooleanBinaryFunctor (CDPL::Math)   
  z  
GridUnary (CDPL::Math)    QuaternionConjugate (CDPL::Math)   
GridUnaryTraits (CDPL::Math)    QuaternionContainer (CDPL::Math)    ZeroGrid (CDPL::Math)   
  h  
QuaternionDivision (CDPL::Math)    ZeroMatrix (CDPL::Math)   
QuaternionElementSum (CDPL::Math)    ZeroVector (CDPL::Math)   
HashCodeCalculator (CDPL::Chem)    QuaternionEquality (CDPL::Math)   
LookupKey::HashFunc (CDPL::Base)    QuaternionExpression (CDPL::Math)   
a | b | c | d | e | f | g | h | i | j | k | l | m | n | o | p | q | r | s | t | u | v | x | z